# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.027 0.103 0.745 2 A 0.097 0.039 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.112 0.115 0.544 3 P 0.185 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.090 0.089 0.537 4 L 0.087 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.083 0.063 0.113 0.634 5 Q 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.037 0.140 0.573 6 Q 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.043 0.114 0.530 7 K 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.390 0.042 0.104 0.445 8 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.692 0.043 0.028 0.222 9 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.738 0.041 0.020 0.181 10 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.030 0.011 0.070 11 V 0.022 0.010 0.004 0.001 0.029 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.054 0.038 0.284 12 S 0.067 0.016 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.052 0.057 0.445 13 N 0.347 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.056 0.060 0.394 14 K 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.034 0.083 0.765 15 R 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.036 0.086 0.626 16 E 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.032 0.121 0.700 17 K 0.033 0.009 0.004 0.001 0.009 0.007 0.006 0.004 0.004 0.007 0.009 0.002 0.009 0.004 0.002 0.002 0.227 0.082 0.130 0.451 18 P 0.044 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.074 0.036 0.136 0.681 19 V 0.132 0.024 0.003 0.001 0.005 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.087 0.065 0.113 0.543 20 N 0.080 0.023 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.071 0.133 0.628 21 D 0.055 0.057 0.004 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.093 0.099 0.626 22 R 0.124 0.066 0.004 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.056 0.115 0.568 23 R 0.156 0.111 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.078 0.072 0.523 24 S 0.273 0.053 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.054 0.074 0.497 25 R 0.204 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 0.110 0.070 0.499 26 Q 0.092 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.094 0.129 0.092 0.543 27 Q 0.039 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.005 0.007 0.005 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.096 0.085 0.103 0.624 28 E 0.010 0.007 0.005 0.001 0.013 0.018 0.011 0.007 0.005 0.006 0.007 0.002 0.006 0.003 0.004 0.003 0.182 0.048 0.110 0.552 29 V 0.013 0.007 0.013 0.001 0.026 0.008 0.006 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.004 0.126 0.033 0.105 0.634 30 S 0.238 0.012 0.010 0.001 0.034 0.011 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.102 0.085 0.085 0.387 31 P 0.211 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.105 0.080 0.548 32 A 0.062 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.060 0.108 0.703 33 G 0.071 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.056 0.086 0.705 34 T 0.037 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.024 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.101 0.087 0.108 0.579 35 S 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.015 0.017 0.003 0.013 0.003 0.001 0.002 0.109 0.076 0.109 0.583 36 M 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.006 0.030 0.021 0.008 0.004 0.371 0.074 0.083 0.343 37 R 0.009 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.008 0.005 0.020 0.027 0.025 0.012 0.348 0.147 0.062 0.311 38 Y 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.013 0.008 0.665 0.097 0.033 0.143 39 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.808 0.038 0.018 0.111 40 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.774 0.041 0.022 0.134 41 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.027 0.018 0.106 42 F 0.012 0.006 0.003 0.002 0.013 0.032 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.502 0.041 0.053 0.277 43 K 0.057 0.008 0.011 0.003 0.145 0.127 0.048 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.109 0.041 0.172 44 P 0.051 0.008 0.005 0.002 0.024 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.052 0.109 0.646 45 L 0.372 0.003 0.003 0.001 0.032 0.017 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.042 0.047 0.423 46 N 0.090 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.047 0.072 0.734 47 G 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.033 0.075 0.819 48 G 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.036 0.019 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.041 0.084 0.073 0.603 49 L 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.071 0.037 0.010 0.017 0.005 0.002 0.003 0.166 0.063 0.087 0.478 50 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.014 0.028 0.011 0.051 0.023 0.009 0.007 0.124 0.051 0.071 0.575 51 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.005 0.032 0.042 0.031 0.010 0.672 0.052 0.022 0.109 52 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.006 0.003 0.029 0.032 0.059 0.026 0.449 0.080 0.026 0.275 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.005 0.848 0.022 0.009 0.071 54 R 0.005 0.005 0.002 0.001 0.009 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.741 0.050 0.013 0.142 55 L 0.025 0.015 0.003 0.001 0.006 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.618 0.092 0.039 0.186 56 Q 0.139 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.163 0.063 0.320 57 A 0.084 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.083 0.110 0.522 58 Q 0.056 0.107 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.072 0.093 0.477 59 Q 0.083 0.163 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.085 0.085 0.386 60 Y 0.085 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.010 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.148 0.215 0.096 0.365 61 H 0.054 0.039 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.005 0.003 0.002 0.309 0.180 0.083 0.297 62 A 0.022 0.016 0.010 0.002 0.007 0.005 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.170 0.072 0.100 0.563 63 L 0.022 0.007 0.012 0.002 0.017 0.015 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.376 0.045 0.093 0.371 64 T 0.149 0.011 0.011 0.002 0.054 0.055 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.080 0.094 0.365 65 V 0.021 0.005 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.067 0.130 0.673 66 G 0.101 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.031 0.101 0.680 67 D 0.139 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.070 0.084 0.472 68 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.027 0.107 0.774 69 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.015 0.013 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.687 0.036 0.032 0.166 70 T 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.007 0.047 0.055 0.043 0.006 0.042 0.014 0.015 0.012 0.286 0.083 0.043 0.313 71 L 0.003 0.003 0.004 0.001 0.030 0.011 0.006 0.008 0.001 0.002 0.010 0.006 0.057 0.039 0.016 0.010 0.590 0.064 0.030 0.109 72 S 0.023 0.007 0.003 0.002 0.008 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.025 0.024 0.013 0.369 0.133 0.035 0.313 73 Y 0.073 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.444 0.112 0.064 0.268 74 K 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.070 0.100 0.564 75 G 0.008 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.029 0.072 0.346 76 T 0.014 0.009 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.062 0.016 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.290 0.127 0.085 0.362 77 R 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.569 0.088 0.054 0.229 78 F 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.002 0.018 0.009 0.004 0.003 0.295 0.078 0.078 0.467 79 V 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 0.003 0.429 0.060 0.076 0.381 80 G 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.463 0.072 0.078 0.350 81 F 0.012 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.084 0.116 0.443 82 V 0.105 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.094 0.129 0.445 83 S 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.036 0.178 0.692 84 R 0.010 0.009 0.004 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.049 0.178 0.679 85 T 0.322 0.027 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.093 0.123 0.398 86 P 0.195 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.063 0.103 0.601 87 D 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.025 0.099 0.823 88 N 0.220 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.052 0.095 0.558 89 E 0.032 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.124 0.743