# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.019 0.020 0.104 0.003 0.232 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.108 0.210 0.124 0.122 0.001 2 A 0.002 0.002 0.057 0.036 0.054 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.041 0.041 0.219 0.482 0.001 3 P 0.002 0.003 0.053 0.034 0.174 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.023 0.091 0.032 0.193 0.351 0.001 4 L 0.009 0.009 0.073 0.054 0.287 0.003 0.099 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.051 0.066 0.143 0.038 0.072 0.078 0.002 5 Q 0.025 0.027 0.194 0.183 0.085 0.002 0.126 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.084 0.027 0.035 0.036 0.067 0.080 0.002 6 Q 0.036 0.059 0.028 0.051 0.555 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.005 0.018 0.096 0.015 0.030 0.035 0.023 0.005 7 K 0.155 0.143 0.233 0.152 0.081 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.021 0.008 0.091 0.032 0.008 0.006 0.013 0.015 0.006 8 Q 0.225 0.339 0.036 0.043 0.192 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.034 0.009 0.026 0.027 0.002 0.007 0.003 0.002 0.025 9 V 0.340 0.297 0.039 0.035 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.063 0.016 0.021 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 10 V 0.308 0.330 0.091 0.058 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.019 0.062 0.020 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 11 V 0.319 0.292 0.015 0.040 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.039 0.066 0.015 0.009 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 12 S 0.243 0.217 0.058 0.108 0.081 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.075 0.026 0.119 0.013 0.005 0.002 0.002 0.002 0.008 13 N 0.142 0.218 0.050 0.187 0.151 0.002 0.019 0.003 0.002 0.001 0.018 0.017 0.038 0.010 0.030 0.034 0.010 0.011 0.022 0.029 0.008 14 K 0.063 0.079 0.033 0.043 0.398 0.003 0.029 0.004 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.008 0.075 0.054 0.089 0.052 0.016 0.023 0.004 15 R 0.035 0.049 0.185 0.292 0.062 0.008 0.066 0.010 0.002 0.002 0.007 0.004 0.022 0.005 0.063 0.015 0.026 0.028 0.056 0.057 0.005 16 E 0.033 0.036 0.039 0.032 0.496 0.002 0.031 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.004 0.031 0.051 0.052 0.042 0.057 0.066 0.005 17 K 0.016 0.015 0.243 0.236 0.036 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.084 0.013 0.027 0.014 0.093 0.186 0.002 18 P 0.006 0.007 0.013 0.019 0.510 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.012 0.050 0.088 0.030 0.060 0.175 0.001 19 V 0.005 0.005 0.116 0.108 0.044 0.003 0.063 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.090 0.016 0.085 0.030 0.158 0.237 0.001 20 N 0.003 0.003 0.019 0.022 0.150 0.004 0.091 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.023 0.365 0.077 0.055 0.116 0.001 21 D 0.004 0.005 0.044 0.045 0.062 0.011 0.312 0.065 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.030 0.016 0.070 0.091 0.130 0.100 0.001 22 R 0.005 0.005 0.042 0.043 0.083 0.004 0.074 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.048 0.021 0.268 0.101 0.094 0.134 0.001 23 R 0.007 0.011 0.045 0.050 0.112 0.011 0.097 0.121 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.029 0.016 0.157 0.052 0.099 0.177 0.001 24 S 0.006 0.008 0.044 0.057 0.105 0.011 0.115 0.109 0.011 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.014 0.225 0.059 0.073 0.120 0.001 25 R 0.005 0.008 0.029 0.035 0.102 0.008 0.208 0.113 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 0.013 0.229 0.051 0.052 0.107 0.001 26 Q 0.005 0.008 0.033 0.058 0.075 0.012 0.210 0.072 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 0.012 0.166 0.100 0.085 0.120 0.001 27 Q 0.009 0.013 0.046 0.045 0.168 0.015 0.110 0.062 0.008 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.021 0.025 0.188 0.087 0.073 0.115 0.002 28 E 0.014 0.023 0.133 0.155 0.086 0.021 0.112 0.042 0.007 0.004 0.004 0.002 0.009 0.003 0.037 0.012 0.123 0.055 0.072 0.083 0.004 29 V 0.017 0.020 0.032 0.045 0.342 0.004 0.065 0.020 0.003 0.002 0.005 0.005 0.008 0.004 0.027 0.044 0.088 0.082 0.089 0.094 0.004 30 S 0.015 0.020 0.230 0.195 0.064 0.002 0.013 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.061 0.012 0.041 0.018 0.087 0.219 0.002 31 P 0.008 0.008 0.027 0.041 0.391 0.002 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.010 0.038 0.110 0.022 0.068 0.245 0.001 32 A 0.010 0.012 0.111 0.130 0.151 0.002 0.093 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 0.011 0.147 0.035 0.064 0.163 0.001 33 G 0.011 0.010 0.076 0.078 0.172 0.002 0.099 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.016 0.101 0.051 0.113 0.234 0.001 34 T 0.023 0.023 0.177 0.168 0.161 0.002 0.052 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.006 0.172 0.046 0.045 0.092 0.001 35 S 0.058 0.077 0.050 0.064 0.449 0.001 0.100 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.008 0.020 0.037 0.030 0.025 0.050 0.003 36 M 0.189 0.269 0.189 0.178 0.086 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.015 0.003 0.008 0.009 0.006 0.008 0.004 37 R 0.299 0.450 0.024 0.020 0.163 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.012 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 Y 0.387 0.491 0.031 0.042 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 39 E 0.298 0.644 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 A 0.493 0.418 0.016 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 S 0.360 0.517 0.004 0.017 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 42 F 0.478 0.353 0.016 0.036 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 43 K 0.288 0.225 0.171 0.203 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.001 0.012 0.002 0.004 0.001 0.002 0.008 0.004 44 P 0.056 0.056 0.008 0.021 0.779 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.001 0.002 0.016 0.006 0.006 0.008 0.017 0.002 45 L 0.041 0.036 0.320 0.297 0.066 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.079 0.003 0.025 0.012 0.043 0.042 0.001 46 N 0.020 0.010 0.062 0.085 0.242 0.002 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.009 0.217 0.016 0.063 0.216 0.001 47 G 0.011 0.015 0.053 0.073 0.212 0.002 0.267 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.151 0.069 0.026 0.099 0.001 48 G 0.014 0.018 0.038 0.038 0.315 0.002 0.238 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.016 0.028 0.108 0.063 0.095 0.001 49 L 0.038 0.040 0.398 0.278 0.072 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.043 0.028 0.028 0.025 0.001 50 E 0.096 0.147 0.027 0.026 0.590 0.001 0.018 0.013 0.001 0.001 0.006 0.003 0.010 0.001 0.004 0.014 0.009 0.007 0.010 0.012 0.005 51 K 0.153 0.215 0.172 0.373 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 0.001 0.022 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 52 T 0.131 0.298 0.004 0.009 0.471 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.018 0.003 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 F 0.212 0.246 0.202 0.258 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.024 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 R 0.157 0.187 0.005 0.012 0.531 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.036 0.003 0.002 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 55 L 0.180 0.124 0.296 0.255 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.021 0.002 0.049 0.002 0.001 0.001 0.010 0.015 0.003 56 Q 0.061 0.068 0.022 0.048 0.570 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.004 0.011 0.033 0.035 0.009 0.027 0.075 0.003 57 A 0.050 0.055 0.074 0.109 0.140 0.004 0.042 0.062 0.002 0.001 0.006 0.007 0.012 0.005 0.102 0.013 0.228 0.021 0.021 0.042 0.002 58 Q 0.023 0.027 0.039 0.043 0.056 0.014 0.190 0.401 0.003 0.001 0.003 0.003 0.011 0.004 0.017 0.006 0.092 0.025 0.016 0.025 0.002 59 Q 0.026 0.034 0.028 0.043 0.158 0.010 0.142 0.264 0.005 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.013 0.010 0.141 0.053 0.023 0.032 0.002 60 Y 0.026 0.053 0.032 0.042 0.140 0.004 0.119 0.322 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.026 0.015 0.097 0.027 0.020 0.057 0.001 61 H 0.055 0.087 0.082 0.116 0.117 0.024 0.087 0.208 0.008 0.003 0.004 0.002 0.013 0.003 0.018 0.006 0.090 0.028 0.015 0.032 0.003 62 A 0.043 0.063 0.043 0.080 0.175 0.024 0.138 0.176 0.023 0.010 0.008 0.005 0.012 0.004 0.013 0.014 0.070 0.032 0.028 0.033 0.005 63 L 0.055 0.057 0.072 0.089 0.229 0.003 0.051 0.045 0.007 0.004 0.003 0.005 0.008 0.004 0.046 0.014 0.098 0.058 0.062 0.086 0.003 64 T 0.016 0.019 0.096 0.085 0.124 0.002 0.007 0.034 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.010 0.045 0.014 0.095 0.429 0.001 65 V 0.007 0.011 0.018 0.022 0.191 0.003 0.046 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.013 0.493 0.022 0.016 0.088 0.002 66 G 0.011 0.020 0.041 0.049 0.086 0.007 0.494 0.101 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.015 0.008 0.037 0.048 0.031 0.033 0.001 67 D 0.026 0.017 0.177 0.227 0.109 0.004 0.036 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 0.005 0.001 0.018 0.008 0.090 0.048 0.101 0.087 0.002 68 Q 0.038 0.064 0.047 0.049 0.376 0.002 0.072 0.027 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.013 0.015 0.153 0.024 0.023 0.076 0.004 69 G 0.093 0.153 0.085 0.129 0.166 0.005 0.164 0.023 0.002 0.001 0.008 0.005 0.012 0.002 0.017 0.012 0.019 0.061 0.016 0.023 0.005 70 T 0.184 0.223 0.142 0.132 0.180 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.011 0.006 0.018 0.002 0.014 0.009 0.009 0.016 0.013 0.009 0.008 71 L 0.207 0.300 0.093 0.109 0.168 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.014 0.011 0.028 0.004 0.011 0.006 0.004 0.003 0.007 0.007 0.015 72 S 0.251 0.306 0.061 0.107 0.152 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.012 0.035 0.004 0.017 0.006 0.004 0.003 0.004 0.004 0.011 73 Y 0.246 0.294 0.097 0.179 0.094 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.010 0.019 0.003 0.012 0.006 0.003 0.002 0.008 0.009 0.005 74 K 0.170 0.176 0.058 0.096 0.342 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.009 0.010 0.021 0.004 0.018 0.013 0.035 0.007 0.006 0.016 0.006 75 G 0.148 0.216 0.069 0.138 0.207 0.002 0.048 0.010 0.001 0.001 0.009 0.010 0.025 0.003 0.024 0.009 0.016 0.021 0.016 0.018 0.009 76 T 0.176 0.197 0.115 0.090 0.236 0.001 0.015 0.013 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 0.003 0.023 0.015 0.018 0.017 0.020 0.026 0.005 77 R 0.169 0.182 0.184 0.161 0.125 0.004 0.010 0.019 0.001 0.001 0.012 0.008 0.024 0.003 0.030 0.006 0.023 0.009 0.009 0.014 0.006 78 F 0.173 0.219 0.031 0.078 0.298 0.002 0.018 0.019 0.003 0.001 0.018 0.015 0.035 0.006 0.016 0.013 0.010 0.010 0.015 0.009 0.012 79 V 0.213 0.255 0.108 0.105 0.126 0.001 0.017 0.014 0.001 0.001 0.010 0.010 0.027 0.006 0.043 0.013 0.019 0.005 0.006 0.012 0.007 80 G 0.163 0.263 0.078 0.144 0.145 0.005 0.023 0.015 0.002 0.001 0.015 0.011 0.026 0.006 0.023 0.014 0.015 0.015 0.011 0.015 0.011 81 F 0.115 0.159 0.025 0.047 0.421 0.002 0.016 0.019 0.002 0.001 0.011 0.012 0.029 0.007 0.017 0.026 0.019 0.020 0.021 0.020 0.010 82 V 0.072 0.080 0.269 0.232 0.054 0.003 0.015 0.014 0.002 0.001 0.011 0.007 0.020 0.006 0.109 0.009 0.024 0.009 0.033 0.026 0.005 83 S 0.042 0.045 0.038 0.076 0.440 0.004 0.034 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.011 0.004 0.019 0.047 0.088 0.023 0.038 0.063 0.006 84 R 0.016 0.017 0.078 0.111 0.154 0.003 0.107 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.079 0.026 0.066 0.072 0.101 0.145 0.001 85 T 0.003 0.003 0.044 0.046 0.063 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.055 0.031 0.182 0.523 0.001 86 P 0.001 0.001 0.020 0.016 0.115 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.298 0.039 0.120 0.329 0.001 87 D 0.001 0.001 0.026 0.025 0.045 0.005 0.338 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.208 0.058 0.089 0.143 0.001 88 N 0.001 0.002 0.026 0.022 0.065 0.003 0.248 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.120 0.116 0.148 0.189 0.001 89 E 0.002 0.003 0.046 0.041 0.091 0.006 0.135 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.020 0.230 0.110 0.110 0.141 0.001