# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.121 0.092 0.051 0.114 0.025 0.056 0.101 0.108 0.196 0.050 2 A 0.041 0.317 0.300 0.080 0.112 0.014 0.022 0.036 0.035 0.025 0.017 3 P 0.086 0.260 0.174 0.024 0.188 0.016 0.045 0.072 0.069 0.030 0.035 4 L 0.150 0.218 0.042 0.012 0.259 0.019 0.054 0.076 0.072 0.054 0.046 5 Q 0.133 0.226 0.048 0.014 0.329 0.023 0.063 0.047 0.034 0.043 0.041 6 Q 0.406 0.063 0.015 0.007 0.346 0.010 0.012 0.017 0.018 0.039 0.067 7 K 0.140 0.218 0.037 0.024 0.393 0.050 0.057 0.025 0.018 0.015 0.024 8 Q 0.355 0.053 0.013 0.005 0.435 0.010 0.012 0.008 0.006 0.027 0.075 9 V 0.182 0.117 0.002 0.001 0.685 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 10 V 0.171 0.091 0.010 0.001 0.698 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 11 V 0.449 0.070 0.008 0.001 0.410 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.053 12 S 0.168 0.155 0.044 0.039 0.300 0.083 0.060 0.023 0.021 0.036 0.071 13 N 0.189 0.192 0.133 0.025 0.327 0.016 0.013 0.013 0.014 0.018 0.060 14 K 0.153 0.126 0.028 0.026 0.175 0.044 0.055 0.085 0.126 0.122 0.060 15 R 0.084 0.233 0.097 0.040 0.228 0.045 0.064 0.046 0.059 0.062 0.042 16 E 0.178 0.170 0.060 0.038 0.232 0.021 0.035 0.042 0.047 0.103 0.074 17 K 0.058 0.332 0.307 0.032 0.177 0.009 0.014 0.017 0.013 0.014 0.027 18 P 0.123 0.287 0.147 0.020 0.193 0.016 0.029 0.057 0.044 0.032 0.053 19 V 0.072 0.272 0.089 0.025 0.162 0.033 0.072 0.114 0.078 0.049 0.034 20 N 0.068 0.118 0.075 0.058 0.110 0.061 0.079 0.146 0.108 0.130 0.048 21 D 0.116 0.130 0.074 0.022 0.212 0.016 0.023 0.127 0.094 0.126 0.059 22 R 0.093 0.102 0.036 0.012 0.165 0.018 0.046 0.230 0.148 0.111 0.039 23 R 0.094 0.150 0.080 0.032 0.144 0.030 0.040 0.170 0.078 0.118 0.062 24 S 0.060 0.153 0.097 0.064 0.110 0.046 0.067 0.231 0.068 0.070 0.035 25 R 0.070 0.071 0.060 0.042 0.073 0.042 0.050 0.220 0.115 0.197 0.061 26 Q 0.081 0.147 0.062 0.034 0.129 0.028 0.038 0.189 0.132 0.119 0.041 27 Q 0.073 0.098 0.050 0.041 0.102 0.051 0.056 0.200 0.136 0.140 0.054 28 E 0.127 0.124 0.047 0.019 0.224 0.021 0.044 0.109 0.080 0.146 0.060 29 V 0.185 0.190 0.052 0.015 0.309 0.013 0.027 0.046 0.034 0.073 0.055 30 S 0.087 0.300 0.241 0.024 0.237 0.008 0.011 0.023 0.015 0.016 0.038 31 P 0.130 0.189 0.131 0.050 0.175 0.031 0.042 0.094 0.071 0.044 0.043 32 A 0.040 0.160 0.119 0.089 0.079 0.078 0.157 0.099 0.084 0.071 0.024 33 G 0.077 0.063 0.109 0.149 0.062 0.039 0.028 0.048 0.065 0.261 0.099 34 T 0.074 0.211 0.085 0.042 0.179 0.043 0.072 0.082 0.092 0.082 0.038 35 S 0.208 0.121 0.042 0.022 0.262 0.025 0.033 0.037 0.045 0.115 0.091 36 M 0.213 0.169 0.018 0.008 0.472 0.012 0.016 0.014 0.015 0.024 0.039 37 R 0.272 0.095 0.010 0.004 0.557 0.008 0.012 0.005 0.003 0.008 0.027 38 Y 0.283 0.074 0.006 0.003 0.598 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.022 39 E 0.252 0.049 0.002 0.001 0.679 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 40 A 0.332 0.042 0.003 0.001 0.599 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 41 S 0.280 0.081 0.014 0.001 0.570 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 42 F 0.217 0.214 0.068 0.006 0.385 0.007 0.005 0.003 0.003 0.007 0.084 43 K 0.064 0.460 0.205 0.011 0.206 0.004 0.005 0.005 0.007 0.005 0.027 44 P 0.196 0.257 0.127 0.007 0.271 0.007 0.023 0.023 0.028 0.016 0.045 45 L 0.167 0.147 0.073 0.031 0.180 0.059 0.092 0.065 0.064 0.064 0.059 46 N 0.022 0.091 0.099 0.287 0.041 0.181 0.119 0.043 0.036 0.062 0.020 47 G 0.012 0.041 0.063 0.515 0.016 0.092 0.067 0.036 0.032 0.105 0.022 48 G 0.034 0.082 0.238 0.265 0.035 0.032 0.010 0.022 0.039 0.199 0.044 49 L 0.126 0.190 0.063 0.019 0.231 0.037 0.081 0.082 0.089 0.048 0.036 50 E 0.347 0.070 0.024 0.014 0.293 0.027 0.030 0.025 0.023 0.069 0.079 51 K 0.171 0.191 0.020 0.010 0.525 0.018 0.019 0.011 0.006 0.009 0.019 52 T 0.338 0.053 0.008 0.002 0.549 0.004 0.004 0.004 0.002 0.006 0.029 53 F 0.224 0.110 0.006 0.001 0.637 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 54 R 0.289 0.122 0.018 0.001 0.499 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.060 55 L 0.174 0.296 0.084 0.008 0.289 0.013 0.009 0.016 0.008 0.013 0.089 56 Q 0.115 0.315 0.134 0.036 0.186 0.024 0.023 0.059 0.030 0.028 0.049 57 A 0.076 0.093 0.030 0.012 0.124 0.022 0.033 0.302 0.212 0.064 0.031 58 Q 0.042 0.113 0.041 0.019 0.094 0.027 0.061 0.396 0.147 0.043 0.017 59 Q 0.116 0.046 0.016 0.014 0.094 0.013 0.072 0.388 0.110 0.102 0.031 60 Y 0.141 0.105 0.027 0.021 0.179 0.026 0.030 0.256 0.126 0.056 0.032 61 H 0.044 0.079 0.037 0.033 0.082 0.057 0.106 0.348 0.143 0.046 0.026 62 A 0.152 0.070 0.020 0.007 0.239 0.009 0.042 0.173 0.082 0.154 0.054 63 L 0.140 0.256 0.046 0.011 0.304 0.010 0.039 0.078 0.032 0.047 0.037 64 T 0.081 0.224 0.279 0.030 0.211 0.019 0.020 0.049 0.021 0.013 0.053 65 V 0.062 0.243 0.078 0.061 0.097 0.056 0.129 0.109 0.074 0.062 0.030 66 G 0.041 0.039 0.117 0.166 0.036 0.045 0.019 0.025 0.046 0.351 0.115 67 D 0.115 0.182 0.088 0.029 0.212 0.034 0.080 0.082 0.077 0.068 0.033 68 Q 0.169 0.066 0.045 0.044 0.129 0.049 0.059 0.054 0.074 0.213 0.098 69 G 0.099 0.245 0.118 0.081 0.238 0.047 0.024 0.021 0.027 0.052 0.048 70 T 0.234 0.122 0.028 0.006 0.473 0.012 0.022 0.025 0.018 0.023 0.037 71 L 0.255 0.126 0.017 0.003 0.527 0.003 0.005 0.008 0.006 0.012 0.038 72 S 0.195 0.154 0.027 0.004 0.536 0.006 0.008 0.010 0.005 0.007 0.048 73 Y 0.364 0.089 0.024 0.009 0.345 0.014 0.015 0.019 0.012 0.024 0.085 74 K 0.059 0.067 0.056 0.188 0.076 0.170 0.087 0.055 0.049 0.142 0.051 75 G 0.056 0.087 0.180 0.331 0.082 0.042 0.015 0.031 0.034 0.094 0.048 76 T 0.114 0.128 0.032 0.024 0.207 0.034 0.046 0.157 0.134 0.084 0.039 77 R 0.113 0.149 0.048 0.031 0.228 0.041 0.065 0.131 0.077 0.073 0.045 78 F 0.343 0.053 0.018 0.020 0.257 0.014 0.030 0.100 0.047 0.062 0.056 79 V 0.149 0.134 0.051 0.041 0.263 0.056 0.067 0.106 0.047 0.047 0.039 80 G 0.163 0.157 0.087 0.030 0.258 0.023 0.033 0.081 0.037 0.050 0.080 81 F 0.185 0.181 0.043 0.018 0.253 0.015 0.022 0.092 0.060 0.072 0.059 82 V 0.103 0.219 0.073 0.026 0.212 0.042 0.056 0.100 0.078 0.048 0.044 83 S 0.137 0.196 0.069 0.016 0.264 0.017 0.045 0.087 0.066 0.054 0.049 84 R 0.108 0.147 0.075 0.034 0.165 0.024 0.065 0.078 0.067 0.176 0.061 85 T 0.049 0.311 0.378 0.028 0.138 0.007 0.010 0.018 0.015 0.017 0.031 86 P 0.060 0.277 0.147 0.046 0.106 0.026 0.050 0.130 0.089 0.041 0.028 87 D 0.026 0.129 0.091 0.048 0.059 0.061 0.165 0.194 0.127 0.077 0.022 88 N 0.065 0.089 0.082 0.046 0.075 0.025 0.030 0.121 0.111 0.283 0.073 89 E 0.070 0.142 0.052 0.016 0.142 0.020 0.042 0.205 0.142 0.127 0.042