# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.005 0.058 0.058 0.097 0.004 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.016 0.129 0.065 0.112 0.331 0.001 2 D 0.004 0.004 0.053 0.037 0.158 0.003 0.047 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.086 0.083 0.187 0.282 0.001 3 E 0.005 0.005 0.117 0.057 0.068 0.005 0.065 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.045 0.017 0.367 0.043 0.056 0.134 0.001 4 D 0.011 0.026 0.045 0.067 0.137 0.007 0.334 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.010 0.012 0.045 0.032 0.052 0.047 0.068 0.080 0.007 5 A 0.036 0.089 0.065 0.073 0.232 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.029 0.031 0.079 0.104 0.012 0.021 0.068 0.069 0.015 6 T 0.093 0.146 0.113 0.101 0.072 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 0.024 0.091 0.080 0.138 0.020 0.004 0.006 0.012 0.011 0.044 7 I 0.116 0.169 0.019 0.029 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.055 0.079 0.073 0.043 0.077 0.001 0.002 0.011 0.003 0.111 8 T 0.148 0.172 0.050 0.036 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.039 0.176 0.099 0.132 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 9 Y 0.128 0.178 0.036 0.096 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.049 0.098 0.084 0.037 0.045 0.001 0.002 0.005 0.003 0.070 10 V 0.119 0.184 0.028 0.030 0.223 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.025 0.094 0.071 0.090 0.074 0.003 0.004 0.006 0.005 0.018 11 D 0.127 0.101 0.146 0.267 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.030 0.033 0.084 0.017 0.004 0.004 0.037 0.032 0.015 12 D 0.029 0.009 0.011 0.012 0.724 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.020 0.114 0.010 0.009 0.016 0.001 13 D 0.017 0.011 0.159 0.138 0.057 0.004 0.128 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.152 0.008 0.039 0.023 0.117 0.122 0.002 14 K 0.006 0.002 0.015 0.017 0.113 0.003 0.027 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.673 0.047 0.018 0.040 0.001 15 G 0.001 0.002 0.011 0.014 0.031 0.004 0.771 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.035 0.017 0.017 0.075 0.001 16 G 0.007 0.014 0.031 0.026 0.236 0.001 0.130 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.008 0.019 0.024 0.385 0.051 0.054 0.002 17 A 0.022 0.025 0.466 0.177 0.089 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.002 0.038 0.013 0.027 0.012 0.032 0.070 0.003 18 Q 0.027 0.034 0.023 0.036 0.696 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.012 0.004 0.018 0.022 0.014 0.011 0.045 0.021 0.010 19 V 0.036 0.043 0.175 0.133 0.125 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.013 0.009 0.019 0.007 0.299 0.018 0.024 0.010 0.026 0.040 0.006 20 G 0.043 0.068 0.095 0.189 0.221 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.024 0.012 0.032 0.015 0.065 0.027 0.025 0.018 0.045 0.082 0.013 21 D 0.044 0.055 0.064 0.100 0.290 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.016 0.016 0.027 0.023 0.086 0.078 0.037 0.028 0.053 0.044 0.011 22 I 0.075 0.073 0.135 0.118 0.203 0.002 0.024 0.007 0.001 0.001 0.012 0.010 0.028 0.014 0.111 0.024 0.037 0.015 0.047 0.051 0.011 23 V 0.079 0.059 0.132 0.124 0.235 0.003 0.023 0.009 0.001 0.001 0.010 0.011 0.019 0.019 0.073 0.031 0.034 0.020 0.048 0.060 0.009 24 T 0.043 0.051 0.076 0.124 0.230 0.005 0.035 0.010 0.002 0.001 0.011 0.013 0.034 0.040 0.076 0.059 0.042 0.030 0.061 0.049 0.009 25 V 0.053 0.045 0.107 0.141 0.163 0.003 0.031 0.005 0.003 0.002 0.011 0.017 0.031 0.031 0.106 0.041 0.053 0.028 0.056 0.065 0.007 26 T 0.024 0.025 0.076 0.111 0.233 0.003 0.043 0.005 0.002 0.001 0.006 0.008 0.016 0.019 0.067 0.049 0.066 0.028 0.072 0.145 0.004 27 G 0.014 0.020 0.063 0.075 0.253 0.005 0.056 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.011 0.068 0.060 0.045 0.108 0.061 0.131 0.004 28 K 0.017 0.012 0.161 0.089 0.147 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.007 0.076 0.034 0.081 0.038 0.120 0.172 0.003 29 T 0.011 0.011 0.057 0.071 0.293 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.051 0.034 0.069 0.049 0.112 0.199 0.002 30 D 0.006 0.007 0.111 0.101 0.123 0.003 0.025 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.050 0.022 0.079 0.046 0.125 0.282 0.002 31 D 0.008 0.010 0.053 0.082 0.230 0.005 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.018 0.252 0.050 0.062 0.147 0.001 32 S 0.012 0.021 0.054 0.074 0.204 0.010 0.242 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.030 0.027 0.085 0.069 0.058 0.085 0.002 33 T 0.035 0.051 0.136 0.191 0.168 0.002 0.043 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.002 0.049 0.016 0.049 0.038 0.072 0.119 0.003 34 T 0.045 0.058 0.055 0.069 0.440 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 0.015 0.005 0.028 0.031 0.027 0.024 0.076 0.072 0.008 35 Y 0.061 0.094 0.164 0.244 0.139 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.009 0.009 0.019 0.004 0.067 0.015 0.033 0.015 0.041 0.056 0.008 36 T 0.070 0.090 0.036 0.045 0.551 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.013 0.009 0.023 0.004 0.018 0.029 0.012 0.016 0.027 0.023 0.011 37 V 0.106 0.109 0.273 0.242 0.061 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.026 0.005 0.072 0.007 0.008 0.006 0.023 0.026 0.012 38 T 0.082 0.084 0.027 0.043 0.605 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.018 0.004 0.012 0.036 0.007 0.010 0.030 0.015 0.009 39 I 0.054 0.057 0.248 0.343 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.005 0.107 0.005 0.008 0.007 0.034 0.068 0.003 40 P 0.014 0.022 0.025 0.073 0.461 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.039 0.056 0.016 0.053 0.209 0.002 41 D 0.019 0.031 0.082 0.078 0.154 0.004 0.105 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.003 0.083 0.021 0.200 0.046 0.035 0.118 0.002 42 G 0.039 0.087 0.095 0.113 0.104 0.007 0.232 0.012 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.009 0.040 0.020 0.060 0.061 0.033 0.056 0.006 43 Y 0.141 0.159 0.050 0.038 0.343 0.001 0.029 0.008 0.001 0.001 0.015 0.016 0.028 0.009 0.015 0.042 0.015 0.018 0.045 0.015 0.012 44 E 0.239 0.196 0.224 0.109 0.057 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.008 0.013 0.049 0.009 0.043 0.004 0.008 0.004 0.008 0.007 0.008 45 Y 0.213 0.193 0.023 0.065 0.339 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.014 0.019 0.032 0.010 0.011 0.017 0.006 0.005 0.010 0.005 0.028 46 V 0.188 0.221 0.107 0.132 0.079 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.013 0.015 0.059 0.021 0.097 0.007 0.008 0.005 0.012 0.009 0.016 47 G 0.127 0.169 0.076 0.209 0.196 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 0.025 0.015 0.028 0.019 0.016 0.012 0.028 0.029 0.011 48 T 0.064 0.059 0.098 0.083 0.251 0.002 0.022 0.003 0.006 0.004 0.007 0.006 0.011 0.011 0.087 0.036 0.129 0.018 0.030 0.067 0.005 49 D 0.015 0.023 0.045 0.073 0.108 0.003 0.226 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.006 0.007 0.079 0.030 0.139 0.026 0.048 0.154 0.003 50 G 0.012 0.016 0.037 0.025 0.292 0.003 0.187 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.006 0.022 0.056 0.035 0.137 0.048 0.103 0.003 51 G 0.021 0.027 0.404 0.150 0.057 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.007 0.069 0.020 0.034 0.035 0.043 0.083 0.006 52 V 0.028 0.031 0.018 0.019 0.718 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.005 0.013 0.052 0.014 0.010 0.034 0.016 0.009 53 V 0.043 0.039 0.292 0.201 0.051 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.011 0.023 0.012 0.189 0.010 0.014 0.010 0.039 0.042 0.006 54 S 0.017 0.024 0.032 0.068 0.550 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.005 0.023 0.050 0.031 0.021 0.059 0.095 0.003 55 S 0.013 0.017 0.144 0.166 0.066 0.002 0.018 0.004 0.003 0.004 0.005 0.005 0.007 0.006 0.155 0.023 0.105 0.034 0.083 0.137 0.003 56 D 0.009 0.009 0.030 0.049 0.227 0.002 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.019 0.368 0.011 0.040 0.144 0.001 57 G 0.014 0.022 0.047 0.033 0.263 0.003 0.373 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.013 0.030 0.115 0.021 0.046 0.001 58 K 0.034 0.076 0.333 0.275 0.051 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.002 0.040 0.010 0.033 0.026 0.019 0.061 0.004 59 T 0.051 0.114 0.008 0.015 0.709 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.014 0.003 0.007 0.025 0.003 0.004 0.012 0.007 0.009 60 V 0.187 0.303 0.164 0.113 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.048 0.011 0.095 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 61 T 0.220 0.325 0.009 0.034 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.023 0.057 0.011 0.007 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.081 62 I 0.287 0.320 0.033 0.018 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.036 0.107 0.021 0.056 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 63 T 0.318 0.371 0.028 0.047 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.019 0.070 0.016 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 64 F 0.320 0.334 0.026 0.046 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.050 0.015 0.014 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 65 A 0.184 0.263 0.086 0.148 0.062 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.060 0.033 0.069 0.014 0.005 0.004 0.012 0.010 0.012 66 A 0.128 0.087 0.083 0.142 0.266 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.017 0.062 0.040 0.039 0.012 0.030 0.051 0.005 67 D 0.026 0.023 0.074 0.077 0.161 0.005 0.122 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.009 0.070 0.034 0.131 0.043 0.085 0.120 0.003 68 D 0.008 0.008 0.080 0.039 0.088 0.004 0.151 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.046 0.023 0.144 0.189 0.052 0.155 0.001 69 S 0.005 0.006 0.102 0.049 0.077 0.002 0.023 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.063 0.036 0.132 0.451 0.001 70 D 0.006 0.011 0.051 0.038 0.160 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 0.028 0.382 0.055 0.030 0.148 0.002 71 N 0.033 0.105 0.071 0.066 0.179 0.005 0.281 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.019 0.011 0.037 0.037 0.024 0.034 0.024 0.041 0.010 72 V 0.166 0.327 0.079 0.064 0.132 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.055 0.020 0.030 0.027 0.004 0.008 0.011 0.007 0.020 73 V 0.296 0.285 0.047 0.028 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.026 0.102 0.026 0.024 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 74 I 0.340 0.278 0.034 0.028 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.042 0.084 0.027 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 75 H 0.268 0.342 0.017 0.036 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.130 0.046 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 76 L 0.225 0.301 0.046 0.115 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.032 0.078 0.042 0.036 0.008 0.002 0.001 0.003 0.003 0.028 77 K 0.188 0.215 0.038 0.059 0.287 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.030 0.016 0.051 0.036 0.014 0.006 0.007 0.013 0.008 78 H 0.096 0.097 0.126 0.129 0.141 0.001 0.039 0.003 0.001 0.001 0.009 0.007 0.017 0.012 0.138 0.021 0.031 0.014 0.032 0.080 0.007 79 G 0.032 0.027 0.091 0.076 0.217 0.003 0.047 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.008 0.069 0.035 0.080 0.086 0.059 0.142 0.004