# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.496 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.017 0.024 0.028 0.048 0.081 0.027 0.716 2 A 0.130 0.010 0.036 0.064 0.062 0.103 0.011 0.584 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.010 0.002 0.020 0.092 0.226 0.090 0.003 0.558 5 Q 0.170 0.009 0.043 0.228 0.230 0.080 0.010 0.230 6 Q 0.082 0.008 0.033 0.236 0.295 0.050 0.010 0.287 7 K 0.071 0.003 0.048 0.386 0.360 0.034 0.004 0.094 8 Q 0.039 0.001 0.034 0.247 0.448 0.057 0.003 0.173 9 V 0.008 0.001 0.020 0.371 0.497 0.017 0.001 0.085 10 V 0.003 0.001 0.032 0.457 0.472 0.008 0.001 0.027 11 V 0.001 0.001 0.018 0.326 0.431 0.010 0.001 0.214 12 S 0.001 0.001 0.063 0.297 0.604 0.007 0.001 0.029 13 N 0.002 0.001 0.031 0.371 0.429 0.028 0.001 0.137 14 K 0.008 0.001 0.037 0.087 0.311 0.067 0.002 0.486 15 R 0.023 0.003 0.024 0.056 0.150 0.486 0.006 0.251 16 E 0.188 0.023 0.025 0.049 0.094 0.227 0.028 0.366 17 K 0.109 0.024 0.046 0.117 0.087 0.095 0.015 0.506 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 19 V 0.024 0.008 0.064 0.079 0.213 0.106 0.004 0.502 20 N 0.049 0.015 0.022 0.033 0.058 0.104 0.006 0.713 21 D 0.077 0.026 0.022 0.028 0.064 0.084 0.006 0.695 22 R 0.107 0.023 0.021 0.014 0.034 0.346 0.005 0.452 23 R 0.080 0.030 0.009 0.009 0.018 0.591 0.008 0.255 24 S 0.130 0.230 0.012 0.017 0.030 0.226 0.012 0.343 25 R 0.105 0.317 0.012 0.017 0.026 0.096 0.023 0.404 26 Q 0.261 0.134 0.015 0.012 0.026 0.223 0.039 0.290 27 Q 0.264 0.161 0.022 0.028 0.031 0.104 0.052 0.337 28 E 0.290 0.109 0.038 0.048 0.074 0.087 0.039 0.315 29 V 0.124 0.040 0.052 0.041 0.096 0.074 0.016 0.557 30 S 0.046 0.027 0.063 0.175 0.204 0.067 0.009 0.409 31 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.004 0.001 0.983 32 A 0.020 0.007 0.031 0.089 0.220 0.147 0.007 0.479 33 G 0.125 0.009 0.019 0.063 0.077 0.132 0.023 0.551 34 T 0.179 0.009 0.021 0.061 0.082 0.157 0.018 0.473 35 S 0.053 0.005 0.022 0.076 0.075 0.137 0.014 0.617 36 M 0.131 0.003 0.029 0.211 0.254 0.126 0.018 0.228 37 R 0.053 0.001 0.025 0.253 0.335 0.091 0.006 0.236 38 Y 0.014 0.001 0.015 0.421 0.498 0.021 0.001 0.030 39 E 0.006 0.001 0.012 0.348 0.599 0.013 0.001 0.021 40 A 0.001 0.001 0.006 0.442 0.538 0.003 0.001 0.010 41 S 0.001 0.001 0.010 0.402 0.578 0.002 0.001 0.008 42 F 0.001 0.001 0.006 0.278 0.669 0.003 0.001 0.044 43 K 0.001 0.001 0.028 0.428 0.528 0.003 0.001 0.012 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.995 45 L 0.001 0.001 0.022 0.113 0.760 0.025 0.001 0.079 46 N 0.042 0.001 0.007 0.036 0.057 0.245 0.006 0.606 47 G 0.189 0.004 0.006 0.034 0.039 0.096 0.030 0.603 48 G 0.436 0.008 0.019 0.043 0.031 0.125 0.028 0.310 49 L 0.103 0.002 0.024 0.034 0.056 0.213 0.014 0.555 50 E 0.028 0.002 0.015 0.158 0.199 0.148 0.006 0.444 51 K 0.070 0.004 0.027 0.265 0.450 0.103 0.006 0.076 52 T 0.098 0.002 0.029 0.177 0.515 0.070 0.002 0.108 53 F 0.003 0.001 0.031 0.595 0.347 0.005 0.001 0.016 54 R 0.003 0.001 0.017 0.275 0.443 0.011 0.001 0.250 55 L 0.002 0.001 0.044 0.298 0.584 0.011 0.001 0.060 56 Q 0.003 0.004 0.016 0.177 0.436 0.072 0.001 0.291 57 A 0.013 0.007 0.017 0.048 0.260 0.060 0.003 0.592 58 Q 0.039 0.032 0.017 0.045 0.070 0.268 0.008 0.521 59 Q 0.237 0.057 0.011 0.020 0.040 0.242 0.025 0.369 60 Y 0.154 0.392 0.038 0.053 0.080 0.043 0.014 0.226 61 H 0.062 0.374 0.036 0.100 0.120 0.040 0.024 0.245 62 A 0.082 0.161 0.044 0.052 0.079 0.038 0.023 0.519 63 L 0.171 0.183 0.071 0.114 0.169 0.043 0.032 0.217 64 T 0.096 0.104 0.064 0.131 0.156 0.135 0.023 0.291 65 V 0.042 0.056 0.059 0.080 0.101 0.048 0.014 0.600 66 G 0.038 0.058 0.056 0.085 0.104 0.125 0.024 0.509 67 D 0.272 0.018 0.033 0.046 0.053 0.127 0.049 0.402 68 Q 0.042 0.021 0.089 0.063 0.064 0.129 0.017 0.574 69 G 0.085 0.017 0.062 0.178 0.186 0.155 0.029 0.288 70 T 0.116 0.006 0.090 0.123 0.206 0.131 0.007 0.322 71 L 0.016 0.007 0.054 0.362 0.408 0.044 0.002 0.106 72 S 0.022 0.004 0.058 0.248 0.518 0.042 0.002 0.106 73 Y 0.010 0.006 0.042 0.372 0.393 0.036 0.003 0.137 74 K 0.013 0.010 0.049 0.225 0.361 0.073 0.004 0.266 75 G 0.014 0.012 0.045 0.202 0.321 0.075 0.011 0.321 76 T 0.090 0.014 0.049 0.136 0.238 0.145 0.013 0.314 77 R 0.030 0.018 0.079 0.177 0.200 0.112 0.010 0.375 78 F 0.032 0.019 0.054 0.143 0.318 0.097 0.006 0.330 79 V 0.025 0.031 0.076 0.322 0.353 0.044 0.006 0.142 80 G 0.033 0.029 0.059 0.173 0.274 0.055 0.008 0.369 81 F 0.052 0.033 0.082 0.187 0.300 0.065 0.009 0.272 82 V 0.061 0.041 0.053 0.174 0.254 0.104 0.011 0.302 83 S 0.033 0.039 0.034 0.089 0.164 0.068 0.014 0.559 84 R 0.092 0.038 0.042 0.047 0.097 0.084 0.036 0.564 85 T 0.138 0.017 0.022 0.035 0.046 0.202 0.015 0.525 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 D 0.007 0.005 0.010 0.020 0.050 0.190 0.003 0.716 88 N 0.169 0.009 0.011 0.010 0.017 0.114 0.011 0.659 89 E 0.148 0.031 0.013 0.015 0.028 0.186 0.006 0.574