# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.153 0.207 0.250 0.004 0.013 0.018 0.029 0.032 0.004 0.025 0.025 0.058 0.002 0.065 0.074 2 A 0.062 0.021 0.336 0.239 0.005 0.088 0.018 0.003 0.019 0.018 0.009 0.032 0.072 0.002 0.002 0.075 3 P 0.117 0.067 0.173 0.154 0.022 0.268 0.008 0.012 0.003 0.002 0.076 0.017 0.066 0.006 0.003 0.008 4 L 0.010 0.255 0.065 0.389 0.010 0.045 0.004 0.012 0.009 0.001 0.083 0.084 0.021 0.003 0.005 0.005 5 Q 0.017 0.201 0.108 0.532 0.002 0.038 0.005 0.006 0.008 0.002 0.005 0.029 0.020 0.001 0.004 0.023 6 Q 0.031 0.043 0.329 0.497 0.005 0.039 0.009 0.002 0.005 0.001 0.005 0.003 0.011 0.002 0.002 0.014 7 K 0.022 0.086 0.177 0.685 0.001 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 8 Q 0.004 0.019 0.079 0.893 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.004 0.001 0.097 0.885 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.010 0.017 0.960 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.006 0.002 0.577 0.055 0.354 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 S 0.001 0.437 0.006 0.383 0.009 0.083 0.001 0.051 0.002 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.005 0.128 0.007 0.414 0.010 0.255 0.002 0.011 0.064 0.022 0.034 0.039 0.003 0.001 0.001 0.005 14 K 0.087 0.184 0.209 0.300 0.005 0.042 0.003 0.012 0.011 0.003 0.085 0.033 0.011 0.001 0.007 0.007 15 R 0.019 0.107 0.191 0.459 0.008 0.088 0.007 0.007 0.009 0.004 0.016 0.053 0.016 0.006 0.004 0.009 16 E 0.028 0.124 0.196 0.586 0.003 0.014 0.003 0.006 0.005 0.001 0.005 0.005 0.010 0.001 0.006 0.009 17 K 0.009 0.009 0.159 0.693 0.017 0.074 0.007 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 18 P 0.019 0.066 0.096 0.510 0.089 0.141 0.008 0.027 0.003 0.001 0.017 0.006 0.011 0.003 0.001 0.002 19 V 0.004 0.056 0.015 0.551 0.071 0.152 0.011 0.039 0.012 0.007 0.052 0.014 0.008 0.004 0.002 0.002 20 N 0.014 0.178 0.042 0.370 0.017 0.096 0.007 0.086 0.030 0.015 0.049 0.059 0.017 0.002 0.012 0.009 21 D 0.033 0.060 0.041 0.203 0.022 0.241 0.014 0.021 0.074 0.029 0.096 0.069 0.052 0.005 0.008 0.029 22 R 0.088 0.116 0.128 0.147 0.025 0.045 0.018 0.021 0.011 0.006 0.221 0.075 0.058 0.008 0.009 0.025 23 R 0.029 0.094 0.139 0.132 0.070 0.115 0.071 0.038 0.014 0.008 0.037 0.132 0.060 0.029 0.018 0.014 24 S 0.018 0.043 0.097 0.075 0.041 0.174 0.040 0.105 0.013 0.011 0.112 0.037 0.132 0.015 0.060 0.026 25 R 0.026 0.085 0.029 0.051 0.027 0.085 0.012 0.071 0.052 0.034 0.192 0.143 0.099 0.020 0.031 0.044 26 Q 0.114 0.077 0.061 0.088 0.006 0.035 0.013 0.029 0.051 0.014 0.093 0.173 0.151 0.011 0.046 0.038 27 Q 0.062 0.079 0.291 0.109 0.002 0.044 0.009 0.009 0.022 0.007 0.023 0.051 0.189 0.002 0.020 0.082 28 E 0.065 0.094 0.316 0.254 0.004 0.051 0.019 0.003 0.008 0.003 0.014 0.012 0.093 0.004 0.004 0.059 29 V 0.028 0.051 0.459 0.369 0.004 0.018 0.014 0.003 0.002 0.001 0.006 0.005 0.026 0.001 0.004 0.010 30 S 0.009 0.024 0.194 0.328 0.044 0.293 0.022 0.007 0.003 0.004 0.009 0.009 0.044 0.003 0.001 0.006 31 P 0.012 0.067 0.040 0.248 0.170 0.129 0.027 0.044 0.003 0.003 0.175 0.013 0.029 0.031 0.004 0.004 32 A 0.009 0.191 0.030 0.256 0.013 0.048 0.006 0.151 0.032 0.008 0.063 0.104 0.020 0.003 0.054 0.011 33 G 0.035 0.070 0.108 0.168 0.026 0.105 0.037 0.010 0.114 0.036 0.035 0.060 0.059 0.008 0.008 0.123 34 T 0.237 0.084 0.209 0.165 0.007 0.054 0.016 0.030 0.006 0.004 0.082 0.023 0.049 0.002 0.012 0.020 35 S 0.030 0.176 0.235 0.213 0.004 0.163 0.009 0.009 0.028 0.006 0.020 0.052 0.028 0.001 0.005 0.022 36 M 0.068 0.078 0.161 0.479 0.003 0.052 0.004 0.004 0.007 0.003 0.064 0.029 0.034 0.001 0.003 0.012 37 R 0.020 0.088 0.161 0.576 0.004 0.060 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.051 0.019 0.001 0.001 0.004 38 Y 0.008 0.041 0.098 0.788 0.002 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.006 0.018 0.001 0.001 0.002 39 E 0.003 0.025 0.079 0.853 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 40 A 0.005 0.012 0.075 0.848 0.007 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 41 S 0.001 0.034 0.026 0.890 0.005 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 42 F 0.004 0.033 0.023 0.912 0.002 0.011 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 43 K 0.005 0.015 0.093 0.766 0.034 0.060 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 44 P 0.007 0.043 0.041 0.532 0.152 0.136 0.008 0.033 0.002 0.001 0.023 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 45 L 0.002 0.074 0.007 0.186 0.472 0.076 0.028 0.041 0.012 0.008 0.057 0.015 0.006 0.010 0.003 0.003 46 N 0.007 0.034 0.010 0.073 0.457 0.025 0.102 0.169 0.011 0.012 0.029 0.022 0.004 0.030 0.014 0.003 47 G 0.034 0.056 0.051 0.088 0.006 0.025 0.019 0.306 0.156 0.049 0.022 0.010 0.011 0.001 0.100 0.069 48 G 0.161 0.019 0.045 0.062 0.002 0.035 0.003 0.005 0.432 0.115 0.018 0.024 0.012 0.001 0.003 0.062 49 L 0.660 0.043 0.063 0.129 0.001 0.018 0.001 0.003 0.004 0.002 0.020 0.046 0.005 0.001 0.001 0.003 50 E 0.019 0.153 0.288 0.427 0.005 0.058 0.003 0.005 0.004 0.001 0.006 0.021 0.006 0.001 0.002 0.002 51 K 0.005 0.041 0.076 0.835 0.002 0.024 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 52 T 0.009 0.027 0.110 0.843 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 F 0.003 0.001 0.078 0.906 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.014 0.037 0.877 0.048 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.014 0.005 0.820 0.037 0.092 0.001 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.028 0.002 0.030 0.010 0.888 0.001 0.019 0.003 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.004 0.036 0.001 0.028 0.004 0.010 0.001 0.012 0.010 0.003 0.871 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.009 0.044 0.016 0.041 0.001 0.015 0.001 0.004 0.010 0.003 0.010 0.828 0.013 0.001 0.002 0.004 59 Q 0.037 0.047 0.215 0.124 0.022 0.070 0.043 0.006 0.008 0.004 0.047 0.031 0.291 0.012 0.007 0.037 60 Y 0.022 0.038 0.151 0.144 0.006 0.084 0.011 0.024 0.003 0.002 0.045 0.046 0.380 0.006 0.026 0.010 61 H 0.010 0.110 0.057 0.172 0.003 0.059 0.004 0.009 0.016 0.010 0.024 0.049 0.432 0.003 0.007 0.037 62 A 0.049 0.044 0.072 0.422 0.004 0.049 0.016 0.003 0.009 0.003 0.035 0.018 0.214 0.008 0.006 0.050 63 L 0.024 0.060 0.468 0.210 0.011 0.020 0.025 0.004 0.004 0.001 0.012 0.017 0.106 0.003 0.010 0.025 64 T 0.004 0.010 0.090 0.124 0.412 0.042 0.189 0.006 0.001 0.002 0.004 0.005 0.029 0.078 0.001 0.003 65 V 0.013 0.031 0.040 0.188 0.012 0.028 0.015 0.543 0.004 0.002 0.026 0.003 0.021 0.003 0.069 0.004 66 G 0.007 0.033 0.013 0.102 0.022 0.091 0.007 0.012 0.380 0.180 0.040 0.027 0.023 0.002 0.004 0.057 67 D 0.368 0.055 0.021 0.124 0.082 0.024 0.047 0.020 0.009 0.006 0.090 0.068 0.018 0.060 0.003 0.005 68 Q 0.023 0.169 0.283 0.246 0.002 0.017 0.007 0.081 0.018 0.003 0.008 0.017 0.012 0.001 0.105 0.008 69 G 0.026 0.016 0.204 0.403 0.005 0.069 0.006 0.002 0.062 0.082 0.011 0.012 0.035 0.001 0.001 0.067 70 T 0.203 0.036 0.129 0.595 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 71 L 0.003 0.008 0.094 0.816 0.020 0.037 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 72 S 0.004 0.045 0.056 0.805 0.045 0.022 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 73 Y 0.002 0.004 0.008 0.315 0.554 0.048 0.030 0.013 0.002 0.005 0.009 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 74 K 0.007 0.092 0.025 0.339 0.022 0.054 0.006 0.382 0.013 0.006 0.020 0.008 0.006 0.001 0.018 0.002 75 G 0.006 0.027 0.009 0.201 0.028 0.058 0.004 0.014 0.257 0.303 0.039 0.020 0.009 0.001 0.001 0.021 76 T 0.332 0.063 0.053 0.288 0.010 0.043 0.004 0.027 0.019 0.006 0.038 0.080 0.023 0.002 0.006 0.005 77 R 0.032 0.109 0.226 0.322 0.009 0.068 0.008 0.014 0.021 0.011 0.056 0.038 0.053 0.001 0.008 0.024 78 F 0.039 0.047 0.136 0.282 0.143 0.142 0.031 0.010 0.007 0.009 0.025 0.047 0.043 0.027 0.002 0.009 79 V 0.019 0.071 0.111 0.409 0.021 0.040 0.013 0.136 0.008 0.003 0.047 0.019 0.041 0.004 0.055 0.004 80 G 0.009 0.064 0.077 0.560 0.008 0.037 0.006 0.013 0.056 0.027 0.011 0.019 0.031 0.001 0.006 0.076 81 F 0.160 0.032 0.151 0.432 0.038 0.052 0.014 0.007 0.015 0.008 0.016 0.010 0.038 0.004 0.002 0.020 82 V 0.024 0.060 0.234 0.389 0.054 0.108 0.023 0.029 0.004 0.003 0.022 0.011 0.023 0.007 0.005 0.004 83 S 0.009 0.100 0.048 0.343 0.039 0.256 0.011 0.062 0.010 0.011 0.044 0.020 0.024 0.005 0.012 0.006 84 R 0.023 0.189 0.049 0.402 0.017 0.034 0.006 0.027 0.061 0.016 0.060 0.036 0.026 0.002 0.007 0.045 85 T 0.099 0.029 0.129 0.306 0.031 0.129 0.053 0.009 0.021 0.015 0.033 0.062 0.051 0.013 0.005 0.014 86 P 0.029 0.114 0.252 0.143 0.021 0.115 0.014 0.081 0.005 0.004 0.087 0.027 0.060 0.007 0.032 0.010 87 D 0.011 0.148 0.032 0.184 0.041 0.171 0.018 0.027 0.056 0.024 0.075 0.108 0.048 0.012 0.009 0.037 88 N 0.064 0.042 0.062 0.065 0.075 0.110 0.083 0.028 0.011 0.008 0.203 0.084 0.099 0.033 0.018 0.014 89 E 0.021 0.116 0.092 0.055 0.023 0.042 0.043 0.125 0.015 0.011 0.146 0.112 0.083 0.017 0.080 0.019