# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.413 0.173 0.059 0.112 0.077 0.045 0.054 0.032 0.019 0.010 0.007 2 A 0.257 0.110 0.065 0.105 0.095 0.066 0.105 0.076 0.058 0.035 0.027 3 P 0.216 0.207 0.119 0.199 0.119 0.053 0.044 0.022 0.012 0.006 0.003 4 L 0.149 0.100 0.101 0.169 0.146 0.090 0.104 0.070 0.036 0.022 0.012 5 Q 0.100 0.143 0.137 0.201 0.143 0.097 0.093 0.047 0.022 0.012 0.005 6 Q 0.115 0.162 0.175 0.218 0.131 0.073 0.058 0.032 0.018 0.012 0.005 7 K 0.109 0.128 0.136 0.165 0.131 0.108 0.114 0.059 0.027 0.016 0.006 8 Q 0.251 0.212 0.160 0.226 0.086 0.031 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 9 V 0.056 0.014 0.036 0.029 0.041 0.077 0.186 0.167 0.166 0.139 0.089 10 V 0.036 0.215 0.200 0.315 0.154 0.046 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 11 V 0.013 0.015 0.030 0.017 0.032 0.037 0.118 0.158 0.189 0.181 0.209 12 S 0.112 0.096 0.134 0.224 0.190 0.101 0.077 0.035 0.018 0.008 0.005 13 N 0.418 0.208 0.173 0.133 0.035 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 14 K 0.027 0.025 0.037 0.087 0.118 0.144 0.194 0.147 0.107 0.072 0.043 15 R 0.074 0.112 0.074 0.135 0.107 0.105 0.155 0.108 0.069 0.045 0.016 16 E 0.044 0.103 0.240 0.230 0.134 0.110 0.073 0.033 0.019 0.011 0.004 17 K 0.152 0.142 0.209 0.187 0.124 0.072 0.058 0.032 0.014 0.007 0.004 18 P 0.235 0.112 0.054 0.104 0.082 0.078 0.121 0.094 0.061 0.040 0.018 19 V 0.136 0.123 0.071 0.124 0.105 0.095 0.125 0.087 0.067 0.043 0.025 20 N 0.304 0.170 0.113 0.154 0.097 0.056 0.050 0.027 0.015 0.008 0.004 21 D 0.281 0.149 0.102 0.156 0.107 0.067 0.064 0.037 0.021 0.011 0.006 22 R 0.127 0.098 0.062 0.119 0.113 0.108 0.149 0.098 0.065 0.039 0.021 23 R 0.078 0.072 0.061 0.140 0.135 0.129 0.158 0.100 0.065 0.041 0.021 24 S 0.141 0.157 0.162 0.176 0.116 0.083 0.073 0.040 0.026 0.017 0.009 25 R 0.126 0.110 0.098 0.176 0.136 0.102 0.108 0.065 0.041 0.025 0.013 26 Q 0.155 0.100 0.072 0.135 0.107 0.095 0.125 0.086 0.061 0.043 0.021 27 Q 0.107 0.132 0.124 0.198 0.139 0.102 0.083 0.050 0.033 0.020 0.010 28 E 0.135 0.112 0.107 0.170 0.132 0.101 0.100 0.067 0.040 0.024 0.013 29 V 0.070 0.053 0.047 0.089 0.093 0.104 0.159 0.134 0.113 0.082 0.056 30 S 0.086 0.070 0.058 0.106 0.108 0.096 0.137 0.120 0.101 0.067 0.051 31 P 0.146 0.100 0.075 0.133 0.122 0.088 0.112 0.085 0.065 0.042 0.031 32 A 0.119 0.069 0.048 0.103 0.109 0.084 0.135 0.118 0.096 0.064 0.054 33 G 0.280 0.168 0.059 0.130 0.098 0.066 0.076 0.048 0.036 0.025 0.015 34 T 0.182 0.161 0.056 0.165 0.126 0.090 0.094 0.055 0.037 0.022 0.013 35 S 0.300 0.168 0.054 0.146 0.103 0.066 0.063 0.041 0.028 0.019 0.011 36 M 0.089 0.081 0.046 0.127 0.122 0.119 0.166 0.103 0.073 0.048 0.025 37 R 0.056 0.096 0.084 0.217 0.179 0.128 0.100 0.058 0.040 0.027 0.014 38 Y 0.003 0.005 0.011 0.015 0.023 0.062 0.148 0.150 0.240 0.224 0.119 39 E 0.014 0.041 0.057 0.191 0.192 0.156 0.152 0.081 0.061 0.032 0.023 40 A 0.002 0.002 0.007 0.004 0.007 0.011 0.037 0.081 0.199 0.275 0.374 41 S 0.009 0.022 0.036 0.130 0.179 0.143 0.179 0.123 0.088 0.055 0.035 42 F 0.003 0.002 0.006 0.008 0.012 0.019 0.058 0.109 0.222 0.287 0.274 43 K 0.047 0.071 0.083 0.219 0.204 0.132 0.102 0.062 0.041 0.023 0.016 44 P 0.095 0.104 0.070 0.146 0.126 0.097 0.149 0.097 0.060 0.035 0.020 45 L 0.049 0.041 0.023 0.064 0.076 0.109 0.173 0.133 0.136 0.111 0.085 46 N 0.358 0.299 0.069 0.117 0.062 0.035 0.032 0.013 0.009 0.005 0.003 47 G 0.438 0.183 0.049 0.122 0.074 0.044 0.043 0.022 0.013 0.007 0.005 48 G 0.426 0.179 0.037 0.076 0.056 0.044 0.057 0.038 0.036 0.030 0.021 49 L 0.122 0.217 0.053 0.193 0.135 0.105 0.089 0.043 0.024 0.014 0.006 50 E 0.157 0.127 0.098 0.212 0.158 0.107 0.061 0.039 0.020 0.014 0.007 51 K 0.033 0.041 0.046 0.087 0.098 0.170 0.253 0.138 0.075 0.044 0.015 52 T 0.021 0.063 0.082 0.266 0.207 0.142 0.112 0.055 0.029 0.016 0.006 53 F 0.004 0.002 0.007 0.004 0.008 0.031 0.098 0.118 0.246 0.275 0.208 54 R 0.023 0.130 0.183 0.376 0.185 0.056 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 55 L 0.003 0.002 0.007 0.004 0.011 0.018 0.073 0.131 0.193 0.244 0.314 56 Q 0.074 0.317 0.174 0.264 0.113 0.034 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 57 A 0.193 0.069 0.067 0.129 0.116 0.117 0.153 0.081 0.043 0.021 0.011 58 Q 0.338 0.161 0.119 0.173 0.097 0.050 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 59 Q 0.026 0.070 0.066 0.147 0.134 0.142 0.203 0.105 0.061 0.033 0.012 60 Y 0.005 0.005 0.016 0.021 0.037 0.097 0.171 0.156 0.189 0.194 0.110 61 H 0.056 0.106 0.285 0.242 0.135 0.078 0.056 0.023 0.013 0.006 0.002 62 A 0.031 0.033 0.106 0.143 0.138 0.136 0.182 0.110 0.062 0.038 0.021 63 L 0.005 0.004 0.007 0.011 0.018 0.031 0.086 0.124 0.223 0.242 0.250 64 T 0.074 0.123 0.111 0.179 0.150 0.107 0.116 0.062 0.040 0.025 0.011 65 V 0.087 0.128 0.178 0.233 0.156 0.088 0.063 0.032 0.017 0.010 0.007 66 G 0.361 0.116 0.054 0.091 0.077 0.063 0.085 0.061 0.040 0.031 0.021 67 D 0.096 0.132 0.036 0.093 0.080 0.124 0.175 0.098 0.085 0.057 0.023 68 Q 0.204 0.170 0.076 0.195 0.142 0.085 0.057 0.033 0.020 0.012 0.007 69 G 0.253 0.075 0.053 0.077 0.067 0.082 0.137 0.102 0.075 0.053 0.026 70 T 0.065 0.153 0.069 0.262 0.164 0.109 0.091 0.040 0.028 0.012 0.007 71 L 0.003 0.002 0.004 0.005 0.010 0.014 0.049 0.111 0.193 0.240 0.369 72 S 0.050 0.121 0.150 0.315 0.212 0.078 0.035 0.019 0.011 0.006 0.004 73 Y 0.044 0.027 0.047 0.056 0.078 0.095 0.191 0.166 0.129 0.101 0.067 74 K 0.065 0.119 0.073 0.218 0.165 0.101 0.096 0.067 0.047 0.031 0.017 75 G 0.098 0.057 0.032 0.071 0.067 0.089 0.183 0.124 0.134 0.099 0.048 76 T 0.193 0.160 0.143 0.235 0.119 0.063 0.038 0.021 0.015 0.009 0.005 77 R 0.038 0.060 0.058 0.114 0.121 0.147 0.195 0.118 0.080 0.048 0.021 78 F 0.013 0.022 0.025 0.053 0.069 0.091 0.142 0.156 0.166 0.153 0.110 79 V 0.033 0.032 0.045 0.074 0.093 0.124 0.200 0.146 0.126 0.081 0.046 80 G 0.127 0.128 0.152 0.252 0.139 0.072 0.062 0.031 0.019 0.011 0.006 81 F 0.009 0.006 0.011 0.016 0.026 0.045 0.119 0.142 0.217 0.213 0.196 82 V 0.109 0.178 0.092 0.224 0.150 0.083 0.073 0.041 0.026 0.016 0.008 83 S 0.088 0.075 0.089 0.142 0.129 0.127 0.148 0.085 0.059 0.037 0.020 84 R 0.228 0.180 0.096 0.159 0.110 0.080 0.070 0.037 0.020 0.012 0.007 85 T 0.182 0.187 0.064 0.138 0.097 0.081 0.103 0.063 0.044 0.027 0.014 86 P 0.340 0.170 0.059 0.116 0.087 0.061 0.067 0.044 0.027 0.017 0.011 87 D 0.392 0.258 0.079 0.120 0.059 0.035 0.028 0.014 0.008 0.005 0.002 88 N 0.326 0.232 0.079 0.146 0.086 0.049 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 89 E 0.380 0.161 0.057 0.120 0.089 0.058 0.060 0.038 0.020 0.011 0.006