# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.439 0.208 0.032 0.098 0.077 0.046 0.047 0.025 0.014 0.008 0.006 2 D 0.435 0.289 0.031 0.088 0.067 0.032 0.023 0.015 0.010 0.006 0.005 3 E 0.384 0.333 0.035 0.109 0.073 0.027 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 4 D 0.469 0.175 0.033 0.145 0.101 0.036 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 5 A 0.010 0.014 0.014 0.045 0.059 0.111 0.169 0.173 0.172 0.137 0.096 6 T 0.039 0.122 0.068 0.340 0.222 0.098 0.070 0.022 0.012 0.006 0.002 7 I 0.002 0.003 0.004 0.007 0.009 0.018 0.062 0.148 0.248 0.261 0.239 8 T 0.054 0.098 0.088 0.279 0.219 0.096 0.069 0.030 0.031 0.025 0.010 9 Y 0.010 0.013 0.017 0.030 0.029 0.052 0.112 0.129 0.205 0.226 0.176 10 V 0.038 0.058 0.045 0.182 0.174 0.135 0.140 0.080 0.070 0.051 0.027 11 D 0.022 0.037 0.027 0.050 0.064 0.073 0.161 0.183 0.169 0.132 0.081 12 D 0.093 0.188 0.070 0.191 0.162 0.095 0.087 0.052 0.030 0.023 0.009 13 D 0.216 0.103 0.052 0.136 0.115 0.102 0.115 0.064 0.047 0.032 0.020 14 K 0.448 0.299 0.050 0.100 0.050 0.019 0.014 0.008 0.006 0.004 0.002 15 G 0.402 0.264 0.032 0.115 0.077 0.042 0.037 0.015 0.009 0.005 0.003 16 G 0.201 0.119 0.031 0.143 0.139 0.111 0.102 0.060 0.046 0.027 0.020 17 A 0.175 0.184 0.078 0.187 0.150 0.088 0.077 0.028 0.019 0.009 0.004 18 Q 0.096 0.178 0.072 0.245 0.180 0.090 0.077 0.032 0.018 0.008 0.004 19 V 0.002 0.003 0.003 0.008 0.009 0.021 0.066 0.118 0.211 0.233 0.327 20 G 0.166 0.197 0.090 0.284 0.134 0.063 0.037 0.014 0.008 0.005 0.002 21 D 0.208 0.245 0.105 0.188 0.094 0.056 0.045 0.020 0.018 0.014 0.007 22 I 0.099 0.055 0.020 0.103 0.112 0.133 0.142 0.108 0.102 0.070 0.057 23 V 0.172 0.144 0.044 0.114 0.109 0.105 0.130 0.070 0.054 0.037 0.021 24 T 0.083 0.147 0.087 0.241 0.164 0.087 0.072 0.046 0.034 0.027 0.013 25 V 0.018 0.018 0.013 0.028 0.033 0.065 0.128 0.156 0.198 0.163 0.181 26 T 0.158 0.312 0.052 0.255 0.144 0.035 0.023 0.009 0.006 0.004 0.002 27 G 0.227 0.092 0.031 0.073 0.071 0.070 0.100 0.085 0.101 0.081 0.068 28 K 0.183 0.280 0.049 0.208 0.164 0.053 0.031 0.013 0.010 0.006 0.003 29 T 0.053 0.043 0.020 0.070 0.054 0.078 0.156 0.144 0.160 0.118 0.103 30 D 0.212 0.227 0.059 0.191 0.146 0.065 0.046 0.025 0.015 0.010 0.004 31 D 0.325 0.275 0.058 0.157 0.087 0.037 0.030 0.014 0.009 0.005 0.002 32 S 0.177 0.083 0.029 0.103 0.092 0.099 0.124 0.087 0.091 0.067 0.047 33 T 0.177 0.154 0.043 0.156 0.124 0.110 0.113 0.048 0.039 0.022 0.013 34 T 0.247 0.220 0.083 0.173 0.105 0.055 0.049 0.027 0.019 0.014 0.007 35 Y 0.105 0.069 0.035 0.104 0.109 0.155 0.160 0.106 0.075 0.047 0.033 36 T 0.236 0.244 0.066 0.220 0.118 0.051 0.033 0.014 0.009 0.006 0.003 37 V 0.042 0.026 0.018 0.046 0.063 0.091 0.164 0.190 0.156 0.114 0.092 38 T 0.197 0.262 0.100 0.210 0.123 0.050 0.028 0.013 0.009 0.006 0.002 39 I 0.010 0.008 0.012 0.028 0.026 0.049 0.109 0.152 0.199 0.211 0.196 40 P 0.151 0.154 0.071 0.182 0.162 0.090 0.080 0.041 0.033 0.024 0.014 41 D 0.165 0.235 0.072 0.165 0.129 0.073 0.068 0.033 0.031 0.019 0.009 42 G 0.145 0.064 0.038 0.102 0.104 0.099 0.130 0.093 0.101 0.070 0.054 43 Y 0.013 0.015 0.012 0.039 0.057 0.091 0.165 0.168 0.185 0.155 0.099 44 E 0.041 0.082 0.071 0.218 0.161 0.127 0.128 0.078 0.052 0.029 0.014 45 Y 0.008 0.013 0.018 0.034 0.042 0.054 0.148 0.177 0.209 0.168 0.129 46 V 0.014 0.016 0.019 0.045 0.044 0.067 0.147 0.149 0.191 0.158 0.151 47 G 0.063 0.061 0.059 0.170 0.142 0.136 0.148 0.080 0.062 0.045 0.033 48 T 0.111 0.106 0.061 0.159 0.153 0.117 0.118 0.069 0.051 0.033 0.022 49 D 0.326 0.247 0.044 0.148 0.104 0.044 0.039 0.020 0.014 0.009 0.005 50 G 0.250 0.078 0.020 0.070 0.070 0.073 0.112 0.100 0.098 0.071 0.057 51 G 0.148 0.155 0.044 0.158 0.138 0.117 0.105 0.054 0.041 0.027 0.014 52 V 0.039 0.060 0.033 0.112 0.102 0.120 0.172 0.130 0.116 0.073 0.044 53 V 0.015 0.015 0.011 0.027 0.037 0.059 0.132 0.201 0.190 0.176 0.139 54 S 0.049 0.074 0.042 0.142 0.130 0.118 0.146 0.103 0.085 0.066 0.045 55 S 0.082 0.081 0.041 0.081 0.077 0.085 0.116 0.110 0.121 0.114 0.094 56 D 0.194 0.201 0.043 0.199 0.152 0.073 0.066 0.029 0.020 0.014 0.009 57 G 0.363 0.120 0.025 0.094 0.085 0.063 0.070 0.057 0.052 0.038 0.033 58 K 0.169 0.301 0.040 0.201 0.139 0.070 0.043 0.015 0.011 0.007 0.004 59 T 0.179 0.156 0.041 0.211 0.145 0.095 0.076 0.039 0.028 0.017 0.013 60 V 0.006 0.009 0.006 0.021 0.032 0.069 0.135 0.196 0.193 0.175 0.158 61 T 0.038 0.159 0.064 0.380 0.214 0.083 0.037 0.012 0.007 0.004 0.002 62 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.027 0.090 0.183 0.288 0.396 63 T 0.044 0.098 0.060 0.361 0.269 0.077 0.044 0.018 0.014 0.010 0.004 64 F 0.002 0.003 0.005 0.008 0.006 0.012 0.034 0.085 0.209 0.308 0.328 65 A 0.029 0.069 0.040 0.197 0.182 0.141 0.136 0.069 0.062 0.048 0.027 66 A 0.136 0.134 0.060 0.123 0.094 0.086 0.116 0.072 0.081 0.062 0.037 67 D 0.297 0.171 0.044 0.145 0.113 0.075 0.064 0.034 0.026 0.019 0.012 68 D 0.147 0.127 0.037 0.131 0.099 0.092 0.131 0.079 0.070 0.051 0.036 69 S 0.178 0.131 0.031 0.127 0.124 0.093 0.106 0.081 0.059 0.036 0.033 70 D 0.331 0.245 0.060 0.147 0.086 0.057 0.039 0.016 0.010 0.006 0.003 71 N 0.081 0.077 0.041 0.205 0.199 0.176 0.116 0.051 0.032 0.015 0.008 72 V 0.003 0.003 0.004 0.008 0.015 0.027 0.079 0.190 0.223 0.226 0.222 73 V 0.007 0.030 0.039 0.113 0.141 0.159 0.177 0.121 0.094 0.082 0.036 74 I 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.013 0.044 0.132 0.229 0.301 0.253 75 H 0.007 0.015 0.036 0.077 0.086 0.087 0.173 0.142 0.163 0.136 0.079 76 L 0.005 0.008 0.019 0.021 0.021 0.033 0.091 0.122 0.219 0.252 0.208 77 K 0.013 0.032 0.036 0.100 0.112 0.143 0.192 0.140 0.110 0.072 0.050 78 H 0.021 0.028 0.031 0.069 0.082 0.141 0.197 0.171 0.125 0.090 0.046 79 G 0.430 0.201 0.098 0.138 0.064 0.026 0.018 0.011 0.007 0.006 0.002