# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.043 0.111 0.726 2 D 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.060 0.114 0.713 3 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.058 0.090 0.441 4 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.344 0.044 0.091 0.494 5 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.788 0.015 0.025 0.150 6 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 0.010 0.838 0.019 0.018 0.088 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.873 0.012 0.010 0.095 8 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.912 0.020 0.009 0.042 9 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.035 0.226 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.475 0.051 0.031 0.133 10 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.679 0.011 0.034 0.187 11 D 0.118 0.009 0.003 0.003 0.155 0.341 0.067 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.072 0.038 0.113 12 D 0.013 0.002 0.010 0.002 0.065 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.055 0.127 0.640 13 D 0.518 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.041 0.034 0.388 14 K 0.192 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.070 0.065 0.655 15 G 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.119 0.826 16 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.051 0.201 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.050 0.041 0.077 0.358 17 A 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.121 0.580 0.044 0.013 0.004 0.009 0.006 0.007 0.027 0.041 0.032 0.105 18 Q 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.037 0.006 0.212 0.143 0.019 0.005 0.105 0.050 0.050 0.336 19 V 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.472 0.097 0.006 0.058 0.027 0.037 0.211 20 G 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.036 0.008 0.225 0.055 0.163 0.479 21 D 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.368 0.113 0.078 0.403 22 I 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.314 0.089 0.128 0.410 23 V 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.596 0.050 0.066 0.263 24 T 0.093 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.002 0.283 0.083 0.100 0.404 25 V 0.080 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.091 0.134 0.362 26 T 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.073 0.195 0.519 27 G 0.055 0.008 0.001 0.001 0.004 0.011 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.097 0.210 0.472 28 K 0.019 0.010 0.001 0.001 0.006 0.017 0.016 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.106 0.162 0.503 29 T 0.056 0.009 0.002 0.001 0.008 0.007 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.105 0.145 0.579 30 D 0.198 0.016 0.005 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.240 0.096 0.372 31 D 0.039 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.058 0.136 0.676 32 S 0.064 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.070 0.150 0.642 33 T 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.201 0.090 0.132 0.521 34 T 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.098 0.065 0.153 0.618 35 Y 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.018 0.004 0.011 0.007 0.007 0.005 0.371 0.072 0.088 0.389 36 T 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.005 0.005 0.005 0.003 0.003 0.008 0.013 0.016 0.014 0.220 0.061 0.086 0.514 37 V 0.003 0.004 0.004 0.002 0.105 0.159 0.024 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.018 0.013 0.025 0.014 0.301 0.048 0.054 0.213 38 T 0.011 0.002 0.005 0.001 0.059 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.004 0.402 0.049 0.060 0.383 39 I 0.408 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.055 0.042 0.234 40 P 0.095 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.050 0.155 0.608 41 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.024 0.156 0.620 42 G 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.090 0.105 0.429 43 Y 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.060 0.071 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.372 0.087 0.082 0.282 44 E 0.012 0.003 0.001 0.001 0.003 0.016 0.025 0.007 0.004 0.005 0.023 0.003 0.095 0.015 0.007 0.004 0.340 0.057 0.076 0.303 45 Y 0.009 0.004 0.002 0.001 0.068 0.244 0.081 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.056 0.044 0.012 0.145 0.065 0.055 0.170 46 V 0.008 0.002 0.006 0.002 0.076 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.400 0.052 0.096 0.323 47 G 0.397 0.003 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.138 0.065 0.269 48 T 0.198 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.080 0.093 0.572 49 D 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.026 0.130 0.783 50 G 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.039 0.145 0.658 51 G 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.185 0.390 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.058 0.045 0.139 52 V 0.011 0.002 0.001 0.001 0.011 0.123 0.049 0.009 0.032 0.042 0.086 0.006 0.057 0.011 0.005 0.004 0.034 0.061 0.077 0.380 53 V 0.005 0.001 0.004 0.001 0.320 0.139 0.021 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 0.159 0.038 0.006 0.044 0.047 0.028 0.103 54 S 0.051 0.002 0.010 0.001 0.098 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.027 0.003 0.077 0.070 0.086 0.521 55 S 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.048 0.020 0.121 56 D 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.042 0.184 0.713 57 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.026 0.209 0.659 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.057 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.034 0.024 0.077 59 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.167 0.048 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.267 0.048 0.069 0.299 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.253 0.048 0.018 0.003 0.581 0.008 0.011 0.062 61 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.164 0.168 0.067 0.463 0.022 0.012 0.054 62 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.006 0.841 0.018 0.010 0.095 63 T 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.856 0.033 0.015 0.045 64 F 0.013 0.002 0.001 0.001 0.025 0.025 0.092 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.059 0.063 0.255 65 A 0.054 0.003 0.001 0.001 0.012 0.027 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.064 0.076 0.365 66 A 0.074 0.005 0.001 0.001 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.055 0.132 0.645 67 D 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.039 0.126 0.764 68 D 0.050 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.055 0.104 0.726 69 S 0.134 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.088 0.112 0.565 70 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.019 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.177 0.050 0.145 0.557 71 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.053 0.008 0.013 0.011 0.007 0.003 0.298 0.054 0.135 0.381 72 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.025 0.006 0.014 0.020 0.017 0.008 0.701 0.051 0.030 0.104 73 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.027 0.031 0.043 0.017 0.648 0.044 0.025 0.147 74 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.035 0.016 0.872 0.013 0.006 0.020 75 H 0.006 0.004 0.002 0.001 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.006 0.684 0.086 0.021 0.139 76 L 0.047 0.001 0.003 0.001 0.036 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.041 0.030 0.135 77 K 0.068 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.059 0.091 0.530 78 H 0.053 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.042 0.140 0.658 79 G 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.029 0.122 0.760