# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.496 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.679 0.196 0.069 0.035 0.016 0.005 0.001 2 A 0.628 0.220 0.086 0.042 0.020 0.005 0.001 3 P 0.530 0.245 0.130 0.066 0.023 0.006 0.001 4 L 0.415 0.250 0.184 0.101 0.039 0.010 0.001 5 Q 0.393 0.260 0.181 0.112 0.041 0.012 0.001 6 Q 0.472 0.268 0.150 0.074 0.028 0.008 0.001 7 K 0.392 0.284 0.162 0.110 0.040 0.011 0.001 8 Q 0.224 0.337 0.232 0.132 0.056 0.017 0.001 9 V 0.083 0.075 0.138 0.295 0.266 0.130 0.013 10 V 0.153 0.314 0.244 0.173 0.088 0.027 0.002 11 V 0.077 0.119 0.181 0.258 0.229 0.125 0.011 12 S 0.142 0.269 0.254 0.188 0.116 0.030 0.002 13 N 0.235 0.388 0.186 0.119 0.058 0.013 0.001 14 K 0.065 0.094 0.191 0.287 0.277 0.081 0.006 15 R 0.230 0.270 0.224 0.165 0.090 0.020 0.001 16 E 0.475 0.311 0.135 0.057 0.018 0.004 0.001 17 K 0.403 0.275 0.186 0.103 0.027 0.006 0.001 18 P 0.372 0.232 0.179 0.134 0.064 0.018 0.001 19 V 0.321 0.198 0.213 0.167 0.077 0.023 0.002 20 N 0.501 0.268 0.138 0.062 0.024 0.007 0.001 21 D 0.375 0.254 0.174 0.125 0.053 0.017 0.002 22 R 0.373 0.229 0.168 0.126 0.077 0.024 0.002 23 R 0.302 0.251 0.201 0.148 0.070 0.025 0.002 24 S 0.357 0.248 0.168 0.123 0.076 0.026 0.002 25 R 0.268 0.239 0.218 0.164 0.082 0.027 0.003 26 Q 0.419 0.253 0.147 0.103 0.055 0.020 0.003 27 Q 0.375 0.230 0.192 0.128 0.051 0.020 0.004 28 E 0.438 0.241 0.157 0.108 0.036 0.017 0.004 29 V 0.230 0.163 0.150 0.184 0.149 0.106 0.019 30 S 0.236 0.162 0.135 0.157 0.146 0.136 0.028 31 P 0.233 0.197 0.150 0.158 0.126 0.111 0.026 32 A 0.259 0.208 0.166 0.161 0.111 0.076 0.020 33 G 0.310 0.224 0.182 0.139 0.090 0.043 0.012 34 T 0.486 0.266 0.121 0.065 0.037 0.019 0.006 35 S 0.313 0.256 0.172 0.117 0.079 0.044 0.018 36 M 0.084 0.126 0.182 0.241 0.201 0.130 0.036 37 R 0.047 0.143 0.219 0.228 0.187 0.136 0.039 38 Y 0.005 0.015 0.028 0.081 0.247 0.473 0.151 39 E 0.007 0.040 0.127 0.274 0.265 0.232 0.054 40 A 0.002 0.004 0.008 0.027 0.113 0.556 0.290 41 S 0.007 0.042 0.129 0.266 0.298 0.213 0.045 42 F 0.005 0.018 0.038 0.101 0.288 0.467 0.082 43 K 0.043 0.208 0.285 0.246 0.164 0.050 0.003 44 P 0.062 0.165 0.273 0.294 0.153 0.050 0.002 45 L 0.151 0.192 0.283 0.232 0.118 0.022 0.001 46 N 0.614 0.298 0.063 0.019 0.006 0.001 0.001 47 G 0.644 0.270 0.060 0.021 0.005 0.001 0.001 48 G 0.546 0.266 0.114 0.054 0.018 0.002 0.001 49 L 0.574 0.294 0.093 0.031 0.007 0.001 0.001 50 E 0.491 0.342 0.122 0.034 0.009 0.001 0.001 51 K 0.205 0.292 0.237 0.189 0.067 0.010 0.001 52 T 0.079 0.297 0.344 0.194 0.071 0.015 0.001 53 F 0.021 0.047 0.105 0.261 0.382 0.177 0.008 54 R 0.032 0.215 0.362 0.274 0.099 0.018 0.001 55 L 0.022 0.061 0.146 0.337 0.310 0.119 0.004 56 Q 0.232 0.433 0.201 0.086 0.042 0.006 0.001 57 A 0.309 0.347 0.170 0.136 0.033 0.005 0.001 58 Q 0.462 0.357 0.124 0.039 0.015 0.002 0.001 59 Q 0.167 0.363 0.257 0.170 0.034 0.008 0.001 60 Y 0.052 0.065 0.181 0.264 0.331 0.099 0.006 61 H 0.170 0.333 0.292 0.153 0.040 0.010 0.001 62 A 0.163 0.204 0.236 0.202 0.142 0.049 0.004 63 L 0.092 0.105 0.145 0.245 0.240 0.155 0.018 64 T 0.205 0.236 0.244 0.177 0.104 0.032 0.003 65 V 0.360 0.320 0.171 0.096 0.037 0.013 0.001 66 G 0.429 0.270 0.139 0.097 0.049 0.014 0.001 67 D 0.404 0.257 0.164 0.107 0.049 0.017 0.002 68 Q 0.395 0.291 0.189 0.085 0.029 0.010 0.001 69 G 0.282 0.219 0.189 0.178 0.098 0.031 0.003 70 T 0.262 0.357 0.215 0.109 0.041 0.014 0.002 71 L 0.062 0.077 0.127 0.255 0.289 0.171 0.019 72 S 0.108 0.275 0.256 0.209 0.106 0.043 0.004 73 Y 0.059 0.070 0.124 0.265 0.266 0.187 0.030 74 K 0.125 0.234 0.243 0.202 0.128 0.059 0.008 75 G 0.093 0.140 0.176 0.245 0.209 0.118 0.019 76 T 0.183 0.250 0.226 0.172 0.112 0.049 0.009 77 R 0.075 0.164 0.193 0.248 0.193 0.108 0.019 78 F 0.063 0.078 0.120 0.209 0.274 0.208 0.048 79 V 0.072 0.121 0.186 0.249 0.232 0.127 0.015 80 G 0.175 0.277 0.232 0.170 0.101 0.041 0.004 81 F 0.076 0.089 0.148 0.264 0.265 0.143 0.013 82 V 0.254 0.281 0.206 0.152 0.084 0.022 0.001 83 S 0.369 0.272 0.206 0.109 0.035 0.009 0.001 84 R 0.572 0.258 0.110 0.047 0.012 0.002 0.001 85 T 0.636 0.225 0.089 0.037 0.011 0.002 0.001 86 P 0.670 0.193 0.086 0.039 0.010 0.002 0.001 87 D 0.830 0.140 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 88 N 0.810 0.148 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 89 E 0.792 0.156 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001