# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.019 0.933 2 D 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.004 0.082 0.822 3 E 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.005 0.096 0.730 4 D 0.083 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.008 0.251 0.550 5 A 0.084 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.007 0.119 0.330 6 T 0.028 0.003 0.002 0.001 0.008 0.008 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.002 0.178 0.510 7 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.001 0.036 0.214 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.005 0.796 0.001 0.030 0.111 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.078 0.351 0.032 0.363 0.001 0.023 0.115 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.004 0.027 0.041 0.051 0.012 0.773 0.001 0.019 0.055 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.061 0.332 0.022 0.082 0.087 0.030 0.015 0.129 0.001 0.032 0.162 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.065 0.002 0.015 0.003 0.003 0.002 0.083 0.001 0.088 0.713 13 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.317 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.015 0.386 0.193 14 K 0.251 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.101 0.259 0.256 15 G 0.028 0.038 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.510 0.378 16 G 0.186 0.012 0.029 0.015 0.046 0.022 0.012 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.087 0.199 0.342 17 A 0.181 0.014 0.048 0.019 0.042 0.132 0.061 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.023 0.008 0.114 0.315 18 Q 0.003 0.002 0.001 0.002 0.023 0.014 0.128 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.068 0.701 19 V 0.008 0.003 0.002 0.002 0.073 0.392 0.164 0.019 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.136 0.002 0.034 0.150 20 G 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.379 0.004 0.069 0.451 21 D 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.310 0.005 0.097 0.519 22 I 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.303 0.004 0.084 0.541 23 V 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.003 0.002 0.002 0.402 0.002 0.178 0.372 24 T 0.013 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.225 0.004 0.098 0.620 25 V 0.025 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.316 0.005 0.107 0.475 26 T 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.149 0.005 0.171 0.621 27 G 0.048 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.009 0.010 0.004 0.099 0.027 0.146 0.620 28 K 0.171 0.011 0.019 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.014 0.003 0.013 0.014 0.016 0.004 0.080 0.015 0.211 0.413 29 T 0.017 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.093 0.005 0.156 0.681 30 D 0.019 0.007 0.003 0.005 0.022 0.018 0.008 0.004 0.035 0.042 0.043 0.005 0.006 0.002 0.002 0.002 0.058 0.011 0.246 0.462 31 D 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.245 0.677 32 S 0.059 0.010 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.548 0.287 33 T 0.293 0.027 0.005 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.045 0.282 0.274 34 T 0.098 0.066 0.007 0.004 0.006 0.006 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.018 0.259 0.427 35 Y 0.060 0.024 0.009 0.004 0.033 0.050 0.039 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.155 0.014 0.209 0.379 36 T 0.025 0.012 0.003 0.002 0.010 0.029 0.069 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.111 0.006 0.130 0.570 37 V 0.023 0.007 0.004 0.002 0.007 0.013 0.094 0.019 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.067 0.055 0.014 0.351 0.007 0.071 0.239 38 T 0.023 0.011 0.002 0.002 0.004 0.007 0.011 0.007 0.001 0.002 0.014 0.002 0.037 0.016 0.019 0.008 0.220 0.006 0.085 0.524 39 I 0.011 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.032 0.089 0.011 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.466 0.004 0.038 0.314 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.021 0.947 41 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.001 0.097 0.800 42 G 0.184 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.040 0.109 0.419 43 Y 0.424 0.008 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.011 0.128 0.255 44 E 0.008 0.006 0.001 0.001 0.017 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.694 0.001 0.074 0.176 45 Y 0.012 0.005 0.001 0.001 0.095 0.079 0.026 0.019 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 0.149 0.078 0.017 0.091 0.003 0.042 0.353 46 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.013 0.005 0.001 0.002 0.023 0.004 0.294 0.064 0.018 0.018 0.450 0.002 0.019 0.064 47 G 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 0.172 0.029 0.004 0.007 0.002 0.002 0.004 0.265 0.003 0.037 0.429 48 T 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.001 0.061 0.216 49 D 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.002 0.093 0.808 50 G 0.114 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.115 0.114 0.500 51 G 0.285 0.007 0.071 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.099 0.018 0.178 0.323 52 V 0.011 0.005 0.004 0.005 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.022 0.003 0.075 0.001 0.113 0.713 53 V 0.005 0.002 0.001 0.004 0.230 0.175 0.013 0.007 0.001 0.002 0.027 0.004 0.246 0.068 0.018 0.011 0.064 0.002 0.021 0.099 54 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.012 0.004 0.004 0.107 0.015 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.059 0.002 0.046 0.713 55 S 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.519 0.044 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.001 0.126 0.195 56 D 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.002 0.213 0.655 57 G 0.076 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.078 0.222 0.450 58 K 0.646 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.018 0.140 0.138 59 T 0.011 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.001 0.149 0.668 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.200 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.001 0.019 0.038 61 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.121 0.099 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.329 0.002 0.054 0.322 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.883 0.001 0.013 0.059 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.041 0.012 0.722 0.001 0.032 0.136 64 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.057 0.089 0.081 0.018 0.518 0.001 0.031 0.187 65 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.037 0.007 0.044 0.042 0.033 0.008 0.508 0.001 0.086 0.194 66 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.055 0.092 0.010 0.018 0.014 0.010 0.004 0.131 0.003 0.093 0.496 67 D 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.025 0.052 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.062 0.007 0.112 0.694 68 D 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 0.210 0.665 69 S 0.130 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.358 0.436 70 D 0.051 0.008 0.007 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.012 0.377 0.467 71 N 0.050 0.004 0.005 0.011 0.054 0.058 0.019 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.011 0.339 0.321 72 V 0.077 0.002 0.003 0.005 0.042 0.086 0.115 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.325 0.004 0.117 0.190 73 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.116 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.729 0.001 0.020 0.067 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.041 0.127 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.726 0.001 0.011 0.039 75 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.011 0.012 0.885 0.001 0.011 0.034 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.014 0.010 0.013 0.881 0.001 0.009 0.049 77 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.003 0.008 0.007 0.010 0.006 0.704 0.001 0.052 0.191 78 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.009 0.004 0.004 0.004 0.005 0.004 0.525 0.002 0.109 0.302 79 G 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.296 0.006 0.134 0.510