# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.7434 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.020 0.022 0.025 0.051 0.048 0.011 0.763 2 A 0.083 0.012 0.041 0.081 0.100 0.115 0.006 0.562 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.013 0.003 0.038 0.126 0.310 0.065 0.003 0.441 5 Q 0.097 0.012 0.043 0.148 0.149 0.092 0.009 0.449 6 Q 0.100 0.025 0.041 0.114 0.129 0.039 0.011 0.541 7 K 0.051 0.012 0.085 0.267 0.344 0.029 0.006 0.205 8 Q 0.034 0.004 0.094 0.128 0.124 0.115 0.006 0.496 9 V 0.008 0.001 0.080 0.281 0.431 0.016 0.002 0.180 10 V 0.002 0.001 0.128 0.355 0.455 0.012 0.001 0.047 11 V 0.002 0.001 0.064 0.232 0.252 0.021 0.001 0.427 12 S 0.001 0.001 0.223 0.240 0.477 0.015 0.001 0.043 13 N 0.002 0.001 0.045 0.075 0.101 0.095 0.002 0.679 14 K 0.009 0.002 0.131 0.081 0.259 0.067 0.005 0.447 15 R 0.008 0.002 0.038 0.039 0.064 0.451 0.007 0.389 16 E 0.181 0.004 0.021 0.026 0.046 0.076 0.053 0.594 17 K 0.229 0.017 0.056 0.091 0.105 0.220 0.007 0.275 18 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.989 19 V 0.013 0.003 0.030 0.069 0.421 0.067 0.002 0.394 20 N 0.040 0.010 0.011 0.034 0.046 0.146 0.005 0.709 21 D 0.081 0.015 0.016 0.025 0.059 0.079 0.012 0.712 22 R 0.127 0.028 0.039 0.022 0.030 0.195 0.014 0.544 23 R 0.101 0.026 0.021 0.025 0.027 0.437 0.017 0.347 24 S 0.067 0.077 0.023 0.027 0.060 0.177 0.011 0.559 25 R 0.042 0.116 0.017 0.021 0.058 0.149 0.010 0.586 26 Q 0.136 0.082 0.018 0.028 0.047 0.295 0.031 0.364 27 Q 0.250 0.157 0.022 0.048 0.047 0.112 0.036 0.328 28 E 0.206 0.172 0.024 0.079 0.086 0.066 0.025 0.343 29 V 0.124 0.127 0.041 0.070 0.131 0.040 0.025 0.442 30 S 0.087 0.055 0.084 0.173 0.219 0.057 0.014 0.312 31 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.993 32 A 0.015 0.006 0.032 0.048 0.109 0.115 0.006 0.670 33 G 0.144 0.010 0.039 0.031 0.046 0.103 0.019 0.607 34 T 0.190 0.013 0.039 0.055 0.057 0.147 0.021 0.479 35 S 0.067 0.012 0.040 0.057 0.075 0.115 0.010 0.624 36 M 0.051 0.011 0.060 0.161 0.238 0.108 0.007 0.362 37 R 0.030 0.007 0.049 0.203 0.229 0.135 0.006 0.342 38 Y 0.012 0.004 0.042 0.338 0.405 0.025 0.003 0.172 39 E 0.006 0.004 0.052 0.342 0.490 0.020 0.002 0.084 40 A 0.005 0.006 0.038 0.393 0.430 0.010 0.002 0.116 41 S 0.004 0.003 0.041 0.340 0.571 0.007 0.002 0.033 42 F 0.005 0.004 0.025 0.292 0.531 0.008 0.003 0.132 43 K 0.003 0.001 0.031 0.417 0.508 0.007 0.001 0.031 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 45 L 0.004 0.001 0.037 0.095 0.668 0.031 0.001 0.163 46 N 0.037 0.008 0.018 0.064 0.090 0.208 0.012 0.564 47 G 0.232 0.005 0.014 0.033 0.082 0.069 0.047 0.519 48 G 0.255 0.007 0.035 0.066 0.077 0.148 0.020 0.392 49 L 0.035 0.002 0.019 0.070 0.052 0.149 0.005 0.667 50 E 0.012 0.001 0.022 0.139 0.314 0.079 0.003 0.429 51 K 0.019 0.002 0.044 0.294 0.351 0.053 0.003 0.235 52 T 0.016 0.003 0.064 0.210 0.385 0.035 0.002 0.285 53 F 0.014 0.003 0.109 0.354 0.361 0.021 0.002 0.136 54 R 0.003 0.001 0.096 0.286 0.493 0.010 0.001 0.110 55 L 0.002 0.001 0.087 0.411 0.379 0.016 0.001 0.103 56 Q 0.002 0.001 0.050 0.192 0.331 0.117 0.001 0.305 57 A 0.005 0.004 0.057 0.063 0.328 0.064 0.002 0.476 58 Q 0.008 0.007 0.034 0.035 0.076 0.421 0.007 0.412 59 Q 0.194 0.011 0.031 0.036 0.054 0.293 0.050 0.331 60 Y 0.149 0.206 0.049 0.072 0.108 0.093 0.012 0.311 61 H 0.053 0.136 0.048 0.150 0.220 0.111 0.009 0.272 62 A 0.075 0.096 0.027 0.079 0.161 0.064 0.017 0.480 63 L 0.110 0.060 0.071 0.174 0.298 0.035 0.016 0.237 64 T 0.044 0.049 0.032 0.232 0.234 0.100 0.012 0.298 65 V 0.027 0.034 0.056 0.073 0.159 0.042 0.010 0.600 66 G 0.035 0.020 0.066 0.087 0.108 0.307 0.019 0.360 67 D 0.261 0.012 0.023 0.089 0.056 0.170 0.054 0.336 68 Q 0.062 0.056 0.050 0.060 0.127 0.093 0.013 0.538 69 G 0.054 0.015 0.048 0.162 0.212 0.245 0.018 0.245 70 T 0.118 0.005 0.060 0.233 0.234 0.109 0.022 0.218 71 L 0.008 0.004 0.041 0.409 0.421 0.013 0.002 0.101 72 S 0.002 0.002 0.033 0.372 0.526 0.014 0.001 0.051 73 Y 0.005 0.005 0.036 0.289 0.526 0.021 0.002 0.116 74 K 0.006 0.005 0.032 0.298 0.524 0.018 0.003 0.114 75 G 0.021 0.004 0.035 0.241 0.491 0.033 0.008 0.167 76 T 0.030 0.007 0.055 0.327 0.347 0.032 0.008 0.194 77 R 0.016 0.005 0.035 0.235 0.371 0.042 0.004 0.292 78 F 0.009 0.004 0.039 0.189 0.474 0.027 0.002 0.257 79 V 0.004 0.003 0.052 0.334 0.518 0.012 0.001 0.076 80 G 0.014 0.009 0.044 0.209 0.391 0.035 0.004 0.294 81 F 0.023 0.009 0.107 0.172 0.383 0.029 0.005 0.273 82 V 0.016 0.008 0.110 0.225 0.390 0.052 0.004 0.195 83 S 0.010 0.007 0.035 0.064 0.108 0.055 0.004 0.717 84 R 0.022 0.009 0.057 0.052 0.168 0.088 0.008 0.595 85 T 0.082 0.015 0.048 0.056 0.099 0.107 0.007 0.586 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 87 D 0.020 0.006 0.014 0.021 0.049 0.174 0.004 0.711 88 N 0.250 0.022 0.022 0.011 0.033 0.070 0.013 0.579 89 E 0.127 0.024 0.015 0.012 0.020 0.183 0.015 0.604