# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.146 0.178 0.242 0.055 0.036 0.185 0.032 0.021 0.006 0.003 2 A 0.016 0.322 0.396 0.007 0.133 0.011 0.010 0.002 0.088 0.014 0.001 3 P 0.041 0.012 0.851 0.006 0.005 0.041 0.002 0.001 0.003 0.004 0.034 4 L 0.078 0.429 0.338 0.051 0.038 0.033 0.008 0.003 0.020 0.001 0.001 5 Q 0.049 0.545 0.268 0.037 0.050 0.020 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 6 Q 0.019 0.483 0.244 0.034 0.138 0.035 0.022 0.004 0.018 0.002 0.001 7 K 0.007 0.731 0.158 0.008 0.074 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 8 Q 0.011 0.714 0.161 0.017 0.065 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 9 V 0.001 0.837 0.048 0.001 0.103 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 10 V 0.003 0.812 0.117 0.001 0.026 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 11 V 0.006 0.690 0.190 0.003 0.012 0.080 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 12 S 0.058 0.614 0.154 0.032 0.086 0.029 0.004 0.001 0.020 0.003 0.001 13 N 0.070 0.202 0.268 0.052 0.130 0.094 0.099 0.020 0.034 0.026 0.006 14 K 0.301 0.312 0.155 0.095 0.065 0.021 0.020 0.005 0.022 0.003 0.002 15 R 0.246 0.290 0.236 0.149 0.020 0.022 0.016 0.001 0.017 0.001 0.002 16 E 0.152 0.284 0.202 0.233 0.032 0.034 0.036 0.002 0.023 0.001 0.002 17 K 0.008 0.365 0.366 0.002 0.086 0.011 0.003 0.001 0.156 0.002 0.001 18 P 0.050 0.003 0.795 0.005 0.002 0.078 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 19 V 0.094 0.431 0.252 0.086 0.070 0.023 0.005 0.003 0.033 0.001 0.001 20 N 0.101 0.107 0.380 0.115 0.068 0.116 0.028 0.022 0.026 0.032 0.007 21 D 0.186 0.128 0.140 0.232 0.118 0.073 0.040 0.032 0.031 0.016 0.003 22 R 0.409 0.159 0.151 0.175 0.039 0.021 0.020 0.003 0.017 0.003 0.002 23 R 0.320 0.252 0.168 0.119 0.062 0.021 0.020 0.003 0.031 0.003 0.001 24 S 0.396 0.134 0.209 0.133 0.046 0.020 0.026 0.007 0.018 0.006 0.004 25 R 0.425 0.082 0.103 0.242 0.032 0.022 0.051 0.019 0.014 0.008 0.002 26 Q 0.400 0.094 0.115 0.228 0.027 0.013 0.090 0.012 0.014 0.004 0.001 27 Q 0.244 0.152 0.201 0.170 0.036 0.019 0.137 0.020 0.015 0.005 0.002 28 E 0.162 0.220 0.354 0.125 0.034 0.046 0.036 0.006 0.013 0.002 0.002 29 V 0.080 0.439 0.294 0.125 0.019 0.021 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 30 S 0.019 0.330 0.445 0.009 0.051 0.034 0.005 0.001 0.103 0.003 0.001 31 P 0.221 0.034 0.608 0.024 0.015 0.045 0.004 0.001 0.009 0.010 0.028 32 A 0.172 0.149 0.338 0.146 0.065 0.023 0.057 0.018 0.020 0.011 0.003 33 G 0.043 0.045 0.101 0.050 0.179 0.018 0.065 0.348 0.010 0.137 0.002 34 T 0.045 0.409 0.285 0.118 0.083 0.024 0.011 0.003 0.017 0.003 0.001 35 S 0.038 0.411 0.214 0.107 0.123 0.040 0.034 0.007 0.019 0.004 0.002 36 M 0.011 0.635 0.198 0.026 0.103 0.010 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 37 R 0.011 0.761 0.096 0.021 0.091 0.006 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 38 Y 0.001 0.678 0.055 0.002 0.256 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 E 0.001 0.924 0.024 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 A 0.001 0.820 0.114 0.001 0.054 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 41 S 0.002 0.871 0.050 0.003 0.046 0.011 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 42 F 0.001 0.793 0.117 0.003 0.058 0.012 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 43 K 0.001 0.761 0.117 0.001 0.026 0.020 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 44 P 0.016 0.003 0.877 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 45 L 0.264 0.275 0.246 0.114 0.021 0.034 0.008 0.003 0.030 0.003 0.002 46 N 0.136 0.180 0.222 0.199 0.038 0.028 0.115 0.017 0.039 0.020 0.007 47 G 0.022 0.028 0.065 0.099 0.107 0.006 0.245 0.281 0.009 0.135 0.002 48 G 0.008 0.015 0.064 0.013 0.102 0.006 0.071 0.494 0.005 0.222 0.002 49 L 0.050 0.207 0.622 0.059 0.021 0.026 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 50 E 0.107 0.428 0.277 0.112 0.043 0.017 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 51 K 0.020 0.657 0.137 0.038 0.125 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 52 T 0.005 0.762 0.092 0.007 0.116 0.006 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 53 F 0.001 0.770 0.098 0.003 0.112 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 54 R 0.001 0.753 0.151 0.001 0.029 0.050 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 55 L 0.009 0.613 0.274 0.004 0.018 0.065 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 56 Q 0.060 0.292 0.394 0.020 0.036 0.129 0.010 0.001 0.051 0.005 0.001 57 A 0.626 0.070 0.179 0.050 0.032 0.016 0.008 0.003 0.007 0.007 0.003 58 Q 0.617 0.142 0.097 0.069 0.026 0.015 0.021 0.004 0.008 0.001 0.001 59 Q 0.560 0.172 0.086 0.119 0.026 0.016 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 60 Y 0.470 0.132 0.122 0.209 0.025 0.014 0.012 0.002 0.012 0.001 0.001 61 H 0.469 0.147 0.101 0.089 0.049 0.023 0.085 0.018 0.013 0.005 0.001 62 A 0.311 0.274 0.210 0.086 0.060 0.028 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 63 L 0.343 0.267 0.226 0.105 0.016 0.025 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 64 T 0.115 0.459 0.237 0.032 0.039 0.054 0.006 0.001 0.057 0.001 0.001 65 V 0.219 0.244 0.284 0.150 0.012 0.040 0.024 0.001 0.024 0.001 0.002 66 G 0.063 0.015 0.056 0.040 0.148 0.010 0.038 0.312 0.004 0.311 0.001 67 D 0.189 0.143 0.272 0.179 0.047 0.062 0.040 0.013 0.041 0.010 0.003 68 Q 0.154 0.181 0.183 0.348 0.035 0.010 0.068 0.002 0.016 0.002 0.002 69 G 0.025 0.033 0.055 0.012 0.325 0.007 0.048 0.332 0.003 0.158 0.001 70 T 0.046 0.620 0.234 0.015 0.039 0.024 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 71 L 0.023 0.642 0.240 0.011 0.040 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 72 S 0.067 0.662 0.139 0.019 0.053 0.032 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 73 Y 0.053 0.532 0.204 0.034 0.074 0.053 0.014 0.001 0.034 0.001 0.001 74 K 0.075 0.425 0.189 0.078 0.137 0.022 0.029 0.002 0.039 0.004 0.001 75 G 0.066 0.041 0.152 0.031 0.243 0.034 0.060 0.169 0.009 0.192 0.002 76 T 0.254 0.336 0.193 0.105 0.038 0.041 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 77 R 0.339 0.342 0.150 0.062 0.044 0.023 0.019 0.001 0.018 0.001 0.001 78 F 0.257 0.399 0.161 0.043 0.075 0.032 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 79 V 0.190 0.598 0.109 0.033 0.022 0.016 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 80 G 0.155 0.251 0.201 0.035 0.275 0.030 0.018 0.005 0.021 0.006 0.002 81 F 0.121 0.433 0.202 0.085 0.076 0.042 0.008 0.001 0.029 0.001 0.002 82 V 0.118 0.540 0.178 0.058 0.038 0.022 0.008 0.001 0.038 0.001 0.001 83 S 0.291 0.196 0.258 0.083 0.048 0.040 0.043 0.004 0.024 0.006 0.006 84 R 0.177 0.162 0.222 0.230 0.041 0.065 0.066 0.010 0.020 0.003 0.004 85 T 0.029 0.276 0.425 0.006 0.051 0.016 0.006 0.001 0.186 0.005 0.001 86 P 0.260 0.006 0.641 0.014 0.003 0.020 0.001 0.001 0.003 0.005 0.048 87 D 0.401 0.063 0.162 0.250 0.017 0.021 0.042 0.026 0.010 0.005 0.003 88 N 0.141 0.054 0.114 0.288 0.077 0.030 0.115 0.136 0.015 0.028 0.001 89 E 0.208 0.254 0.323 0.104 0.035 0.023 0.023 0.004 0.020 0.003 0.002