# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.002 0.001 0.012 0.011 0.019 0.072 0.001 0.001 0.001 0.862 2 D 0.014 0.001 0.001 0.008 0.009 0.016 0.052 0.001 0.001 0.001 0.899 3 E 0.034 0.001 0.001 0.023 0.019 0.025 0.147 0.001 0.001 0.003 0.745 4 D 0.058 0.001 0.001 0.040 0.049 0.056 0.184 0.001 0.001 0.007 0.603 5 A 0.135 0.003 0.001 0.103 0.245 0.322 0.035 0.001 0.001 0.007 0.146 6 T 0.029 0.001 0.002 0.264 0.213 0.252 0.071 0.001 0.001 0.010 0.158 7 I 0.009 0.001 0.001 0.249 0.288 0.365 0.014 0.001 0.001 0.003 0.070 8 T 0.001 0.001 0.001 0.340 0.207 0.416 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.185 0.289 0.461 0.014 0.001 0.001 0.001 0.047 10 V 0.002 0.001 0.001 0.214 0.351 0.369 0.010 0.001 0.001 0.002 0.051 11 D 0.003 0.001 0.001 0.012 0.306 0.651 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 12 D 0.005 0.001 0.001 0.034 0.083 0.250 0.199 0.001 0.001 0.005 0.422 13 D 0.038 0.001 0.001 0.013 0.019 0.035 0.630 0.001 0.001 0.031 0.233 14 K 0.076 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.488 0.001 0.001 0.201 0.222 15 G 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.822 0.001 0.001 0.028 0.122 16 G 0.286 0.003 0.007 0.010 0.015 0.018 0.186 0.002 0.001 0.276 0.196 17 A 0.257 0.003 0.072 0.018 0.040 0.045 0.239 0.001 0.001 0.010 0.315 18 Q 0.017 0.001 0.003 0.019 0.068 0.102 0.186 0.001 0.001 0.002 0.601 19 V 0.030 0.001 0.001 0.023 0.138 0.579 0.017 0.001 0.001 0.001 0.211 20 G 0.014 0.005 0.001 0.079 0.177 0.321 0.101 0.001 0.001 0.004 0.299 21 D 0.022 0.002 0.001 0.037 0.085 0.093 0.098 0.001 0.001 0.003 0.657 22 I 0.032 0.004 0.001 0.053 0.224 0.426 0.037 0.001 0.001 0.003 0.221 23 V 0.011 0.004 0.001 0.078 0.178 0.236 0.185 0.001 0.001 0.006 0.302 24 T 0.023 0.004 0.001 0.062 0.157 0.237 0.070 0.001 0.001 0.005 0.441 25 V 0.043 0.011 0.001 0.116 0.180 0.328 0.050 0.001 0.001 0.005 0.266 26 T 0.017 0.010 0.001 0.083 0.092 0.129 0.180 0.001 0.001 0.008 0.479 27 G 0.059 0.008 0.003 0.062 0.070 0.114 0.101 0.004 0.001 0.022 0.558 28 K 0.177 0.006 0.015 0.048 0.048 0.067 0.138 0.003 0.001 0.006 0.491 29 T 0.046 0.002 0.003 0.025 0.041 0.066 0.177 0.001 0.001 0.003 0.635 30 D 0.050 0.003 0.002 0.028 0.065 0.165 0.094 0.001 0.001 0.004 0.590 31 D 0.031 0.003 0.001 0.021 0.018 0.033 0.208 0.001 0.001 0.008 0.677 32 S 0.118 0.005 0.002 0.021 0.020 0.030 0.475 0.001 0.001 0.016 0.312 33 T 0.233 0.022 0.003 0.037 0.062 0.082 0.205 0.002 0.001 0.031 0.322 34 T 0.060 0.012 0.006 0.032 0.073 0.109 0.176 0.002 0.001 0.009 0.521 35 Y 0.033 0.007 0.003 0.037 0.135 0.172 0.098 0.001 0.001 0.005 0.508 36 T 0.041 0.005 0.002 0.029 0.080 0.146 0.113 0.001 0.001 0.004 0.579 37 V 0.054 0.006 0.002 0.063 0.235 0.292 0.047 0.001 0.001 0.003 0.298 38 T 0.010 0.002 0.001 0.037 0.050 0.157 0.049 0.001 0.001 0.001 0.692 39 I 0.036 0.002 0.001 0.076 0.255 0.444 0.032 0.001 0.001 0.002 0.153 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.981 41 D 0.002 0.001 0.001 0.007 0.061 0.117 0.051 0.001 0.001 0.001 0.760 42 G 0.051 0.003 0.001 0.026 0.082 0.115 0.086 0.001 0.001 0.023 0.612 43 Y 0.438 0.003 0.005 0.019 0.068 0.097 0.094 0.001 0.001 0.011 0.264 44 E 0.085 0.007 0.001 0.043 0.221 0.218 0.117 0.001 0.001 0.006 0.302 45 Y 0.014 0.009 0.001 0.034 0.206 0.272 0.078 0.001 0.001 0.001 0.386 46 V 0.020 0.013 0.001 0.070 0.254 0.421 0.028 0.001 0.001 0.002 0.191 47 G 0.026 0.010 0.001 0.034 0.265 0.370 0.046 0.001 0.001 0.002 0.245 48 T 0.020 0.009 0.001 0.032 0.167 0.216 0.074 0.002 0.001 0.002 0.478 49 D 0.021 0.004 0.001 0.025 0.098 0.216 0.075 0.001 0.001 0.004 0.556 50 G 0.081 0.004 0.004 0.034 0.044 0.067 0.165 0.002 0.001 0.053 0.544 51 G 0.221 0.003 0.013 0.053 0.047 0.044 0.250 0.002 0.001 0.018 0.347 52 V 0.037 0.001 0.003 0.034 0.036 0.061 0.104 0.001 0.001 0.002 0.721 53 V 0.033 0.002 0.003 0.098 0.221 0.400 0.048 0.001 0.001 0.002 0.192 54 S 0.014 0.001 0.001 0.036 0.078 0.155 0.058 0.001 0.001 0.001 0.657 55 S 0.012 0.001 0.001 0.036 0.120 0.253 0.091 0.001 0.001 0.002 0.483 56 D 0.025 0.003 0.001 0.040 0.060 0.094 0.198 0.001 0.001 0.014 0.565 57 G 0.073 0.002 0.001 0.020 0.023 0.034 0.366 0.001 0.001 0.030 0.449 58 K 0.264 0.003 0.004 0.044 0.064 0.062 0.259 0.001 0.001 0.022 0.276 59 T 0.034 0.001 0.003 0.026 0.071 0.083 0.120 0.001 0.001 0.003 0.658 60 V 0.020 0.001 0.001 0.036 0.305 0.579 0.010 0.001 0.001 0.001 0.046 61 T 0.012 0.001 0.001 0.112 0.176 0.276 0.106 0.001 0.001 0.003 0.314 62 I 0.009 0.001 0.001 0.062 0.330 0.514 0.013 0.001 0.001 0.001 0.069 63 T 0.002 0.001 0.001 0.219 0.265 0.413 0.032 0.001 0.001 0.002 0.067 64 F 0.003 0.001 0.001 0.128 0.238 0.384 0.039 0.001 0.001 0.002 0.205 65 A 0.006 0.002 0.001 0.175 0.242 0.443 0.027 0.001 0.001 0.004 0.099 66 A 0.010 0.002 0.001 0.046 0.126 0.189 0.121 0.001 0.001 0.003 0.502 67 D 0.022 0.002 0.001 0.037 0.084 0.154 0.128 0.002 0.001 0.007 0.561 68 D 0.137 0.001 0.002 0.022 0.032 0.058 0.159 0.001 0.001 0.012 0.575 69 S 0.092 0.001 0.003 0.019 0.036 0.044 0.304 0.001 0.001 0.013 0.488 70 D 0.049 0.001 0.001 0.019 0.040 0.046 0.189 0.001 0.001 0.050 0.604 71 N 0.118 0.001 0.007 0.032 0.034 0.037 0.395 0.001 0.001 0.038 0.337 72 V 0.188 0.001 0.003 0.104 0.193 0.193 0.193 0.001 0.001 0.013 0.112 73 V 0.017 0.001 0.003 0.181 0.176 0.306 0.082 0.001 0.001 0.003 0.231 74 I 0.002 0.001 0.001 0.204 0.319 0.449 0.006 0.001 0.001 0.001 0.018 75 H 0.002 0.001 0.001 0.199 0.218 0.438 0.017 0.001 0.001 0.001 0.124 76 L 0.001 0.001 0.001 0.184 0.297 0.467 0.010 0.001 0.001 0.002 0.037 77 K 0.003 0.004 0.001 0.124 0.170 0.306 0.118 0.001 0.001 0.003 0.272 78 H 0.020 0.004 0.001 0.082 0.077 0.156 0.159 0.001 0.001 0.013 0.485 79 G 0.049 0.006 0.002 0.047 0.045 0.084 0.226 0.001 0.001 0.026 0.514