# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.019 0.568 0.005 0.016 0.023 0.001 0.001 0.007 0.235 0.068 0.030 0.026 2 A 0.002 0.012 0.697 0.005 0.014 0.017 0.001 0.001 0.006 0.157 0.050 0.016 0.025 3 P 0.004 0.015 0.558 0.010 0.048 0.028 0.001 0.001 0.009 0.118 0.107 0.040 0.062 4 L 0.015 0.016 0.465 0.023 0.067 0.033 0.003 0.001 0.015 0.083 0.086 0.042 0.151 5 Q 0.035 0.010 0.290 0.028 0.021 0.010 0.003 0.001 0.016 0.078 0.028 0.356 0.125 6 Q 0.071 0.005 0.136 0.017 0.007 0.003 0.006 0.001 0.015 0.012 0.013 0.030 0.684 7 K 0.104 0.002 0.084 0.055 0.002 0.002 0.005 0.001 0.017 0.024 0.004 0.656 0.045 8 Q 0.210 0.002 0.053 0.017 0.001 0.002 0.027 0.002 0.031 0.006 0.004 0.070 0.575 9 V 0.423 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.029 0.006 0.023 0.001 0.001 0.320 0.169 10 V 0.612 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.071 0.007 0.017 0.001 0.001 0.143 0.121 11 V 0.598 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.056 0.009 0.023 0.001 0.001 0.119 0.185 12 S 0.505 0.002 0.013 0.091 0.002 0.001 0.055 0.006 0.025 0.003 0.004 0.120 0.175 13 N 0.181 0.004 0.107 0.020 0.003 0.001 0.015 0.003 0.027 0.032 0.017 0.214 0.376 14 K 0.070 0.007 0.224 0.039 0.015 0.005 0.007 0.002 0.021 0.074 0.084 0.162 0.290 15 R 0.068 0.021 0.236 0.015 0.038 0.011 0.006 0.002 0.023 0.065 0.090 0.280 0.147 16 E 0.020 0.030 0.371 0.016 0.042 0.013 0.006 0.003 0.021 0.129 0.062 0.047 0.238 17 K 0.012 0.031 0.408 0.007 0.008 0.008 0.002 0.002 0.022 0.116 0.025 0.315 0.044 18 P 0.013 0.071 0.440 0.006 0.016 0.013 0.004 0.002 0.015 0.074 0.044 0.015 0.286 19 V 0.007 0.044 0.509 0.016 0.025 0.017 0.002 0.001 0.014 0.127 0.078 0.131 0.028 20 N 0.004 0.022 0.382 0.009 0.036 0.022 0.001 0.001 0.007 0.192 0.225 0.015 0.085 21 D 0.003 0.027 0.422 0.006 0.050 0.028 0.001 0.001 0.004 0.198 0.208 0.026 0.026 22 R 0.003 0.027 0.391 0.004 0.068 0.054 0.001 0.001 0.006 0.198 0.199 0.016 0.032 23 R 0.004 0.040 0.426 0.003 0.058 0.054 0.001 0.001 0.007 0.185 0.166 0.026 0.028 24 S 0.002 0.036 0.385 0.005 0.063 0.049 0.001 0.001 0.005 0.201 0.210 0.014 0.026 25 R 0.003 0.035 0.352 0.007 0.047 0.036 0.001 0.001 0.004 0.233 0.244 0.021 0.016 26 Q 0.005 0.033 0.426 0.007 0.081 0.055 0.001 0.001 0.004 0.152 0.190 0.012 0.036 27 Q 0.009 0.024 0.388 0.013 0.129 0.054 0.001 0.001 0.004 0.147 0.162 0.030 0.038 28 E 0.017 0.029 0.380 0.008 0.080 0.046 0.003 0.001 0.011 0.148 0.126 0.087 0.065 29 V 0.024 0.063 0.462 0.005 0.041 0.025 0.005 0.003 0.012 0.098 0.061 0.027 0.175 30 S 0.009 0.031 0.541 0.006 0.009 0.010 0.002 0.002 0.013 0.150 0.033 0.166 0.028 31 P 0.005 0.021 0.528 0.004 0.021 0.016 0.001 0.001 0.008 0.122 0.122 0.017 0.134 32 A 0.002 0.011 0.180 0.010 0.027 0.013 0.001 0.001 0.002 0.196 0.512 0.033 0.013 33 G 0.005 0.009 0.245 0.009 0.026 0.007 0.001 0.001 0.002 0.285 0.317 0.028 0.068 34 T 0.023 0.011 0.287 0.009 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.251 0.125 0.114 0.157 35 S 0.099 0.011 0.201 0.022 0.009 0.004 0.003 0.001 0.002 0.088 0.079 0.150 0.331 36 M 0.251 0.004 0.062 0.026 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.034 0.015 0.315 0.283 37 R 0.535 0.001 0.023 0.028 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.117 0.278 38 Y 0.729 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.082 39 E 0.821 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.097 40 A 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.052 41 S 0.810 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.052 42 F 0.571 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.359 43 K 0.159 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.789 0.034 44 P 0.082 0.006 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.871 45 L 0.020 0.007 0.154 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.020 0.652 0.091 46 N 0.008 0.004 0.100 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.125 0.470 0.031 0.243 47 G 0.003 0.005 0.056 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.667 0.024 0.016 48 G 0.007 0.007 0.187 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.382 0.298 0.048 0.042 49 L 0.060 0.019 0.349 0.008 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.092 0.045 0.098 0.314 50 E 0.266 0.015 0.105 0.029 0.010 0.008 0.013 0.001 0.003 0.018 0.018 0.170 0.346 51 K 0.278 0.003 0.039 0.062 0.002 0.004 0.013 0.001 0.004 0.010 0.005 0.466 0.112 52 T 0.486 0.001 0.019 0.037 0.001 0.002 0.025 0.001 0.003 0.002 0.002 0.084 0.338 53 F 0.603 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.053 0.001 0.006 0.001 0.001 0.235 0.087 54 R 0.605 0.002 0.010 0.006 0.001 0.002 0.041 0.002 0.007 0.001 0.002 0.080 0.241 55 L 0.244 0.006 0.053 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.016 0.005 0.001 0.517 0.141 56 Q 0.027 0.006 0.516 0.017 0.001 0.007 0.004 0.001 0.025 0.041 0.009 0.034 0.312 57 A 0.014 0.005 0.117 0.015 0.130 0.401 0.002 0.001 0.006 0.069 0.172 0.017 0.050 58 Q 0.012 0.005 0.050 0.015 0.248 0.312 0.002 0.001 0.006 0.041 0.224 0.055 0.028 59 Q 0.026 0.008 0.076 0.004 0.329 0.274 0.004 0.005 0.010 0.041 0.096 0.022 0.105 60 Y 0.022 0.011 0.164 0.028 0.176 0.327 0.004 0.005 0.019 0.064 0.130 0.018 0.032 61 H 0.042 0.011 0.108 0.030 0.107 0.195 0.005 0.002 0.009 0.103 0.297 0.057 0.035 62 A 0.070 0.023 0.177 0.010 0.072 0.138 0.010 0.005 0.028 0.064 0.165 0.040 0.199 63 L 0.104 0.034 0.248 0.017 0.043 0.105 0.026 0.013 0.037 0.096 0.043 0.091 0.142 64 T 0.031 0.018 0.445 0.008 0.011 0.033 0.005 0.007 0.038 0.092 0.044 0.167 0.101 65 V 0.014 0.017 0.239 0.010 0.033 0.032 0.003 0.003 0.014 0.088 0.360 0.022 0.164 66 G 0.004 0.004 0.151 0.024 0.018 0.008 0.001 0.001 0.005 0.331 0.396 0.046 0.011 67 D 0.011 0.006 0.157 0.017 0.028 0.008 0.001 0.001 0.005 0.406 0.221 0.035 0.106 68 Q 0.082 0.010 0.176 0.021 0.025 0.010 0.006 0.002 0.007 0.122 0.299 0.038 0.203 69 G 0.244 0.007 0.123 0.033 0.008 0.009 0.017 0.003 0.009 0.075 0.029 0.365 0.078 70 T 0.404 0.003 0.051 0.007 0.002 0.004 0.025 0.003 0.006 0.007 0.004 0.082 0.400 71 L 0.615 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.035 0.003 0.005 0.001 0.001 0.247 0.076 72 S 0.638 0.003 0.014 0.017 0.001 0.004 0.046 0.003 0.006 0.002 0.002 0.066 0.199 73 Y 0.303 0.002 0.040 0.018 0.002 0.002 0.009 0.001 0.006 0.009 0.006 0.385 0.217 74 K 0.218 0.003 0.063 0.068 0.005 0.007 0.009 0.001 0.005 0.050 0.115 0.105 0.353 75 G 0.149 0.006 0.105 0.022 0.013 0.011 0.005 0.001 0.003 0.115 0.179 0.152 0.241 76 T 0.175 0.005 0.128 0.021 0.011 0.011 0.006 0.001 0.005 0.063 0.042 0.239 0.292 77 R 0.355 0.007 0.050 0.008 0.012 0.016 0.015 0.003 0.006 0.015 0.015 0.175 0.323 78 F 0.434 0.011 0.052 0.039 0.019 0.028 0.034 0.006 0.014 0.010 0.013 0.129 0.211 79 V 0.420 0.004 0.036 0.084 0.014 0.016 0.024 0.003 0.011 0.011 0.012 0.211 0.153 80 G 0.303 0.006 0.059 0.049 0.012 0.019 0.021 0.002 0.015 0.020 0.035 0.191 0.269 81 F 0.255 0.009 0.117 0.020 0.015 0.015 0.014 0.002 0.011 0.026 0.033 0.128 0.355 82 V 0.154 0.009 0.137 0.017 0.014 0.014 0.009 0.001 0.018 0.031 0.024 0.432 0.140 83 S 0.055 0.029 0.211 0.005 0.020 0.013 0.005 0.002 0.014 0.074 0.083 0.084 0.404 84 R 0.013 0.036 0.424 0.012 0.012 0.007 0.002 0.001 0.009 0.233 0.096 0.101 0.055 85 T 0.002 0.017 0.690 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.180 0.035 0.017 0.042 86 P 0.002 0.016 0.447 0.004 0.045 0.013 0.001 0.001 0.002 0.173 0.265 0.010 0.023 87 D 0.001 0.017 0.294 0.004 0.062 0.017 0.001 0.001 0.002 0.188 0.395 0.011 0.008 88 N 0.001 0.025 0.487 0.003 0.043 0.015 0.001 0.001 0.003 0.259 0.136 0.010 0.017 89 E 0.002 0.038 0.637 0.003 0.029 0.022 0.001 0.001 0.006 0.164 0.057 0.019 0.022