# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.025 0.104 0.765 2 A 0.067 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.080 0.106 0.620 3 P 0.044 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.046 0.114 0.683 4 L 0.035 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.087 0.048 0.101 0.700 5 Q 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.266 0.054 0.075 0.550 6 Q 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.032 0.073 0.670 7 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.640 0.021 0.041 0.290 8 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.732 0.024 0.029 0.208 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.748 0.019 0.030 0.196 10 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.014 0.008 0.040 11 V 0.013 0.011 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.531 0.045 0.050 0.328 12 S 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.655 0.024 0.036 0.271 13 N 0.209 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.107 0.068 0.289 14 K 0.107 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.071 0.088 0.571 15 R 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.035 0.091 0.570 16 E 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.047 0.116 0.679 17 K 0.035 0.013 0.003 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.085 0.143 0.488 18 P 0.053 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.032 0.123 0.691 19 V 0.151 0.056 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.074 0.085 0.113 0.500 20 N 0.040 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.082 0.144 0.630 21 D 0.102 0.067 0.005 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.130 0.118 0.508 22 R 0.107 0.050 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.063 0.106 0.595 23 R 0.128 0.052 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.063 0.117 0.560 24 S 0.059 0.021 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.061 0.131 0.656 25 R 0.234 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.087 0.103 0.485 26 Q 0.118 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.103 0.117 0.571 27 Q 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.062 0.129 0.660 28 E 0.015 0.012 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.004 0.007 0.004 0.005 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 0.197 0.062 0.144 0.511 29 V 0.014 0.007 0.003 0.001 0.008 0.021 0.018 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.095 0.071 0.130 0.604 30 S 0.083 0.011 0.007 0.003 0.034 0.031 0.010 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.146 0.142 0.100 0.408 31 P 0.082 0.010 0.003 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.099 0.125 0.616 32 A 0.041 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.068 0.119 0.676 33 G 0.112 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.079 0.112 0.633 34 T 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.071 0.112 0.598 35 S 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.055 0.130 0.576 36 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.007 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.666 0.064 0.040 0.193 37 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.003 0.014 0.010 0.008 0.005 0.665 0.064 0.038 0.176 38 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.004 0.896 0.015 0.010 0.054 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.897 0.020 0.009 0.061 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.012 0.010 0.053 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.021 0.016 0.097 42 F 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.094 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.039 0.066 0.257 43 K 0.005 0.004 0.002 0.002 0.056 0.108 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.077 0.057 0.209 44 P 0.049 0.005 0.006 0.002 0.067 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.076 0.100 0.559 45 L 0.275 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.062 0.056 0.522 46 N 0.120 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.079 0.723 47 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.024 0.116 0.790 48 G 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.075 0.098 0.582 49 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.174 0.081 0.010 0.006 0.003 0.001 0.002 0.192 0.074 0.066 0.280 50 E 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.026 0.005 0.043 0.029 0.008 0.003 0.114 0.034 0.085 0.638 51 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.074 0.164 0.097 0.015 0.484 0.027 0.019 0.109 52 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.041 0.025 0.379 0.038 0.053 0.420 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.928 0.008 0.008 0.045 54 R 0.006 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.605 0.042 0.054 0.260 55 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.741 0.019 0.039 0.184 56 Q 0.144 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.123 0.067 0.281 57 A 0.079 0.080 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.078 0.126 0.475 58 Q 0.089 0.120 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.067 0.084 0.513 59 Q 0.163 0.162 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.080 0.078 0.344 60 Y 0.093 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.288 0.098 0.352 61 H 0.033 0.079 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.248 0.148 0.121 0.339 62 A 0.046 0.047 0.006 0.001 0.004 0.012 0.015 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.151 0.130 0.109 0.452 63 L 0.046 0.018 0.016 0.003 0.017 0.021 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.191 0.100 0.105 0.452 64 T 0.193 0.030 0.010 0.004 0.025 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.122 0.140 0.110 0.321 65 V 0.021 0.004 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.058 0.130 0.659 66 G 0.153 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.074 0.134 0.544 67 D 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.112 0.126 0.536 68 Q 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.050 0.148 0.671 69 G 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.561 0.097 0.056 0.210 70 T 0.033 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.029 0.039 0.010 0.005 0.012 0.010 0.007 0.010 0.238 0.131 0.084 0.375 71 L 0.014 0.004 0.002 0.001 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.028 0.018 0.014 0.006 0.561 0.068 0.054 0.184 72 S 0.019 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.008 0.003 0.392 0.063 0.090 0.394 73 Y 0.095 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.388 0.076 0.126 0.290 74 K 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.063 0.166 0.533 75 G 0.029 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.060 0.178 0.441 76 T 0.023 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.102 0.131 0.395 77 R 0.019 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.599 0.079 0.056 0.192 78 F 0.037 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.002 0.012 0.003 0.002 0.002 0.474 0.067 0.072 0.296 79 V 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.695 0.035 0.052 0.189 80 G 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.619 0.072 0.070 0.200 81 F 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.458 0.120 0.076 0.285 82 V 0.047 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.085 0.088 0.360 83 S 0.016 0.007 0.001 0.001 0.009 0.023 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.044 0.137 0.614 84 R 0.017 0.006 0.002 0.001 0.007 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.054 0.118 0.667 85 T 0.323 0.018 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.095 0.089 0.423 86 P 0.116 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.104 0.703 87 D 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.026 0.096 0.808 88 N 0.055 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.041 0.104 0.737 89 E 0.041 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.058 0.122 0.651