# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.496 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.259 0.143 0.151 0.126 0.124 0.079 0.049 0.029 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 2 A 0.182 0.110 0.120 0.145 0.155 0.110 0.073 0.046 0.029 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 3 P 0.156 0.095 0.095 0.136 0.147 0.132 0.096 0.053 0.040 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 4 L 0.125 0.102 0.112 0.152 0.143 0.118 0.093 0.068 0.041 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 5 Q 0.146 0.105 0.114 0.134 0.120 0.112 0.087 0.071 0.047 0.030 0.021 0.009 0.004 0.002 6 Q 0.072 0.067 0.079 0.101 0.133 0.115 0.117 0.129 0.085 0.055 0.025 0.014 0.006 0.002 7 K 0.041 0.032 0.045 0.073 0.093 0.119 0.124 0.162 0.104 0.104 0.057 0.024 0.015 0.006 8 Q 0.035 0.041 0.066 0.104 0.168 0.143 0.125 0.086 0.079 0.067 0.039 0.028 0.009 0.011 9 V 0.033 0.011 0.016 0.027 0.040 0.071 0.092 0.106 0.140 0.166 0.136 0.093 0.053 0.017 10 V 0.024 0.038 0.057 0.141 0.152 0.128 0.154 0.117 0.087 0.047 0.027 0.015 0.007 0.005 11 V 0.013 0.009 0.013 0.029 0.050 0.108 0.119 0.171 0.161 0.144 0.112 0.043 0.021 0.007 12 S 0.064 0.069 0.094 0.142 0.172 0.136 0.108 0.084 0.059 0.036 0.020 0.010 0.004 0.002 13 N 0.242 0.158 0.133 0.140 0.110 0.070 0.056 0.035 0.025 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 14 K 0.098 0.089 0.120 0.163 0.187 0.131 0.086 0.055 0.043 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 15 R 0.154 0.127 0.135 0.160 0.139 0.110 0.075 0.054 0.025 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 16 E 0.396 0.200 0.158 0.095 0.077 0.034 0.018 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.225 0.128 0.146 0.165 0.159 0.080 0.043 0.027 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 18 P 0.159 0.092 0.104 0.152 0.175 0.128 0.082 0.055 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 19 V 0.165 0.109 0.110 0.166 0.155 0.114 0.073 0.052 0.028 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 20 N 0.417 0.168 0.114 0.108 0.077 0.048 0.029 0.017 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 21 D 0.313 0.169 0.152 0.133 0.101 0.058 0.035 0.017 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 22 R 0.246 0.139 0.148 0.138 0.133 0.086 0.052 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 23 R 0.267 0.139 0.157 0.146 0.132 0.075 0.040 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 24 S 0.399 0.146 0.124 0.118 0.099 0.051 0.028 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 25 R 0.292 0.148 0.123 0.159 0.135 0.067 0.031 0.020 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.376 0.171 0.126 0.127 0.089 0.049 0.026 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.427 0.180 0.125 0.100 0.068 0.044 0.023 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 28 E 0.316 0.167 0.138 0.120 0.105 0.063 0.037 0.025 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 29 V 0.111 0.082 0.094 0.133 0.161 0.141 0.101 0.086 0.042 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 30 S 0.147 0.093 0.096 0.126 0.145 0.139 0.096 0.068 0.040 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 31 P 0.136 0.090 0.098 0.141 0.153 0.128 0.091 0.060 0.046 0.028 0.016 0.008 0.003 0.002 32 A 0.128 0.084 0.095 0.139 0.136 0.148 0.107 0.051 0.048 0.031 0.018 0.010 0.004 0.002 33 G 0.142 0.132 0.146 0.159 0.138 0.101 0.077 0.044 0.030 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 34 T 0.138 0.132 0.163 0.159 0.128 0.106 0.070 0.041 0.025 0.017 0.014 0.004 0.002 0.001 35 S 0.087 0.109 0.120 0.151 0.150 0.120 0.098 0.063 0.049 0.030 0.012 0.006 0.002 0.002 36 M 0.014 0.020 0.036 0.065 0.104 0.131 0.149 0.190 0.108 0.102 0.051 0.017 0.010 0.004 37 R 0.007 0.020 0.028 0.071 0.107 0.137 0.132 0.157 0.120 0.100 0.062 0.030 0.017 0.013 38 Y 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.028 0.061 0.066 0.149 0.177 0.193 0.186 0.064 0.049 39 E 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.028 0.061 0.193 0.191 0.177 0.168 0.073 0.050 0.030 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.027 0.057 0.108 0.219 0.268 0.206 0.102 41 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.014 0.039 0.133 0.156 0.216 0.149 0.142 0.083 0.051 42 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.036 0.100 0.134 0.182 0.243 0.149 0.088 0.036 43 K 0.009 0.020 0.033 0.068 0.093 0.138 0.166 0.147 0.123 0.080 0.069 0.030 0.012 0.013 44 P 0.023 0.056 0.061 0.104 0.152 0.130 0.128 0.116 0.104 0.064 0.042 0.013 0.004 0.003 45 L 0.031 0.060 0.085 0.129 0.163 0.193 0.136 0.091 0.069 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 46 N 0.145 0.176 0.179 0.164 0.144 0.075 0.050 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 47 G 0.333 0.194 0.192 0.105 0.081 0.044 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 G 0.260 0.155 0.157 0.134 0.132 0.071 0.040 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 49 L 0.234 0.143 0.134 0.149 0.142 0.080 0.049 0.033 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 50 E 0.160 0.144 0.125 0.158 0.156 0.083 0.061 0.050 0.032 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 51 K 0.056 0.035 0.046 0.087 0.113 0.148 0.130 0.153 0.089 0.081 0.040 0.014 0.007 0.003 52 T 0.032 0.044 0.071 0.131 0.196 0.129 0.109 0.097 0.078 0.059 0.027 0.018 0.005 0.005 53 F 0.027 0.009 0.015 0.031 0.044 0.094 0.102 0.147 0.136 0.182 0.094 0.068 0.041 0.012 54 R 0.054 0.055 0.082 0.148 0.183 0.108 0.111 0.095 0.082 0.038 0.019 0.015 0.005 0.004 55 L 0.023 0.013 0.020 0.045 0.060 0.125 0.118 0.168 0.122 0.155 0.090 0.036 0.021 0.004 56 Q 0.146 0.143 0.143 0.166 0.168 0.100 0.059 0.026 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 57 A 0.170 0.128 0.135 0.178 0.140 0.084 0.061 0.036 0.029 0.021 0.012 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.287 0.215 0.158 0.111 0.084 0.066 0.038 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 59 Q 0.125 0.136 0.141 0.148 0.163 0.109 0.068 0.054 0.030 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 60 Y 0.044 0.046 0.064 0.114 0.191 0.160 0.141 0.119 0.058 0.039 0.015 0.006 0.003 0.001 61 H 0.201 0.124 0.126 0.134 0.110 0.096 0.076 0.053 0.036 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 62 A 0.083 0.057 0.080 0.112 0.163 0.130 0.111 0.109 0.072 0.043 0.021 0.012 0.005 0.003 63 L 0.051 0.025 0.033 0.059 0.092 0.127 0.121 0.143 0.110 0.105 0.062 0.043 0.025 0.005 64 T 0.116 0.108 0.123 0.188 0.147 0.114 0.090 0.043 0.035 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 65 V 0.169 0.094 0.102 0.135 0.134 0.126 0.086 0.048 0.046 0.030 0.021 0.007 0.002 0.001 66 G 0.181 0.132 0.129 0.132 0.140 0.105 0.071 0.050 0.033 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 67 D 0.177 0.138 0.132 0.149 0.133 0.099 0.064 0.049 0.027 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 68 Q 0.176 0.104 0.126 0.120 0.154 0.112 0.077 0.055 0.041 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 69 G 0.159 0.065 0.065 0.101 0.115 0.124 0.105 0.091 0.063 0.057 0.032 0.014 0.008 0.003 70 T 0.165 0.124 0.115 0.138 0.144 0.103 0.083 0.047 0.037 0.019 0.014 0.007 0.002 0.002 71 L 0.101 0.043 0.056 0.088 0.105 0.133 0.114 0.091 0.086 0.075 0.059 0.030 0.015 0.006 72 S 0.169 0.099 0.108 0.130 0.128 0.105 0.104 0.062 0.047 0.020 0.014 0.009 0.003 0.002 73 Y 0.088 0.049 0.055 0.088 0.106 0.138 0.112 0.122 0.085 0.076 0.049 0.019 0.010 0.003 74 K 0.172 0.123 0.121 0.149 0.141 0.104 0.076 0.046 0.035 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 75 G 0.167 0.112 0.114 0.137 0.132 0.109 0.078 0.051 0.043 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 76 T 0.180 0.141 0.140 0.132 0.133 0.094 0.069 0.047 0.034 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 77 R 0.095 0.091 0.105 0.144 0.146 0.132 0.101 0.074 0.045 0.033 0.022 0.007 0.003 0.002 78 F 0.058 0.045 0.062 0.089 0.144 0.147 0.144 0.107 0.092 0.052 0.034 0.018 0.006 0.004 79 V 0.061 0.039 0.050 0.090 0.106 0.123 0.130 0.126 0.094 0.079 0.058 0.026 0.014 0.005 80 G 0.129 0.100 0.101 0.117 0.117 0.096 0.096 0.088 0.068 0.035 0.030 0.014 0.005 0.003 81 F 0.047 0.029 0.039 0.066 0.095 0.129 0.119 0.142 0.113 0.102 0.067 0.031 0.016 0.004 82 V 0.102 0.094 0.108 0.158 0.162 0.118 0.095 0.060 0.052 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 83 S 0.190 0.115 0.121 0.144 0.135 0.099 0.067 0.047 0.037 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 84 R 0.286 0.168 0.149 0.135 0.111 0.066 0.038 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 85 T 0.263 0.148 0.148 0.151 0.130 0.072 0.039 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 86 P 0.308 0.134 0.134 0.141 0.127 0.072 0.039 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 87 D 0.513 0.175 0.116 0.087 0.055 0.026 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.491 0.172 0.121 0.091 0.062 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.429 0.175 0.135 0.097 0.076 0.041 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001