# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.025 0.026 0.020 0.045 0.036 0.012 0.774 2 A 0.060 0.010 0.034 0.035 0.056 0.057 0.005 0.742 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.011 0.003 0.016 0.052 0.123 0.042 0.001 0.751 5 Q 0.174 0.018 0.038 0.140 0.169 0.066 0.004 0.391 6 Q 0.144 0.041 0.035 0.078 0.155 0.066 0.010 0.471 7 K 0.108 0.026 0.061 0.268 0.291 0.023 0.009 0.213 8 Q 0.043 0.015 0.077 0.207 0.262 0.052 0.008 0.337 9 V 0.008 0.004 0.037 0.437 0.385 0.007 0.001 0.120 10 V 0.003 0.003 0.075 0.322 0.507 0.013 0.001 0.076 11 V 0.002 0.002 0.036 0.270 0.438 0.004 0.001 0.246 12 S 0.002 0.002 0.079 0.302 0.570 0.011 0.001 0.033 13 N 0.005 0.002 0.027 0.179 0.266 0.020 0.001 0.499 14 K 0.010 0.004 0.045 0.176 0.359 0.050 0.003 0.352 15 R 0.057 0.006 0.031 0.095 0.159 0.314 0.009 0.329 16 E 0.099 0.013 0.025 0.050 0.106 0.104 0.019 0.583 17 K 0.104 0.013 0.058 0.060 0.119 0.088 0.009 0.548 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 19 V 0.026 0.005 0.037 0.083 0.216 0.106 0.003 0.523 20 N 0.061 0.004 0.009 0.017 0.030 0.069 0.002 0.808 21 D 0.114 0.019 0.022 0.036 0.060 0.125 0.010 0.614 22 R 0.213 0.025 0.031 0.021 0.028 0.170 0.015 0.499 23 R 0.078 0.046 0.017 0.023 0.026 0.484 0.011 0.314 24 S 0.124 0.092 0.015 0.019 0.032 0.310 0.021 0.387 25 R 0.126 0.147 0.030 0.015 0.028 0.172 0.022 0.460 26 Q 0.111 0.112 0.032 0.027 0.032 0.241 0.027 0.418 27 Q 0.165 0.152 0.035 0.043 0.045 0.131 0.040 0.389 28 E 0.191 0.103 0.053 0.057 0.075 0.094 0.034 0.392 29 V 0.087 0.058 0.104 0.062 0.101 0.053 0.013 0.522 30 S 0.043 0.033 0.098 0.172 0.184 0.099 0.007 0.364 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 32 A 0.022 0.011 0.032 0.078 0.164 0.172 0.005 0.515 33 G 0.154 0.009 0.021 0.054 0.069 0.099 0.016 0.580 34 T 0.194 0.015 0.028 0.070 0.079 0.086 0.019 0.511 35 S 0.050 0.011 0.027 0.054 0.073 0.121 0.015 0.650 36 M 0.076 0.008 0.032 0.291 0.332 0.056 0.012 0.194 37 R 0.047 0.010 0.040 0.247 0.352 0.158 0.008 0.139 38 Y 0.004 0.001 0.010 0.527 0.431 0.003 0.001 0.022 39 E 0.001 0.001 0.022 0.419 0.534 0.006 0.001 0.016 40 A 0.001 0.001 0.007 0.628 0.356 0.001 0.001 0.008 41 S 0.001 0.001 0.015 0.290 0.679 0.001 0.001 0.013 42 F 0.001 0.001 0.010 0.314 0.658 0.002 0.001 0.017 43 K 0.001 0.001 0.029 0.335 0.585 0.011 0.001 0.039 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.984 45 L 0.003 0.001 0.013 0.166 0.662 0.040 0.001 0.115 46 N 0.079 0.003 0.012 0.096 0.147 0.172 0.005 0.486 47 G 0.091 0.005 0.012 0.046 0.086 0.056 0.015 0.689 48 G 0.237 0.008 0.021 0.039 0.059 0.127 0.032 0.478 49 L 0.103 0.007 0.025 0.113 0.085 0.206 0.008 0.453 50 E 0.016 0.008 0.018 0.059 0.116 0.075 0.004 0.705 51 K 0.028 0.007 0.024 0.273 0.457 0.047 0.003 0.160 52 T 0.045 0.018 0.065 0.174 0.332 0.108 0.007 0.251 53 F 0.020 0.007 0.045 0.419 0.428 0.009 0.002 0.070 54 R 0.010 0.008 0.101 0.297 0.433 0.024 0.002 0.126 55 L 0.003 0.003 0.052 0.438 0.403 0.011 0.001 0.089 56 Q 0.002 0.004 0.050 0.193 0.527 0.042 0.001 0.181 57 A 0.009 0.006 0.027 0.088 0.201 0.066 0.002 0.600 58 Q 0.034 0.021 0.038 0.111 0.243 0.157 0.009 0.388 59 Q 0.156 0.041 0.019 0.057 0.095 0.245 0.016 0.372 60 Y 0.078 0.139 0.045 0.149 0.261 0.044 0.013 0.269 61 H 0.047 0.127 0.051 0.155 0.274 0.083 0.009 0.254 62 A 0.077 0.093 0.040 0.127 0.190 0.043 0.011 0.420 63 L 0.063 0.147 0.060 0.158 0.299 0.028 0.013 0.231 64 T 0.051 0.083 0.031 0.199 0.221 0.096 0.012 0.306 65 V 0.022 0.027 0.022 0.047 0.092 0.025 0.007 0.759 66 G 0.054 0.037 0.053 0.107 0.189 0.100 0.029 0.431 67 D 0.187 0.016 0.034 0.167 0.112 0.154 0.020 0.310 68 Q 0.058 0.026 0.047 0.084 0.114 0.120 0.020 0.532 69 G 0.040 0.008 0.028 0.412 0.372 0.034 0.008 0.098 70 T 0.056 0.011 0.058 0.261 0.257 0.139 0.006 0.212 71 L 0.005 0.002 0.018 0.455 0.445 0.006 0.001 0.069 72 S 0.002 0.003 0.030 0.284 0.588 0.018 0.001 0.075 73 Y 0.006 0.003 0.022 0.365 0.412 0.020 0.001 0.172 74 K 0.006 0.004 0.034 0.171 0.441 0.057 0.002 0.285 75 G 0.023 0.004 0.024 0.150 0.293 0.088 0.005 0.412 76 T 0.062 0.006 0.044 0.196 0.263 0.145 0.008 0.276 77 R 0.019 0.007 0.033 0.145 0.189 0.076 0.003 0.528 78 F 0.014 0.012 0.049 0.148 0.379 0.064 0.003 0.330 79 V 0.030 0.021 0.051 0.252 0.451 0.061 0.003 0.131 80 G 0.043 0.031 0.081 0.146 0.306 0.046 0.006 0.341 81 F 0.038 0.026 0.074 0.220 0.320 0.037 0.006 0.279 82 V 0.031 0.025 0.080 0.272 0.322 0.051 0.006 0.212 83 S 0.017 0.014 0.037 0.123 0.202 0.042 0.005 0.559 84 R 0.046 0.017 0.037 0.073 0.224 0.112 0.016 0.474 85 T 0.181 0.009 0.022 0.042 0.062 0.155 0.018 0.511 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 D 0.016 0.004 0.011 0.019 0.050 0.206 0.003 0.691 88 N 0.272 0.008 0.010 0.019 0.023 0.117 0.010 0.541 89 E 0.212 0.022 0.013 0.016 0.026 0.139 0.013 0.559