# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.52249 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.328 0.195 0.154 0.138 0.083 0.050 0.030 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 D 0.391 0.198 0.172 0.097 0.056 0.037 0.029 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.157 0.167 0.176 0.165 0.118 0.093 0.061 0.028 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 4 D 0.038 0.069 0.074 0.130 0.172 0.167 0.118 0.091 0.073 0.038 0.016 0.008 0.003 0.003 5 A 0.003 0.004 0.008 0.016 0.038 0.069 0.111 0.149 0.175 0.175 0.109 0.088 0.041 0.013 6 T 0.003 0.004 0.008 0.014 0.034 0.047 0.074 0.114 0.164 0.147 0.197 0.104 0.042 0.049 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.028 0.091 0.170 0.277 0.221 0.141 0.050 8 T 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.020 0.041 0.091 0.121 0.167 0.204 0.150 0.097 0.088 9 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.031 0.060 0.166 0.224 0.175 0.193 0.090 0.036 10 V 0.004 0.009 0.013 0.033 0.052 0.089 0.166 0.193 0.142 0.117 0.107 0.036 0.020 0.018 11 D 0.017 0.048 0.067 0.120 0.141 0.135 0.124 0.115 0.095 0.053 0.048 0.020 0.009 0.008 12 D 0.088 0.151 0.140 0.200 0.152 0.107 0.064 0.056 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 13 D 0.391 0.217 0.177 0.100 0.050 0.028 0.022 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.713 0.146 0.067 0.028 0.018 0.008 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.657 0.142 0.126 0.031 0.016 0.010 0.012 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.517 0.159 0.099 0.076 0.060 0.028 0.043 0.006 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.392 0.165 0.143 0.086 0.071 0.054 0.050 0.013 0.011 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.117 0.093 0.132 0.152 0.186 0.142 0.063 0.053 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 19 V 0.050 0.035 0.048 0.088 0.123 0.129 0.106 0.115 0.120 0.087 0.041 0.040 0.016 0.003 20 G 0.089 0.081 0.105 0.157 0.132 0.111 0.096 0.096 0.054 0.031 0.031 0.012 0.004 0.002 21 D 0.115 0.094 0.102 0.130 0.127 0.108 0.089 0.081 0.055 0.041 0.033 0.016 0.006 0.004 22 I 0.042 0.043 0.048 0.080 0.106 0.133 0.111 0.129 0.111 0.084 0.054 0.029 0.021 0.009 23 V 0.045 0.046 0.064 0.106 0.135 0.134 0.133 0.138 0.077 0.064 0.029 0.018 0.006 0.004 24 T 0.056 0.065 0.071 0.098 0.128 0.124 0.113 0.102 0.101 0.063 0.048 0.018 0.008 0.007 25 V 0.033 0.031 0.048 0.058 0.083 0.111 0.108 0.143 0.123 0.105 0.088 0.040 0.022 0.007 26 T 0.097 0.129 0.131 0.154 0.133 0.107 0.084 0.069 0.040 0.026 0.018 0.006 0.003 0.003 27 G 0.081 0.066 0.072 0.108 0.098 0.131 0.086 0.108 0.092 0.071 0.036 0.031 0.015 0.004 28 K 0.168 0.135 0.167 0.156 0.126 0.078 0.072 0.048 0.027 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 29 T 0.130 0.100 0.121 0.137 0.136 0.115 0.085 0.068 0.052 0.028 0.017 0.008 0.003 0.002 30 D 0.231 0.165 0.160 0.138 0.106 0.071 0.057 0.034 0.020 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 31 D 0.279 0.180 0.129 0.137 0.099 0.070 0.049 0.024 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 32 S 0.180 0.138 0.121 0.130 0.131 0.110 0.081 0.050 0.029 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 33 T 0.215 0.132 0.130 0.142 0.126 0.096 0.063 0.045 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 34 T 0.240 0.138 0.125 0.131 0.113 0.086 0.065 0.040 0.030 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 35 Y 0.123 0.092 0.102 0.146 0.145 0.126 0.086 0.075 0.045 0.029 0.017 0.009 0.003 0.001 36 T 0.195 0.150 0.141 0.142 0.124 0.093 0.061 0.040 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 37 V 0.107 0.081 0.089 0.123 0.136 0.133 0.097 0.090 0.057 0.039 0.024 0.015 0.007 0.002 38 T 0.204 0.140 0.141 0.135 0.117 0.086 0.071 0.043 0.029 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 39 I 0.069 0.066 0.080 0.124 0.149 0.146 0.111 0.102 0.064 0.040 0.023 0.014 0.007 0.003 40 P 0.108 0.100 0.106 0.130 0.139 0.111 0.094 0.068 0.065 0.043 0.022 0.009 0.003 0.002 41 D 0.162 0.144 0.141 0.142 0.105 0.096 0.069 0.056 0.035 0.023 0.017 0.006 0.002 0.002 42 G 0.073 0.074 0.076 0.111 0.145 0.134 0.113 0.088 0.070 0.054 0.032 0.017 0.006 0.005 43 Y 0.031 0.031 0.042 0.066 0.096 0.126 0.128 0.149 0.114 0.095 0.058 0.034 0.022 0.008 44 E 0.048 0.046 0.062 0.096 0.124 0.124 0.134 0.136 0.091 0.068 0.038 0.020 0.007 0.005 45 Y 0.029 0.028 0.039 0.060 0.085 0.109 0.120 0.136 0.136 0.102 0.078 0.044 0.024 0.010 46 V 0.039 0.046 0.061 0.092 0.135 0.136 0.128 0.140 0.078 0.058 0.049 0.023 0.011 0.007 47 G 0.078 0.113 0.115 0.157 0.140 0.114 0.089 0.077 0.049 0.034 0.020 0.008 0.004 0.003 48 T 0.125 0.121 0.120 0.159 0.121 0.117 0.079 0.073 0.037 0.025 0.014 0.006 0.003 0.002 49 D 0.309 0.166 0.197 0.107 0.070 0.050 0.042 0.020 0.021 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 50 G 0.127 0.117 0.117 0.148 0.127 0.126 0.085 0.064 0.042 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 51 G 0.094 0.114 0.118 0.170 0.159 0.122 0.091 0.069 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 52 V 0.077 0.067 0.086 0.119 0.152 0.123 0.119 0.108 0.067 0.043 0.023 0.010 0.004 0.002 53 V 0.077 0.057 0.074 0.103 0.135 0.129 0.123 0.129 0.071 0.047 0.032 0.013 0.006 0.003 54 S 0.100 0.095 0.099 0.147 0.160 0.115 0.091 0.081 0.047 0.032 0.018 0.010 0.004 0.003 55 S 0.127 0.110 0.104 0.138 0.131 0.111 0.088 0.085 0.046 0.032 0.016 0.007 0.003 0.002 56 D 0.232 0.184 0.136 0.146 0.100 0.073 0.058 0.034 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 57 G 0.183 0.153 0.111 0.148 0.114 0.108 0.082 0.042 0.025 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 58 K 0.100 0.120 0.134 0.166 0.138 0.121 0.083 0.067 0.034 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 59 T 0.053 0.070 0.068 0.109 0.143 0.138 0.113 0.087 0.103 0.065 0.027 0.014 0.005 0.005 60 V 0.006 0.009 0.016 0.026 0.044 0.079 0.109 0.158 0.158 0.155 0.137 0.062 0.029 0.011 61 T 0.014 0.025 0.035 0.061 0.109 0.096 0.108 0.130 0.112 0.091 0.112 0.048 0.021 0.039 62 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.016 0.038 0.142 0.211 0.186 0.220 0.140 0.026 63 T 0.008 0.014 0.020 0.040 0.065 0.078 0.135 0.192 0.116 0.109 0.121 0.044 0.024 0.033 64 F 0.002 0.003 0.006 0.010 0.017 0.032 0.052 0.086 0.175 0.187 0.173 0.159 0.069 0.029 65 A 0.013 0.028 0.032 0.069 0.097 0.123 0.138 0.163 0.123 0.094 0.067 0.025 0.018 0.011 66 A 0.058 0.105 0.110 0.168 0.137 0.127 0.094 0.078 0.051 0.031 0.022 0.012 0.004 0.003 67 D 0.109 0.160 0.186 0.150 0.139 0.091 0.069 0.040 0.032 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 68 D 0.104 0.170 0.183 0.194 0.133 0.103 0.049 0.029 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 69 S 0.175 0.195 0.155 0.164 0.108 0.080 0.070 0.021 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 70 D 0.133 0.188 0.187 0.143 0.107 0.104 0.062 0.033 0.026 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 71 N 0.017 0.039 0.055 0.110 0.174 0.177 0.140 0.127 0.078 0.043 0.020 0.012 0.006 0.004 72 V 0.005 0.004 0.008 0.016 0.038 0.065 0.115 0.154 0.182 0.169 0.108 0.084 0.039 0.013 73 V 0.004 0.003 0.006 0.012 0.028 0.042 0.076 0.114 0.158 0.150 0.178 0.120 0.064 0.044 74 I 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.019 0.038 0.103 0.181 0.232 0.250 0.117 0.039 75 H 0.004 0.006 0.008 0.018 0.033 0.049 0.089 0.132 0.130 0.144 0.148 0.102 0.064 0.073 76 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.024 0.046 0.077 0.158 0.208 0.207 0.150 0.081 0.027 77 K 0.013 0.026 0.033 0.077 0.119 0.141 0.184 0.184 0.086 0.062 0.043 0.014 0.008 0.010 78 H 0.023 0.033 0.049 0.086 0.125 0.133 0.129 0.120 0.115 0.078 0.059 0.032 0.012 0.006 79 G 0.136 0.138 0.169 0.159 0.126 0.099 0.064 0.047 0.034 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001