# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.235 0.359 0.074 0.093 0.036 0.032 0.012 0.035 0.018 0.003 2 D 0.115 0.192 0.415 0.075 0.043 0.053 0.047 0.008 0.037 0.010 0.006 3 E 0.380 0.192 0.271 0.078 0.036 0.013 0.012 0.003 0.011 0.003 0.002 4 D 0.083 0.179 0.111 0.456 0.040 0.033 0.077 0.007 0.011 0.001 0.001 5 A 0.014 0.483 0.268 0.028 0.169 0.012 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 6 T 0.026 0.628 0.215 0.027 0.046 0.028 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 7 I 0.001 0.820 0.115 0.003 0.037 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 8 T 0.005 0.807 0.086 0.003 0.074 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 9 Y 0.004 0.561 0.278 0.005 0.043 0.083 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 10 V 0.038 0.724 0.110 0.013 0.029 0.056 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 11 D 0.070 0.277 0.273 0.040 0.155 0.073 0.023 0.004 0.061 0.022 0.002 12 D 0.381 0.127 0.203 0.140 0.049 0.041 0.016 0.004 0.023 0.010 0.006 13 D 0.342 0.094 0.126 0.289 0.048 0.024 0.023 0.009 0.029 0.012 0.004 14 K 0.415 0.052 0.070 0.380 0.007 0.005 0.048 0.002 0.017 0.002 0.003 15 G 0.017 0.006 0.019 0.097 0.017 0.001 0.741 0.081 0.004 0.016 0.001 16 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.001 0.056 0.796 0.001 0.122 0.001 17 A 0.042 0.198 0.681 0.030 0.020 0.014 0.003 0.002 0.005 0.002 0.002 18 Q 0.042 0.389 0.418 0.036 0.014 0.082 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 19 V 0.048 0.615 0.194 0.076 0.014 0.028 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 20 G 0.045 0.081 0.136 0.030 0.324 0.030 0.046 0.130 0.008 0.168 0.002 21 D 0.047 0.341 0.304 0.045 0.124 0.050 0.050 0.007 0.027 0.003 0.001 22 I 0.039 0.482 0.363 0.022 0.030 0.047 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 23 V 0.161 0.458 0.222 0.077 0.030 0.034 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 24 T 0.076 0.472 0.169 0.060 0.146 0.032 0.012 0.001 0.029 0.001 0.001 25 V 0.102 0.607 0.154 0.022 0.051 0.031 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 26 T 0.096 0.251 0.255 0.244 0.029 0.046 0.045 0.002 0.030 0.001 0.002 27 G 0.039 0.039 0.069 0.025 0.205 0.016 0.095 0.277 0.013 0.221 0.001 28 K 0.171 0.259 0.282 0.102 0.066 0.044 0.039 0.008 0.017 0.008 0.005 29 T 0.078 0.391 0.258 0.120 0.082 0.027 0.010 0.002 0.028 0.002 0.001 30 D 0.167 0.198 0.293 0.115 0.067 0.062 0.034 0.009 0.039 0.012 0.005 31 D 0.310 0.155 0.171 0.203 0.046 0.031 0.051 0.009 0.016 0.005 0.003 32 S 0.210 0.233 0.188 0.176 0.078 0.031 0.050 0.012 0.017 0.005 0.001 33 T 0.121 0.393 0.218 0.140 0.058 0.024 0.020 0.002 0.022 0.001 0.001 34 T 0.084 0.422 0.274 0.081 0.050 0.037 0.024 0.002 0.025 0.001 0.001 35 Y 0.103 0.308 0.278 0.094 0.123 0.038 0.027 0.005 0.018 0.004 0.001 36 T 0.081 0.477 0.216 0.081 0.071 0.029 0.022 0.003 0.019 0.001 0.001 37 V 0.021 0.675 0.180 0.021 0.056 0.024 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 38 T 0.030 0.577 0.260 0.031 0.026 0.053 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 39 I 0.005 0.413 0.264 0.001 0.015 0.028 0.002 0.001 0.270 0.001 0.001 40 P 0.197 0.006 0.705 0.011 0.005 0.016 0.001 0.001 0.003 0.011 0.046 41 D 0.201 0.070 0.257 0.238 0.020 0.013 0.152 0.023 0.019 0.005 0.003 42 G 0.030 0.022 0.047 0.030 0.194 0.004 0.093 0.461 0.004 0.114 0.001 43 Y 0.036 0.362 0.428 0.057 0.068 0.033 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 44 E 0.070 0.557 0.260 0.036 0.031 0.026 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 45 Y 0.028 0.683 0.141 0.018 0.063 0.031 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 46 V 0.037 0.679 0.162 0.047 0.017 0.021 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 47 G 0.019 0.033 0.132 0.012 0.219 0.029 0.047 0.170 0.011 0.325 0.003 48 T 0.140 0.304 0.339 0.070 0.064 0.018 0.008 0.003 0.040 0.010 0.004 49 D 0.072 0.114 0.254 0.312 0.036 0.037 0.117 0.006 0.030 0.009 0.012 50 G 0.012 0.012 0.034 0.019 0.114 0.003 0.102 0.473 0.005 0.225 0.001 51 G 0.062 0.071 0.333 0.053 0.136 0.024 0.065 0.148 0.008 0.091 0.009 52 V 0.040 0.492 0.322 0.048 0.041 0.033 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 53 V 0.030 0.529 0.312 0.014 0.023 0.054 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 54 S 0.079 0.183 0.539 0.034 0.048 0.065 0.009 0.002 0.024 0.009 0.008 55 S 0.209 0.260 0.258 0.064 0.092 0.030 0.010 0.006 0.044 0.021 0.006 56 D 0.087 0.135 0.196 0.363 0.029 0.022 0.127 0.004 0.029 0.003 0.005 57 G 0.004 0.006 0.017 0.007 0.066 0.002 0.107 0.660 0.002 0.129 0.001 58 K 0.032 0.324 0.430 0.066 0.077 0.023 0.026 0.007 0.009 0.004 0.001 59 T 0.007 0.537 0.337 0.029 0.042 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 60 V 0.005 0.777 0.121 0.007 0.070 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 61 T 0.002 0.788 0.076 0.003 0.113 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 62 I 0.001 0.878 0.047 0.001 0.056 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 63 T 0.002 0.837 0.071 0.001 0.062 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 64 F 0.005 0.622 0.242 0.005 0.045 0.048 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 65 A 0.052 0.580 0.195 0.024 0.059 0.047 0.008 0.001 0.030 0.002 0.002 66 A 0.184 0.259 0.245 0.102 0.078 0.029 0.045 0.007 0.028 0.018 0.005 67 D 0.132 0.098 0.103 0.287 0.094 0.032 0.149 0.053 0.022 0.028 0.003 68 D 0.099 0.082 0.110 0.275 0.066 0.029 0.229 0.062 0.021 0.024 0.004 69 S 0.108 0.221 0.306 0.111 0.083 0.024 0.065 0.012 0.049 0.019 0.002 70 D 0.291 0.078 0.352 0.183 0.020 0.017 0.034 0.004 0.009 0.005 0.007 71 N 0.123 0.132 0.163 0.254 0.091 0.042 0.141 0.035 0.015 0.003 0.001 72 V 0.030 0.568 0.285 0.022 0.059 0.015 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 73 V 0.022 0.605 0.279 0.008 0.019 0.051 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 74 I 0.009 0.744 0.155 0.003 0.029 0.043 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 75 H 0.019 0.467 0.274 0.006 0.029 0.170 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 76 L 0.078 0.491 0.287 0.024 0.042 0.050 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 77 K 0.153 0.358 0.213 0.054 0.095 0.052 0.018 0.005 0.038 0.010 0.003 78 H 0.049 0.277 0.253 0.160 0.097 0.039 0.063 0.004 0.051 0.005 0.002 79 G 0.087 0.056 0.150 0.044 0.177 0.021 0.063 0.178 0.014 0.205 0.005