# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.001 0.010 0.028 0.034 0.085 0.018 0.770 2 D 0.119 0.001 0.007 0.015 0.031 0.090 0.037 0.699 3 E 0.022 0.001 0.035 0.038 0.068 0.148 0.040 0.647 4 D 0.008 0.001 0.028 0.031 0.087 0.133 0.028 0.685 5 A 0.002 0.001 0.146 0.172 0.263 0.118 0.039 0.261 6 T 0.002 0.001 0.130 0.209 0.249 0.078 0.024 0.308 7 I 0.001 0.001 0.166 0.324 0.323 0.030 0.029 0.126 8 T 0.003 0.001 0.329 0.218 0.271 0.027 0.021 0.131 9 Y 0.003 0.001 0.129 0.311 0.322 0.041 0.034 0.159 10 V 0.010 0.001 0.156 0.175 0.367 0.046 0.027 0.219 11 D 0.046 0.001 0.072 0.173 0.304 0.074 0.104 0.224 12 D 0.050 0.001 0.039 0.055 0.074 0.100 0.070 0.611 13 D 0.364 0.001 0.010 0.017 0.038 0.066 0.041 0.463 14 K 0.085 0.001 0.011 0.017 0.045 0.107 0.019 0.716 15 G 0.007 0.001 0.005 0.025 0.061 0.100 0.006 0.796 16 G 0.008 0.001 0.005 0.102 0.163 0.099 0.025 0.600 17 A 0.008 0.001 0.027 0.338 0.361 0.047 0.032 0.186 18 Q 0.030 0.001 0.012 0.135 0.210 0.062 0.016 0.535 19 V 0.024 0.001 0.020 0.214 0.274 0.080 0.024 0.365 20 G 0.007 0.001 0.010 0.092 0.140 0.082 0.011 0.658 21 D 0.010 0.001 0.033 0.229 0.400 0.059 0.045 0.224 22 I 0.012 0.001 0.027 0.163 0.192 0.096 0.026 0.484 23 V 0.004 0.001 0.042 0.318 0.260 0.076 0.028 0.272 24 T 0.021 0.001 0.044 0.167 0.272 0.072 0.039 0.384 25 V 0.051 0.003 0.081 0.186 0.236 0.067 0.087 0.289 26 T 0.014 0.002 0.047 0.089 0.127 0.111 0.035 0.575 27 G 0.014 0.002 0.031 0.071 0.160 0.112 0.023 0.586 28 K 0.028 0.004 0.035 0.122 0.150 0.135 0.064 0.463 29 T 0.040 0.003 0.014 0.057 0.070 0.122 0.045 0.648 30 D 0.099 0.007 0.029 0.050 0.104 0.117 0.157 0.436 31 D 0.035 0.003 0.018 0.053 0.080 0.127 0.055 0.628 32 S 0.031 0.002 0.019 0.056 0.115 0.129 0.047 0.601 33 T 0.033 0.003 0.022 0.151 0.230 0.097 0.044 0.420 34 T 0.026 0.001 0.029 0.083 0.205 0.097 0.041 0.518 35 Y 0.009 0.001 0.046 0.195 0.282 0.078 0.054 0.335 36 T 0.005 0.001 0.030 0.140 0.248 0.076 0.017 0.484 37 V 0.002 0.001 0.057 0.244 0.328 0.075 0.022 0.272 38 T 0.004 0.001 0.032 0.148 0.125 0.097 0.023 0.571 39 I 0.134 0.001 0.035 0.106 0.105 0.098 0.086 0.434 40 P 0.193 0.002 0.012 0.023 0.028 0.093 0.027 0.622 41 D 0.016 0.003 0.014 0.033 0.073 0.115 0.017 0.730 42 G 0.013 0.004 0.023 0.126 0.253 0.108 0.028 0.445 43 Y 0.009 0.002 0.023 0.248 0.345 0.051 0.038 0.283 44 E 0.006 0.002 0.063 0.333 0.397 0.031 0.031 0.138 45 Y 0.010 0.001 0.040 0.179 0.408 0.050 0.036 0.278 46 V 0.008 0.001 0.063 0.230 0.244 0.073 0.040 0.341 47 G 0.160 0.001 0.018 0.083 0.127 0.084 0.045 0.482 48 T 0.161 0.002 0.027 0.052 0.089 0.104 0.040 0.526 49 D 0.016 0.001 0.013 0.022 0.044 0.122 0.012 0.770 50 G 0.005 0.001 0.016 0.080 0.140 0.124 0.025 0.609 51 G 0.005 0.002 0.066 0.218 0.350 0.071 0.036 0.252 52 V 0.004 0.001 0.031 0.207 0.208 0.087 0.020 0.443 53 V 0.007 0.001 0.065 0.163 0.194 0.108 0.058 0.405 54 S 0.089 0.001 0.027 0.124 0.144 0.080 0.059 0.476 55 S 0.253 0.003 0.035 0.029 0.075 0.087 0.098 0.419 56 D 0.015 0.002 0.021 0.050 0.061 0.134 0.030 0.689 57 G 0.010 0.001 0.021 0.041 0.160 0.134 0.032 0.602 58 K 0.006 0.003 0.085 0.312 0.309 0.075 0.057 0.153 59 T 0.005 0.001 0.027 0.072 0.153 0.099 0.022 0.621 60 V 0.002 0.003 0.157 0.355 0.299 0.044 0.061 0.081 61 T 0.004 0.002 0.054 0.180 0.262 0.061 0.023 0.415 62 I 0.002 0.003 0.086 0.461 0.308 0.024 0.028 0.088 63 T 0.008 0.004 0.104 0.236 0.427 0.038 0.033 0.150 64 F 0.020 0.005 0.097 0.284 0.312 0.059 0.052 0.170 65 A 0.087 0.009 0.073 0.098 0.180 0.092 0.086 0.375 66 A 0.054 0.004 0.033 0.034 0.070 0.130 0.051 0.624 67 D 0.017 0.003 0.020 0.014 0.027 0.155 0.051 0.712 68 D 0.054 0.003 0.010 0.010 0.015 0.151 0.038 0.720 69 S 0.249 0.021 0.009 0.011 0.019 0.111 0.088 0.492 70 D 0.006 0.009 0.021 0.016 0.040 0.181 0.051 0.675 71 N 0.002 0.010 0.079 0.089 0.326 0.121 0.107 0.265 72 V 0.001 0.004 0.074 0.268 0.458 0.044 0.057 0.094 73 V 0.001 0.002 0.135 0.396 0.343 0.019 0.031 0.072 74 I 0.001 0.001 0.140 0.397 0.363 0.012 0.044 0.042 75 H 0.002 0.001 0.195 0.323 0.321 0.021 0.044 0.093 76 L 0.016 0.001 0.104 0.274 0.301 0.049 0.050 0.205 77 K 0.127 0.003 0.070 0.128 0.189 0.082 0.064 0.337 78 H 0.032 0.002 0.016 0.028 0.042 0.100 0.018 0.763 79 G 0.016 0.003 0.008 0.028 0.038 0.101 0.020 0.787