# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.010 0.010 0.027 0.026 0.044 0.073 0.002 0.001 0.006 0.675 2 A 0.032 0.002 0.002 0.012 0.021 0.018 0.029 0.001 0.001 0.001 0.881 3 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.976 4 L 0.018 0.001 0.001 0.057 0.073 0.179 0.069 0.001 0.001 0.001 0.600 5 Q 0.083 0.004 0.002 0.053 0.203 0.290 0.065 0.001 0.001 0.007 0.292 6 Q 0.045 0.003 0.002 0.072 0.095 0.151 0.058 0.001 0.001 0.003 0.569 7 K 0.037 0.002 0.003 0.111 0.243 0.367 0.034 0.001 0.001 0.003 0.201 8 Q 0.010 0.001 0.001 0.144 0.207 0.301 0.091 0.001 0.001 0.002 0.244 9 V 0.008 0.002 0.001 0.145 0.309 0.378 0.025 0.001 0.001 0.001 0.129 10 V 0.002 0.001 0.001 0.151 0.355 0.330 0.028 0.001 0.001 0.001 0.131 11 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.239 0.395 0.026 0.001 0.001 0.001 0.257 12 S 0.001 0.001 0.001 0.102 0.352 0.410 0.043 0.001 0.001 0.001 0.089 13 N 0.001 0.001 0.001 0.043 0.118 0.225 0.044 0.001 0.001 0.002 0.567 14 K 0.012 0.001 0.001 0.059 0.078 0.170 0.110 0.001 0.001 0.005 0.563 15 R 0.040 0.002 0.001 0.048 0.025 0.038 0.325 0.001 0.001 0.012 0.509 16 E 0.196 0.007 0.005 0.033 0.029 0.044 0.117 0.001 0.001 0.023 0.544 17 K 0.098 0.010 0.005 0.039 0.104 0.089 0.126 0.001 0.001 0.008 0.520 18 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.969 19 V 0.021 0.004 0.002 0.042 0.142 0.347 0.058 0.001 0.001 0.002 0.382 20 N 0.034 0.007 0.001 0.023 0.050 0.079 0.096 0.001 0.001 0.006 0.703 21 D 0.132 0.025 0.004 0.027 0.054 0.094 0.098 0.001 0.001 0.011 0.556 22 R 0.117 0.022 0.006 0.040 0.022 0.050 0.178 0.001 0.001 0.012 0.551 23 R 0.068 0.032 0.004 0.025 0.023 0.034 0.425 0.002 0.001 0.017 0.369 24 S 0.130 0.053 0.006 0.028 0.020 0.027 0.177 0.003 0.001 0.018 0.537 25 R 0.080 0.093 0.009 0.031 0.023 0.033 0.200 0.003 0.001 0.014 0.513 26 Q 0.131 0.117 0.019 0.024 0.032 0.040 0.220 0.004 0.001 0.020 0.393 27 Q 0.139 0.099 0.010 0.030 0.040 0.059 0.149 0.005 0.001 0.018 0.451 28 E 0.184 0.065 0.017 0.036 0.070 0.094 0.120 0.006 0.001 0.012 0.397 29 V 0.108 0.066 0.022 0.046 0.046 0.091 0.073 0.007 0.001 0.005 0.537 30 S 0.049 0.043 0.012 0.053 0.211 0.214 0.069 0.005 0.001 0.005 0.340 31 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.974 32 A 0.017 0.005 0.003 0.035 0.068 0.232 0.081 0.001 0.001 0.002 0.556 33 G 0.210 0.008 0.008 0.019 0.053 0.076 0.097 0.002 0.001 0.025 0.502 34 T 0.216 0.015 0.011 0.020 0.069 0.075 0.055 0.001 0.001 0.007 0.530 35 S 0.030 0.003 0.004 0.033 0.074 0.080 0.076 0.001 0.001 0.003 0.696 36 M 0.062 0.003 0.003 0.031 0.282 0.264 0.051 0.001 0.001 0.005 0.298 37 R 0.015 0.004 0.001 0.057 0.236 0.323 0.105 0.001 0.001 0.003 0.257 38 Y 0.004 0.001 0.001 0.017 0.431 0.514 0.009 0.001 0.001 0.001 0.024 39 E 0.001 0.001 0.001 0.025 0.405 0.499 0.011 0.001 0.001 0.001 0.057 40 A 0.001 0.001 0.001 0.009 0.524 0.450 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 41 S 0.001 0.001 0.001 0.014 0.426 0.528 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 42 F 0.001 0.001 0.001 0.015 0.294 0.649 0.005 0.001 0.001 0.001 0.035 43 K 0.001 0.001 0.001 0.009 0.622 0.316 0.014 0.001 0.001 0.001 0.037 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.938 45 L 0.003 0.001 0.001 0.025 0.186 0.627 0.039 0.001 0.001 0.001 0.116 46 N 0.017 0.001 0.001 0.013 0.027 0.041 0.134 0.001 0.001 0.009 0.757 47 G 0.100 0.007 0.002 0.020 0.042 0.049 0.062 0.001 0.001 0.023 0.695 48 G 0.213 0.004 0.009 0.014 0.072 0.109 0.159 0.001 0.001 0.105 0.313 49 L 0.253 0.002 0.003 0.019 0.063 0.057 0.188 0.001 0.001 0.016 0.399 50 E 0.019 0.003 0.003 0.038 0.125 0.195 0.105 0.001 0.001 0.004 0.509 51 K 0.012 0.002 0.002 0.023 0.447 0.430 0.019 0.001 0.001 0.002 0.064 52 T 0.009 0.002 0.001 0.048 0.159 0.290 0.054 0.001 0.001 0.001 0.436 53 F 0.009 0.002 0.001 0.091 0.473 0.355 0.010 0.001 0.001 0.001 0.058 54 R 0.002 0.001 0.001 0.070 0.300 0.385 0.024 0.001 0.001 0.001 0.216 55 L 0.001 0.001 0.001 0.059 0.424 0.441 0.015 0.001 0.001 0.001 0.057 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.034 0.233 0.402 0.046 0.001 0.001 0.001 0.282 57 A 0.005 0.002 0.001 0.019 0.073 0.307 0.041 0.001 0.001 0.003 0.550 58 Q 0.039 0.010 0.001 0.032 0.047 0.127 0.261 0.001 0.001 0.012 0.471 59 Q 0.188 0.029 0.002 0.015 0.028 0.050 0.201 0.001 0.001 0.011 0.477 60 Y 0.210 0.221 0.010 0.022 0.050 0.088 0.082 0.003 0.001 0.007 0.306 61 H 0.071 0.177 0.007 0.027 0.125 0.170 0.070 0.005 0.001 0.004 0.344 62 A 0.103 0.181 0.007 0.016 0.074 0.098 0.047 0.007 0.001 0.003 0.464 63 L 0.131 0.223 0.011 0.045 0.114 0.200 0.033 0.010 0.001 0.002 0.230 64 T 0.050 0.128 0.012 0.037 0.209 0.244 0.068 0.013 0.001 0.003 0.236 65 V 0.028 0.069 0.014 0.021 0.067 0.123 0.026 0.005 0.001 0.003 0.643 66 G 0.042 0.021 0.012 0.048 0.118 0.255 0.083 0.004 0.001 0.009 0.408 67 D 0.254 0.017 0.015 0.030 0.055 0.053 0.088 0.002 0.001 0.008 0.479 68 Q 0.040 0.034 0.010 0.080 0.074 0.105 0.112 0.001 0.001 0.006 0.537 69 G 0.071 0.010 0.010 0.044 0.272 0.343 0.066 0.001 0.001 0.016 0.166 70 T 0.078 0.012 0.006 0.083 0.156 0.186 0.083 0.001 0.001 0.005 0.390 71 L 0.008 0.005 0.002 0.063 0.338 0.443 0.015 0.001 0.001 0.001 0.125 72 S 0.003 0.003 0.001 0.048 0.333 0.470 0.028 0.001 0.001 0.001 0.113 73 Y 0.004 0.004 0.001 0.051 0.265 0.468 0.022 0.001 0.001 0.002 0.183 74 K 0.016 0.004 0.002 0.048 0.234 0.469 0.051 0.001 0.001 0.003 0.173 75 G 0.038 0.004 0.002 0.063 0.124 0.183 0.111 0.001 0.001 0.008 0.466 76 T 0.101 0.007 0.007 0.050 0.232 0.233 0.080 0.001 0.001 0.009 0.280 77 R 0.018 0.005 0.001 0.035 0.213 0.313 0.062 0.001 0.001 0.002 0.351 78 F 0.012 0.005 0.001 0.031 0.232 0.510 0.052 0.001 0.001 0.002 0.155 79 V 0.014 0.010 0.001 0.055 0.264 0.510 0.028 0.001 0.001 0.002 0.117 80 G 0.011 0.012 0.001 0.039 0.297 0.454 0.033 0.001 0.001 0.001 0.150 81 F 0.014 0.014 0.002 0.055 0.267 0.386 0.034 0.001 0.001 0.002 0.226 82 V 0.016 0.015 0.002 0.046 0.245 0.450 0.041 0.001 0.001 0.002 0.184 83 S 0.014 0.012 0.002 0.049 0.144 0.284 0.072 0.001 0.001 0.003 0.419 84 R 0.063 0.013 0.009 0.034 0.098 0.230 0.075 0.003 0.001 0.009 0.467 85 T 0.097 0.013 0.009 0.031 0.072 0.087 0.126 0.002 0.001 0.007 0.556 86 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 87 D 0.018 0.002 0.001 0.020 0.017 0.041 0.136 0.001 0.001 0.002 0.763 88 N 0.198 0.011 0.002 0.013 0.017 0.022 0.122 0.001 0.001 0.021 0.592 89 E 0.129 0.024 0.004 0.013 0.012 0.019 0.179 0.001 0.001 0.012 0.606