# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.010 0.006 0.027 0.014 0.037 0.024 0.003 0.001 0.004 0.839 2 A 0.048 0.011 0.009 0.057 0.101 0.177 0.068 0.001 0.001 0.003 0.524 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.014 0.003 0.001 0.041 0.096 0.261 0.037 0.001 0.001 0.003 0.545 5 Q 0.143 0.009 0.001 0.073 0.109 0.210 0.075 0.001 0.001 0.005 0.374 6 Q 0.174 0.013 0.001 0.049 0.129 0.173 0.034 0.001 0.001 0.004 0.422 7 K 0.070 0.009 0.002 0.085 0.284 0.323 0.030 0.001 0.001 0.003 0.193 8 Q 0.016 0.003 0.001 0.090 0.218 0.336 0.039 0.001 0.001 0.004 0.291 9 V 0.011 0.002 0.002 0.062 0.383 0.438 0.010 0.001 0.001 0.001 0.092 10 V 0.001 0.001 0.001 0.115 0.362 0.463 0.011 0.001 0.001 0.001 0.045 11 V 0.004 0.001 0.001 0.050 0.291 0.368 0.010 0.001 0.001 0.001 0.275 12 S 0.002 0.001 0.001 0.085 0.246 0.596 0.008 0.001 0.001 0.001 0.061 13 N 0.003 0.002 0.001 0.038 0.242 0.369 0.044 0.001 0.001 0.002 0.299 14 K 0.017 0.003 0.001 0.046 0.139 0.219 0.049 0.001 0.001 0.004 0.523 15 R 0.052 0.003 0.001 0.031 0.072 0.165 0.219 0.001 0.001 0.007 0.447 16 E 0.099 0.005 0.003 0.018 0.061 0.132 0.113 0.002 0.001 0.020 0.547 17 K 0.095 0.008 0.005 0.031 0.150 0.170 0.094 0.001 0.001 0.005 0.440 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 19 V 0.015 0.004 0.001 0.038 0.104 0.325 0.091 0.001 0.001 0.004 0.417 20 N 0.066 0.008 0.001 0.023 0.033 0.050 0.082 0.001 0.001 0.004 0.731 21 D 0.115 0.015 0.003 0.016 0.044 0.047 0.107 0.001 0.001 0.008 0.645 22 R 0.112 0.019 0.005 0.017 0.016 0.019 0.294 0.001 0.001 0.010 0.507 23 R 0.072 0.019 0.002 0.011 0.016 0.025 0.506 0.001 0.001 0.013 0.336 24 S 0.139 0.047 0.005 0.017 0.028 0.044 0.240 0.003 0.001 0.023 0.455 25 R 0.084 0.076 0.005 0.010 0.023 0.032 0.191 0.003 0.001 0.013 0.562 26 Q 0.107 0.068 0.010 0.012 0.019 0.030 0.252 0.004 0.001 0.013 0.485 27 Q 0.109 0.097 0.007 0.015 0.036 0.049 0.205 0.007 0.001 0.010 0.466 28 E 0.214 0.101 0.009 0.020 0.061 0.087 0.102 0.009 0.001 0.009 0.388 29 V 0.162 0.121 0.018 0.026 0.078 0.118 0.057 0.008 0.001 0.006 0.408 30 S 0.073 0.058 0.008 0.032 0.163 0.189 0.070 0.005 0.001 0.005 0.397 31 P 0.003 0.003 0.001 0.004 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.972 32 A 0.018 0.019 0.003 0.033 0.062 0.142 0.183 0.002 0.001 0.005 0.533 33 G 0.199 0.014 0.004 0.028 0.033 0.059 0.133 0.003 0.001 0.022 0.504 34 T 0.254 0.033 0.011 0.027 0.035 0.047 0.123 0.002 0.001 0.012 0.455 35 S 0.052 0.018 0.005 0.021 0.042 0.057 0.103 0.001 0.001 0.011 0.691 36 M 0.077 0.013 0.007 0.036 0.098 0.153 0.108 0.001 0.001 0.017 0.489 37 R 0.040 0.011 0.005 0.036 0.136 0.231 0.162 0.002 0.001 0.010 0.366 38 Y 0.030 0.005 0.003 0.027 0.294 0.455 0.032 0.001 0.001 0.004 0.148 39 E 0.014 0.008 0.001 0.030 0.348 0.488 0.022 0.001 0.001 0.002 0.086 40 A 0.009 0.004 0.001 0.020 0.523 0.356 0.007 0.001 0.001 0.001 0.079 41 S 0.007 0.002 0.001 0.027 0.348 0.564 0.004 0.001 0.001 0.001 0.047 42 F 0.011 0.002 0.001 0.019 0.330 0.529 0.006 0.001 0.001 0.001 0.100 43 K 0.002 0.001 0.001 0.014 0.462 0.451 0.011 0.001 0.001 0.001 0.058 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 45 L 0.002 0.001 0.001 0.012 0.166 0.650 0.039 0.001 0.001 0.001 0.129 46 N 0.064 0.004 0.001 0.013 0.044 0.112 0.094 0.001 0.001 0.009 0.660 47 G 0.102 0.008 0.001 0.008 0.058 0.075 0.082 0.001 0.001 0.016 0.650 48 G 0.417 0.004 0.010 0.006 0.018 0.020 0.113 0.001 0.001 0.043 0.369 49 L 0.076 0.004 0.009 0.008 0.026 0.037 0.181 0.001 0.001 0.012 0.647 50 E 0.010 0.003 0.003 0.014 0.145 0.256 0.096 0.001 0.001 0.010 0.463 51 K 0.024 0.004 0.001 0.016 0.331 0.448 0.034 0.001 0.001 0.003 0.139 52 T 0.025 0.009 0.001 0.021 0.270 0.439 0.025 0.001 0.001 0.001 0.209 53 F 0.016 0.003 0.001 0.021 0.444 0.449 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 54 R 0.006 0.009 0.001 0.048 0.297 0.468 0.016 0.001 0.001 0.002 0.154 55 L 0.007 0.005 0.002 0.056 0.319 0.481 0.015 0.001 0.001 0.001 0.113 56 Q 0.005 0.008 0.001 0.049 0.124 0.468 0.088 0.001 0.001 0.003 0.255 57 A 0.011 0.007 0.002 0.028 0.060 0.162 0.047 0.001 0.001 0.003 0.681 58 Q 0.012 0.029 0.001 0.019 0.044 0.067 0.233 0.001 0.001 0.006 0.589 59 Q 0.143 0.036 0.005 0.020 0.013 0.037 0.434 0.003 0.001 0.013 0.297 60 Y 0.173 0.424 0.004 0.028 0.049 0.076 0.050 0.002 0.001 0.006 0.189 61 H 0.075 0.423 0.011 0.027 0.076 0.074 0.060 0.004 0.001 0.006 0.244 62 A 0.074 0.468 0.021 0.020 0.028 0.040 0.057 0.009 0.001 0.004 0.280 63 L 0.215 0.330 0.005 0.038 0.055 0.152 0.027 0.013 0.001 0.003 0.161 64 T 0.107 0.382 0.006 0.024 0.077 0.066 0.085 0.031 0.001 0.007 0.215 65 V 0.079 0.224 0.034 0.028 0.033 0.074 0.035 0.018 0.001 0.004 0.471 66 G 0.113 0.095 0.011 0.050 0.091 0.127 0.120 0.036 0.001 0.018 0.340 67 D 0.353 0.020 0.032 0.022 0.034 0.031 0.143 0.004 0.001 0.034 0.327 68 Q 0.024 0.019 0.020 0.032 0.032 0.050 0.158 0.002 0.001 0.008 0.653 69 G 0.056 0.006 0.009 0.068 0.206 0.248 0.166 0.002 0.001 0.042 0.197 70 T 0.115 0.010 0.014 0.070 0.113 0.144 0.223 0.001 0.001 0.020 0.291 71 L 0.014 0.006 0.001 0.075 0.354 0.386 0.033 0.001 0.001 0.001 0.128 72 S 0.007 0.003 0.001 0.042 0.287 0.483 0.027 0.001 0.001 0.003 0.149 73 Y 0.011 0.005 0.001 0.063 0.296 0.394 0.025 0.001 0.001 0.001 0.203 74 K 0.008 0.004 0.001 0.048 0.247 0.436 0.039 0.001 0.001 0.003 0.215 75 G 0.021 0.003 0.002 0.054 0.177 0.384 0.071 0.001 0.001 0.010 0.276 76 T 0.036 0.004 0.003 0.050 0.247 0.259 0.090 0.001 0.001 0.012 0.299 77 R 0.037 0.004 0.006 0.080 0.196 0.273 0.126 0.001 0.001 0.013 0.265 78 F 0.020 0.004 0.002 0.072 0.109 0.244 0.086 0.001 0.001 0.005 0.458 79 V 0.015 0.005 0.001 0.119 0.278 0.447 0.027 0.001 0.001 0.003 0.104 80 G 0.010 0.008 0.001 0.078 0.143 0.252 0.036 0.002 0.001 0.003 0.468 81 F 0.025 0.005 0.001 0.086 0.218 0.371 0.024 0.001 0.001 0.001 0.268 82 V 0.016 0.006 0.001 0.083 0.169 0.239 0.092 0.001 0.001 0.004 0.388 83 S 0.009 0.002 0.001 0.024 0.082 0.120 0.036 0.001 0.001 0.003 0.723 84 R 0.030 0.002 0.002 0.030 0.048 0.100 0.076 0.001 0.001 0.008 0.703 85 T 0.071 0.003 0.004 0.019 0.048 0.056 0.317 0.001 0.001 0.010 0.471 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 87 D 0.015 0.006 0.001 0.019 0.045 0.130 0.218 0.001 0.001 0.013 0.552 88 N 0.239 0.010 0.004 0.010 0.015 0.020 0.124 0.001 0.001 0.020 0.557 89 E 0.241 0.020 0.006 0.008 0.012 0.014 0.182 0.001 0.001 0.011 0.504