# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.080 0.770 2 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.958 3 E 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.071 0.833 4 D 0.039 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.006 0.121 0.552 5 A 0.172 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.020 0.037 0.250 6 T 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.721 0.001 0.125 0.106 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.855 0.001 0.012 0.115 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.932 0.001 0.020 0.020 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.246 0.037 0.568 0.001 0.014 0.098 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.006 0.890 0.001 0.016 0.062 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.147 0.013 0.317 0.175 0.123 0.021 0.055 0.001 0.033 0.077 12 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.160 0.007 0.018 0.011 0.002 0.001 0.210 0.001 0.056 0.527 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.381 0.084 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.311 0.103 14 K 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.033 0.411 0.318 15 G 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.908 0.070 16 G 0.366 0.004 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.479 0.043 0.077 17 A 0.074 0.006 0.088 0.010 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.625 0.165 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.009 0.110 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.043 0.750 19 V 0.003 0.001 0.001 0.002 0.049 0.431 0.208 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.025 0.158 20 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.097 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.526 0.001 0.098 0.238 21 D 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.247 0.003 0.079 0.624 22 I 0.048 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.488 0.002 0.051 0.389 23 V 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.417 0.001 0.157 0.391 24 T 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.352 0.003 0.070 0.532 25 V 0.020 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.589 0.004 0.081 0.252 26 T 0.020 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.004 0.002 0.005 0.007 0.007 0.264 0.007 0.257 0.405 27 G 0.043 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.006 0.011 0.007 0.005 0.199 0.017 0.119 0.571 28 K 0.132 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.004 0.035 0.023 0.014 0.008 0.130 0.014 0.276 0.328 29 T 0.017 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 0.004 0.156 0.702 30 D 0.032 0.011 0.002 0.002 0.012 0.005 0.005 0.002 0.054 0.054 0.015 0.008 0.006 0.005 0.005 0.004 0.126 0.009 0.110 0.534 31 D 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.178 0.738 32 S 0.080 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.447 0.394 33 T 0.462 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.042 0.154 0.234 34 T 0.045 0.022 0.008 0.005 0.008 0.004 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.013 0.258 0.508 35 Y 0.016 0.004 0.004 0.002 0.039 0.014 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.168 0.009 0.156 0.563 36 T 0.021 0.004 0.003 0.003 0.005 0.038 0.031 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.113 0.009 0.126 0.618 37 V 0.056 0.005 0.005 0.003 0.005 0.005 0.027 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.037 0.014 0.008 0.450 0.009 0.079 0.259 38 T 0.013 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.002 0.001 0.008 0.002 0.012 0.008 0.004 0.004 0.307 0.003 0.117 0.492 39 I 0.009 0.005 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 0.005 0.035 0.043 0.016 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.566 0.003 0.060 0.223 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.011 0.961 41 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.002 0.081 0.707 42 G 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.025 0.082 0.404 43 Y 0.294 0.006 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.208 0.013 0.115 0.330 44 E 0.009 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.010 0.006 0.755 0.003 0.042 0.117 45 Y 0.006 0.004 0.001 0.001 0.018 0.047 0.014 0.011 0.002 0.001 0.006 0.008 0.087 0.257 0.149 0.052 0.106 0.003 0.043 0.183 46 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.034 0.007 0.221 0.133 0.021 0.012 0.431 0.002 0.016 0.103 47 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.473 0.095 0.008 0.034 0.008 0.005 0.004 0.090 0.002 0.046 0.197 48 T 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.026 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.006 0.087 0.413 49 D 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.005 0.198 0.695 50 G 0.218 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.160 0.079 0.474 51 G 0.304 0.002 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.019 0.343 0.260 52 V 0.006 0.001 0.003 0.006 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 0.002 0.090 0.804 53 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.206 0.174 0.041 0.016 0.001 0.001 0.010 0.004 0.137 0.101 0.063 0.014 0.056 0.001 0.052 0.117 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.033 0.003 0.001 0.024 0.005 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.065 0.001 0.030 0.802 55 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.579 0.125 0.010 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.082 0.001 0.051 0.127 56 D 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.003 0.080 0.733 57 G 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.015 0.182 0.661 58 K 0.646 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.022 0.108 0.139 59 T 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.001 0.153 0.639 60 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.529 0.028 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.359 0.001 0.024 0.037 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.095 0.075 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.412 0.001 0.046 0.328 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.913 0.001 0.009 0.058 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.015 0.009 0.872 0.001 0.037 0.039 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.021 0.023 0.009 0.774 0.001 0.021 0.129 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.008 0.004 0.026 0.038 0.058 0.020 0.716 0.001 0.052 0.062 66 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.038 0.011 0.031 0.026 0.008 0.004 0.247 0.001 0.090 0.505 67 D 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.045 0.113 0.007 0.052 0.009 0.004 0.002 0.126 0.005 0.164 0.448 68 D 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.009 0.156 0.684 69 S 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.007 0.454 0.365 70 D 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.021 0.127 0.705 71 N 0.091 0.003 0.004 0.002 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.024 0.415 0.288 72 V 0.248 0.002 0.019 0.006 0.013 0.011 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.018 0.158 0.144 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.001 0.046 0.038 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.029 0.045 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.784 0.001 0.022 0.043 75 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.006 0.921 0.001 0.010 0.033 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 0.015 0.006 0.870 0.001 0.024 0.059 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.839 0.001 0.029 0.107 78 H 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.007 0.010 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.412 0.004 0.163 0.338 79 G 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.011 0.089 0.691