# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.2052 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.130 0.060 0.140 0.105 0.096 0.096 0.074 0.067 0.048 0.030 2 A 0.150 0.110 0.036 0.070 0.062 0.071 0.107 0.102 0.115 0.104 0.073 3 P 0.223 0.128 0.057 0.146 0.112 0.090 0.095 0.059 0.046 0.028 0.017 4 L 0.147 0.082 0.045 0.089 0.098 0.098 0.136 0.102 0.098 0.068 0.038 5 Q 0.091 0.096 0.110 0.247 0.167 0.111 0.092 0.042 0.025 0.012 0.008 6 Q 0.148 0.115 0.148 0.221 0.142 0.088 0.062 0.034 0.022 0.012 0.007 7 K 0.061 0.058 0.086 0.160 0.141 0.168 0.182 0.084 0.039 0.016 0.005 8 Q 0.090 0.170 0.197 0.350 0.130 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 9 V 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.014 0.079 0.136 0.254 0.272 0.227 10 V 0.015 0.133 0.190 0.419 0.185 0.044 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 11 V 0.002 0.005 0.004 0.007 0.009 0.016 0.080 0.130 0.255 0.264 0.228 12 S 0.033 0.092 0.129 0.332 0.217 0.116 0.057 0.015 0.007 0.002 0.001 13 N 0.213 0.241 0.069 0.154 0.128 0.074 0.068 0.028 0.016 0.007 0.002 14 K 0.042 0.061 0.041 0.131 0.120 0.122 0.148 0.115 0.099 0.075 0.045 15 R 0.090 0.104 0.109 0.174 0.158 0.120 0.121 0.056 0.037 0.020 0.011 16 E 0.120 0.114 0.087 0.194 0.149 0.102 0.111 0.061 0.035 0.019 0.007 17 K 0.150 0.177 0.096 0.176 0.126 0.092 0.081 0.048 0.031 0.018 0.006 18 P 0.395 0.129 0.076 0.097 0.065 0.053 0.063 0.040 0.038 0.028 0.016 19 V 0.237 0.162 0.081 0.123 0.087 0.072 0.101 0.057 0.042 0.027 0.011 20 N 0.359 0.222 0.082 0.140 0.077 0.043 0.035 0.019 0.014 0.007 0.003 21 D 0.331 0.150 0.060 0.136 0.093 0.070 0.066 0.038 0.029 0.017 0.009 22 R 0.233 0.145 0.081 0.124 0.094 0.085 0.093 0.057 0.045 0.028 0.014 23 R 0.107 0.105 0.072 0.154 0.150 0.128 0.118 0.074 0.053 0.028 0.011 24 S 0.217 0.170 0.086 0.140 0.105 0.076 0.077 0.054 0.038 0.024 0.013 25 R 0.151 0.116 0.134 0.169 0.134 0.099 0.091 0.048 0.032 0.017 0.009 26 Q 0.082 0.064 0.091 0.143 0.122 0.115 0.140 0.094 0.073 0.048 0.028 27 Q 0.049 0.071 0.122 0.195 0.155 0.124 0.121 0.072 0.049 0.028 0.014 28 E 0.113 0.082 0.129 0.110 0.086 0.094 0.142 0.093 0.074 0.048 0.027 29 V 0.082 0.064 0.086 0.100 0.087 0.091 0.142 0.105 0.104 0.086 0.055 30 S 0.101 0.108 0.056 0.106 0.089 0.089 0.127 0.102 0.100 0.076 0.045 31 P 0.198 0.126 0.062 0.130 0.104 0.090 0.098 0.064 0.059 0.044 0.026 32 A 0.234 0.105 0.038 0.085 0.072 0.074 0.107 0.083 0.084 0.070 0.048 33 G 0.286 0.131 0.046 0.116 0.088 0.078 0.079 0.058 0.056 0.039 0.022 34 T 0.253 0.145 0.069 0.146 0.099 0.083 0.076 0.047 0.041 0.027 0.015 35 S 0.153 0.138 0.072 0.138 0.099 0.093 0.110 0.071 0.064 0.040 0.022 36 M 0.064 0.048 0.046 0.122 0.126 0.134 0.158 0.118 0.095 0.058 0.030 37 R 0.040 0.076 0.069 0.200 0.175 0.140 0.135 0.075 0.049 0.027 0.014 38 Y 0.008 0.018 0.036 0.080 0.098 0.138 0.204 0.163 0.134 0.080 0.041 39 E 0.008 0.012 0.017 0.069 0.098 0.127 0.216 0.178 0.141 0.091 0.044 40 A 0.004 0.011 0.020 0.056 0.080 0.110 0.188 0.178 0.175 0.119 0.058 41 S 0.010 0.032 0.040 0.110 0.133 0.126 0.193 0.138 0.122 0.066 0.031 42 F 0.008 0.011 0.012 0.040 0.052 0.071 0.168 0.187 0.199 0.158 0.094 43 K 0.087 0.156 0.073 0.227 0.190 0.112 0.089 0.038 0.018 0.007 0.003 44 P 0.205 0.201 0.077 0.210 0.129 0.076 0.057 0.024 0.013 0.006 0.002 45 L 0.050 0.029 0.016 0.055 0.065 0.082 0.157 0.152 0.159 0.141 0.094 46 N 0.265 0.346 0.081 0.148 0.070 0.037 0.028 0.012 0.008 0.004 0.002 47 G 0.443 0.181 0.054 0.111 0.067 0.051 0.045 0.022 0.014 0.008 0.004 48 G 0.534 0.183 0.045 0.077 0.048 0.034 0.034 0.017 0.013 0.009 0.006 49 L 0.240 0.218 0.092 0.187 0.098 0.068 0.056 0.021 0.012 0.006 0.002 50 E 0.119 0.141 0.111 0.286 0.190 0.086 0.043 0.014 0.007 0.003 0.001 51 K 0.099 0.062 0.109 0.154 0.127 0.152 0.166 0.075 0.035 0.014 0.007 52 T 0.015 0.046 0.120 0.367 0.261 0.116 0.051 0.015 0.005 0.002 0.001 53 F 0.005 0.004 0.011 0.011 0.018 0.041 0.166 0.218 0.251 0.183 0.091 54 R 0.014 0.063 0.165 0.435 0.220 0.073 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 55 L 0.001 0.003 0.007 0.005 0.009 0.017 0.079 0.122 0.241 0.282 0.233 56 Q 0.034 0.180 0.261 0.319 0.130 0.045 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 57 A 0.147 0.125 0.098 0.152 0.133 0.106 0.146 0.050 0.028 0.011 0.004 58 Q 0.311 0.159 0.193 0.191 0.077 0.038 0.017 0.006 0.004 0.002 0.002 59 Q 0.030 0.069 0.149 0.190 0.173 0.151 0.139 0.051 0.031 0.012 0.006 60 Y 0.029 0.026 0.058 0.073 0.077 0.095 0.181 0.168 0.139 0.095 0.061 61 H 0.073 0.100 0.228 0.228 0.168 0.102 0.063 0.020 0.010 0.005 0.002 62 A 0.071 0.136 0.213 0.203 0.150 0.098 0.075 0.026 0.016 0.008 0.003 63 L 0.008 0.007 0.012 0.017 0.020 0.028 0.074 0.097 0.183 0.227 0.326 64 T 0.135 0.226 0.228 0.173 0.104 0.066 0.046 0.013 0.007 0.003 0.001 65 V 0.345 0.218 0.142 0.176 0.062 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 66 G 0.558 0.187 0.077 0.081 0.046 0.023 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 67 D 0.047 0.088 0.074 0.171 0.137 0.162 0.168 0.076 0.043 0.021 0.013 68 Q 0.065 0.150 0.150 0.260 0.192 0.096 0.055 0.016 0.009 0.004 0.002 69 G 0.141 0.026 0.026 0.047 0.049 0.090 0.239 0.166 0.118 0.064 0.034 70 T 0.019 0.083 0.148 0.467 0.203 0.058 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 71 L 0.006 0.006 0.013 0.009 0.009 0.017 0.080 0.139 0.248 0.255 0.218 72 S 0.007 0.042 0.112 0.506 0.247 0.066 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.007 0.016 0.038 0.025 0.040 0.068 0.215 0.187 0.200 0.131 0.072 74 K 0.024 0.088 0.178 0.432 0.188 0.059 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 75 G 0.051 0.049 0.035 0.046 0.056 0.071 0.213 0.156 0.160 0.107 0.056 76 T 0.049 0.182 0.151 0.391 0.155 0.045 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 77 R 0.095 0.124 0.061 0.125 0.142 0.123 0.168 0.076 0.052 0.024 0.010 78 F 0.030 0.043 0.042 0.152 0.146 0.130 0.152 0.114 0.093 0.060 0.037 79 V 0.026 0.052 0.040 0.103 0.126 0.140 0.200 0.130 0.102 0.058 0.022 80 G 0.085 0.133 0.074 0.268 0.182 0.108 0.074 0.039 0.023 0.010 0.005 81 F 0.016 0.018 0.019 0.029 0.040 0.061 0.138 0.155 0.212 0.190 0.120 82 V 0.101 0.205 0.111 0.280 0.166 0.065 0.042 0.016 0.008 0.003 0.002 83 S 0.104 0.103 0.040 0.127 0.138 0.110 0.147 0.097 0.071 0.043 0.021 84 R 0.209 0.215 0.118 0.220 0.115 0.058 0.037 0.014 0.008 0.004 0.002 85 T 0.194 0.179 0.060 0.166 0.126 0.086 0.094 0.044 0.028 0.017 0.007 86 P 0.260 0.100 0.049 0.103 0.089 0.088 0.104 0.074 0.063 0.046 0.024 87 D 0.260 0.261 0.084 0.153 0.086 0.053 0.049 0.023 0.016 0.010 0.005 88 N 0.267 0.171 0.063 0.127 0.089 0.075 0.075 0.047 0.042 0.028 0.016 89 E 0.576 0.182 0.042 0.084 0.050 0.025 0.018 0.010 0.007 0.004 0.002