# TARGET T0564 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.001 0.001 0.020 0.003 0.957 2 A 0.149 0.029 0.003 0.002 0.032 0.010 0.776 3 P 0.278 0.028 0.004 0.002 0.092 0.015 0.581 4 L 0.543 0.009 0.007 0.002 0.080 0.028 0.331 5 Q 0.697 0.025 0.009 0.002 0.040 0.011 0.216 6 Q 0.789 0.006 0.004 0.001 0.025 0.007 0.169 7 K 0.846 0.004 0.001 0.001 0.029 0.002 0.117 8 Q 0.948 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.040 9 V 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 10 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 11 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 12 S 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 13 N 0.879 0.003 0.001 0.001 0.017 0.002 0.097 14 K 0.466 0.005 0.008 0.003 0.089 0.029 0.400 15 R 0.345 0.010 0.010 0.006 0.192 0.048 0.388 16 E 0.265 0.033 0.017 0.009 0.234 0.036 0.405 17 K 0.147 0.053 0.011 0.015 0.187 0.024 0.564 18 P 0.135 0.051 0.013 0.016 0.151 0.062 0.572 19 V 0.054 0.023 0.014 0.019 0.148 0.095 0.647 20 N 0.026 0.016 0.040 0.037 0.234 0.301 0.346 21 D 0.017 0.012 0.049 0.038 0.222 0.225 0.437 22 R 0.020 0.022 0.095 0.064 0.253 0.186 0.360 23 R 0.033 0.029 0.094 0.077 0.210 0.164 0.393 24 S 0.029 0.023 0.146 0.079 0.174 0.222 0.327 25 R 0.038 0.015 0.138 0.068 0.169 0.241 0.331 26 Q 0.047 0.015 0.164 0.076 0.147 0.274 0.277 27 Q 0.090 0.013 0.105 0.073 0.203 0.211 0.305 28 E 0.192 0.016 0.062 0.062 0.230 0.126 0.312 29 V 0.404 0.057 0.029 0.042 0.101 0.050 0.317 30 S 0.506 0.035 0.013 0.026 0.079 0.029 0.312 31 P 0.453 0.031 0.011 0.017 0.082 0.048 0.359 32 A 0.270 0.022 0.028 0.015 0.152 0.133 0.381 33 G 0.122 0.010 0.041 0.005 0.308 0.224 0.289 34 T 0.138 0.012 0.053 0.004 0.329 0.227 0.236 35 S 0.366 0.014 0.017 0.002 0.193 0.087 0.321 36 M 0.585 0.016 0.006 0.001 0.106 0.014 0.272 37 R 0.805 0.012 0.004 0.001 0.037 0.004 0.138 38 Y 0.917 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.064 39 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 40 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 41 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 43 K 0.941 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.050 44 P 0.852 0.019 0.001 0.001 0.015 0.003 0.111 45 L 0.529 0.017 0.004 0.001 0.065 0.042 0.343 46 N 0.104 0.014 0.011 0.001 0.338 0.351 0.181 47 G 0.025 0.005 0.007 0.001 0.544 0.311 0.107 48 G 0.046 0.005 0.010 0.001 0.525 0.143 0.269 49 L 0.143 0.012 0.012 0.001 0.264 0.087 0.482 50 E 0.750 0.032 0.006 0.001 0.045 0.020 0.146 51 K 0.890 0.005 0.002 0.001 0.013 0.003 0.085 52 T 0.964 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 53 F 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 54 R 0.949 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.039 55 L 0.866 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.101 56 Q 0.398 0.010 0.001 0.001 0.038 0.004 0.549 57 A 0.018 0.002 0.141 0.587 0.101 0.121 0.029 58 Q 0.008 0.003 0.197 0.608 0.072 0.096 0.017 59 Q 0.009 0.002 0.346 0.518 0.022 0.081 0.022 60 Y 0.016 0.008 0.263 0.538 0.023 0.089 0.062 61 H 0.025 0.004 0.151 0.311 0.056 0.402 0.052 62 A 0.068 0.005 0.151 0.244 0.099 0.343 0.089 63 L 0.113 0.024 0.040 0.132 0.269 0.057 0.364 64 T 0.094 0.030 0.026 0.043 0.065 0.030 0.712 65 V 0.058 0.008 0.199 0.094 0.132 0.373 0.136 66 G 0.057 0.004 0.169 0.045 0.173 0.457 0.095 67 D 0.185 0.017 0.079 0.043 0.140 0.106 0.429 68 Q 0.532 0.018 0.016 0.038 0.084 0.041 0.270 69 G 0.821 0.012 0.011 0.020 0.040 0.022 0.076 70 T 0.916 0.004 0.007 0.012 0.008 0.007 0.046 71 L 0.919 0.004 0.003 0.012 0.011 0.007 0.045 72 S 0.903 0.005 0.003 0.010 0.018 0.008 0.052 73 Y 0.822 0.011 0.005 0.007 0.025 0.020 0.110 74 K 0.540 0.010 0.011 0.011 0.153 0.093 0.182 75 G 0.323 0.015 0.048 0.023 0.206 0.163 0.222 76 T 0.446 0.019 0.040 0.016 0.130 0.086 0.263 77 R 0.664 0.017 0.033 0.012 0.080 0.056 0.137 78 F 0.719 0.027 0.030 0.017 0.042 0.055 0.109 79 V 0.587 0.015 0.021 0.016 0.056 0.085 0.221 80 G 0.502 0.011 0.012 0.005 0.138 0.068 0.265 81 F 0.445 0.054 0.003 0.003 0.081 0.011 0.403 82 V 0.187 0.067 0.005 0.003 0.070 0.017 0.652 83 S 0.058 0.013 0.010 0.004 0.119 0.084 0.712 84 R 0.018 0.037 0.020 0.006 0.339 0.162 0.419 85 T 0.007 0.016 0.016 0.013 0.435 0.050 0.463 86 P 0.006 0.010 0.032 0.030 0.210 0.111 0.601 87 D 0.006 0.019 0.046 0.032 0.147 0.189 0.561 88 N 0.006 0.015 0.049 0.046 0.027 0.221 0.635 89 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.993