# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.045 0.028 0.003 0.005 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.024 0.077 0.576 2 A 0.064 0.035 0.017 0.005 0.010 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.226 0.010 0.088 0.509 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.032 0.008 0.004 0.001 0.004 0.004 0.008 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.346 0.009 0.065 0.503 5 Q 0.162 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.007 0.060 0.400 6 Q 0.165 0.026 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.007 0.035 0.498 7 K 0.124 0.022 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.011 0.036 0.259 8 Q 0.041 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.592 0.004 0.102 0.248 9 V 0.011 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.651 0.003 0.059 0.246 10 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.007 0.002 0.891 0.001 0.011 0.050 11 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.002 0.050 0.015 0.006 0.008 0.456 0.001 0.033 0.401 12 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.891 0.001 0.015 0.070 13 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.002 0.139 0.500 14 K 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.006 0.083 0.648 15 R 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.263 0.008 0.323 0.373 16 E 0.085 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.031 0.154 0.622 17 K 0.034 0.019 0.003 0.004 0.020 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.011 0.028 0.006 0.257 0.008 0.115 0.463 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 19 V 0.012 0.004 0.002 0.001 0.007 0.025 0.016 0.005 0.012 0.011 0.013 0.003 0.008 0.006 0.007 0.008 0.268 0.005 0.110 0.478 20 N 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.113 0.769 21 D 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.150 0.718 22 R 0.152 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.029 0.203 0.529 23 R 0.100 0.038 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.512 0.304 24 S 0.109 0.048 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.019 0.205 0.551 25 R 0.065 0.099 0.005 0.001 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.013 0.121 0.594 26 Q 0.198 0.062 0.030 0.001 0.009 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.030 0.221 0.351 27 Q 0.318 0.074 0.014 0.003 0.002 0.003 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.136 0.020 0.091 0.318 28 E 0.183 0.086 0.009 0.002 0.005 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.026 0.006 0.218 0.020 0.057 0.352 29 V 0.086 0.076 0.014 0.003 0.004 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 0.025 0.010 0.004 0.345 0.016 0.052 0.320 30 S 0.033 0.051 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.030 0.044 0.006 0.038 0.030 0.018 0.007 0.259 0.011 0.073 0.377 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.974 32 A 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.016 0.013 0.005 0.004 0.005 0.003 0.001 0.143 0.008 0.191 0.552 33 G 0.214 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.043 0.106 0.556 34 T 0.174 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.021 0.191 0.519 35 S 0.063 0.014 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.135 0.680 36 M 0.064 0.017 0.008 0.003 0.016 0.040 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.014 0.134 0.534 37 R 0.038 0.009 0.008 0.001 0.022 0.028 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.007 0.145 0.581 38 Y 0.031 0.009 0.005 0.002 0.012 0.026 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.006 0.083 0.359 39 E 0.019 0.008 0.002 0.001 0.007 0.007 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.718 0.003 0.045 0.166 40 A 0.012 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.003 0.039 0.218 41 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.906 0.001 0.009 0.048 42 F 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.013 0.011 0.511 0.004 0.050 0.364 43 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.084 0.298 0.176 0.013 0.330 0.002 0.017 0.058 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 45 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.189 0.094 0.009 0.024 0.010 0.002 0.003 0.234 0.003 0.053 0.245 46 N 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.004 0.097 0.708 47 G 0.050 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.014 0.162 0.686 48 G 0.256 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.098 0.130 0.459 49 L 0.078 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.012 0.255 0.578 50 E 0.017 0.002 0.020 0.001 0.094 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.099 0.681 51 K 0.017 0.002 0.001 0.001 0.093 0.284 0.070 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.002 0.034 0.139 52 T 0.019 0.004 0.003 0.001 0.017 0.030 0.045 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.002 0.082 0.483 53 F 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.854 0.001 0.017 0.089 54 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.704 0.001 0.056 0.220 55 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.803 0.001 0.026 0.155 56 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.002 0.144 0.335 57 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.003 0.061 0.643 58 Q 0.036 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.007 0.324 0.510 59 Q 0.142 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.012 0.324 0.399 60 Y 0.215 0.310 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.013 0.047 0.265 61 H 0.097 0.322 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.204 0.016 0.058 0.278 62 A 0.163 0.188 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.004 0.155 0.043 0.041 0.365 63 L 0.158 0.211 0.023 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.021 0.029 0.006 0.231 0.026 0.037 0.222 64 T 0.047 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.030 0.006 0.045 0.049 0.005 0.003 0.158 0.017 0.105 0.372 65 V 0.021 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.016 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.114 0.012 0.035 0.711 66 G 0.053 0.025 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.057 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.019 0.166 0.412 67 D 0.113 0.014 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.180 0.573 68 Q 0.097 0.062 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.023 0.121 0.570 69 G 0.160 0.019 0.018 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.066 0.093 0.271 70 T 0.129 0.009 0.022 0.004 0.005 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.352 0.015 0.185 0.258 71 L 0.010 0.008 0.005 0.004 0.046 0.041 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.003 0.002 0.569 0.003 0.033 0.230 72 S 0.006 0.005 0.001 0.002 0.044 0.039 0.091 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.009 0.006 0.003 0.643 0.002 0.019 0.097 73 Y 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.024 0.005 0.006 0.002 0.008 0.005 0.003 0.005 0.631 0.003 0.033 0.246 74 K 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.740 0.004 0.039 0.168 75 G 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.321 0.008 0.104 0.522 76 T 0.055 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.247 0.014 0.136 0.517 77 R 0.038 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.407 0.010 0.100 0.419 78 F 0.051 0.020 0.008 0.002 0.012 0.005 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.012 0.113 0.511 79 V 0.037 0.018 0.005 0.003 0.010 0.016 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.475 0.009 0.080 0.313 80 G 0.039 0.015 0.005 0.001 0.005 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.296 0.009 0.085 0.508 81 F 0.027 0.015 0.007 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.396 0.009 0.071 0.446 82 V 0.024 0.009 0.005 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.003 0.420 0.007 0.118 0.383 83 S 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.093 0.002 0.053 0.828 84 R 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.228 0.005 0.135 0.598 85 T 0.045 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.060 0.007 0.210 0.644 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 87 D 0.021 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.006 0.244 0.603 88 N 0.228 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.019 0.076 0.622 89 E 0.095 0.029 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 0.201 0.628