# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.496 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.020 0.114 0.788 2 A 0.041 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.098 0.060 0.126 0.633 3 P 0.129 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.107 0.112 0.077 0.549 4 L 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.065 0.047 0.106 0.711 5 Q 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.423 0.027 0.071 0.455 6 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.370 0.021 0.067 0.531 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.744 0.015 0.029 0.200 8 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.746 0.026 0.019 0.193 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.825 0.025 0.013 0.118 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.818 0.025 0.012 0.109 11 V 0.010 0.003 0.001 0.001 0.026 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.606 0.066 0.028 0.237 12 S 0.035 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.499 0.080 0.042 0.324 13 N 0.173 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.099 0.055 0.440 14 K 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.021 0.115 0.724 15 R 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.016 0.111 0.586 16 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.017 0.102 0.747 17 K 0.023 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.010 0.007 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.218 0.057 0.121 0.520 18 P 0.076 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.006 0.006 0.002 0.047 0.041 0.091 0.691 19 V 0.165 0.054 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.003 0.071 0.083 0.090 0.505 20 N 0.039 0.030 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.079 0.064 0.106 0.660 21 D 0.093 0.073 0.003 0.001 0.006 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.142 0.104 0.468 22 R 0.125 0.073 0.008 0.001 0.008 0.006 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.093 0.124 0.477 23 R 0.187 0.080 0.006 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.088 0.096 0.476 24 S 0.137 0.077 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.063 0.104 0.565 25 R 0.133 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.072 0.101 0.594 26 Q 0.216 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.096 0.095 0.501 27 Q 0.059 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.035 0.139 0.651 28 E 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.005 0.009 0.002 0.004 0.001 0.003 0.003 0.182 0.041 0.118 0.592 29 V 0.016 0.005 0.002 0.001 0.004 0.004 0.011 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.080 0.035 0.116 0.701 30 S 0.084 0.006 0.002 0.001 0.014 0.012 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.135 0.096 0.115 0.496 31 P 0.106 0.004 0.003 0.001 0.030 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 0.115 0.099 0.568 32 A 0.068 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.049 0.132 0.677 33 G 0.071 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.046 0.155 0.655 34 T 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.048 0.153 0.485 35 S 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.052 0.162 0.537 36 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.015 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.620 0.066 0.058 0.200 37 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.005 0.016 0.011 0.007 0.005 0.599 0.105 0.038 0.196 38 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.009 0.003 0.882 0.057 0.004 0.024 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.003 0.886 0.038 0.007 0.046 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.006 0.003 0.014 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.858 0.015 0.023 0.099 42 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.014 0.072 0.317 43 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.101 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.527 0.053 0.118 0.172 44 P 0.019 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.028 0.120 0.712 45 L 0.352 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.131 0.056 0.385 46 N 0.101 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.035 0.073 0.755 47 G 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.075 0.880 48 G 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.079 0.198 0.611 49 L 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.091 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.068 0.078 0.339 50 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.044 0.007 0.021 0.005 0.003 0.002 0.098 0.040 0.082 0.666 51 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.012 0.077 0.166 0.050 0.019 0.515 0.036 0.016 0.082 52 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 0.021 0.121 0.047 0.418 0.033 0.038 0.278 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.007 0.893 0.012 0.006 0.038 54 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.017 0.007 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.591 0.026 0.043 0.263 55 L 0.007 0.013 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.676 0.038 0.052 0.198 56 Q 0.258 0.233 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.127 0.038 0.205 57 A 0.143 0.308 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.096 0.069 0.303 58 Q 0.049 0.359 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.055 0.069 0.366 59 Q 0.187 0.346 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.055 0.050 0.222 60 Y 0.091 0.107 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.215 0.093 0.333 61 H 0.045 0.080 0.012 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.002 0.003 0.016 0.003 0.015 0.005 0.005 0.005 0.232 0.116 0.098 0.349 62 A 0.043 0.031 0.010 0.002 0.009 0.011 0.022 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.006 0.005 0.166 0.068 0.095 0.510 63 L 0.070 0.021 0.009 0.002 0.022 0.019 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.211 0.082 0.094 0.440 64 T 0.198 0.022 0.011 0.001 0.021 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.111 0.084 0.441 65 V 0.126 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.091 0.129 0.565 66 G 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.078 0.194 0.586 67 D 0.040 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.102 0.126 0.378 68 Q 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.082 0.162 0.541 69 G 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.014 0.003 0.006 0.003 0.002 0.004 0.637 0.097 0.044 0.150 70 T 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.003 0.009 0.006 0.033 0.014 0.014 0.013 0.420 0.093 0.053 0.304 71 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.017 0.011 0.027 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.010 0.011 0.008 0.710 0.053 0.024 0.096 72 S 0.006 0.003 0.001 0.001 0.036 0.014 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.531 0.114 0.049 0.203 73 Y 0.065 0.018 0.002 0.001 0.013 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.463 0.202 0.064 0.156 74 K 0.098 0.049 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.083 0.118 0.355 75 G 0.073 0.117 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.097 0.126 0.323 76 T 0.036 0.065 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.159 0.130 0.330 77 R 0.025 0.054 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.121 0.079 0.213 78 F 0.032 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.008 0.017 0.004 0.016 0.003 0.002 0.002 0.367 0.133 0.078 0.263 79 V 0.019 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.004 0.037 0.025 0.007 0.004 0.523 0.104 0.043 0.182 80 G 0.018 0.021 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 0.010 0.008 0.004 0.441 0.136 0.060 0.260 81 F 0.038 0.010 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.356 0.117 0.082 0.363 82 V 0.050 0.006 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.072 0.122 0.427 83 S 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.037 0.129 0.708 84 R 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.041 0.119 0.747 85 T 0.212 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.112 0.090 0.520 86 P 0.132 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.062 0.095 0.671 87 D 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.097 0.832 88 N 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.025 0.110 0.790 89 E 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 0.036 0.126 0.708