# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47791 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.025 0.707 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.016 0.112 0.018 0.064 0.040 2 D 0.001 0.007 0.829 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.071 0.018 0.008 0.041 3 E 0.002 0.008 0.344 0.031 0.034 0.006 0.001 0.001 0.017 0.272 0.202 0.064 0.020 4 D 0.011 0.009 0.425 0.040 0.029 0.002 0.004 0.002 0.036 0.105 0.132 0.015 0.189 5 A 0.053 0.005 0.202 0.048 0.004 0.001 0.012 0.008 0.136 0.070 0.003 0.410 0.047 6 T 0.123 0.004 0.047 0.015 0.001 0.001 0.082 0.037 0.214 0.007 0.002 0.037 0.432 7 I 0.357 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.128 0.082 0.149 0.001 0.001 0.181 0.079 8 T 0.398 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 0.208 0.070 0.082 0.001 0.001 0.089 0.102 9 Y 0.464 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.053 0.026 0.074 0.001 0.001 0.292 0.082 10 V 0.494 0.004 0.022 0.022 0.001 0.001 0.075 0.011 0.056 0.002 0.001 0.045 0.268 11 D 0.153 0.008 0.142 0.005 0.001 0.001 0.011 0.003 0.045 0.014 0.002 0.508 0.107 12 D 0.037 0.020 0.183 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.011 0.060 0.045 0.025 0.607 13 D 0.009 0.013 0.321 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.408 0.046 0.074 14 K 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.809 0.003 0.001 15 G 0.001 0.004 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.741 0.004 0.003 16 G 0.003 0.025 0.331 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.192 0.011 0.024 17 A 0.035 0.076 0.264 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 0.006 0.043 0.007 0.475 0.077 18 Q 0.059 0.039 0.027 0.003 0.002 0.001 0.011 0.002 0.008 0.004 0.002 0.048 0.794 19 V 0.096 0.015 0.051 0.359 0.004 0.001 0.018 0.002 0.008 0.006 0.004 0.309 0.126 20 G 0.072 0.006 0.068 0.129 0.003 0.001 0.010 0.001 0.014 0.031 0.023 0.428 0.214 21 D 0.098 0.009 0.088 0.031 0.006 0.002 0.010 0.001 0.008 0.036 0.023 0.092 0.596 22 I 0.132 0.007 0.096 0.022 0.005 0.002 0.015 0.005 0.019 0.025 0.013 0.498 0.160 23 V 0.153 0.017 0.106 0.012 0.007 0.004 0.028 0.011 0.040 0.024 0.012 0.131 0.453 24 T 0.100 0.057 0.222 0.031 0.015 0.008 0.028 0.026 0.062 0.039 0.028 0.204 0.180 25 V 0.043 0.028 0.327 0.034 0.011 0.007 0.016 0.018 0.073 0.108 0.069 0.127 0.138 26 T 0.015 0.018 0.364 0.018 0.011 0.005 0.005 0.004 0.023 0.204 0.151 0.056 0.125 27 G 0.006 0.014 0.246 0.009 0.008 0.003 0.002 0.002 0.007 0.354 0.270 0.041 0.039 28 K 0.011 0.068 0.451 0.005 0.012 0.004 0.002 0.002 0.012 0.204 0.102 0.068 0.059 29 T 0.011 0.087 0.459 0.004 0.018 0.008 0.003 0.003 0.011 0.166 0.076 0.028 0.125 30 D 0.007 0.027 0.455 0.016 0.028 0.015 0.001 0.001 0.006 0.213 0.136 0.045 0.050 31 D 0.005 0.013 0.143 0.016 0.040 0.020 0.001 0.001 0.002 0.226 0.479 0.019 0.035 32 S 0.024 0.034 0.269 0.016 0.076 0.017 0.003 0.001 0.003 0.162 0.242 0.062 0.092 33 T 0.050 0.029 0.326 0.021 0.043 0.011 0.006 0.003 0.010 0.149 0.084 0.149 0.119 34 T 0.069 0.034 0.299 0.042 0.029 0.011 0.010 0.002 0.012 0.114 0.100 0.082 0.197 35 Y 0.079 0.023 0.249 0.063 0.023 0.013 0.007 0.002 0.013 0.099 0.102 0.220 0.108 36 T 0.125 0.012 0.195 0.045 0.014 0.007 0.013 0.002 0.013 0.052 0.027 0.118 0.378 37 V 0.141 0.011 0.081 0.005 0.003 0.003 0.021 0.005 0.025 0.016 0.006 0.545 0.137 38 T 0.139 0.041 0.115 0.007 0.003 0.003 0.035 0.012 0.032 0.017 0.008 0.064 0.523 39 I 0.022 0.020 0.298 0.012 0.002 0.001 0.005 0.004 0.030 0.055 0.014 0.452 0.084 40 P 0.006 0.011 0.262 0.022 0.008 0.002 0.002 0.002 0.011 0.195 0.265 0.023 0.190 41 D 0.004 0.012 0.146 0.050 0.019 0.003 0.001 0.001 0.003 0.305 0.390 0.047 0.018 42 G 0.013 0.022 0.206 0.015 0.048 0.011 0.003 0.001 0.009 0.205 0.316 0.027 0.124 43 Y 0.087 0.035 0.318 0.017 0.077 0.020 0.008 0.004 0.012 0.066 0.068 0.102 0.187 44 E 0.148 0.025 0.085 0.016 0.038 0.023 0.025 0.007 0.035 0.025 0.017 0.398 0.158 45 Y 0.193 0.047 0.102 0.015 0.021 0.010 0.018 0.007 0.021 0.019 0.018 0.116 0.412 46 V 0.153 0.041 0.163 0.059 0.014 0.009 0.021 0.004 0.023 0.047 0.043 0.297 0.126 47 G 0.027 0.025 0.325 0.021 0.010 0.003 0.006 0.002 0.019 0.098 0.051 0.077 0.338 48 T 0.012 0.016 0.190 0.019 0.024 0.005 0.002 0.002 0.004 0.166 0.414 0.061 0.085 49 D 0.006 0.016 0.151 0.018 0.033 0.004 0.001 0.001 0.005 0.152 0.540 0.037 0.035 50 G 0.003 0.008 0.177 0.012 0.019 0.004 0.001 0.002 0.003 0.424 0.307 0.013 0.028 51 G 0.015 0.035 0.343 0.007 0.014 0.008 0.003 0.004 0.021 0.249 0.120 0.152 0.028 52 V 0.056 0.130 0.263 0.004 0.012 0.006 0.015 0.008 0.024 0.067 0.026 0.020 0.368 53 V 0.025 0.050 0.244 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.031 0.043 0.006 0.547 0.037 54 S 0.014 0.051 0.365 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.014 0.064 0.018 0.015 0.443 55 S 0.007 0.022 0.467 0.026 0.019 0.008 0.002 0.001 0.006 0.162 0.149 0.096 0.036 56 D 0.002 0.004 0.082 0.008 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.152 0.664 0.012 0.039 57 G 0.004 0.004 0.116 0.010 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.292 0.510 0.013 0.018 58 K 0.024 0.012 0.216 0.021 0.027 0.005 0.002 0.001 0.003 0.349 0.122 0.183 0.034 59 T 0.113 0.014 0.181 0.012 0.012 0.003 0.011 0.002 0.006 0.040 0.045 0.012 0.549 60 V 0.173 0.005 0.041 0.061 0.002 0.002 0.022 0.004 0.010 0.022 0.005 0.630 0.023 61 T 0.339 0.003 0.025 0.013 0.001 0.001 0.056 0.006 0.018 0.004 0.002 0.056 0.477 62 I 0.490 0.001 0.018 0.016 0.001 0.001 0.057 0.010 0.017 0.001 0.001 0.279 0.111 63 T 0.541 0.002 0.015 0.023 0.001 0.001 0.082 0.009 0.028 0.002 0.001 0.191 0.104 64 F 0.416 0.006 0.034 0.004 0.001 0.001 0.043 0.008 0.030 0.004 0.002 0.094 0.359 65 A 0.160 0.014 0.214 0.026 0.003 0.001 0.020 0.005 0.062 0.029 0.011 0.245 0.209 66 A 0.024 0.012 0.341 0.006 0.011 0.002 0.004 0.002 0.015 0.209 0.115 0.065 0.193 67 D 0.003 0.011 0.315 0.005 0.028 0.003 0.001 0.001 0.003 0.241 0.301 0.035 0.053 68 D 0.001 0.008 0.146 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.505 0.010 0.013 69 S 0.002 0.009 0.357 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.206 0.014 0.010 70 D 0.004 0.009 0.238 0.023 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.352 0.307 0.012 0.028 71 N 0.050 0.015 0.298 0.069 0.006 0.001 0.007 0.003 0.009 0.291 0.098 0.087 0.066 72 V 0.411 0.006 0.048 0.025 0.001 0.001 0.083 0.018 0.030 0.020 0.003 0.142 0.213 73 V 0.584 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.180 0.046 0.018 0.001 0.001 0.068 0.085 74 I 0.629 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.210 0.053 0.015 0.001 0.001 0.051 0.034 75 H 0.629 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.154 0.057 0.026 0.001 0.001 0.052 0.059 76 L 0.434 0.002 0.041 0.009 0.001 0.001 0.087 0.026 0.081 0.005 0.002 0.142 0.168 77 K 0.113 0.006 0.241 0.030 0.005 0.002 0.029 0.010 0.126 0.057 0.036 0.168 0.176 78 H 0.017 0.012 0.334 0.012 0.011 0.002 0.004 0.002 0.021 0.262 0.169 0.050 0.105 79 G 0.003 0.010 0.407 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.359 0.136 0.043 0.019