# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.476 0.215 0.080 0.050 0.045 0.011 0.003 0.031 0.003 0.001 2 D 0.039 0.173 0.369 0.058 0.063 0.131 0.053 0.002 0.096 0.012 0.002 3 E 0.619 0.039 0.123 0.153 0.019 0.012 0.008 0.002 0.009 0.006 0.009 4 D 0.177 0.088 0.114 0.389 0.060 0.041 0.089 0.018 0.017 0.006 0.001 5 A 0.094 0.404 0.226 0.097 0.091 0.022 0.027 0.011 0.024 0.003 0.002 6 T 0.040 0.618 0.236 0.025 0.024 0.040 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 7 I 0.015 0.731 0.171 0.010 0.031 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 8 T 0.023 0.631 0.208 0.016 0.045 0.047 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 9 Y 0.019 0.565 0.185 0.025 0.114 0.056 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 10 V 0.025 0.790 0.085 0.018 0.034 0.027 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 11 D 0.035 0.238 0.333 0.036 0.049 0.234 0.023 0.001 0.046 0.003 0.002 12 D 0.498 0.072 0.126 0.182 0.033 0.032 0.014 0.003 0.025 0.012 0.004 13 D 0.504 0.043 0.091 0.229 0.022 0.021 0.056 0.008 0.012 0.013 0.001 14 K 0.220 0.058 0.080 0.434 0.015 0.011 0.123 0.020 0.018 0.019 0.002 15 G 0.029 0.007 0.071 0.058 0.014 0.005 0.478 0.220 0.002 0.115 0.001 16 G 0.018 0.016 0.063 0.023 0.036 0.008 0.071 0.610 0.004 0.152 0.001 17 A 0.064 0.232 0.613 0.026 0.029 0.012 0.003 0.001 0.016 0.004 0.001 18 Q 0.058 0.259 0.481 0.047 0.043 0.068 0.009 0.001 0.029 0.004 0.004 19 V 0.057 0.559 0.196 0.087 0.055 0.011 0.009 0.002 0.022 0.001 0.002 20 G 0.033 0.182 0.117 0.035 0.378 0.012 0.028 0.099 0.013 0.101 0.001 21 D 0.049 0.310 0.311 0.084 0.167 0.033 0.018 0.002 0.022 0.003 0.002 22 I 0.025 0.607 0.180 0.038 0.104 0.020 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 23 V 0.008 0.841 0.092 0.004 0.030 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 24 T 0.005 0.310 0.478 0.004 0.010 0.184 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 25 V 0.026 0.710 0.141 0.017 0.027 0.033 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 26 T 0.036 0.390 0.270 0.077 0.104 0.028 0.051 0.002 0.037 0.003 0.001 27 G 0.011 0.026 0.036 0.018 0.192 0.012 0.084 0.313 0.010 0.297 0.001 28 K 0.112 0.329 0.310 0.113 0.067 0.032 0.009 0.003 0.016 0.006 0.002 29 T 0.083 0.360 0.261 0.106 0.059 0.060 0.015 0.004 0.042 0.009 0.002 30 D 0.229 0.141 0.286 0.142 0.063 0.052 0.033 0.003 0.036 0.009 0.006 31 D 0.309 0.125 0.157 0.251 0.066 0.029 0.027 0.007 0.020 0.005 0.003 32 S 0.148 0.288 0.201 0.184 0.072 0.035 0.027 0.009 0.030 0.004 0.002 33 T 0.107 0.440 0.259 0.070 0.049 0.030 0.013 0.003 0.025 0.002 0.002 34 T 0.051 0.455 0.278 0.058 0.053 0.057 0.019 0.002 0.024 0.001 0.002 35 Y 0.050 0.490 0.237 0.053 0.088 0.033 0.012 0.002 0.031 0.002 0.002 36 T 0.028 0.528 0.260 0.033 0.088 0.035 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 37 V 0.016 0.749 0.135 0.012 0.054 0.021 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 38 T 0.017 0.710 0.165 0.013 0.033 0.048 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 39 I 0.008 0.426 0.401 0.002 0.033 0.026 0.002 0.001 0.101 0.001 0.001 40 P 0.215 0.018 0.619 0.018 0.005 0.048 0.003 0.001 0.009 0.002 0.063 41 D 0.104 0.065 0.250 0.250 0.042 0.021 0.199 0.041 0.012 0.013 0.001 42 G 0.013 0.011 0.026 0.020 0.046 0.006 0.084 0.655 0.002 0.137 0.001 43 Y 0.041 0.361 0.472 0.039 0.043 0.014 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 44 E 0.089 0.472 0.302 0.033 0.034 0.038 0.004 0.001 0.023 0.002 0.002 45 Y 0.046 0.470 0.232 0.047 0.119 0.041 0.004 0.001 0.036 0.001 0.002 46 V 0.061 0.610 0.181 0.053 0.042 0.021 0.004 0.001 0.026 0.001 0.002 47 G 0.054 0.101 0.241 0.057 0.225 0.079 0.054 0.038 0.042 0.108 0.001 48 T 0.293 0.254 0.158 0.162 0.058 0.023 0.011 0.003 0.028 0.008 0.002 49 D 0.085 0.097 0.147 0.375 0.043 0.029 0.165 0.012 0.029 0.016 0.001 50 G 0.014 0.016 0.043 0.064 0.052 0.004 0.164 0.495 0.002 0.145 0.001 51 G 0.026 0.108 0.172 0.036 0.237 0.015 0.078 0.196 0.009 0.121 0.001 52 V 0.029 0.592 0.273 0.020 0.053 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 V 0.019 0.681 0.223 0.008 0.026 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 54 S 0.033 0.187 0.658 0.009 0.022 0.074 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 55 S 0.466 0.214 0.120 0.062 0.053 0.024 0.013 0.002 0.035 0.006 0.005 56 D 0.109 0.037 0.119 0.463 0.021 0.013 0.218 0.005 0.010 0.004 0.001 57 G 0.004 0.005 0.010 0.009 0.015 0.002 0.161 0.741 0.001 0.052 0.001 58 K 0.018 0.358 0.549 0.015 0.029 0.010 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 59 T 0.018 0.324 0.551 0.018 0.023 0.041 0.004 0.001 0.017 0.001 0.003 60 V 0.019 0.656 0.204 0.021 0.067 0.014 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 61 T 0.011 0.733 0.116 0.009 0.096 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 62 I 0.011 0.739 0.134 0.008 0.068 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 63 T 0.013 0.759 0.125 0.007 0.049 0.027 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 64 F 0.021 0.660 0.137 0.012 0.101 0.035 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 65 A 0.039 0.597 0.209 0.033 0.044 0.046 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 66 A 0.096 0.307 0.192 0.101 0.160 0.042 0.033 0.013 0.037 0.019 0.001 67 D 0.101 0.151 0.194 0.166 0.131 0.063 0.091 0.026 0.032 0.042 0.001 68 D 0.089 0.177 0.180 0.261 0.084 0.057 0.062 0.015 0.053 0.021 0.001 69 S 0.323 0.152 0.199 0.184 0.037 0.024 0.030 0.009 0.019 0.016 0.006 70 D 0.185 0.106 0.139 0.368 0.055 0.025 0.088 0.010 0.016 0.006 0.002 71 N 0.038 0.322 0.148 0.124 0.212 0.023 0.065 0.032 0.026 0.008 0.001 72 V 0.011 0.717 0.208 0.009 0.030 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 73 V 0.004 0.797 0.146 0.002 0.011 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 I 0.003 0.865 0.074 0.002 0.028 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 75 H 0.006 0.634 0.205 0.004 0.039 0.085 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 76 L 0.037 0.497 0.269 0.014 0.075 0.058 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 77 K 0.108 0.438 0.248 0.052 0.057 0.040 0.014 0.001 0.037 0.002 0.002 78 H 0.061 0.223 0.253 0.154 0.128 0.029 0.097 0.011 0.030 0.014 0.002 79 G 0.041 0.046 0.097 0.032 0.139 0.018 0.086 0.272 0.011 0.257 0.001