# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.820 0.120 0.050 0.009 0.002 0.001 0.001 2 D 0.828 0.123 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 3 E 0.809 0.134 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 4 D 0.631 0.243 0.108 0.014 0.003 0.001 0.001 5 A 0.107 0.204 0.233 0.267 0.157 0.030 0.001 6 T 0.187 0.369 0.248 0.137 0.045 0.013 0.001 7 I 0.024 0.052 0.094 0.186 0.341 0.277 0.026 8 T 0.027 0.088 0.237 0.352 0.212 0.075 0.009 9 Y 0.007 0.015 0.036 0.090 0.347 0.451 0.054 10 V 0.025 0.097 0.224 0.296 0.234 0.114 0.010 11 D 0.052 0.132 0.196 0.264 0.230 0.116 0.010 12 D 0.164 0.229 0.302 0.210 0.077 0.018 0.001 13 D 0.486 0.227 0.178 0.084 0.022 0.004 0.001 14 K 0.839 0.121 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 15 G 0.783 0.171 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 16 G 0.386 0.355 0.167 0.071 0.018 0.003 0.001 17 A 0.430 0.379 0.104 0.070 0.015 0.002 0.001 18 Q 0.185 0.303 0.240 0.180 0.080 0.011 0.001 19 V 0.034 0.043 0.124 0.269 0.389 0.136 0.005 20 G 0.090 0.273 0.287 0.243 0.089 0.017 0.001 21 D 0.167 0.374 0.227 0.151 0.063 0.017 0.002 22 I 0.064 0.105 0.189 0.299 0.242 0.094 0.007 23 V 0.129 0.229 0.239 0.224 0.117 0.056 0.006 24 T 0.154 0.302 0.271 0.165 0.080 0.024 0.002 25 V 0.074 0.105 0.136 0.263 0.279 0.133 0.010 26 T 0.238 0.336 0.241 0.130 0.038 0.015 0.001 27 G 0.259 0.227 0.183 0.180 0.112 0.036 0.003 28 K 0.361 0.334 0.170 0.096 0.030 0.009 0.001 29 T 0.223 0.193 0.195 0.211 0.139 0.037 0.002 30 D 0.496 0.281 0.134 0.067 0.017 0.004 0.001 31 D 0.521 0.291 0.119 0.049 0.017 0.004 0.001 32 S 0.397 0.254 0.178 0.115 0.046 0.010 0.001 33 T 0.369 0.298 0.171 0.113 0.039 0.009 0.001 34 T 0.463 0.323 0.132 0.060 0.018 0.004 0.001 35 Y 0.224 0.248 0.198 0.208 0.102 0.019 0.001 36 T 0.384 0.338 0.165 0.086 0.020 0.006 0.001 37 V 0.080 0.140 0.193 0.306 0.223 0.056 0.002 38 T 0.125 0.275 0.320 0.180 0.073 0.024 0.002 39 I 0.026 0.049 0.107 0.253 0.375 0.177 0.013 40 P 0.161 0.326 0.235 0.198 0.060 0.019 0.002 41 D 0.256 0.318 0.240 0.110 0.050 0.022 0.003 42 G 0.065 0.156 0.232 0.250 0.189 0.093 0.016 43 Y 0.016 0.047 0.106 0.258 0.331 0.216 0.026 44 E 0.056 0.255 0.292 0.234 0.116 0.042 0.005 45 Y 0.027 0.056 0.104 0.202 0.287 0.293 0.031 46 V 0.026 0.060 0.114 0.259 0.361 0.167 0.014 47 G 0.140 0.305 0.255 0.202 0.075 0.021 0.002 48 T 0.329 0.284 0.210 0.120 0.046 0.010 0.001 49 D 0.582 0.285 0.096 0.027 0.006 0.003 0.001 50 G 0.213 0.222 0.231 0.207 0.101 0.025 0.002 51 G 0.336 0.338 0.199 0.088 0.029 0.009 0.001 52 V 0.099 0.183 0.229 0.249 0.175 0.061 0.004 53 V 0.070 0.088 0.131 0.221 0.269 0.205 0.017 54 S 0.132 0.256 0.217 0.233 0.117 0.041 0.004 55 S 0.234 0.223 0.202 0.185 0.113 0.039 0.005 56 D 0.315 0.310 0.184 0.119 0.051 0.018 0.003 57 G 0.303 0.280 0.185 0.142 0.063 0.024 0.003 58 K 0.285 0.306 0.194 0.128 0.062 0.022 0.003 59 T 0.136 0.265 0.283 0.178 0.089 0.043 0.007 60 V 0.018 0.061 0.098 0.242 0.342 0.212 0.029 61 T 0.029 0.123 0.241 0.324 0.186 0.078 0.019 62 I 0.006 0.013 0.024 0.059 0.231 0.530 0.137 63 T 0.018 0.076 0.196 0.341 0.232 0.110 0.027 64 F 0.009 0.016 0.032 0.080 0.270 0.471 0.122 65 A 0.034 0.119 0.215 0.284 0.236 0.100 0.012 66 A 0.169 0.298 0.231 0.188 0.079 0.032 0.004 67 D 0.289 0.337 0.190 0.119 0.049 0.014 0.001 68 D 0.311 0.289 0.197 0.129 0.057 0.016 0.001 69 S 0.348 0.315 0.181 0.109 0.037 0.009 0.001 70 D 0.501 0.304 0.122 0.053 0.016 0.005 0.001 71 N 0.072 0.181 0.249 0.232 0.195 0.066 0.005 72 V 0.006 0.016 0.046 0.131 0.320 0.419 0.062 73 V 0.012 0.026 0.077 0.134 0.236 0.346 0.170 74 I 0.011 0.025 0.042 0.063 0.124 0.464 0.271 75 H 0.018 0.038 0.075 0.180 0.269 0.290 0.131 76 L 0.018 0.020 0.034 0.079 0.213 0.413 0.223 77 K 0.079 0.161 0.242 0.249 0.171 0.081 0.017 78 H 0.148 0.166 0.190 0.251 0.170 0.069 0.007 79 G 0.643 0.222 0.090 0.033 0.008 0.003 0.001