# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.020 0.038 0.057 0.137 0.006 0.191 0.020 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 0.005 0.030 0.021 0.116 0.171 0.082 0.070 0.003 2 A 0.023 0.019 0.160 0.082 0.107 0.005 0.041 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.035 0.024 0.064 0.025 0.092 0.290 0.002 3 P 0.014 0.020 0.049 0.097 0.264 0.003 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.022 0.059 0.047 0.124 0.219 0.005 4 L 0.029 0.040 0.060 0.055 0.238 0.008 0.071 0.044 0.004 0.001 0.010 0.007 0.016 0.007 0.044 0.037 0.177 0.051 0.049 0.046 0.006 5 Q 0.015 0.017 0.376 0.256 0.059 0.005 0.083 0.015 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.074 0.005 0.021 0.007 0.021 0.030 0.003 6 Q 0.034 0.074 0.022 0.056 0.490 0.002 0.087 0.004 0.002 0.002 0.006 0.006 0.007 0.006 0.010 0.049 0.013 0.052 0.042 0.028 0.008 7 K 0.076 0.034 0.268 0.251 0.064 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.007 0.141 0.020 0.016 0.013 0.021 0.052 0.008 8 Q 0.057 0.208 0.096 0.122 0.316 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.017 0.011 0.030 0.045 0.006 0.014 0.006 0.013 0.014 9 V 0.207 0.264 0.052 0.023 0.214 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.025 0.018 0.049 0.065 0.002 0.005 0.006 0.003 0.034 10 V 0.112 0.192 0.246 0.125 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.050 0.031 0.123 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 11 V 0.140 0.160 0.008 0.022 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.024 0.026 0.006 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 12 S 0.071 0.101 0.106 0.153 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.026 0.026 0.449 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 13 N 0.122 0.161 0.025 0.125 0.371 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.021 0.014 0.020 0.055 0.005 0.010 0.011 0.021 0.006 14 K 0.098 0.083 0.102 0.105 0.195 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.007 0.209 0.033 0.045 0.028 0.018 0.030 0.002 15 R 0.034 0.057 0.241 0.204 0.119 0.002 0.081 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.080 0.015 0.024 0.048 0.023 0.055 0.001 16 E 0.039 0.043 0.042 0.027 0.526 0.002 0.070 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.029 0.023 0.039 0.055 0.039 0.042 0.002 17 K 0.018 0.016 0.243 0.281 0.062 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.072 0.010 0.023 0.029 0.064 0.152 0.002 18 P 0.012 0.015 0.016 0.037 0.610 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.012 0.029 0.074 0.028 0.051 0.084 0.002 19 V 0.018 0.017 0.107 0.202 0.067 0.003 0.026 0.024 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.112 0.014 0.092 0.034 0.114 0.155 0.001 20 N 0.008 0.007 0.029 0.062 0.168 0.006 0.081 0.028 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.023 0.022 0.193 0.074 0.093 0.193 0.001 21 D 0.008 0.009 0.048 0.054 0.080 0.006 0.155 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.016 0.194 0.103 0.113 0.143 0.001 22 R 0.006 0.006 0.055 0.051 0.094 0.006 0.095 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.018 0.199 0.129 0.097 0.172 0.001 23 R 0.009 0.009 0.064 0.054 0.124 0.005 0.070 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.015 0.177 0.057 0.127 0.219 0.001 24 S 0.005 0.005 0.044 0.058 0.074 0.006 0.069 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.014 0.231 0.063 0.113 0.231 0.001 25 R 0.006 0.009 0.043 0.039 0.112 0.009 0.138 0.097 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 0.017 0.195 0.074 0.081 0.141 0.001 26 Q 0.008 0.009 0.059 0.065 0.072 0.006 0.139 0.086 0.005 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.033 0.013 0.244 0.051 0.097 0.097 0.001 27 Q 0.016 0.013 0.066 0.046 0.119 0.010 0.247 0.090 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.027 0.013 0.157 0.049 0.047 0.081 0.001 28 E 0.015 0.015 0.080 0.070 0.099 0.015 0.295 0.037 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.033 0.010 0.076 0.113 0.055 0.067 0.001 29 V 0.013 0.020 0.075 0.054 0.207 0.005 0.103 0.015 0.002 0.001 0.006 0.004 0.010 0.003 0.022 0.041 0.109 0.080 0.117 0.114 0.002 30 S 0.009 0.009 0.137 0.090 0.065 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.019 0.052 0.046 0.168 0.330 0.003 31 P 0.011 0.009 0.041 0.041 0.278 0.002 0.021 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.013 0.024 0.144 0.031 0.091 0.276 0.001 32 A 0.006 0.007 0.061 0.111 0.072 0.003 0.129 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.038 0.010 0.279 0.032 0.077 0.153 0.001 33 G 0.010 0.013 0.058 0.037 0.154 0.003 0.295 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.016 0.016 0.105 0.111 0.066 0.093 0.001 34 T 0.019 0.016 0.251 0.174 0.120 0.001 0.068 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.022 0.011 0.074 0.033 0.063 0.131 0.002 35 S 0.035 0.058 0.071 0.092 0.465 0.001 0.057 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.010 0.013 0.052 0.031 0.027 0.072 0.003 36 M 0.104 0.156 0.201 0.196 0.166 0.001 0.043 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.028 0.005 0.022 0.011 0.013 0.029 0.005 37 R 0.117 0.251 0.077 0.130 0.325 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.002 0.010 0.008 0.006 0.006 0.004 0.007 0.010 38 Y 0.198 0.348 0.082 0.098 0.203 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.002 0.015 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 39 E 0.215 0.382 0.045 0.130 0.157 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.020 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 40 A 0.405 0.314 0.037 0.089 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 41 S 0.227 0.439 0.050 0.190 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 F 0.297 0.359 0.015 0.032 0.243 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.002 0.008 0.006 0.001 0.005 0.002 0.002 0.006 43 K 0.226 0.157 0.312 0.146 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.003 0.038 0.002 0.001 0.004 0.004 0.014 0.003 44 P 0.044 0.049 0.008 0.015 0.843 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.006 0.008 0.004 0.004 0.006 0.001 45 L 0.079 0.057 0.233 0.262 0.088 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.168 0.002 0.017 0.028 0.022 0.018 0.001 46 N 0.020 0.014 0.154 0.234 0.276 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.005 0.078 0.010 0.028 0.112 0.001 47 G 0.017 0.021 0.046 0.074 0.163 0.001 0.292 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.062 0.117 0.043 0.151 0.001 48 G 0.024 0.022 0.127 0.060 0.263 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.006 0.077 0.122 0.040 0.152 0.001 49 L 0.031 0.044 0.243 0.157 0.292 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.007 0.039 0.012 0.034 0.092 0.003 50 E 0.057 0.084 0.059 0.064 0.565 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.003 0.035 0.012 0.018 0.009 0.012 0.009 0.007 51 K 0.082 0.086 0.239 0.369 0.048 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.017 0.008 0.080 0.008 0.003 0.004 0.006 0.006 0.012 52 T 0.165 0.235 0.023 0.038 0.354 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.050 0.016 0.012 0.022 0.002 0.004 0.002 0.001 0.021 53 F 0.282 0.312 0.086 0.057 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.019 0.068 0.041 0.038 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 54 R 0.211 0.223 0.021 0.032 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.028 0.062 0.039 0.020 0.025 0.001 0.003 0.003 0.002 0.015 55 L 0.188 0.232 0.078 0.068 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.055 0.059 0.128 0.018 0.001 0.002 0.004 0.009 0.012 56 Q 0.153 0.125 0.027 0.056 0.338 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.008 0.016 0.026 0.028 0.084 0.044 0.006 0.008 0.019 0.041 0.007 57 A 0.048 0.073 0.064 0.182 0.130 0.002 0.011 0.021 0.001 0.001 0.009 0.009 0.022 0.017 0.176 0.038 0.142 0.011 0.018 0.023 0.003 58 Q 0.063 0.068 0.064 0.055 0.104 0.018 0.197 0.152 0.001 0.003 0.004 0.005 0.008 0.007 0.084 0.017 0.057 0.025 0.027 0.036 0.002 59 Q 0.071 0.070 0.067 0.084 0.115 0.018 0.150 0.144 0.003 0.003 0.006 0.006 0.009 0.008 0.041 0.008 0.070 0.057 0.037 0.032 0.001 60 Y 0.076 0.064 0.040 0.050 0.209 0.010 0.102 0.165 0.003 0.004 0.004 0.004 0.010 0.007 0.023 0.016 0.108 0.035 0.035 0.033 0.003 61 H 0.079 0.069 0.097 0.101 0.077 0.018 0.075 0.179 0.004 0.005 0.004 0.004 0.008 0.005 0.060 0.007 0.087 0.029 0.047 0.041 0.004 62 A 0.062 0.085 0.046 0.074 0.243 0.017 0.114 0.090 0.009 0.004 0.009 0.006 0.019 0.008 0.016 0.022 0.084 0.026 0.032 0.028 0.006 63 L 0.067 0.073 0.081 0.100 0.126 0.008 0.081 0.049 0.011 0.004 0.007 0.007 0.016 0.012 0.049 0.015 0.080 0.048 0.089 0.066 0.010 64 T 0.039 0.028 0.083 0.103 0.150 0.004 0.034 0.018 0.006 0.002 0.004 0.005 0.007 0.006 0.021 0.023 0.079 0.045 0.122 0.216 0.006 65 V 0.019 0.026 0.052 0.069 0.190 0.004 0.085 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.021 0.021 0.245 0.047 0.062 0.124 0.004 66 G 0.023 0.040 0.082 0.052 0.121 0.003 0.191 0.011 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.004 0.035 0.014 0.115 0.095 0.078 0.112 0.004 67 D 0.034 0.028 0.200 0.115 0.138 0.001 0.061 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.029 0.015 0.087 0.031 0.072 0.165 0.003 68 Q 0.022 0.049 0.094 0.121 0.272 0.001 0.108 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.003 0.021 0.022 0.181 0.015 0.016 0.048 0.005 69 G 0.118 0.191 0.109 0.066 0.153 0.001 0.202 0.005 0.001 0.001 0.007 0.010 0.021 0.004 0.030 0.007 0.020 0.026 0.009 0.011 0.009 70 T 0.227 0.250 0.141 0.101 0.172 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.024 0.005 0.012 0.006 0.003 0.008 0.004 0.005 0.010 71 L 0.221 0.249 0.049 0.045 0.359 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.019 0.003 0.013 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 72 S 0.232 0.336 0.074 0.145 0.099 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.037 0.006 0.026 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 73 Y 0.330 0.248 0.039 0.102 0.215 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.016 0.003 0.013 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 74 K 0.247 0.244 0.116 0.169 0.119 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.003 0.035 0.004 0.008 0.005 0.005 0.015 0.003 75 G 0.180 0.225 0.042 0.066 0.331 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.003 0.017 0.011 0.015 0.028 0.009 0.015 0.004 76 T 0.201 0.225 0.139 0.077 0.179 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.003 0.051 0.009 0.017 0.022 0.015 0.016 0.004 77 R 0.108 0.136 0.160 0.138 0.303 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.004 0.041 0.010 0.018 0.005 0.009 0.014 0.007 78 F 0.148 0.257 0.049 0.090 0.304 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.008 0.007 0.019 0.008 0.032 0.011 0.008 0.009 0.008 0.005 0.006 79 V 0.194 0.134 0.114 0.187 0.141 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.009 0.011 0.029 0.011 0.081 0.008 0.011 0.009 0.010 0.013 0.011 80 G 0.108 0.186 0.097 0.148 0.257 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.010 0.009 0.026 0.011 0.028 0.027 0.009 0.019 0.011 0.018 0.009 81 F 0.120 0.159 0.044 0.052 0.356 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.020 0.012 0.056 0.040 0.013 0.036 0.032 0.018 0.008 82 V 0.096 0.067 0.218 0.149 0.118 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.020 0.009 0.146 0.011 0.016 0.015 0.029 0.076 0.006 83 S 0.032 0.028 0.047 0.098 0.380 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.025 0.065 0.050 0.032 0.091 0.113 0.002 84 R 0.013 0.026 0.068 0.059 0.171 0.003 0.080 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.005 0.171 0.017 0.167 0.076 0.050 0.066 0.002 85 T 0.006 0.004 0.085 0.089 0.030 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.029 0.028 0.186 0.496 0.001 86 P 0.002 0.001 0.010 0.023 0.172 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.359 0.037 0.089 0.272 0.001 87 D 0.002 0.004 0.040 0.042 0.040 0.003 0.306 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.005 0.293 0.071 0.038 0.117 0.001 88 N 0.005 0.004 0.057 0.031 0.077 0.002 0.173 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.010 0.094 0.108 0.166 0.250 0.001 89 E 0.005 0.005 0.074 0.062 0.114 0.001 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.008 0.354 0.043 0.060 0.194 0.001