# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.109 0.135 0.170 0.156 0.109 0.059 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 2 D 0.251 0.161 0.144 0.152 0.122 0.076 0.052 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.246 0.161 0.147 0.138 0.111 0.086 0.048 0.029 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 4 D 0.203 0.173 0.123 0.129 0.121 0.090 0.075 0.039 0.026 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 5 A 0.029 0.025 0.044 0.076 0.114 0.144 0.149 0.146 0.109 0.070 0.047 0.032 0.013 0.003 6 T 0.039 0.040 0.056 0.113 0.164 0.143 0.144 0.127 0.075 0.045 0.029 0.015 0.007 0.004 7 I 0.015 0.011 0.015 0.018 0.032 0.054 0.087 0.132 0.143 0.176 0.145 0.102 0.053 0.016 8 T 0.046 0.043 0.061 0.107 0.132 0.114 0.126 0.148 0.101 0.060 0.035 0.017 0.007 0.003 9 Y 0.016 0.014 0.024 0.045 0.065 0.089 0.104 0.149 0.135 0.159 0.109 0.058 0.021 0.010 10 V 0.024 0.035 0.053 0.088 0.134 0.174 0.164 0.153 0.070 0.055 0.029 0.012 0.005 0.003 11 D 0.087 0.113 0.143 0.164 0.148 0.129 0.092 0.061 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 12 D 0.271 0.197 0.139 0.134 0.109 0.062 0.039 0.022 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.627 0.168 0.074 0.060 0.035 0.017 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.637 0.155 0.090 0.059 0.028 0.014 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.500 0.187 0.129 0.093 0.044 0.023 0.015 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.374 0.165 0.139 0.116 0.084 0.058 0.039 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.186 0.112 0.137 0.136 0.138 0.123 0.087 0.041 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 18 Q 0.118 0.110 0.131 0.143 0.156 0.122 0.081 0.063 0.039 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 19 V 0.046 0.031 0.050 0.074 0.131 0.152 0.134 0.135 0.092 0.068 0.045 0.026 0.012 0.004 20 G 0.055 0.049 0.063 0.090 0.117 0.133 0.121 0.116 0.090 0.071 0.049 0.027 0.013 0.005 21 D 0.081 0.065 0.078 0.104 0.121 0.115 0.117 0.105 0.081 0.056 0.038 0.021 0.011 0.006 22 I 0.030 0.027 0.038 0.061 0.094 0.113 0.112 0.135 0.128 0.102 0.079 0.047 0.022 0.011 23 V 0.047 0.043 0.055 0.074 0.103 0.122 0.131 0.127 0.099 0.081 0.058 0.035 0.017 0.007 24 T 0.068 0.065 0.077 0.109 0.122 0.118 0.106 0.111 0.090 0.061 0.038 0.018 0.011 0.005 25 V 0.033 0.029 0.042 0.059 0.101 0.116 0.129 0.144 0.121 0.100 0.063 0.037 0.016 0.007 26 T 0.093 0.104 0.116 0.155 0.137 0.121 0.092 0.072 0.050 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 27 G 0.114 0.077 0.095 0.113 0.135 0.126 0.104 0.083 0.067 0.042 0.024 0.012 0.006 0.003 28 K 0.129 0.129 0.133 0.158 0.148 0.113 0.075 0.050 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 29 T 0.147 0.109 0.124 0.136 0.141 0.121 0.089 0.058 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 30 D 0.209 0.164 0.143 0.141 0.120 0.086 0.058 0.035 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 31 D 0.316 0.190 0.133 0.115 0.093 0.059 0.038 0.023 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 32 S 0.130 0.110 0.120 0.143 0.141 0.131 0.097 0.057 0.038 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 33 T 0.070 0.057 0.084 0.104 0.146 0.152 0.141 0.108 0.059 0.038 0.022 0.012 0.006 0.002 34 T 0.174 0.154 0.118 0.138 0.130 0.087 0.071 0.053 0.037 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 35 Y 0.077 0.057 0.077 0.109 0.133 0.133 0.106 0.105 0.083 0.050 0.034 0.021 0.010 0.004 36 T 0.095 0.082 0.096 0.147 0.167 0.129 0.112 0.077 0.050 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 37 V 0.063 0.044 0.066 0.086 0.111 0.128 0.124 0.125 0.096 0.072 0.047 0.023 0.012 0.004 38 T 0.083 0.086 0.111 0.156 0.157 0.131 0.092 0.074 0.055 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 39 I 0.059 0.053 0.082 0.120 0.151 0.155 0.120 0.100 0.068 0.045 0.025 0.012 0.006 0.003 40 P 0.091 0.089 0.093 0.105 0.129 0.141 0.132 0.088 0.061 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 41 D 0.185 0.195 0.146 0.114 0.087 0.072 0.060 0.047 0.039 0.024 0.016 0.009 0.005 0.002 42 G 0.153 0.127 0.095 0.127 0.116 0.097 0.094 0.069 0.057 0.028 0.019 0.010 0.006 0.003 43 Y 0.040 0.036 0.066 0.077 0.120 0.137 0.154 0.127 0.085 0.064 0.040 0.032 0.016 0.005 44 E 0.106 0.096 0.107 0.151 0.171 0.107 0.087 0.078 0.054 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 45 Y 0.039 0.030 0.057 0.097 0.107 0.140 0.121 0.144 0.109 0.073 0.049 0.021 0.009 0.004 46 V 0.045 0.045 0.072 0.104 0.142 0.171 0.157 0.113 0.062 0.042 0.026 0.012 0.005 0.003 47 G 0.153 0.138 0.137 0.129 0.117 0.105 0.081 0.055 0.041 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 48 T 0.223 0.159 0.129 0.111 0.110 0.081 0.065 0.046 0.039 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 49 D 0.322 0.210 0.114 0.110 0.074 0.052 0.046 0.027 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 50 G 0.168 0.102 0.131 0.127 0.128 0.110 0.091 0.056 0.040 0.022 0.011 0.007 0.004 0.002 51 G 0.171 0.132 0.124 0.143 0.132 0.096 0.080 0.055 0.037 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 52 V 0.068 0.051 0.088 0.120 0.146 0.154 0.117 0.114 0.065 0.039 0.022 0.010 0.005 0.002 53 V 0.082 0.076 0.111 0.138 0.157 0.157 0.111 0.077 0.041 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 54 S 0.198 0.140 0.135 0.125 0.121 0.099 0.071 0.049 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 55 S 0.281 0.182 0.141 0.122 0.100 0.069 0.045 0.025 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 56 D 0.390 0.237 0.128 0.099 0.058 0.035 0.026 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 G 0.217 0.150 0.153 0.148 0.125 0.088 0.060 0.028 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 58 K 0.134 0.148 0.152 0.165 0.144 0.102 0.071 0.041 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 59 T 0.056 0.057 0.081 0.125 0.155 0.157 0.124 0.109 0.070 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 60 V 0.028 0.033 0.050 0.085 0.117 0.145 0.143 0.131 0.107 0.070 0.049 0.024 0.012 0.006 61 T 0.019 0.020 0.030 0.053 0.083 0.100 0.116 0.141 0.143 0.114 0.088 0.053 0.027 0.014 62 I 0.006 0.006 0.009 0.013 0.023 0.041 0.069 0.096 0.144 0.182 0.174 0.133 0.073 0.031 63 T 0.014 0.014 0.019 0.027 0.045 0.060 0.083 0.122 0.154 0.153 0.132 0.092 0.057 0.028 64 F 0.008 0.007 0.010 0.015 0.027 0.041 0.065 0.100 0.144 0.185 0.175 0.125 0.063 0.034 65 A 0.015 0.021 0.032 0.056 0.087 0.102 0.117 0.149 0.137 0.115 0.085 0.046 0.022 0.015 66 A 0.025 0.034 0.046 0.068 0.105 0.114 0.119 0.127 0.124 0.099 0.071 0.039 0.019 0.010 67 D 0.061 0.105 0.127 0.154 0.148 0.128 0.105 0.070 0.050 0.026 0.014 0.007 0.003 0.002 68 D 0.055 0.091 0.131 0.150 0.153 0.139 0.103 0.073 0.050 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002 69 S 0.079 0.130 0.139 0.171 0.155 0.123 0.082 0.053 0.039 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 70 D 0.126 0.141 0.135 0.127 0.125 0.112 0.090 0.057 0.046 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 71 N 0.026 0.030 0.048 0.088 0.137 0.154 0.152 0.140 0.105 0.052 0.034 0.018 0.011 0.004 72 V 0.007 0.007 0.010 0.018 0.036 0.057 0.109 0.136 0.155 0.170 0.139 0.097 0.042 0.017 73 V 0.015 0.015 0.020 0.033 0.056 0.068 0.079 0.126 0.143 0.146 0.131 0.093 0.050 0.027 74 I 0.007 0.006 0.007 0.009 0.015 0.026 0.045 0.079 0.133 0.188 0.203 0.156 0.090 0.035 75 H 0.018 0.018 0.028 0.065 0.102 0.105 0.118 0.162 0.143 0.096 0.074 0.040 0.019 0.012 76 L 0.016 0.015 0.019 0.032 0.055 0.073 0.103 0.124 0.147 0.154 0.132 0.074 0.034 0.020 77 K 0.065 0.073 0.096 0.136 0.154 0.142 0.123 0.089 0.057 0.032 0.019 0.009 0.003 0.003 78 H 0.067 0.071 0.103 0.129 0.150 0.138 0.117 0.084 0.063 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 79 G 0.253 0.180 0.139 0.133 0.110 0.072 0.051 0.027 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001