# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5023 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.094 0.060 0.060 0.169 0.033 0.035 0.050 0.058 0.196 0.102 2 A 0.062 0.312 0.218 0.050 0.171 0.027 0.022 0.046 0.037 0.035 0.020 3 P 0.173 0.232 0.063 0.017 0.310 0.012 0.023 0.052 0.037 0.033 0.048 4 L 0.274 0.144 0.030 0.010 0.303 0.015 0.020 0.057 0.053 0.033 0.062 5 Q 0.149 0.216 0.062 0.013 0.285 0.040 0.057 0.069 0.035 0.034 0.041 6 Q 0.382 0.123 0.030 0.007 0.344 0.009 0.013 0.017 0.012 0.019 0.044 7 K 0.157 0.165 0.030 0.015 0.423 0.059 0.064 0.026 0.015 0.018 0.028 8 Q 0.350 0.061 0.007 0.007 0.472 0.008 0.024 0.006 0.005 0.011 0.050 9 V 0.191 0.103 0.009 0.001 0.681 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 10 V 0.158 0.067 0.003 0.001 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 11 V 0.545 0.041 0.003 0.002 0.252 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.147 12 S 0.118 0.163 0.059 0.074 0.265 0.155 0.054 0.015 0.009 0.026 0.062 13 N 0.162 0.232 0.134 0.045 0.334 0.013 0.010 0.010 0.011 0.021 0.028 14 K 0.138 0.126 0.051 0.029 0.206 0.031 0.035 0.086 0.116 0.107 0.076 15 R 0.110 0.277 0.090 0.019 0.295 0.022 0.047 0.040 0.034 0.034 0.032 16 E 0.173 0.198 0.067 0.020 0.275 0.020 0.028 0.026 0.027 0.058 0.108 17 K 0.104 0.331 0.153 0.020 0.290 0.013 0.014 0.020 0.012 0.018 0.025 18 P 0.184 0.238 0.084 0.020 0.277 0.016 0.021 0.045 0.021 0.029 0.065 19 V 0.140 0.175 0.083 0.053 0.184 0.041 0.050 0.097 0.063 0.053 0.060 20 N 0.049 0.117 0.087 0.098 0.084 0.097 0.083 0.171 0.089 0.088 0.036 21 D 0.107 0.123 0.082 0.037 0.205 0.017 0.023 0.117 0.068 0.160 0.060 22 R 0.077 0.098 0.040 0.013 0.136 0.017 0.033 0.273 0.162 0.110 0.042 23 R 0.075 0.145 0.078 0.023 0.159 0.030 0.051 0.227 0.098 0.078 0.036 24 S 0.073 0.156 0.092 0.035 0.124 0.036 0.060 0.206 0.100 0.082 0.036 25 R 0.068 0.106 0.081 0.036 0.093 0.033 0.060 0.215 0.096 0.159 0.055 26 Q 0.081 0.156 0.069 0.028 0.151 0.022 0.039 0.171 0.119 0.114 0.049 27 Q 0.053 0.153 0.089 0.045 0.097 0.048 0.066 0.175 0.129 0.108 0.037 28 E 0.096 0.135 0.055 0.022 0.190 0.016 0.050 0.144 0.087 0.142 0.062 29 V 0.182 0.151 0.037 0.012 0.300 0.012 0.025 0.069 0.057 0.096 0.059 30 S 0.082 0.322 0.177 0.019 0.250 0.018 0.021 0.040 0.019 0.024 0.027 31 P 0.183 0.183 0.117 0.028 0.223 0.024 0.036 0.069 0.044 0.043 0.050 32 A 0.067 0.154 0.072 0.079 0.104 0.078 0.126 0.111 0.098 0.080 0.031 33 G 0.102 0.075 0.107 0.150 0.095 0.063 0.036 0.056 0.055 0.182 0.079 34 T 0.090 0.150 0.086 0.041 0.165 0.037 0.065 0.105 0.109 0.112 0.041 35 S 0.245 0.133 0.042 0.014 0.264 0.018 0.022 0.033 0.035 0.100 0.095 36 M 0.189 0.168 0.023 0.007 0.444 0.021 0.048 0.021 0.017 0.023 0.038 37 R 0.345 0.059 0.004 0.002 0.540 0.006 0.016 0.003 0.003 0.004 0.017 38 Y 0.220 0.060 0.004 0.002 0.692 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 39 E 0.339 0.026 0.001 0.001 0.610 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 40 A 0.265 0.070 0.005 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 41 S 0.309 0.054 0.002 0.002 0.581 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.040 42 F 0.375 0.088 0.014 0.006 0.337 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.167 43 K 0.080 0.323 0.147 0.022 0.383 0.015 0.007 0.001 0.002 0.005 0.015 44 P 0.200 0.288 0.058 0.009 0.386 0.004 0.006 0.003 0.005 0.006 0.035 45 L 0.144 0.104 0.118 0.106 0.097 0.076 0.085 0.050 0.047 0.059 0.114 46 N 0.018 0.032 0.088 0.256 0.023 0.154 0.243 0.093 0.056 0.024 0.012 47 G 0.017 0.058 0.070 0.525 0.019 0.080 0.037 0.019 0.032 0.126 0.018 48 G 0.037 0.045 0.121 0.400 0.042 0.041 0.008 0.018 0.030 0.197 0.061 49 L 0.092 0.221 0.112 0.027 0.240 0.018 0.049 0.071 0.080 0.054 0.035 50 E 0.311 0.140 0.022 0.006 0.309 0.012 0.026 0.029 0.038 0.032 0.076 51 K 0.170 0.169 0.024 0.009 0.460 0.024 0.054 0.023 0.016 0.018 0.033 52 T 0.316 0.069 0.005 0.002 0.565 0.003 0.009 0.006 0.003 0.003 0.018 53 F 0.204 0.117 0.010 0.002 0.628 0.004 0.003 0.003 0.002 0.004 0.023 54 R 0.337 0.082 0.008 0.002 0.500 0.003 0.004 0.004 0.001 0.006 0.053 55 L 0.202 0.256 0.042 0.017 0.338 0.013 0.007 0.008 0.004 0.019 0.094 56 Q 0.134 0.287 0.131 0.042 0.283 0.026 0.018 0.014 0.006 0.022 0.036 57 A 0.079 0.061 0.020 0.013 0.104 0.016 0.026 0.272 0.299 0.075 0.035 58 Q 0.047 0.108 0.051 0.014 0.096 0.035 0.053 0.394 0.130 0.055 0.017 59 Q 0.088 0.063 0.018 0.007 0.136 0.012 0.035 0.379 0.117 0.107 0.037 60 Y 0.172 0.071 0.020 0.014 0.155 0.018 0.030 0.261 0.140 0.056 0.064 61 H 0.047 0.087 0.052 0.033 0.095 0.068 0.071 0.329 0.117 0.074 0.027 62 A 0.154 0.088 0.020 0.009 0.222 0.008 0.041 0.208 0.075 0.136 0.039 63 L 0.107 0.166 0.060 0.017 0.260 0.020 0.032 0.148 0.080 0.066 0.044 64 T 0.122 0.184 0.194 0.023 0.278 0.025 0.035 0.076 0.020 0.018 0.026 65 V 0.033 0.127 0.039 0.027 0.055 0.038 0.142 0.274 0.190 0.054 0.019 66 G 0.042 0.054 0.108 0.133 0.038 0.059 0.045 0.085 0.053 0.321 0.061 67 D 0.087 0.115 0.084 0.037 0.180 0.027 0.053 0.152 0.081 0.128 0.056 68 Q 0.111 0.088 0.036 0.054 0.090 0.054 0.071 0.127 0.135 0.152 0.082 69 G 0.041 0.138 0.141 0.145 0.094 0.074 0.062 0.083 0.061 0.123 0.038 70 T 0.228 0.147 0.023 0.007 0.437 0.004 0.017 0.036 0.023 0.031 0.045 71 L 0.315 0.108 0.011 0.002 0.486 0.004 0.005 0.015 0.009 0.008 0.037 72 S 0.214 0.136 0.026 0.012 0.392 0.041 0.052 0.042 0.014 0.017 0.054 73 Y 0.350 0.081 0.035 0.024 0.322 0.021 0.020 0.025 0.013 0.033 0.074 74 K 0.071 0.126 0.082 0.174 0.118 0.124 0.091 0.047 0.034 0.101 0.032 75 G 0.095 0.128 0.135 0.141 0.113 0.031 0.028 0.055 0.049 0.150 0.075 76 T 0.127 0.245 0.079 0.026 0.266 0.017 0.018 0.075 0.058 0.047 0.043 77 R 0.106 0.205 0.046 0.011 0.250 0.032 0.058 0.125 0.081 0.046 0.039 78 F 0.347 0.065 0.016 0.011 0.269 0.016 0.032 0.070 0.042 0.042 0.092 79 V 0.134 0.237 0.067 0.022 0.365 0.040 0.028 0.034 0.020 0.021 0.031 80 G 0.254 0.123 0.041 0.027 0.283 0.029 0.038 0.039 0.023 0.058 0.086 81 F 0.236 0.167 0.042 0.014 0.317 0.008 0.012 0.040 0.040 0.044 0.080 82 V 0.140 0.189 0.056 0.021 0.367 0.028 0.036 0.055 0.037 0.027 0.043 83 S 0.140 0.204 0.059 0.019 0.249 0.023 0.053 0.083 0.067 0.040 0.062 84 R 0.094 0.142 0.084 0.033 0.156 0.039 0.071 0.054 0.063 0.197 0.066 85 T 0.075 0.345 0.264 0.014 0.227 0.006 0.007 0.016 0.011 0.017 0.019 86 P 0.077 0.196 0.088 0.028 0.130 0.038 0.063 0.166 0.135 0.040 0.040 87 D 0.040 0.138 0.076 0.053 0.073 0.055 0.146 0.164 0.117 0.107 0.029 88 N 0.085 0.113 0.085 0.042 0.121 0.024 0.030 0.109 0.074 0.221 0.097 89 E 0.073 0.174 0.081 0.019 0.153 0.020 0.039 0.188 0.106 0.104 0.041