# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.496 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.006 0.003 0.030 0.021 0.055 0.061 0.001 0.001 0.005 0.781 2 A 0.074 0.004 0.003 0.058 0.054 0.087 0.088 0.001 0.001 0.003 0.628 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 4 L 0.012 0.003 0.001 0.038 0.083 0.200 0.057 0.001 0.001 0.001 0.605 5 Q 0.073 0.022 0.001 0.082 0.198 0.193 0.069 0.001 0.001 0.006 0.355 6 Q 0.078 0.012 0.001 0.042 0.113 0.156 0.050 0.001 0.001 0.004 0.544 7 K 0.075 0.008 0.001 0.048 0.308 0.391 0.019 0.001 0.001 0.002 0.147 8 Q 0.018 0.002 0.001 0.057 0.124 0.175 0.063 0.001 0.001 0.001 0.559 9 V 0.008 0.002 0.002 0.051 0.283 0.356 0.035 0.001 0.001 0.001 0.261 10 V 0.005 0.001 0.001 0.117 0.371 0.448 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 11 V 0.002 0.001 0.001 0.040 0.211 0.239 0.029 0.001 0.001 0.001 0.477 12 S 0.005 0.001 0.001 0.073 0.263 0.631 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 13 N 0.008 0.003 0.001 0.035 0.168 0.216 0.137 0.001 0.001 0.003 0.431 14 K 0.021 0.004 0.001 0.053 0.093 0.230 0.085 0.001 0.001 0.008 0.504 15 R 0.025 0.004 0.001 0.032 0.043 0.078 0.374 0.001 0.001 0.016 0.427 16 E 0.103 0.006 0.002 0.016 0.020 0.042 0.241 0.001 0.001 0.011 0.559 17 K 0.111 0.023 0.003 0.038 0.154 0.180 0.073 0.002 0.001 0.006 0.409 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.977 19 V 0.031 0.007 0.001 0.025 0.138 0.399 0.029 0.001 0.001 0.001 0.369 20 N 0.070 0.021 0.001 0.023 0.051 0.091 0.070 0.001 0.001 0.004 0.669 21 D 0.161 0.021 0.003 0.033 0.027 0.056 0.094 0.002 0.001 0.011 0.592 22 R 0.184 0.040 0.006 0.044 0.020 0.035 0.238 0.002 0.001 0.010 0.422 23 R 0.085 0.052 0.003 0.023 0.020 0.029 0.442 0.002 0.001 0.011 0.333 24 S 0.138 0.090 0.006 0.021 0.020 0.035 0.223 0.006 0.001 0.019 0.443 25 R 0.139 0.089 0.010 0.018 0.017 0.039 0.117 0.009 0.001 0.014 0.549 26 Q 0.179 0.077 0.021 0.015 0.020 0.038 0.322 0.005 0.001 0.012 0.311 27 Q 0.219 0.104 0.010 0.016 0.028 0.037 0.109 0.009 0.001 0.024 0.443 28 E 0.160 0.099 0.023 0.021 0.031 0.058 0.119 0.014 0.001 0.008 0.468 29 V 0.160 0.063 0.029 0.036 0.033 0.076 0.106 0.014 0.001 0.004 0.479 30 S 0.101 0.040 0.007 0.059 0.115 0.165 0.076 0.006 0.001 0.003 0.427 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.985 32 A 0.022 0.009 0.002 0.042 0.051 0.104 0.166 0.001 0.001 0.002 0.601 33 G 0.154 0.012 0.001 0.025 0.035 0.046 0.101 0.002 0.001 0.038 0.586 34 T 0.179 0.009 0.009 0.025 0.032 0.040 0.116 0.001 0.001 0.005 0.583 35 S 0.030 0.002 0.001 0.017 0.033 0.036 0.115 0.001 0.001 0.002 0.762 36 M 0.067 0.002 0.001 0.030 0.147 0.224 0.060 0.001 0.001 0.003 0.467 37 R 0.028 0.002 0.001 0.042 0.128 0.174 0.151 0.001 0.001 0.003 0.470 38 Y 0.018 0.001 0.001 0.023 0.399 0.439 0.017 0.001 0.001 0.001 0.101 39 E 0.006 0.001 0.001 0.030 0.370 0.501 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 40 A 0.002 0.001 0.001 0.011 0.482 0.473 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 41 S 0.001 0.001 0.001 0.018 0.314 0.631 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 42 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.293 0.652 0.007 0.001 0.001 0.001 0.037 43 K 0.002 0.001 0.001 0.018 0.451 0.471 0.012 0.001 0.001 0.001 0.044 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.043 0.012 0.001 0.001 0.001 0.921 45 L 0.002 0.001 0.001 0.006 0.181 0.750 0.008 0.001 0.001 0.001 0.051 46 N 0.038 0.002 0.001 0.016 0.098 0.118 0.145 0.001 0.001 0.011 0.571 47 G 0.093 0.005 0.001 0.012 0.040 0.056 0.135 0.001 0.001 0.020 0.639 48 G 0.243 0.006 0.002 0.014 0.048 0.066 0.173 0.001 0.001 0.014 0.434 49 L 0.069 0.003 0.002 0.010 0.059 0.070 0.128 0.001 0.001 0.002 0.656 50 E 0.024 0.002 0.002 0.012 0.168 0.366 0.052 0.001 0.001 0.002 0.372 51 K 0.020 0.002 0.001 0.011 0.333 0.524 0.018 0.001 0.001 0.001 0.091 52 T 0.017 0.004 0.001 0.016 0.266 0.370 0.075 0.001 0.001 0.001 0.248 53 F 0.004 0.001 0.001 0.007 0.502 0.466 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 54 R 0.003 0.003 0.001 0.015 0.287 0.606 0.012 0.001 0.001 0.001 0.073 55 L 0.002 0.002 0.001 0.010 0.445 0.512 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 56 Q 0.002 0.004 0.001 0.010 0.243 0.476 0.051 0.001 0.001 0.001 0.214 57 A 0.004 0.007 0.001 0.017 0.131 0.480 0.023 0.001 0.001 0.001 0.337 58 Q 0.007 0.016 0.001 0.009 0.140 0.241 0.231 0.001 0.001 0.005 0.351 59 Q 0.238 0.048 0.001 0.009 0.037 0.055 0.292 0.001 0.001 0.017 0.302 60 Y 0.222 0.461 0.006 0.011 0.043 0.093 0.022 0.003 0.001 0.004 0.134 61 H 0.066 0.247 0.008 0.033 0.248 0.228 0.039 0.003 0.001 0.005 0.123 62 A 0.095 0.218 0.025 0.033 0.128 0.110 0.041 0.012 0.001 0.003 0.337 63 L 0.201 0.146 0.007 0.073 0.109 0.267 0.021 0.009 0.001 0.003 0.164 64 T 0.052 0.142 0.010 0.057 0.204 0.152 0.103 0.011 0.001 0.002 0.268 65 V 0.006 0.013 0.002 0.022 0.026 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 0.855 66 G 0.020 0.013 0.006 0.067 0.097 0.228 0.110 0.004 0.001 0.005 0.450 67 D 0.365 0.011 0.008 0.051 0.045 0.064 0.097 0.002 0.001 0.009 0.348 68 Q 0.056 0.031 0.005 0.051 0.080 0.108 0.163 0.001 0.001 0.012 0.492 69 G 0.086 0.025 0.005 0.057 0.160 0.217 0.109 0.001 0.001 0.017 0.322 70 T 0.128 0.023 0.009 0.049 0.141 0.188 0.175 0.002 0.001 0.006 0.279 71 L 0.023 0.014 0.002 0.025 0.367 0.423 0.029 0.001 0.001 0.002 0.115 72 S 0.008 0.010 0.001 0.019 0.291 0.555 0.021 0.001 0.001 0.001 0.095 73 Y 0.005 0.014 0.001 0.016 0.449 0.421 0.020 0.001 0.001 0.001 0.073 74 K 0.009 0.017 0.001 0.015 0.268 0.434 0.052 0.001 0.001 0.002 0.202 75 G 0.034 0.014 0.002 0.022 0.216 0.400 0.060 0.002 0.001 0.006 0.244 76 T 0.079 0.019 0.006 0.024 0.188 0.316 0.083 0.001 0.001 0.003 0.280 77 R 0.039 0.013 0.002 0.040 0.297 0.310 0.061 0.001 0.001 0.007 0.231 78 F 0.026 0.026 0.008 0.053 0.214 0.295 0.064 0.001 0.001 0.003 0.310 79 V 0.024 0.016 0.001 0.064 0.318 0.488 0.020 0.001 0.001 0.003 0.067 80 G 0.021 0.022 0.001 0.049 0.218 0.334 0.051 0.002 0.001 0.003 0.300 81 F 0.024 0.024 0.003 0.088 0.234 0.385 0.028 0.001 0.001 0.003 0.210 82 V 0.018 0.021 0.001 0.067 0.285 0.347 0.055 0.001 0.001 0.002 0.202 83 S 0.013 0.017 0.001 0.029 0.125 0.176 0.050 0.002 0.001 0.002 0.585 84 R 0.044 0.017 0.004 0.039 0.077 0.241 0.071 0.003 0.001 0.005 0.500 85 T 0.212 0.010 0.004 0.041 0.067 0.105 0.093 0.002 0.001 0.005 0.460 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 87 D 0.017 0.004 0.001 0.015 0.026 0.067 0.197 0.001 0.001 0.002 0.670 88 N 0.276 0.014 0.001 0.016 0.015 0.026 0.091 0.001 0.001 0.029 0.531 89 E 0.134 0.020 0.005 0.012 0.015 0.022 0.166 0.001 0.001 0.008 0.615