# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.004 0.012 0.018 0.030 0.062 0.004 0.848 2 D 0.009 0.006 0.010 0.026 0.036 0.043 0.003 0.866 3 E 0.034 0.004 0.019 0.037 0.050 0.077 0.010 0.769 4 D 0.074 0.006 0.030 0.051 0.061 0.197 0.016 0.566 5 A 0.206 0.006 0.131 0.176 0.202 0.112 0.016 0.151 6 T 0.046 0.003 0.115 0.233 0.320 0.096 0.004 0.182 7 I 0.005 0.001 0.119 0.404 0.411 0.013 0.002 0.046 8 T 0.003 0.001 0.062 0.347 0.485 0.016 0.001 0.086 9 Y 0.001 0.001 0.038 0.379 0.486 0.017 0.001 0.079 10 V 0.002 0.001 0.044 0.366 0.455 0.034 0.001 0.098 11 D 0.001 0.001 0.023 0.323 0.394 0.037 0.001 0.220 12 D 0.007 0.001 0.013 0.094 0.237 0.099 0.002 0.548 13 D 0.025 0.001 0.007 0.039 0.085 0.373 0.006 0.463 14 K 0.059 0.003 0.005 0.019 0.018 0.489 0.020 0.386 15 G 0.044 0.017 0.010 0.027 0.016 0.519 0.043 0.324 16 G 0.210 0.026 0.040 0.056 0.043 0.130 0.088 0.407 17 A 0.186 0.005 0.047 0.057 0.138 0.368 0.007 0.193 18 Q 0.011 0.002 0.011 0.089 0.149 0.087 0.003 0.649 19 V 0.022 0.003 0.031 0.211 0.572 0.037 0.002 0.122 20 G 0.005 0.002 0.018 0.181 0.231 0.041 0.002 0.519 21 D 0.017 0.002 0.022 0.119 0.262 0.070 0.004 0.505 22 I 0.028 0.004 0.039 0.179 0.282 0.073 0.003 0.392 23 V 0.022 0.004 0.045 0.194 0.270 0.116 0.004 0.346 24 T 0.016 0.004 0.064 0.134 0.239 0.097 0.005 0.441 25 V 0.030 0.015 0.101 0.184 0.249 0.081 0.005 0.336 26 T 0.011 0.009 0.047 0.083 0.122 0.141 0.006 0.581 27 G 0.069 0.012 0.046 0.079 0.114 0.111 0.024 0.545 28 K 0.179 0.007 0.055 0.047 0.073 0.268 0.010 0.359 29 T 0.023 0.005 0.024 0.052 0.067 0.140 0.006 0.683 30 D 0.031 0.011 0.028 0.087 0.158 0.113 0.006 0.565 31 D 0.020 0.005 0.015 0.032 0.054 0.137 0.006 0.732 32 S 0.070 0.007 0.013 0.036 0.065 0.421 0.011 0.379 33 T 0.181 0.019 0.026 0.066 0.090 0.229 0.017 0.372 34 T 0.041 0.022 0.033 0.090 0.115 0.195 0.009 0.495 35 Y 0.040 0.012 0.055 0.121 0.193 0.142 0.012 0.424 36 T 0.049 0.008 0.031 0.096 0.173 0.130 0.006 0.506 37 V 0.033 0.008 0.090 0.285 0.354 0.043 0.006 0.181 38 T 0.016 0.007 0.045 0.121 0.224 0.050 0.005 0.533 39 I 0.015 0.004 0.140 0.289 0.342 0.029 0.005 0.175 40 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.004 0.001 0.979 41 D 0.005 0.002 0.037 0.077 0.216 0.119 0.004 0.539 42 G 0.126 0.006 0.045 0.064 0.082 0.075 0.021 0.580 43 Y 0.251 0.004 0.043 0.063 0.145 0.211 0.008 0.276 44 E 0.030 0.004 0.033 0.210 0.186 0.100 0.004 0.433 45 Y 0.036 0.007 0.029 0.184 0.326 0.061 0.003 0.353 46 V 0.027 0.006 0.042 0.307 0.301 0.035 0.004 0.278 47 G 0.016 0.007 0.034 0.252 0.339 0.043 0.005 0.304 48 T 0.025 0.008 0.037 0.139 0.306 0.084 0.006 0.394 49 D 0.008 0.003 0.009 0.026 0.049 0.090 0.007 0.809 50 G 0.097 0.011 0.019 0.072 0.060 0.130 0.050 0.561 51 G 0.347 0.004 0.048 0.070 0.062 0.245 0.024 0.200 52 V 0.022 0.001 0.022 0.060 0.080 0.085 0.002 0.727 53 V 0.014 0.002 0.044 0.326 0.428 0.049 0.001 0.134 54 S 0.005 0.002 0.023 0.166 0.235 0.039 0.001 0.529 55 S 0.012 0.004 0.022 0.104 0.294 0.077 0.003 0.484 56 D 0.036 0.003 0.012 0.034 0.069 0.306 0.012 0.527 57 G 0.142 0.007 0.012 0.045 0.030 0.274 0.062 0.430 58 K 0.351 0.005 0.056 0.062 0.059 0.295 0.028 0.144 59 T 0.024 0.002 0.055 0.088 0.132 0.169 0.005 0.525 60 V 0.012 0.001 0.064 0.320 0.511 0.044 0.002 0.045 61 T 0.008 0.001 0.050 0.219 0.450 0.047 0.001 0.222 62 I 0.003 0.001 0.066 0.316 0.561 0.014 0.001 0.039 63 T 0.003 0.001 0.068 0.390 0.470 0.015 0.001 0.052 64 F 0.003 0.002 0.061 0.291 0.507 0.026 0.002 0.108 65 A 0.008 0.002 0.083 0.267 0.513 0.049 0.001 0.077 66 A 0.013 0.004 0.045 0.167 0.298 0.104 0.005 0.364 67 D 0.030 0.004 0.028 0.067 0.143 0.133 0.011 0.583 68 D 0.109 0.003 0.014 0.026 0.037 0.184 0.030 0.596 69 S 0.072 0.002 0.016 0.022 0.024 0.506 0.021 0.335 70 D 0.039 0.004 0.030 0.056 0.048 0.194 0.022 0.607 71 N 0.076 0.002 0.042 0.045 0.085 0.525 0.011 0.213 72 V 0.061 0.002 0.267 0.192 0.223 0.169 0.005 0.081 73 V 0.005 0.001 0.241 0.294 0.385 0.029 0.001 0.045 74 I 0.001 0.001 0.237 0.282 0.458 0.004 0.001 0.018 75 H 0.001 0.001 0.288 0.244 0.427 0.005 0.001 0.034 76 L 0.001 0.001 0.352 0.205 0.402 0.010 0.001 0.029 77 K 0.004 0.003 0.216 0.204 0.377 0.079 0.003 0.114 78 H 0.016 0.003 0.143 0.073 0.211 0.086 0.010 0.459 79 G 0.059 0.003 0.069 0.040 0.074 0.101 0.016 0.639