# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.216 0.243 0.128 0.086 0.047 0.085 0.017 0.039 0.017 0.001 2 D 0.126 0.115 0.357 0.158 0.054 0.054 0.069 0.017 0.034 0.011 0.005 3 E 0.231 0.245 0.304 0.107 0.047 0.016 0.020 0.008 0.011 0.008 0.003 4 D 0.068 0.230 0.284 0.211 0.048 0.047 0.061 0.009 0.037 0.003 0.005 5 A 0.015 0.644 0.192 0.028 0.098 0.005 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 6 T 0.006 0.716 0.194 0.011 0.038 0.017 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 7 I 0.001 0.850 0.122 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 8 T 0.002 0.839 0.090 0.001 0.049 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 9 Y 0.012 0.523 0.314 0.005 0.060 0.054 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 10 V 0.050 0.662 0.173 0.019 0.043 0.026 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 11 D 0.102 0.202 0.314 0.070 0.092 0.099 0.026 0.006 0.078 0.009 0.002 12 D 0.556 0.076 0.126 0.141 0.027 0.033 0.012 0.009 0.009 0.011 0.001 13 D 0.367 0.076 0.096 0.302 0.030 0.020 0.051 0.010 0.025 0.022 0.001 14 K 0.479 0.024 0.073 0.346 0.011 0.005 0.042 0.009 0.004 0.005 0.002 15 G 0.014 0.002 0.013 0.124 0.008 0.002 0.558 0.252 0.002 0.027 0.001 16 G 0.003 0.002 0.015 0.005 0.018 0.002 0.074 0.728 0.002 0.151 0.001 17 A 0.035 0.243 0.659 0.017 0.021 0.009 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 18 Q 0.051 0.330 0.470 0.024 0.018 0.084 0.003 0.001 0.014 0.001 0.004 19 V 0.038 0.613 0.223 0.045 0.046 0.016 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 20 G 0.044 0.057 0.104 0.018 0.378 0.014 0.030 0.124 0.013 0.217 0.001 21 D 0.052 0.245 0.374 0.101 0.095 0.056 0.034 0.005 0.031 0.005 0.003 22 I 0.071 0.532 0.262 0.036 0.041 0.027 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 23 V 0.110 0.495 0.262 0.037 0.051 0.026 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 24 T 0.050 0.562 0.175 0.032 0.114 0.030 0.008 0.002 0.024 0.002 0.001 25 V 0.041 0.728 0.130 0.019 0.045 0.018 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 26 T 0.055 0.331 0.327 0.106 0.067 0.044 0.022 0.001 0.044 0.002 0.001 27 G 0.026 0.034 0.087 0.016 0.181 0.015 0.067 0.293 0.010 0.272 0.001 28 K 0.108 0.253 0.377 0.073 0.084 0.052 0.016 0.004 0.023 0.008 0.001 29 T 0.116 0.338 0.286 0.092 0.084 0.036 0.014 0.005 0.018 0.012 0.001 30 D 0.152 0.197 0.255 0.138 0.092 0.054 0.054 0.011 0.034 0.010 0.002 31 D 0.261 0.095 0.211 0.198 0.044 0.049 0.077 0.029 0.023 0.011 0.003 32 S 0.191 0.233 0.213 0.188 0.072 0.025 0.036 0.011 0.021 0.009 0.001 33 T 0.126 0.339 0.245 0.094 0.097 0.032 0.030 0.008 0.019 0.008 0.001 34 T 0.106 0.338 0.299 0.086 0.084 0.031 0.021 0.003 0.025 0.004 0.001 35 Y 0.081 0.406 0.237 0.083 0.117 0.022 0.024 0.006 0.017 0.004 0.001 36 T 0.054 0.496 0.269 0.053 0.062 0.026 0.013 0.003 0.024 0.001 0.001 37 V 0.017 0.809 0.109 0.008 0.041 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 T 0.022 0.669 0.195 0.012 0.027 0.057 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 39 I 0.003 0.523 0.220 0.001 0.032 0.016 0.001 0.001 0.204 0.001 0.001 40 P 0.166 0.007 0.744 0.011 0.002 0.025 0.002 0.001 0.005 0.001 0.037 41 D 0.092 0.063 0.184 0.491 0.029 0.012 0.094 0.016 0.013 0.003 0.001 42 G 0.004 0.002 0.007 0.004 0.027 0.002 0.045 0.803 0.001 0.105 0.001 43 Y 0.038 0.418 0.388 0.060 0.064 0.015 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 44 E 0.048 0.387 0.448 0.025 0.040 0.027 0.005 0.001 0.015 0.002 0.002 45 Y 0.054 0.410 0.376 0.032 0.051 0.038 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 46 V 0.024 0.715 0.153 0.035 0.048 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 47 G 0.032 0.053 0.213 0.010 0.168 0.033 0.028 0.122 0.021 0.321 0.001 48 T 0.149 0.459 0.212 0.052 0.088 0.014 0.004 0.001 0.015 0.006 0.001 49 D 0.067 0.063 0.233 0.330 0.030 0.040 0.185 0.011 0.025 0.011 0.004 50 G 0.008 0.003 0.015 0.010 0.045 0.001 0.064 0.690 0.001 0.162 0.001 51 G 0.060 0.085 0.375 0.065 0.132 0.018 0.076 0.101 0.014 0.074 0.001 52 V 0.028 0.362 0.491 0.037 0.028 0.028 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 53 V 0.012 0.764 0.156 0.007 0.032 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 54 S 0.056 0.156 0.632 0.023 0.035 0.055 0.004 0.002 0.031 0.005 0.002 55 S 0.188 0.382 0.145 0.058 0.162 0.018 0.009 0.006 0.020 0.012 0.001 56 D 0.078 0.087 0.257 0.283 0.043 0.041 0.154 0.013 0.032 0.009 0.003 57 G 0.016 0.011 0.037 0.014 0.059 0.005 0.096 0.554 0.004 0.203 0.001 58 K 0.091 0.241 0.414 0.112 0.074 0.016 0.023 0.007 0.012 0.008 0.002 59 T 0.018 0.474 0.319 0.055 0.069 0.023 0.015 0.003 0.020 0.002 0.002 60 V 0.004 0.794 0.136 0.007 0.044 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 61 T 0.002 0.823 0.124 0.003 0.029 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 62 I 0.001 0.893 0.067 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 63 T 0.003 0.795 0.119 0.001 0.042 0.018 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 64 F 0.010 0.690 0.171 0.006 0.065 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 A 0.035 0.542 0.249 0.020 0.090 0.038 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 66 A 0.132 0.271 0.254 0.080 0.109 0.049 0.040 0.013 0.034 0.015 0.002 67 D 0.119 0.192 0.253 0.170 0.064 0.036 0.084 0.017 0.051 0.012 0.001 68 D 0.128 0.130 0.174 0.268 0.047 0.071 0.113 0.032 0.023 0.011 0.001 69 S 0.139 0.251 0.288 0.098 0.096 0.025 0.029 0.012 0.029 0.031 0.001 70 D 0.426 0.061 0.202 0.196 0.035 0.012 0.034 0.011 0.005 0.008 0.010 71 N 0.030 0.126 0.109 0.253 0.052 0.024 0.325 0.043 0.034 0.003 0.002 72 V 0.005 0.774 0.175 0.012 0.018 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 73 V 0.003 0.785 0.183 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 74 I 0.001 0.848 0.118 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 75 H 0.004 0.632 0.233 0.002 0.035 0.050 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 76 L 0.029 0.383 0.471 0.006 0.036 0.038 0.002 0.001 0.031 0.002 0.001 77 K 0.108 0.521 0.238 0.028 0.054 0.026 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 78 H 0.071 0.187 0.351 0.153 0.088 0.047 0.053 0.006 0.036 0.007 0.002 79 G 0.043 0.018 0.050 0.017 0.132 0.008 0.055 0.336 0.005 0.337 0.001