# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.019 0.764 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.010 0.126 0.016 0.031 0.025 2 D 0.001 0.008 0.805 0.007 0.011 0.003 0.001 0.001 0.007 0.086 0.034 0.005 0.033 3 E 0.002 0.007 0.254 0.028 0.053 0.009 0.001 0.001 0.013 0.293 0.272 0.055 0.013 4 D 0.015 0.010 0.382 0.034 0.043 0.004 0.004 0.003 0.033 0.097 0.135 0.014 0.227 5 A 0.073 0.005 0.169 0.051 0.004 0.001 0.014 0.009 0.107 0.067 0.004 0.443 0.053 6 T 0.187 0.004 0.044 0.018 0.001 0.001 0.087 0.030 0.140 0.007 0.002 0.047 0.433 7 I 0.446 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.120 0.057 0.093 0.001 0.001 0.177 0.086 8 T 0.478 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.185 0.047 0.052 0.001 0.001 0.096 0.091 9 Y 0.523 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.049 0.018 0.050 0.001 0.001 0.273 0.079 10 V 0.545 0.003 0.018 0.020 0.001 0.001 0.069 0.008 0.039 0.002 0.001 0.041 0.254 11 D 0.172 0.007 0.125 0.005 0.001 0.001 0.011 0.003 0.037 0.012 0.002 0.524 0.101 12 D 0.040 0.018 0.167 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.056 0.042 0.025 0.628 13 D 0.010 0.013 0.317 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 0.404 0.050 0.079 14 K 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.810 0.003 0.001 15 G 0.001 0.004 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.743 0.004 0.003 16 G 0.003 0.025 0.331 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.191 0.011 0.024 17 A 0.035 0.077 0.263 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 0.006 0.043 0.007 0.475 0.077 18 Q 0.059 0.039 0.027 0.003 0.002 0.001 0.011 0.002 0.008 0.004 0.002 0.048 0.794 19 V 0.096 0.015 0.051 0.360 0.004 0.001 0.018 0.002 0.008 0.006 0.004 0.309 0.126 20 G 0.071 0.006 0.068 0.129 0.003 0.001 0.010 0.001 0.014 0.031 0.023 0.430 0.213 21 D 0.098 0.009 0.088 0.031 0.006 0.002 0.010 0.001 0.008 0.036 0.023 0.091 0.598 22 I 0.132 0.007 0.095 0.022 0.005 0.002 0.015 0.005 0.019 0.025 0.013 0.501 0.158 23 V 0.152 0.017 0.106 0.012 0.007 0.004 0.028 0.011 0.040 0.024 0.012 0.129 0.456 24 T 0.100 0.057 0.223 0.031 0.015 0.008 0.028 0.026 0.062 0.039 0.028 0.204 0.179 25 V 0.043 0.028 0.329 0.034 0.011 0.007 0.016 0.018 0.073 0.109 0.069 0.126 0.137 26 T 0.015 0.018 0.365 0.018 0.011 0.005 0.005 0.004 0.023 0.204 0.151 0.056 0.124 27 G 0.006 0.014 0.246 0.009 0.008 0.003 0.002 0.002 0.007 0.354 0.270 0.041 0.039 28 K 0.011 0.068 0.450 0.005 0.012 0.004 0.002 0.002 0.012 0.204 0.102 0.068 0.059 29 T 0.011 0.088 0.459 0.004 0.018 0.008 0.003 0.003 0.011 0.165 0.076 0.028 0.125 30 D 0.007 0.027 0.456 0.016 0.028 0.014 0.001 0.001 0.006 0.213 0.136 0.045 0.050 31 D 0.005 0.013 0.143 0.016 0.040 0.019 0.001 0.001 0.002 0.226 0.480 0.019 0.035 32 S 0.024 0.034 0.269 0.015 0.076 0.017 0.003 0.001 0.003 0.162 0.242 0.062 0.091 33 T 0.050 0.029 0.327 0.021 0.043 0.011 0.006 0.003 0.010 0.149 0.084 0.149 0.118 34 T 0.069 0.034 0.299 0.042 0.029 0.011 0.010 0.002 0.012 0.115 0.100 0.081 0.196 35 Y 0.079 0.023 0.249 0.063 0.023 0.013 0.007 0.002 0.013 0.099 0.103 0.218 0.108 36 T 0.124 0.012 0.196 0.045 0.014 0.007 0.013 0.002 0.013 0.052 0.027 0.118 0.377 37 V 0.141 0.011 0.081 0.005 0.003 0.003 0.021 0.005 0.025 0.016 0.006 0.544 0.137 38 T 0.139 0.041 0.115 0.007 0.003 0.003 0.035 0.013 0.032 0.017 0.008 0.064 0.523 39 I 0.022 0.020 0.297 0.012 0.002 0.001 0.005 0.004 0.030 0.054 0.014 0.454 0.084 40 P 0.006 0.011 0.263 0.022 0.008 0.002 0.002 0.002 0.011 0.196 0.264 0.023 0.190 41 D 0.004 0.012 0.147 0.051 0.019 0.003 0.001 0.001 0.003 0.306 0.387 0.047 0.019 42 G 0.013 0.022 0.206 0.015 0.048 0.011 0.003 0.002 0.009 0.205 0.317 0.026 0.124 43 Y 0.087 0.035 0.318 0.017 0.077 0.020 0.008 0.004 0.012 0.066 0.069 0.102 0.186 44 E 0.147 0.025 0.085 0.016 0.039 0.023 0.025 0.007 0.035 0.025 0.017 0.398 0.158 45 Y 0.193 0.047 0.102 0.015 0.021 0.010 0.018 0.007 0.021 0.019 0.018 0.116 0.412 46 V 0.152 0.041 0.163 0.059 0.014 0.009 0.021 0.004 0.023 0.048 0.043 0.297 0.126 47 G 0.027 0.025 0.325 0.021 0.010 0.003 0.006 0.002 0.019 0.098 0.051 0.077 0.337 48 T 0.012 0.016 0.190 0.019 0.024 0.005 0.002 0.002 0.004 0.166 0.415 0.060 0.085 49 D 0.006 0.016 0.152 0.018 0.033 0.004 0.001 0.001 0.005 0.152 0.540 0.037 0.035 50 G 0.003 0.008 0.176 0.012 0.019 0.004 0.001 0.002 0.003 0.424 0.308 0.013 0.028 51 G 0.015 0.035 0.342 0.007 0.014 0.008 0.003 0.004 0.021 0.250 0.120 0.151 0.028 52 V 0.056 0.131 0.264 0.004 0.012 0.006 0.015 0.008 0.024 0.067 0.027 0.020 0.367 53 V 0.024 0.050 0.244 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.031 0.043 0.006 0.548 0.036 54 S 0.014 0.052 0.365 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.014 0.064 0.018 0.015 0.443 55 S 0.007 0.022 0.467 0.026 0.019 0.008 0.002 0.001 0.006 0.162 0.148 0.097 0.036 56 D 0.002 0.004 0.083 0.008 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.152 0.662 0.012 0.039 57 G 0.004 0.004 0.116 0.010 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.291 0.510 0.013 0.018 58 K 0.024 0.012 0.215 0.021 0.028 0.005 0.002 0.001 0.003 0.350 0.123 0.182 0.034 59 T 0.113 0.014 0.182 0.012 0.012 0.003 0.011 0.002 0.006 0.040 0.046 0.012 0.548 60 V 0.173 0.005 0.041 0.061 0.002 0.002 0.022 0.004 0.010 0.023 0.005 0.630 0.023 61 T 0.338 0.003 0.025 0.013 0.001 0.001 0.056 0.006 0.018 0.004 0.002 0.055 0.479 62 I 0.489 0.001 0.018 0.016 0.001 0.001 0.057 0.010 0.017 0.001 0.001 0.280 0.111 63 T 0.541 0.002 0.015 0.024 0.001 0.001 0.082 0.009 0.028 0.002 0.001 0.191 0.104 64 F 0.417 0.006 0.034 0.004 0.001 0.001 0.043 0.008 0.030 0.004 0.002 0.094 0.359 65 A 0.159 0.014 0.214 0.026 0.003 0.001 0.020 0.004 0.062 0.029 0.011 0.245 0.209 66 A 0.024 0.012 0.341 0.006 0.011 0.002 0.004 0.002 0.015 0.210 0.115 0.065 0.193 67 D 0.003 0.011 0.316 0.005 0.027 0.003 0.001 0.001 0.003 0.241 0.300 0.036 0.053 68 D 0.001 0.008 0.146 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.506 0.010 0.013 69 S 0.002 0.009 0.357 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.207 0.014 0.010 70 D 0.004 0.009 0.239 0.023 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.352 0.306 0.012 0.028 71 N 0.051 0.015 0.297 0.070 0.006 0.001 0.007 0.003 0.009 0.292 0.097 0.087 0.066 72 V 0.412 0.006 0.047 0.025 0.001 0.001 0.083 0.018 0.030 0.020 0.003 0.141 0.213 73 V 0.584 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.180 0.046 0.018 0.001 0.001 0.068 0.085 74 I 0.629 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.211 0.053 0.015 0.001 0.001 0.051 0.034 75 H 0.628 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.154 0.057 0.026 0.001 0.001 0.052 0.059 76 L 0.434 0.002 0.041 0.009 0.001 0.001 0.087 0.026 0.081 0.005 0.002 0.142 0.168 77 K 0.113 0.006 0.241 0.030 0.005 0.002 0.029 0.010 0.127 0.057 0.036 0.168 0.176 78 H 0.017 0.012 0.334 0.012 0.011 0.002 0.004 0.002 0.021 0.262 0.168 0.050 0.106 79 G 0.003 0.010 0.407 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.359 0.136 0.043 0.019