# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.024 0.098 0.801 2 D 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.115 0.111 0.640 3 E 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.012 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.171 0.048 0.135 0.598 4 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.195 0.022 0.118 0.650 5 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.006 0.011 0.004 0.700 0.036 0.044 0.183 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.008 0.680 0.051 0.033 0.203 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.007 0.886 0.022 0.011 0.058 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.829 0.027 0.012 0.095 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.024 0.136 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.562 0.040 0.021 0.098 10 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.607 0.014 0.048 0.292 11 D 0.224 0.012 0.001 0.001 0.018 0.294 0.076 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.225 0.019 0.083 12 D 0.002 0.001 0.017 0.001 0.125 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.017 0.066 0.726 13 D 0.467 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.083 0.035 0.396 14 K 0.243 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.083 0.552 15 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.072 0.890 16 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.189 0.004 0.023 0.001 0.003 0.001 0.038 0.027 0.060 0.610 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.806 0.033 0.004 0.002 0.021 0.005 0.001 0.014 0.005 0.011 0.055 18 Q 0.013 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.004 0.044 0.010 0.012 0.007 0.220 0.046 0.062 0.532 19 V 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.114 0.408 0.062 0.008 0.066 0.035 0.033 0.238 20 G 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.068 0.021 0.270 0.036 0.097 0.473 21 D 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.469 0.061 0.081 0.350 22 I 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.061 0.110 0.473 23 V 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.052 0.064 0.245 24 T 0.040 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.071 0.095 0.536 25 V 0.060 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.238 0.085 0.121 0.470 26 T 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.049 0.123 0.553 27 G 0.026 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.043 0.130 0.647 28 K 0.026 0.004 0.001 0.001 0.018 0.010 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.060 0.149 0.609 29 T 0.061 0.005 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.101 0.124 0.620 30 D 0.184 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.155 0.096 0.499 31 D 0.072 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.057 0.128 0.688 32 S 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.050 0.132 0.727 33 T 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.230 0.052 0.114 0.533 34 T 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.076 0.046 0.134 0.690 35 Y 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.030 0.005 0.015 0.013 0.008 0.007 0.498 0.055 0.055 0.285 36 T 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.010 0.009 0.014 0.008 0.110 0.029 0.093 0.704 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.007 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.010 0.021 0.009 0.699 0.021 0.030 0.161 38 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.166 0.025 0.071 0.661 39 I 0.053 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.320 0.066 0.075 0.454 40 P 0.108 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.041 0.090 0.656 41 D 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.020 0.141 0.712 42 G 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.050 0.094 0.420 43 Y 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.053 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.313 0.059 0.084 0.440 44 E 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.051 0.013 0.006 0.008 0.007 0.002 0.009 0.003 0.002 0.005 0.494 0.046 0.049 0.266 45 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.099 0.311 0.106 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.013 0.007 0.122 0.055 0.038 0.169 46 V 0.017 0.004 0.003 0.002 0.122 0.063 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.257 0.073 0.072 0.339 47 G 0.413 0.008 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.188 0.049 0.243 48 T 0.239 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.066 0.091 0.556 49 D 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.110 0.823 50 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.140 0.742 51 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.293 0.036 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.195 0.023 0.058 0.258 52 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.017 0.004 0.019 0.063 0.159 0.004 0.062 0.007 0.008 0.002 0.037 0.022 0.059 0.470 53 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.261 0.053 0.019 0.009 0.001 0.001 0.005 0.003 0.106 0.159 0.024 0.004 0.077 0.021 0.039 0.217 54 S 0.092 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.019 0.006 0.064 0.064 0.072 0.621 55 S 0.605 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.122 0.030 0.215 56 D 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.009 0.086 0.845 57 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.011 0.121 0.775 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.021 0.030 0.111 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.072 0.031 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.267 0.045 0.067 0.474 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.212 0.139 0.026 0.007 0.486 0.027 0.010 0.063 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.148 0.222 0.041 0.370 0.033 0.016 0.123 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.018 0.873 0.019 0.006 0.037 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.044 0.043 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.698 0.037 0.017 0.119 64 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 0.017 0.048 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.640 0.044 0.033 0.144 65 A 0.084 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.070 0.071 0.400 66 A 0.071 0.003 0.002 0.001 0.015 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.079 0.098 0.634 67 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.084 0.855 68 D 0.121 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.058 0.094 0.688 69 S 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.054 0.178 0.603 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.153 0.018 0.189 0.620 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.029 0.007 0.025 0.012 0.023 0.004 0.446 0.074 0.075 0.292 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.010 0.006 0.009 0.019 0.045 0.009 0.627 0.125 0.025 0.098 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.009 0.014 0.010 0.831 0.054 0.010 0.052 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.006 0.909 0.032 0.003 0.016 75 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.836 0.045 0.015 0.078 76 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.071 0.030 0.118 77 K 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.067 0.107 0.496 78 H 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.017 0.112 0.793 79 G 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.047 0.135 0.702