# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.038 0.034 0.126 0.001 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.021 0.121 0.070 0.143 0.334 0.001 2 D 0.003 0.003 0.059 0.048 0.103 0.002 0.051 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.026 0.094 0.052 0.213 0.308 0.001 3 E 0.005 0.005 0.076 0.065 0.127 0.002 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.063 0.028 0.298 0.044 0.071 0.135 0.001 4 D 0.019 0.032 0.068 0.067 0.227 0.002 0.202 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.009 0.041 0.054 0.032 0.059 0.085 0.073 0.006 5 A 0.076 0.077 0.169 0.102 0.156 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.026 0.027 0.089 0.094 0.015 0.029 0.040 0.038 0.013 6 T 0.160 0.242 0.070 0.053 0.128 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.046 0.050 0.088 0.056 0.003 0.007 0.007 0.006 0.041 7 I 0.277 0.260 0.037 0.040 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.040 0.075 0.073 0.036 0.034 0.001 0.001 0.003 0.002 0.034 8 T 0.255 0.343 0.046 0.031 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.022 0.072 0.069 0.064 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 9 Y 0.284 0.249 0.021 0.050 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.056 0.105 0.056 0.018 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 10 V 0.278 0.259 0.046 0.071 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.024 0.081 0.026 0.058 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 11 D 0.172 0.168 0.096 0.257 0.132 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.037 0.006 0.019 0.023 0.002 0.004 0.016 0.019 0.005 12 D 0.069 0.052 0.064 0.108 0.415 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.003 0.058 0.023 0.080 0.025 0.019 0.051 0.002 13 D 0.027 0.036 0.130 0.292 0.118 0.006 0.049 0.009 0.006 0.005 0.004 0.002 0.006 0.001 0.022 0.006 0.034 0.029 0.104 0.111 0.001 14 K 0.015 0.009 0.063 0.059 0.224 0.006 0.052 0.009 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.008 0.361 0.032 0.037 0.097 0.001 15 G 0.009 0.016 0.048 0.081 0.076 0.006 0.511 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.003 0.079 0.060 0.025 0.052 0.002 16 G 0.019 0.033 0.023 0.022 0.481 0.003 0.152 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.021 0.015 0.136 0.039 0.030 0.002 17 A 0.018 0.018 0.562 0.322 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.017 0.001 0.006 0.004 0.016 0.013 0.001 18 Q 0.016 0.022 0.004 0.009 0.890 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.007 0.012 0.008 0.003 19 V 0.019 0.021 0.329 0.392 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.117 0.003 0.004 0.002 0.043 0.038 0.001 20 G 0.015 0.020 0.021 0.051 0.483 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.013 0.042 0.188 0.018 0.026 0.090 0.003 21 D 0.016 0.020 0.067 0.106 0.193 0.011 0.172 0.009 0.002 0.001 0.007 0.005 0.011 0.003 0.040 0.024 0.029 0.075 0.108 0.097 0.002 22 I 0.013 0.013 0.106 0.086 0.175 0.001 0.039 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.006 0.101 0.033 0.121 0.061 0.107 0.107 0.004 23 V 0.022 0.026 0.120 0.091 0.177 0.005 0.061 0.015 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.006 0.068 0.024 0.110 0.030 0.075 0.144 0.004 24 T 0.024 0.034 0.083 0.101 0.206 0.007 0.081 0.013 0.003 0.001 0.007 0.006 0.014 0.016 0.074 0.038 0.056 0.065 0.078 0.087 0.005 25 V 0.027 0.024 0.097 0.149 0.147 0.002 0.020 0.009 0.002 0.001 0.006 0.006 0.014 0.012 0.103 0.044 0.091 0.021 0.100 0.122 0.004 26 T 0.013 0.020 0.050 0.072 0.210 0.003 0.073 0.009 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.017 0.065 0.033 0.156 0.033 0.054 0.165 0.004 27 G 0.015 0.021 0.061 0.061 0.156 0.006 0.156 0.009 0.003 0.001 0.004 0.003 0.007 0.007 0.054 0.048 0.061 0.089 0.104 0.132 0.003 28 K 0.012 0.011 0.139 0.128 0.092 0.003 0.031 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.007 0.093 0.027 0.147 0.052 0.088 0.147 0.003 29 T 0.010 0.013 0.043 0.056 0.293 0.003 0.046 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.021 0.030 0.057 0.049 0.140 0.208 0.003 30 D 0.010 0.010 0.137 0.126 0.085 0.003 0.026 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.069 0.020 0.079 0.038 0.149 0.226 0.001 31 D 0.008 0.009 0.047 0.080 0.208 0.006 0.053 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.026 0.022 0.298 0.047 0.058 0.110 0.001 32 S 0.011 0.013 0.069 0.095 0.159 0.011 0.227 0.023 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.021 0.014 0.067 0.066 0.089 0.119 0.001 33 T 0.011 0.015 0.114 0.140 0.169 0.003 0.066 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.011 0.102 0.070 0.109 0.144 0.001 34 T 0.014 0.016 0.061 0.081 0.297 0.004 0.072 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.019 0.019 0.115 0.045 0.090 0.146 0.002 35 Y 0.019 0.029 0.109 0.185 0.180 0.005 0.104 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.026 0.014 0.078 0.056 0.063 0.111 0.002 36 T 0.024 0.030 0.073 0.087 0.465 0.003 0.054 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.001 0.022 0.038 0.034 0.052 0.049 0.045 0.003 37 V 0.024 0.027 0.313 0.289 0.110 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.002 0.036 0.009 0.012 0.015 0.056 0.067 0.004 38 T 0.016 0.016 0.047 0.053 0.624 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.015 0.037 0.010 0.021 0.062 0.081 0.002 39 I 0.010 0.006 0.224 0.242 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.072 0.007 0.014 0.003 0.088 0.292 0.001 40 P 0.008 0.007 0.025 0.047 0.297 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.013 0.161 0.010 0.081 0.330 0.001 41 D 0.011 0.010 0.043 0.028 0.107 0.003 0.377 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.041 0.019 0.260 0.025 0.016 0.037 0.001 42 G 0.023 0.032 0.073 0.075 0.066 0.002 0.472 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.004 0.037 0.008 0.033 0.086 0.022 0.023 0.004 43 Y 0.113 0.134 0.064 0.060 0.364 0.001 0.040 0.019 0.001 0.001 0.009 0.008 0.021 0.005 0.017 0.032 0.017 0.025 0.030 0.033 0.008 44 E 0.140 0.183 0.268 0.253 0.054 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.006 0.015 0.002 0.031 0.003 0.006 0.004 0.005 0.006 0.003 45 Y 0.182 0.144 0.025 0.092 0.446 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.031 0.002 0.005 0.012 0.004 0.005 0.009 0.004 0.006 46 V 0.093 0.112 0.190 0.264 0.128 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.014 0.003 0.065 0.008 0.010 0.008 0.023 0.049 0.003 47 G 0.035 0.043 0.067 0.144 0.384 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.015 0.020 0.030 0.028 0.087 0.119 0.002 48 T 0.013 0.007 0.125 0.127 0.119 0.003 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.005 0.191 0.012 0.078 0.278 0.001 49 D 0.003 0.006 0.017 0.040 0.142 0.002 0.260 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.008 0.279 0.039 0.050 0.131 0.001 50 G 0.004 0.005 0.013 0.011 0.168 0.001 0.569 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.034 0.094 0.022 0.027 0.001 51 G 0.011 0.010 0.515 0.253 0.018 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.035 0.004 0.008 0.028 0.040 0.042 0.001 52 V 0.014 0.012 0.016 0.017 0.832 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.003 0.019 0.004 0.011 0.032 0.024 0.003 53 V 0.016 0.010 0.419 0.323 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.079 0.003 0.003 0.002 0.045 0.070 0.001 54 S 0.015 0.014 0.035 0.086 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.026 0.036 0.008 0.078 0.146 0.001 55 S 0.009 0.005 0.108 0.179 0.124 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.040 0.009 0.229 0.010 0.063 0.190 0.001 56 D 0.004 0.008 0.015 0.033 0.139 0.001 0.486 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.005 0.195 0.033 0.017 0.047 0.001 57 G 0.016 0.020 0.032 0.017 0.171 0.001 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.015 0.064 0.017 0.018 0.001 58 K 0.050 0.047 0.495 0.285 0.022 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.002 0.007 0.011 0.014 0.019 0.002 59 T 0.149 0.195 0.012 0.013 0.553 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.018 0.002 0.003 0.013 0.002 0.002 0.007 0.004 0.012 60 V 0.248 0.200 0.248 0.146 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.032 0.007 0.065 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 61 T 0.243 0.352 0.008 0.018 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.025 0.064 0.024 0.008 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 62 I 0.286 0.264 0.029 0.042 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.055 0.123 0.054 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 63 T 0.223 0.269 0.034 0.048 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.031 0.133 0.073 0.040 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 64 F 0.225 0.185 0.037 0.059 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.034 0.066 0.053 0.086 0.055 0.003 0.003 0.009 0.008 0.017 65 A 0.063 0.067 0.073 0.115 0.098 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.014 0.033 0.080 0.278 0.061 0.023 0.007 0.022 0.040 0.006 66 A 0.028 0.031 0.055 0.100 0.231 0.003 0.034 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 0.016 0.017 0.080 0.064 0.098 0.025 0.058 0.144 0.003 67 D 0.009 0.009 0.070 0.061 0.113 0.004 0.131 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.061 0.028 0.162 0.062 0.081 0.187 0.001 68 D 0.006 0.007 0.061 0.062 0.121 0.004 0.127 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.018 0.156 0.123 0.105 0.160 0.001 69 S 0.010 0.009 0.109 0.089 0.128 0.002 0.036 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.013 0.100 0.055 0.166 0.242 0.001 70 D 0.019 0.027 0.085 0.085 0.159 0.004 0.063 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.036 0.020 0.315 0.040 0.034 0.088 0.003 71 N 0.075 0.147 0.060 0.079 0.169 0.006 0.175 0.005 0.003 0.001 0.016 0.008 0.024 0.015 0.039 0.039 0.025 0.050 0.026 0.024 0.015 72 V 0.193 0.273 0.092 0.060 0.087 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.024 0.016 0.047 0.050 0.053 0.033 0.004 0.009 0.010 0.008 0.029 73 V 0.266 0.378 0.051 0.025 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.025 0.063 0.043 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 74 I 0.352 0.316 0.009 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.035 0.117 0.043 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 75 H 0.286 0.414 0.012 0.020 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.085 0.045 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 76 L 0.276 0.335 0.011 0.034 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.037 0.074 0.074 0.026 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 77 K 0.174 0.206 0.039 0.110 0.100 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.021 0.018 0.079 0.076 0.103 0.031 0.011 0.004 0.005 0.006 0.009 78 H 0.068 0.089 0.048 0.093 0.195 0.002 0.051 0.002 0.003 0.001 0.007 0.008 0.028 0.023 0.079 0.076 0.041 0.024 0.045 0.110 0.006 79 G 0.015 0.016 0.053 0.041 0.159 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.122 0.064 0.102 0.107 0.085 0.164 0.002