# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.822 0.160 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 2 D 0.781 0.182 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 3 E 0.678 0.239 0.067 0.014 0.002 0.001 0.001 4 D 0.313 0.418 0.222 0.042 0.004 0.001 0.001 5 A 0.061 0.135 0.255 0.355 0.172 0.021 0.001 6 T 0.034 0.189 0.286 0.323 0.128 0.039 0.001 7 I 0.011 0.031 0.058 0.147 0.348 0.380 0.025 8 T 0.014 0.108 0.270 0.373 0.185 0.049 0.002 9 Y 0.008 0.029 0.065 0.146 0.377 0.344 0.031 10 V 0.016 0.091 0.277 0.294 0.236 0.082 0.004 11 D 0.097 0.224 0.285 0.242 0.124 0.027 0.001 12 D 0.249 0.375 0.224 0.112 0.035 0.005 0.001 13 D 0.493 0.298 0.132 0.058 0.018 0.002 0.001 14 K 0.689 0.247 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 15 G 0.739 0.220 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 16 G 0.379 0.274 0.214 0.108 0.023 0.002 0.001 17 A 0.538 0.345 0.088 0.023 0.005 0.001 0.001 18 Q 0.159 0.344 0.276 0.166 0.048 0.008 0.001 19 V 0.066 0.088 0.178 0.283 0.291 0.090 0.003 20 G 0.140 0.277 0.303 0.196 0.069 0.015 0.001 21 D 0.305 0.352 0.185 0.103 0.043 0.011 0.001 22 I 0.088 0.136 0.253 0.316 0.161 0.043 0.002 23 V 0.276 0.327 0.190 0.126 0.065 0.016 0.001 24 T 0.281 0.349 0.201 0.111 0.043 0.014 0.001 25 V 0.118 0.105 0.178 0.273 0.250 0.071 0.005 26 T 0.337 0.363 0.183 0.079 0.029 0.008 0.001 27 G 0.248 0.206 0.232 0.193 0.091 0.028 0.002 28 K 0.355 0.286 0.202 0.108 0.038 0.011 0.001 29 T 0.291 0.190 0.187 0.186 0.106 0.038 0.003 30 D 0.461 0.247 0.157 0.088 0.036 0.011 0.001 31 D 0.558 0.268 0.105 0.049 0.015 0.005 0.001 32 S 0.474 0.229 0.142 0.094 0.046 0.013 0.001 33 T 0.500 0.268 0.129 0.068 0.027 0.008 0.001 34 T 0.483 0.271 0.146 0.068 0.024 0.007 0.001 35 Y 0.316 0.238 0.207 0.158 0.063 0.017 0.001 36 T 0.371 0.352 0.162 0.073 0.031 0.010 0.001 37 V 0.090 0.110 0.201 0.316 0.205 0.072 0.005 38 T 0.164 0.371 0.255 0.130 0.060 0.020 0.001 39 I 0.049 0.075 0.127 0.292 0.277 0.164 0.016 40 P 0.130 0.194 0.241 0.234 0.148 0.050 0.004 41 D 0.253 0.305 0.221 0.140 0.056 0.021 0.002 42 G 0.223 0.259 0.185 0.165 0.112 0.046 0.009 43 Y 0.036 0.074 0.123 0.227 0.305 0.206 0.029 44 E 0.059 0.177 0.233 0.226 0.183 0.108 0.015 45 Y 0.042 0.070 0.120 0.197 0.278 0.249 0.044 46 V 0.055 0.108 0.178 0.287 0.239 0.116 0.015 47 G 0.134 0.202 0.277 0.228 0.119 0.037 0.003 48 T 0.239 0.279 0.239 0.164 0.062 0.016 0.001 49 D 0.515 0.327 0.085 0.044 0.022 0.006 0.001 50 G 0.294 0.248 0.190 0.160 0.076 0.028 0.004 51 G 0.181 0.229 0.261 0.221 0.076 0.030 0.003 52 V 0.133 0.186 0.222 0.213 0.159 0.079 0.008 53 V 0.066 0.084 0.128 0.206 0.281 0.208 0.027 54 S 0.094 0.187 0.243 0.233 0.164 0.073 0.007 55 S 0.133 0.197 0.228 0.234 0.157 0.047 0.004 56 D 0.512 0.350 0.093 0.031 0.010 0.003 0.001 57 G 0.386 0.303 0.184 0.092 0.026 0.007 0.001 58 K 0.209 0.273 0.255 0.181 0.063 0.017 0.002 59 T 0.078 0.259 0.265 0.226 0.119 0.048 0.005 60 V 0.010 0.038 0.094 0.257 0.361 0.218 0.021 61 T 0.016 0.127 0.282 0.355 0.159 0.058 0.004 62 I 0.003 0.011 0.020 0.062 0.271 0.552 0.080 63 T 0.005 0.067 0.216 0.407 0.227 0.073 0.005 64 F 0.004 0.016 0.032 0.099 0.302 0.484 0.064 65 A 0.013 0.081 0.235 0.331 0.240 0.094 0.006 66 A 0.074 0.178 0.280 0.276 0.146 0.044 0.002 67 D 0.200 0.318 0.268 0.149 0.053 0.011 0.001 68 D 0.364 0.295 0.158 0.113 0.055 0.014 0.001 69 S 0.416 0.284 0.157 0.091 0.040 0.011 0.001 70 D 0.470 0.327 0.131 0.052 0.015 0.004 0.001 71 N 0.256 0.325 0.216 0.123 0.059 0.018 0.003 72 V 0.026 0.052 0.099 0.207 0.332 0.242 0.042 73 V 0.020 0.057 0.120 0.212 0.245 0.281 0.064 74 I 0.013 0.024 0.046 0.094 0.203 0.445 0.174 75 H 0.022 0.064 0.122 0.167 0.248 0.285 0.092 76 L 0.020 0.043 0.090 0.189 0.276 0.307 0.075 77 K 0.069 0.157 0.222 0.249 0.190 0.101 0.013 78 H 0.239 0.206 0.202 0.192 0.112 0.045 0.004 79 G 0.703 0.220 0.051 0.018 0.006 0.002 0.001