# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.278 0.192 0.239 0.004 0.010 0.007 0.029 0.053 0.005 0.014 0.022 0.016 0.001 0.018 0.051 2 A 0.132 0.020 0.385 0.350 0.004 0.029 0.005 0.004 0.017 0.011 0.005 0.007 0.012 0.001 0.002 0.018 3 P 0.075 0.028 0.432 0.277 0.015 0.118 0.004 0.005 0.002 0.002 0.019 0.005 0.011 0.001 0.001 0.004 4 L 0.008 0.093 0.032 0.692 0.015 0.073 0.002 0.016 0.003 0.001 0.037 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.004 0.137 0.038 0.741 0.005 0.024 0.002 0.011 0.007 0.001 0.005 0.014 0.004 0.001 0.002 0.003 6 Q 0.014 0.057 0.123 0.678 0.002 0.088 0.001 0.003 0.011 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 7 K 0.017 0.078 0.226 0.643 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.003 0.032 0.062 0.899 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.001 0.002 0.072 0.922 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.002 0.026 0.953 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.004 0.002 0.681 0.048 0.259 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 S 0.001 0.253 0.002 0.599 0.030 0.051 0.001 0.034 0.003 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.006 0.043 0.004 0.293 0.071 0.433 0.004 0.025 0.027 0.019 0.038 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 14 K 0.027 0.141 0.127 0.144 0.019 0.082 0.005 0.056 0.019 0.005 0.288 0.044 0.022 0.002 0.009 0.011 15 R 0.032 0.216 0.088 0.332 0.007 0.048 0.006 0.014 0.042 0.013 0.025 0.121 0.015 0.003 0.010 0.026 16 E 0.060 0.068 0.468 0.276 0.003 0.020 0.005 0.004 0.007 0.001 0.008 0.009 0.020 0.001 0.008 0.043 17 K 0.032 0.036 0.411 0.393 0.007 0.059 0.004 0.003 0.004 0.003 0.008 0.006 0.015 0.001 0.001 0.018 18 P 0.018 0.040 0.124 0.420 0.081 0.228 0.010 0.009 0.002 0.002 0.028 0.010 0.018 0.004 0.001 0.004 19 V 0.005 0.091 0.033 0.399 0.068 0.184 0.011 0.059 0.004 0.003 0.086 0.026 0.016 0.006 0.004 0.003 20 N 0.009 0.135 0.033 0.249 0.014 0.158 0.008 0.069 0.039 0.021 0.079 0.125 0.033 0.002 0.015 0.009 21 D 0.052 0.053 0.048 0.098 0.020 0.183 0.014 0.016 0.043 0.022 0.201 0.109 0.106 0.005 0.006 0.023 22 R 0.067 0.104 0.103 0.087 0.013 0.040 0.010 0.021 0.009 0.004 0.216 0.184 0.106 0.006 0.017 0.015 23 R 0.018 0.072 0.118 0.068 0.049 0.103 0.094 0.010 0.012 0.008 0.042 0.201 0.104 0.051 0.016 0.032 24 S 0.026 0.027 0.087 0.041 0.020 0.084 0.050 0.070 0.004 0.003 0.154 0.042 0.232 0.018 0.118 0.023 25 R 0.014 0.075 0.044 0.046 0.016 0.038 0.032 0.027 0.057 0.021 0.161 0.124 0.157 0.047 0.028 0.113 26 Q 0.149 0.054 0.081 0.064 0.006 0.039 0.026 0.024 0.034 0.006 0.048 0.115 0.172 0.026 0.092 0.063 27 Q 0.048 0.064 0.298 0.066 0.002 0.042 0.013 0.010 0.023 0.007 0.036 0.042 0.165 0.006 0.033 0.146 28 E 0.100 0.098 0.264 0.224 0.003 0.036 0.008 0.004 0.016 0.002 0.019 0.026 0.081 0.005 0.006 0.108 29 V 0.055 0.064 0.470 0.289 0.003 0.028 0.006 0.004 0.003 0.001 0.006 0.009 0.035 0.001 0.005 0.023 30 S 0.013 0.047 0.364 0.311 0.024 0.153 0.013 0.004 0.003 0.003 0.008 0.008 0.036 0.002 0.001 0.011 31 P 0.007 0.037 0.040 0.168 0.462 0.090 0.056 0.014 0.002 0.001 0.062 0.007 0.016 0.034 0.001 0.003 32 A 0.005 0.095 0.028 0.251 0.013 0.053 0.005 0.391 0.007 0.002 0.036 0.038 0.010 0.001 0.060 0.004 33 G 0.015 0.067 0.073 0.121 0.015 0.047 0.018 0.012 0.324 0.133 0.034 0.037 0.021 0.003 0.006 0.073 34 T 0.507 0.074 0.087 0.155 0.005 0.031 0.004 0.020 0.009 0.002 0.041 0.022 0.025 0.001 0.009 0.008 35 S 0.023 0.158 0.419 0.284 0.001 0.036 0.002 0.005 0.017 0.003 0.006 0.017 0.008 0.001 0.002 0.018 36 M 0.041 0.063 0.194 0.630 0.001 0.050 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 37 R 0.004 0.127 0.154 0.709 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Y 0.002 0.005 0.042 0.945 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.008 0.066 0.925 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.001 0.010 0.004 0.980 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.001 0.004 0.001 0.986 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.001 0.014 0.011 0.915 0.026 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 P 0.001 0.015 0.005 0.563 0.161 0.221 0.001 0.016 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.001 0.090 0.005 0.152 0.441 0.159 0.007 0.050 0.003 0.006 0.063 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 46 N 0.003 0.109 0.005 0.078 0.329 0.037 0.053 0.207 0.022 0.014 0.061 0.033 0.002 0.019 0.026 0.002 47 G 0.026 0.070 0.063 0.132 0.006 0.020 0.005 0.280 0.121 0.050 0.023 0.029 0.012 0.001 0.117 0.046 48 G 0.201 0.022 0.065 0.039 0.006 0.039 0.006 0.002 0.220 0.206 0.032 0.023 0.030 0.002 0.002 0.104 49 L 0.446 0.096 0.069 0.081 0.008 0.062 0.004 0.012 0.004 0.001 0.103 0.048 0.053 0.004 0.005 0.004 50 E 0.007 0.396 0.222 0.274 0.002 0.017 0.003 0.006 0.012 0.001 0.005 0.029 0.007 0.002 0.003 0.013 51 K 0.031 0.024 0.206 0.627 0.002 0.054 0.008 0.003 0.008 0.001 0.004 0.004 0.014 0.001 0.003 0.010 52 T 0.007 0.053 0.331 0.595 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 53 F 0.007 0.002 0.030 0.955 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.006 0.116 0.851 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.004 0.004 0.896 0.061 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.030 0.004 0.191 0.089 0.619 0.001 0.039 0.001 0.003 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.002 0.028 0.002 0.162 0.013 0.069 0.001 0.047 0.011 0.004 0.631 0.022 0.005 0.001 0.002 0.001 58 Q 0.009 0.110 0.028 0.099 0.006 0.025 0.003 0.009 0.020 0.008 0.055 0.608 0.012 0.001 0.003 0.004 59 Q 0.054 0.035 0.186 0.200 0.031 0.079 0.043 0.008 0.015 0.005 0.050 0.064 0.165 0.015 0.011 0.040 60 Y 0.026 0.067 0.279 0.164 0.010 0.101 0.025 0.021 0.006 0.004 0.047 0.050 0.145 0.013 0.020 0.021 61 H 0.013 0.117 0.102 0.274 0.002 0.044 0.006 0.012 0.018 0.009 0.037 0.051 0.237 0.004 0.020 0.053 62 A 0.033 0.039 0.112 0.502 0.012 0.047 0.005 0.003 0.015 0.002 0.012 0.012 0.105 0.004 0.003 0.094 63 L 0.031 0.066 0.502 0.292 0.009 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.005 0.008 0.038 0.002 0.003 0.015 64 T 0.004 0.017 0.077 0.102 0.507 0.061 0.115 0.005 0.002 0.003 0.005 0.003 0.016 0.078 0.002 0.005 65 V 0.008 0.052 0.045 0.264 0.012 0.040 0.004 0.434 0.002 0.001 0.035 0.004 0.015 0.001 0.075 0.006 66 G 0.009 0.039 0.021 0.090 0.012 0.108 0.007 0.006 0.280 0.310 0.018 0.042 0.013 0.001 0.002 0.042 67 D 0.331 0.088 0.017 0.046 0.101 0.066 0.052 0.013 0.009 0.004 0.182 0.030 0.032 0.024 0.003 0.004 68 Q 0.008 0.325 0.132 0.301 0.001 0.004 0.001 0.130 0.012 0.001 0.010 0.030 0.006 0.001 0.034 0.005 69 G 0.025 0.021 0.292 0.471 0.001 0.013 0.004 0.001 0.088 0.020 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.049 70 T 0.096 0.010 0.334 0.547 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 71 L 0.004 0.006 0.087 0.793 0.008 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 72 S 0.001 0.055 0.031 0.878 0.019 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.002 0.002 0.312 0.644 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 K 0.002 0.045 0.028 0.304 0.014 0.063 0.001 0.513 0.002 0.001 0.012 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 75 G 0.005 0.014 0.004 0.192 0.008 0.105 0.001 0.006 0.257 0.335 0.044 0.017 0.005 0.001 0.001 0.005 76 T 0.213 0.281 0.045 0.172 0.009 0.058 0.002 0.013 0.004 0.003 0.058 0.110 0.025 0.001 0.003 0.002 77 R 0.011 0.100 0.110 0.576 0.006 0.056 0.002 0.011 0.010 0.005 0.026 0.038 0.035 0.001 0.003 0.011 78 F 0.020 0.032 0.302 0.286 0.073 0.075 0.068 0.003 0.006 0.002 0.022 0.019 0.040 0.038 0.002 0.013 79 V 0.011 0.095 0.190 0.512 0.004 0.018 0.009 0.048 0.001 0.001 0.010 0.012 0.044 0.001 0.039 0.004 80 G 0.005 0.022 0.062 0.613 0.008 0.109 0.005 0.003 0.029 0.022 0.011 0.008 0.052 0.001 0.002 0.048 81 F 0.084 0.088 0.081 0.537 0.022 0.062 0.004 0.007 0.006 0.002 0.036 0.014 0.045 0.002 0.001 0.010 82 V 0.010 0.113 0.082 0.428 0.043 0.201 0.014 0.015 0.005 0.004 0.012 0.031 0.027 0.009 0.002 0.005 83 S 0.012 0.103 0.118 0.422 0.010 0.099 0.007 0.036 0.008 0.003 0.080 0.015 0.052 0.003 0.019 0.013 84 R 0.013 0.193 0.096 0.492 0.004 0.029 0.004 0.006 0.034 0.004 0.020 0.040 0.021 0.001 0.003 0.042 85 T 0.113 0.038 0.261 0.269 0.031 0.120 0.024 0.005 0.006 0.005 0.020 0.023 0.060 0.004 0.004 0.017 86 P 0.011 0.061 0.132 0.093 0.174 0.281 0.035 0.026 0.002 0.002 0.092 0.018 0.038 0.025 0.004 0.007 87 D 0.007 0.172 0.025 0.147 0.019 0.109 0.011 0.151 0.012 0.005 0.164 0.094 0.030 0.006 0.041 0.008 88 N 0.020 0.079 0.049 0.060 0.038 0.074 0.069 0.020 0.097 0.044 0.104 0.161 0.073 0.027 0.021 0.063 89 E 0.161 0.058 0.150 0.069 0.010 0.046 0.021 0.055 0.013 0.005 0.124 0.085 0.105 0.007 0.060 0.031