# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5023 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.123 0.122 0.209 0.008 0.029 0.018 0.016 0.119 0.044 0.022 0.026 0.038 0.006 0.010 0.136 2 A 0.274 0.042 0.224 0.338 0.003 0.022 0.006 0.007 0.011 0.005 0.010 0.018 0.020 0.001 0.006 0.013 3 P 0.052 0.026 0.333 0.272 0.012 0.204 0.007 0.006 0.006 0.009 0.021 0.017 0.025 0.001 0.001 0.008 4 L 0.019 0.158 0.060 0.572 0.010 0.083 0.003 0.009 0.004 0.001 0.049 0.014 0.013 0.001 0.001 0.004 5 Q 0.005 0.077 0.061 0.780 0.003 0.031 0.001 0.005 0.005 0.001 0.007 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 6 Q 0.018 0.082 0.238 0.566 0.004 0.052 0.004 0.003 0.005 0.002 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.006 7 K 0.009 0.053 0.117 0.786 0.001 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.002 0.007 0.085 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.004 0.001 0.049 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.015 0.978 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.002 0.001 0.472 0.180 0.340 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 S 0.001 0.251 0.002 0.513 0.050 0.039 0.001 0.108 0.002 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.002 0.083 0.004 0.253 0.027 0.382 0.002 0.048 0.074 0.051 0.031 0.035 0.003 0.001 0.002 0.002 14 K 0.037 0.166 0.119 0.187 0.011 0.051 0.005 0.044 0.020 0.012 0.283 0.030 0.018 0.001 0.007 0.010 15 R 0.041 0.098 0.131 0.269 0.014 0.106 0.012 0.016 0.026 0.011 0.036 0.192 0.024 0.004 0.007 0.015 16 E 0.034 0.125 0.305 0.371 0.008 0.020 0.011 0.010 0.011 0.003 0.017 0.017 0.032 0.004 0.008 0.024 17 K 0.024 0.030 0.184 0.536 0.018 0.102 0.013 0.005 0.010 0.006 0.008 0.014 0.031 0.002 0.003 0.015 18 P 0.034 0.061 0.195 0.352 0.072 0.110 0.027 0.014 0.004 0.008 0.052 0.013 0.035 0.006 0.002 0.012 19 V 0.013 0.089 0.043 0.403 0.066 0.157 0.014 0.048 0.011 0.008 0.046 0.050 0.032 0.008 0.005 0.007 20 N 0.012 0.096 0.050 0.266 0.024 0.145 0.013 0.069 0.032 0.027 0.096 0.063 0.070 0.007 0.017 0.013 21 D 0.026 0.079 0.041 0.138 0.011 0.202 0.012 0.027 0.033 0.021 0.118 0.135 0.114 0.004 0.014 0.024 22 R 0.047 0.064 0.107 0.098 0.019 0.041 0.013 0.016 0.018 0.008 0.239 0.127 0.154 0.010 0.010 0.031 23 R 0.029 0.038 0.133 0.071 0.092 0.054 0.104 0.015 0.007 0.005 0.039 0.118 0.101 0.154 0.021 0.020 24 S 0.010 0.034 0.092 0.047 0.017 0.084 0.023 0.134 0.005 0.006 0.051 0.026 0.201 0.008 0.238 0.022 25 R 0.016 0.059 0.035 0.035 0.031 0.045 0.042 0.021 0.087 0.054 0.130 0.047 0.124 0.065 0.011 0.197 26 Q 0.244 0.049 0.058 0.048 0.006 0.051 0.028 0.049 0.013 0.005 0.053 0.139 0.133 0.014 0.095 0.016 27 Q 0.022 0.092 0.308 0.068 0.003 0.038 0.017 0.012 0.034 0.015 0.033 0.051 0.152 0.005 0.025 0.127 28 E 0.162 0.072 0.174 0.243 0.009 0.030 0.028 0.005 0.017 0.004 0.031 0.044 0.102 0.011 0.008 0.062 29 V 0.036 0.038 0.554 0.254 0.007 0.014 0.015 0.007 0.003 0.001 0.006 0.008 0.029 0.005 0.007 0.015 30 S 0.016 0.019 0.297 0.461 0.021 0.088 0.012 0.006 0.006 0.008 0.006 0.008 0.034 0.001 0.004 0.013 31 P 0.024 0.041 0.040 0.197 0.403 0.093 0.074 0.006 0.003 0.006 0.047 0.008 0.017 0.029 0.001 0.010 32 A 0.012 0.110 0.030 0.281 0.007 0.041 0.002 0.413 0.007 0.003 0.024 0.025 0.009 0.001 0.033 0.003 33 G 0.010 0.047 0.044 0.109 0.020 0.211 0.010 0.009 0.208 0.198 0.036 0.028 0.025 0.002 0.002 0.043 34 T 0.336 0.128 0.066 0.168 0.004 0.032 0.005 0.026 0.005 0.002 0.168 0.031 0.019 0.001 0.005 0.005 35 S 0.017 0.163 0.337 0.273 0.002 0.068 0.003 0.005 0.028 0.004 0.008 0.062 0.012 0.001 0.004 0.014 36 M 0.034 0.075 0.224 0.594 0.001 0.034 0.002 0.002 0.003 0.001 0.008 0.004 0.012 0.001 0.001 0.006 37 R 0.007 0.064 0.203 0.717 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 Y 0.002 0.001 0.076 0.918 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.002 0.058 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.001 0.003 0.003 0.988 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.001 0.004 0.002 0.982 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.001 0.019 0.008 0.919 0.018 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 P 0.001 0.023 0.004 0.380 0.108 0.459 0.001 0.007 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.001 0.062 0.004 0.072 0.686 0.050 0.006 0.018 0.003 0.003 0.085 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 46 N 0.003 0.067 0.007 0.045 0.395 0.019 0.029 0.300 0.013 0.006 0.024 0.037 0.002 0.031 0.020 0.001 47 G 0.004 0.014 0.016 0.022 0.003 0.010 0.002 0.623 0.069 0.063 0.015 0.006 0.006 0.001 0.131 0.015 48 G 0.124 0.036 0.028 0.042 0.003 0.022 0.004 0.011 0.370 0.163 0.034 0.018 0.012 0.001 0.003 0.131 49 L 0.713 0.029 0.073 0.077 0.001 0.028 0.002 0.004 0.006 0.002 0.018 0.033 0.008 0.001 0.002 0.004 50 E 0.019 0.195 0.511 0.204 0.001 0.029 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.006 51 K 0.007 0.036 0.129 0.808 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 52 T 0.003 0.004 0.230 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.001 0.062 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.008 0.959 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.008 0.002 0.833 0.041 0.107 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.101 0.001 0.228 0.025 0.549 0.001 0.037 0.008 0.013 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.005 0.035 0.003 0.100 0.010 0.081 0.001 0.029 0.015 0.006 0.681 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.008 0.128 0.052 0.067 0.008 0.041 0.003 0.012 0.009 0.004 0.056 0.560 0.045 0.001 0.004 0.003 59 Q 0.018 0.036 0.068 0.100 0.093 0.063 0.070 0.011 0.009 0.004 0.061 0.057 0.213 0.139 0.009 0.047 60 Y 0.011 0.048 0.167 0.107 0.009 0.070 0.031 0.093 0.003 0.002 0.031 0.036 0.221 0.007 0.155 0.009 61 H 0.010 0.105 0.073 0.137 0.002 0.039 0.008 0.019 0.092 0.039 0.029 0.039 0.228 0.004 0.017 0.161 62 A 0.274 0.029 0.070 0.287 0.006 0.020 0.011 0.003 0.016 0.003 0.041 0.025 0.136 0.008 0.004 0.067 63 L 0.020 0.020 0.672 0.163 0.005 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.070 0.001 0.004 0.007 64 T 0.002 0.008 0.033 0.055 0.606 0.060 0.120 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.015 0.085 0.001 0.005 65 V 0.003 0.026 0.012 0.079 0.008 0.017 0.001 0.736 0.001 0.001 0.024 0.003 0.009 0.001 0.079 0.001 66 G 0.002 0.028 0.011 0.029 0.012 0.067 0.004 0.007 0.377 0.341 0.015 0.022 0.017 0.001 0.001 0.065 67 D 0.622 0.044 0.017 0.027 0.028 0.025 0.066 0.010 0.004 0.002 0.083 0.033 0.021 0.013 0.003 0.004 68 Q 0.010 0.213 0.382 0.113 0.001 0.008 0.002 0.103 0.014 0.002 0.006 0.034 0.010 0.001 0.092 0.011 69 G 0.037 0.012 0.236 0.502 0.001 0.013 0.001 0.001 0.068 0.022 0.004 0.003 0.011 0.001 0.001 0.089 70 T 0.169 0.017 0.232 0.569 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 71 L 0.002 0.003 0.099 0.842 0.015 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 72 S 0.001 0.021 0.022 0.832 0.092 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.004 0.001 0.128 0.812 0.030 0.010 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 74 K 0.002 0.065 0.009 0.092 0.012 0.022 0.001 0.757 0.004 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 75 G 0.006 0.027 0.007 0.055 0.007 0.067 0.003 0.012 0.389 0.372 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.017 76 T 0.490 0.132 0.062 0.098 0.003 0.037 0.003 0.016 0.010 0.004 0.067 0.060 0.009 0.001 0.005 0.003 77 R 0.024 0.106 0.341 0.285 0.002 0.062 0.001 0.007 0.017 0.006 0.032 0.078 0.016 0.001 0.002 0.021 78 F 0.056 0.018 0.172 0.267 0.102 0.218 0.023 0.002 0.004 0.003 0.045 0.032 0.041 0.011 0.001 0.005 79 V 0.006 0.305 0.120 0.294 0.007 0.049 0.007 0.062 0.001 0.001 0.032 0.042 0.059 0.001 0.012 0.002 80 G 0.003 0.029 0.030 0.707 0.003 0.039 0.002 0.014 0.037 0.009 0.020 0.016 0.053 0.001 0.004 0.033 81 F 0.111 0.023 0.222 0.452 0.008 0.028 0.008 0.002 0.005 0.003 0.017 0.013 0.085 0.002 0.003 0.020 82 V 0.017 0.030 0.206 0.523 0.033 0.075 0.020 0.005 0.001 0.002 0.011 0.017 0.043 0.009 0.002 0.006 83 S 0.006 0.064 0.057 0.514 0.020 0.197 0.007 0.029 0.004 0.002 0.028 0.009 0.045 0.003 0.010 0.007 84 R 0.007 0.253 0.054 0.513 0.007 0.029 0.006 0.007 0.022 0.008 0.023 0.013 0.020 0.003 0.002 0.033 85 T 0.059 0.048 0.136 0.298 0.020 0.278 0.020 0.006 0.007 0.007 0.013 0.047 0.048 0.001 0.005 0.008 86 P 0.012 0.108 0.158 0.110 0.061 0.148 0.037 0.019 0.003 0.005 0.246 0.017 0.047 0.017 0.003 0.010 87 D 0.011 0.234 0.034 0.191 0.008 0.105 0.005 0.075 0.013 0.004 0.057 0.184 0.036 0.004 0.031 0.006 88 N 0.014 0.042 0.082 0.083 0.048 0.123 0.051 0.009 0.053 0.041 0.143 0.081 0.153 0.017 0.008 0.052 89 E 0.075 0.114 0.114 0.084 0.019 0.040 0.040 0.048 0.007 0.003 0.139 0.128 0.111 0.020 0.039 0.019