# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5023 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.011 0.323 0.006 0.030 0.032 0.001 0.001 0.003 0.314 0.237 0.015 0.026 2 A 0.002 0.011 0.452 0.005 0.018 0.024 0.001 0.001 0.003 0.322 0.124 0.024 0.014 3 P 0.006 0.017 0.560 0.008 0.034 0.026 0.001 0.001 0.005 0.120 0.109 0.033 0.081 4 L 0.022 0.020 0.432 0.019 0.054 0.035 0.003 0.001 0.010 0.088 0.094 0.058 0.165 5 Q 0.047 0.010 0.267 0.040 0.016 0.010 0.004 0.001 0.010 0.076 0.028 0.362 0.130 6 Q 0.098 0.004 0.115 0.019 0.006 0.003 0.007 0.001 0.009 0.012 0.012 0.038 0.676 7 K 0.124 0.002 0.064 0.062 0.001 0.002 0.006 0.001 0.012 0.021 0.004 0.655 0.047 8 Q 0.251 0.002 0.044 0.016 0.001 0.002 0.028 0.002 0.023 0.006 0.004 0.069 0.553 9 V 0.431 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.027 0.005 0.018 0.001 0.001 0.331 0.161 10 V 0.631 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.068 0.006 0.014 0.001 0.001 0.134 0.122 11 V 0.597 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.056 0.010 0.023 0.001 0.001 0.122 0.180 12 S 0.500 0.002 0.013 0.088 0.002 0.001 0.055 0.006 0.026 0.003 0.004 0.118 0.181 13 N 0.173 0.004 0.113 0.020 0.003 0.001 0.014 0.003 0.027 0.035 0.018 0.226 0.362 14 K 0.068 0.008 0.234 0.037 0.015 0.006 0.006 0.002 0.020 0.076 0.086 0.147 0.297 15 R 0.066 0.020 0.237 0.015 0.039 0.011 0.006 0.002 0.022 0.067 0.093 0.287 0.136 16 E 0.021 0.031 0.363 0.015 0.045 0.015 0.006 0.003 0.020 0.129 0.067 0.045 0.242 17 K 0.012 0.031 0.413 0.007 0.009 0.009 0.002 0.002 0.020 0.122 0.027 0.303 0.043 18 P 0.014 0.067 0.446 0.007 0.018 0.015 0.004 0.002 0.014 0.076 0.048 0.016 0.276 19 V 0.008 0.046 0.480 0.017 0.029 0.020 0.002 0.001 0.013 0.129 0.095 0.130 0.030 20 N 0.005 0.023 0.389 0.009 0.036 0.023 0.001 0.001 0.008 0.191 0.209 0.017 0.089 21 D 0.004 0.028 0.430 0.006 0.048 0.031 0.001 0.001 0.004 0.198 0.193 0.027 0.030 22 R 0.004 0.028 0.381 0.004 0.070 0.060 0.001 0.001 0.006 0.186 0.207 0.018 0.035 23 R 0.004 0.039 0.403 0.003 0.062 0.059 0.001 0.001 0.007 0.183 0.180 0.027 0.029 24 S 0.003 0.034 0.373 0.006 0.065 0.050 0.001 0.001 0.005 0.203 0.219 0.014 0.026 25 R 0.003 0.033 0.338 0.007 0.046 0.036 0.001 0.001 0.004 0.237 0.260 0.020 0.016 26 Q 0.004 0.032 0.428 0.006 0.075 0.051 0.001 0.001 0.004 0.158 0.193 0.012 0.034 27 Q 0.008 0.024 0.396 0.013 0.121 0.051 0.001 0.001 0.004 0.153 0.160 0.029 0.038 28 E 0.016 0.030 0.384 0.008 0.076 0.043 0.003 0.001 0.011 0.152 0.127 0.085 0.065 29 V 0.023 0.062 0.471 0.005 0.040 0.024 0.005 0.003 0.013 0.098 0.060 0.027 0.170 30 S 0.009 0.031 0.546 0.006 0.009 0.010 0.002 0.002 0.014 0.150 0.033 0.160 0.028 31 P 0.006 0.022 0.526 0.004 0.022 0.017 0.001 0.001 0.009 0.124 0.119 0.017 0.132 32 A 0.003 0.012 0.196 0.010 0.027 0.014 0.001 0.001 0.002 0.200 0.485 0.035 0.015 33 G 0.005 0.010 0.259 0.009 0.026 0.008 0.001 0.001 0.002 0.283 0.297 0.029 0.071 34 T 0.022 0.011 0.286 0.010 0.015 0.006 0.001 0.001 0.002 0.253 0.128 0.112 0.154 35 S 0.095 0.011 0.206 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.091 0.083 0.144 0.327 36 M 0.251 0.004 0.064 0.027 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.037 0.016 0.308 0.281 37 R 0.534 0.001 0.023 0.027 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.003 0.119 0.278 38 Y 0.728 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.084 39 E 0.817 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.097 40 A 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.054 41 S 0.809 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.052 42 F 0.582 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.353 43 K 0.171 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.780 0.034 44 P 0.087 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.868 45 L 0.020 0.007 0.158 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.020 0.651 0.091 46 N 0.007 0.004 0.102 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.474 0.031 0.243 47 G 0.002 0.004 0.043 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.715 0.018 0.011 48 G 0.005 0.006 0.159 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.324 0.045 0.031 49 L 0.055 0.021 0.360 0.006 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.083 0.038 0.084 0.338 50 E 0.259 0.016 0.103 0.025 0.008 0.006 0.012 0.001 0.003 0.016 0.015 0.195 0.341 51 K 0.269 0.003 0.037 0.060 0.002 0.004 0.013 0.001 0.004 0.009 0.004 0.477 0.120 52 T 0.473 0.001 0.018 0.038 0.001 0.002 0.023 0.001 0.003 0.002 0.002 0.090 0.347 53 F 0.596 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.049 0.001 0.006 0.001 0.001 0.244 0.090 54 R 0.580 0.002 0.010 0.005 0.001 0.002 0.036 0.002 0.007 0.001 0.002 0.088 0.263 55 L 0.231 0.006 0.053 0.004 0.001 0.002 0.009 0.001 0.014 0.005 0.001 0.523 0.151 56 Q 0.024 0.006 0.548 0.015 0.002 0.007 0.003 0.001 0.020 0.042 0.009 0.031 0.294 57 A 0.010 0.005 0.106 0.013 0.136 0.418 0.002 0.001 0.004 0.068 0.184 0.014 0.039 58 Q 0.010 0.005 0.046 0.012 0.261 0.321 0.001 0.001 0.005 0.039 0.231 0.044 0.024 59 Q 0.022 0.008 0.076 0.004 0.348 0.284 0.003 0.004 0.008 0.040 0.095 0.019 0.090 60 Y 0.020 0.011 0.160 0.024 0.176 0.348 0.004 0.004 0.017 0.063 0.128 0.016 0.029 61 H 0.039 0.011 0.105 0.027 0.106 0.210 0.004 0.002 0.008 0.100 0.306 0.050 0.031 62 A 0.067 0.024 0.174 0.009 0.076 0.152 0.010 0.004 0.026 0.062 0.172 0.038 0.186 63 L 0.104 0.034 0.244 0.016 0.045 0.114 0.026 0.013 0.036 0.096 0.042 0.086 0.143 64 T 0.030 0.017 0.455 0.008 0.011 0.034 0.005 0.007 0.037 0.091 0.045 0.161 0.098 65 V 0.014 0.016 0.237 0.010 0.034 0.033 0.003 0.003 0.014 0.086 0.378 0.021 0.152 66 G 0.004 0.004 0.145 0.022 0.018 0.008 0.001 0.001 0.005 0.333 0.405 0.043 0.010 67 D 0.011 0.006 0.158 0.016 0.028 0.008 0.001 0.001 0.005 0.412 0.219 0.033 0.103 68 Q 0.083 0.010 0.177 0.021 0.025 0.010 0.006 0.002 0.007 0.123 0.296 0.038 0.201 69 G 0.250 0.007 0.122 0.032 0.008 0.009 0.017 0.003 0.010 0.073 0.029 0.359 0.080 70 T 0.409 0.003 0.050 0.007 0.002 0.004 0.026 0.003 0.006 0.007 0.004 0.084 0.395 71 L 0.621 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.035 0.003 0.005 0.001 0.001 0.242 0.076 72 S 0.641 0.003 0.014 0.016 0.001 0.004 0.046 0.003 0.006 0.002 0.002 0.067 0.196 73 Y 0.305 0.002 0.040 0.018 0.002 0.002 0.009 0.001 0.006 0.009 0.007 0.380 0.220 74 K 0.214 0.003 0.064 0.070 0.005 0.007 0.009 0.001 0.005 0.052 0.122 0.107 0.343 75 G 0.140 0.006 0.108 0.022 0.013 0.011 0.005 0.001 0.003 0.120 0.190 0.146 0.236 76 T 0.165 0.006 0.135 0.022 0.012 0.011 0.006 0.001 0.005 0.069 0.045 0.240 0.284 77 R 0.342 0.008 0.054 0.009 0.012 0.017 0.015 0.004 0.007 0.016 0.016 0.176 0.324 78 F 0.414 0.012 0.055 0.039 0.021 0.031 0.036 0.007 0.016 0.011 0.014 0.129 0.215 79 V 0.401 0.005 0.039 0.089 0.015 0.018 0.025 0.004 0.013 0.012 0.013 0.211 0.155 80 G 0.288 0.007 0.064 0.050 0.013 0.021 0.021 0.003 0.016 0.022 0.037 0.192 0.267 81 F 0.240 0.010 0.123 0.020 0.017 0.018 0.014 0.003 0.012 0.029 0.036 0.121 0.357 82 V 0.145 0.009 0.148 0.019 0.017 0.017 0.010 0.001 0.019 0.036 0.029 0.413 0.138 83 S 0.050 0.030 0.218 0.006 0.024 0.016 0.005 0.002 0.014 0.082 0.099 0.081 0.374 84 R 0.011 0.034 0.416 0.012 0.013 0.008 0.002 0.001 0.009 0.248 0.105 0.091 0.050 85 T 0.002 0.016 0.687 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.187 0.037 0.016 0.038 86 P 0.002 0.016 0.443 0.004 0.049 0.015 0.001 0.001 0.002 0.173 0.262 0.010 0.023 87 D 0.001 0.020 0.325 0.004 0.069 0.021 0.001 0.001 0.003 0.182 0.350 0.014 0.009 88 N 0.002 0.028 0.511 0.003 0.050 0.019 0.001 0.001 0.004 0.231 0.121 0.010 0.021 89 E 0.003 0.036 0.636 0.003 0.029 0.024 0.001 0.001 0.006 0.162 0.057 0.021 0.021