# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.009 0.014 0.017 0.033 0.042 0.006 0.847 2 D 0.019 0.004 0.012 0.015 0.029 0.041 0.004 0.877 3 E 0.067 0.006 0.036 0.044 0.057 0.101 0.008 0.681 4 D 0.117 0.010 0.061 0.058 0.074 0.175 0.016 0.489 5 A 0.211 0.008 0.177 0.176 0.171 0.065 0.012 0.180 6 T 0.024 0.005 0.333 0.190 0.222 0.078 0.004 0.143 7 I 0.005 0.001 0.221 0.265 0.380 0.018 0.001 0.108 8 T 0.003 0.001 0.314 0.246 0.358 0.037 0.001 0.040 9 Y 0.002 0.001 0.123 0.255 0.460 0.009 0.001 0.151 10 V 0.003 0.001 0.227 0.249 0.380 0.079 0.001 0.060 11 D 0.002 0.001 0.033 0.458 0.347 0.033 0.001 0.125 12 D 0.004 0.001 0.035 0.110 0.266 0.166 0.003 0.416 13 D 0.009 0.001 0.008 0.050 0.056 0.720 0.005 0.152 14 K 0.094 0.005 0.007 0.013 0.013 0.431 0.042 0.395 15 G 0.068 0.016 0.007 0.009 0.008 0.677 0.058 0.156 16 G 0.569 0.009 0.010 0.010 0.016 0.060 0.240 0.087 17 A 0.168 0.009 0.135 0.137 0.090 0.300 0.011 0.151 18 Q 0.001 0.001 0.009 0.029 0.072 0.021 0.001 0.868 19 V 0.004 0.001 0.015 0.231 0.619 0.021 0.001 0.109 20 G 0.009 0.001 0.033 0.175 0.319 0.048 0.001 0.414 21 D 0.017 0.002 0.042 0.140 0.232 0.066 0.002 0.499 22 I 0.027 0.003 0.088 0.172 0.289 0.066 0.003 0.352 23 V 0.019 0.002 0.050 0.224 0.299 0.084 0.002 0.321 24 T 0.013 0.003 0.047 0.131 0.204 0.087 0.003 0.512 25 V 0.025 0.006 0.085 0.166 0.293 0.094 0.004 0.327 26 T 0.027 0.005 0.037 0.088 0.159 0.154 0.006 0.523 27 G 0.055 0.008 0.037 0.104 0.164 0.090 0.012 0.531 28 K 0.131 0.007 0.042 0.137 0.154 0.204 0.013 0.312 29 T 0.017 0.005 0.022 0.067 0.080 0.092 0.003 0.714 30 D 0.016 0.006 0.029 0.166 0.253 0.118 0.005 0.406 31 D 0.017 0.003 0.009 0.029 0.045 0.128 0.002 0.766 32 S 0.051 0.010 0.015 0.056 0.073 0.532 0.013 0.250 33 T 0.375 0.016 0.017 0.052 0.064 0.201 0.032 0.245 34 T 0.073 0.023 0.036 0.073 0.076 0.232 0.014 0.473 35 Y 0.033 0.010 0.042 0.176 0.245 0.097 0.007 0.389 36 T 0.035 0.006 0.031 0.103 0.173 0.127 0.006 0.519 37 V 0.029 0.005 0.042 0.314 0.325 0.041 0.003 0.241 38 T 0.020 0.004 0.070 0.175 0.344 0.074 0.002 0.309 39 I 0.009 0.002 0.050 0.200 0.280 0.030 0.001 0.428 40 P 0.001 0.001 0.010 0.013 0.044 0.013 0.001 0.917 41 D 0.006 0.001 0.015 0.019 0.053 0.058 0.001 0.848 42 G 0.150 0.003 0.063 0.037 0.089 0.132 0.026 0.500 43 Y 0.379 0.004 0.074 0.071 0.063 0.167 0.015 0.227 44 E 0.028 0.006 0.114 0.212 0.185 0.151 0.004 0.300 45 Y 0.015 0.004 0.095 0.139 0.314 0.052 0.002 0.379 46 V 0.016 0.005 0.084 0.233 0.385 0.064 0.002 0.210 47 G 0.016 0.006 0.054 0.164 0.268 0.071 0.004 0.418 48 T 0.031 0.008 0.073 0.184 0.244 0.134 0.006 0.321 49 D 0.011 0.003 0.020 0.030 0.054 0.061 0.005 0.816 50 G 0.083 0.005 0.039 0.067 0.116 0.218 0.050 0.422 51 G 0.308 0.003 0.031 0.059 0.056 0.308 0.024 0.211 52 V 0.016 0.002 0.025 0.054 0.079 0.071 0.003 0.750 53 V 0.008 0.001 0.022 0.191 0.373 0.052 0.001 0.352 54 S 0.004 0.001 0.009 0.083 0.177 0.038 0.001 0.686 55 S 0.014 0.003 0.019 0.172 0.292 0.197 0.003 0.300 56 D 0.020 0.002 0.010 0.032 0.051 0.084 0.005 0.795 57 G 0.073 0.004 0.015 0.029 0.041 0.261 0.052 0.527 58 K 0.488 0.002 0.012 0.053 0.026 0.300 0.037 0.082 59 T 0.034 0.004 0.038 0.048 0.076 0.169 0.006 0.625 60 V 0.003 0.001 0.017 0.417 0.525 0.014 0.001 0.023 61 T 0.004 0.001 0.064 0.259 0.567 0.031 0.001 0.074 62 I 0.002 0.001 0.042 0.382 0.510 0.007 0.001 0.056 63 T 0.001 0.001 0.133 0.272 0.544 0.020 0.001 0.029 64 F 0.004 0.001 0.106 0.271 0.423 0.027 0.001 0.166 65 A 0.003 0.002 0.086 0.245 0.507 0.079 0.002 0.074 66 A 0.013 0.003 0.041 0.084 0.161 0.146 0.005 0.549 67 D 0.026 0.002 0.019 0.038 0.069 0.113 0.015 0.718 68 D 0.130 0.003 0.013 0.016 0.025 0.194 0.036 0.582 69 S 0.199 0.006 0.018 0.031 0.030 0.289 0.034 0.394 70 D 0.029 0.003 0.010 0.012 0.019 0.110 0.006 0.811 71 N 0.064 0.003 0.031 0.035 0.052 0.591 0.013 0.209 72 V 0.297 0.005 0.096 0.168 0.124 0.126 0.012 0.172 73 V 0.011 0.006 0.234 0.253 0.302 0.066 0.002 0.125 74 I 0.003 0.001 0.158 0.370 0.403 0.014 0.001 0.051 75 H 0.002 0.001 0.377 0.177 0.370 0.011 0.001 0.062 76 L 0.002 0.001 0.256 0.213 0.340 0.017 0.001 0.170 77 K 0.003 0.002 0.230 0.168 0.357 0.050 0.001 0.190 78 H 0.010 0.002 0.110 0.083 0.208 0.076 0.002 0.509 79 G 0.019 0.003 0.062 0.054 0.138 0.127 0.007 0.590