# TARGET T0564 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.5494 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.808 0.116 0.058 0.013 0.004 0.001 0.001 2 A 0.616 0.176 0.123 0.062 0.019 0.004 0.001 3 P 0.750 0.162 0.068 0.015 0.004 0.001 0.001 4 L 0.596 0.215 0.119 0.047 0.018 0.004 0.001 5 Q 0.517 0.238 0.125 0.084 0.028 0.007 0.001 6 Q 0.619 0.213 0.103 0.043 0.016 0.005 0.001 7 K 0.477 0.225 0.137 0.107 0.042 0.011 0.001 8 Q 0.428 0.249 0.200 0.081 0.031 0.011 0.001 9 V 0.127 0.128 0.170 0.250 0.217 0.099 0.009 10 V 0.143 0.217 0.289 0.202 0.104 0.040 0.005 11 V 0.084 0.096 0.126 0.216 0.269 0.190 0.018 12 S 0.186 0.245 0.235 0.199 0.094 0.036 0.004 13 N 0.292 0.331 0.208 0.105 0.043 0.018 0.003 14 K 0.150 0.154 0.185 0.257 0.181 0.067 0.007 15 R 0.180 0.169 0.196 0.243 0.145 0.061 0.006 16 E 0.478 0.270 0.157 0.067 0.020 0.007 0.001 17 K 0.542 0.245 0.133 0.053 0.020 0.006 0.001 18 P 0.297 0.221 0.178 0.163 0.097 0.039 0.004 19 V 0.371 0.213 0.173 0.147 0.066 0.027 0.003 20 N 0.621 0.203 0.112 0.044 0.015 0.005 0.001 21 D 0.507 0.248 0.139 0.067 0.028 0.009 0.001 22 R 0.347 0.228 0.183 0.132 0.078 0.029 0.003 23 R 0.292 0.217 0.192 0.173 0.091 0.033 0.002 24 S 0.414 0.283 0.164 0.089 0.038 0.011 0.001 25 R 0.291 0.282 0.173 0.159 0.073 0.020 0.002 26 Q 0.318 0.250 0.189 0.145 0.070 0.024 0.003 27 Q 0.329 0.253 0.176 0.154 0.064 0.021 0.003 28 E 0.356 0.274 0.176 0.123 0.051 0.017 0.003 29 V 0.181 0.168 0.178 0.198 0.171 0.090 0.014 30 S 0.255 0.198 0.170 0.168 0.116 0.077 0.017 31 P 0.256 0.208 0.170 0.166 0.116 0.070 0.014 32 A 0.278 0.216 0.175 0.151 0.105 0.060 0.015 33 G 0.314 0.280 0.167 0.117 0.068 0.041 0.012 34 T 0.296 0.282 0.153 0.128 0.089 0.039 0.013 35 S 0.205 0.305 0.146 0.179 0.100 0.053 0.012 36 M 0.037 0.060 0.128 0.224 0.326 0.189 0.036 37 R 0.029 0.090 0.208 0.271 0.213 0.147 0.041 38 Y 0.005 0.016 0.039 0.096 0.269 0.444 0.131 39 E 0.016 0.056 0.132 0.212 0.237 0.223 0.125 40 A 0.006 0.011 0.018 0.041 0.112 0.438 0.375 41 S 0.021 0.053 0.099 0.175 0.232 0.277 0.144 42 F 0.013 0.019 0.037 0.112 0.230 0.433 0.156 43 K 0.100 0.214 0.272 0.216 0.124 0.062 0.012 44 P 0.137 0.251 0.228 0.188 0.126 0.062 0.008 45 L 0.128 0.162 0.222 0.275 0.165 0.045 0.003 46 N 0.613 0.263 0.083 0.033 0.007 0.002 0.001 47 G 0.560 0.299 0.091 0.037 0.012 0.002 0.001 48 G 0.518 0.255 0.156 0.051 0.018 0.004 0.001 49 L 0.344 0.397 0.138 0.091 0.026 0.004 0.001 50 E 0.262 0.359 0.184 0.140 0.045 0.010 0.001 51 K 0.076 0.151 0.201 0.286 0.230 0.054 0.002 52 T 0.099 0.271 0.296 0.245 0.070 0.017 0.001 53 F 0.021 0.046 0.095 0.228 0.376 0.223 0.012 54 R 0.072 0.221 0.319 0.251 0.107 0.029 0.002 55 L 0.037 0.064 0.117 0.314 0.315 0.144 0.010 56 Q 0.351 0.325 0.222 0.071 0.024 0.007 0.001 57 A 0.331 0.306 0.186 0.120 0.041 0.014 0.001 58 Q 0.371 0.305 0.187 0.089 0.036 0.011 0.001 59 Q 0.207 0.257 0.222 0.171 0.094 0.042 0.006 60 Y 0.086 0.105 0.167 0.272 0.246 0.111 0.012 61 H 0.194 0.284 0.254 0.168 0.070 0.027 0.003 62 A 0.135 0.186 0.226 0.213 0.163 0.067 0.009 63 L 0.076 0.067 0.095 0.169 0.297 0.257 0.039 64 T 0.189 0.266 0.228 0.195 0.085 0.033 0.004 65 V 0.264 0.261 0.205 0.156 0.082 0.029 0.003 66 G 0.325 0.273 0.190 0.130 0.060 0.020 0.002 67 D 0.370 0.272 0.158 0.127 0.054 0.016 0.002 68 Q 0.555 0.264 0.109 0.051 0.016 0.005 0.001 69 G 0.312 0.255 0.174 0.149 0.083 0.025 0.002 70 T 0.285 0.277 0.228 0.142 0.049 0.018 0.002 71 L 0.093 0.111 0.156 0.275 0.245 0.114 0.007 72 S 0.220 0.268 0.270 0.146 0.066 0.026 0.003 73 Y 0.100 0.105 0.142 0.257 0.257 0.124 0.015 74 K 0.292 0.288 0.223 0.122 0.049 0.022 0.004 75 G 0.185 0.220 0.184 0.211 0.125 0.066 0.010 76 T 0.290 0.263 0.222 0.126 0.062 0.031 0.005 77 R 0.090 0.134 0.159 0.228 0.217 0.142 0.029 78 F 0.087 0.116 0.162 0.212 0.216 0.171 0.037 79 V 0.102 0.161 0.179 0.224 0.179 0.132 0.023 80 G 0.160 0.228 0.262 0.194 0.103 0.044 0.008 81 F 0.074 0.075 0.101 0.203 0.293 0.224 0.031 82 V 0.148 0.211 0.244 0.208 0.132 0.052 0.004 83 S 0.261 0.254 0.214 0.167 0.076 0.026 0.001 84 R 0.461 0.291 0.154 0.069 0.020 0.005 0.001 85 T 0.507 0.282 0.134 0.057 0.016 0.003 0.001 86 P 0.630 0.213 0.106 0.041 0.009 0.001 0.001 87 D 0.841 0.120 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 88 N 0.882 0.095 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 89 E 0.753 0.181 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001