# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.2052 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.257 0.176 0.263 0.172 0.034 0.029 0.031 0.007 0.026 0.003 0.001 2 A 0.089 0.133 0.580 0.004 0.054 0.008 0.022 0.003 0.075 0.031 0.001 3 P 0.155 0.006 0.670 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 4 L 0.275 0.204 0.399 0.051 0.015 0.030 0.006 0.002 0.016 0.001 0.002 5 Q 0.131 0.281 0.379 0.097 0.038 0.048 0.006 0.002 0.016 0.002 0.001 6 Q 0.058 0.484 0.254 0.067 0.091 0.022 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 7 K 0.006 0.718 0.110 0.007 0.107 0.010 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 8 Q 0.007 0.197 0.710 0.003 0.003 0.070 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 9 V 0.001 0.824 0.075 0.001 0.057 0.009 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 10 V 0.002 0.677 0.276 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 11 V 0.004 0.252 0.586 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 12 S 0.448 0.233 0.031 0.228 0.023 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 13 N 0.012 0.294 0.104 0.019 0.510 0.014 0.030 0.001 0.014 0.002 0.001 14 K 0.138 0.506 0.114 0.078 0.089 0.020 0.015 0.007 0.032 0.002 0.001 15 R 0.119 0.480 0.216 0.046 0.034 0.048 0.015 0.002 0.038 0.002 0.001 16 E 0.102 0.384 0.278 0.085 0.034 0.057 0.012 0.002 0.044 0.002 0.001 17 K 0.015 0.419 0.294 0.003 0.028 0.025 0.011 0.001 0.203 0.001 0.001 18 P 0.063 0.010 0.855 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 19 V 0.168 0.370 0.227 0.081 0.073 0.038 0.006 0.002 0.031 0.003 0.001 20 N 0.141 0.137 0.191 0.222 0.065 0.114 0.060 0.008 0.047 0.014 0.001 21 D 0.105 0.116 0.201 0.246 0.064 0.100 0.072 0.014 0.076 0.005 0.001 22 R 0.531 0.087 0.106 0.199 0.013 0.030 0.015 0.007 0.009 0.002 0.001 23 R 0.405 0.124 0.209 0.135 0.020 0.026 0.028 0.005 0.044 0.004 0.001 24 S 0.421 0.035 0.327 0.119 0.028 0.014 0.017 0.017 0.004 0.014 0.003 25 R 0.314 0.039 0.089 0.195 0.041 0.017 0.161 0.098 0.012 0.033 0.001 26 Q 0.343 0.134 0.224 0.190 0.030 0.023 0.028 0.009 0.014 0.005 0.001 27 Q 0.317 0.208 0.201 0.134 0.043 0.025 0.042 0.007 0.020 0.003 0.001 28 E 0.240 0.214 0.316 0.113 0.034 0.047 0.017 0.003 0.013 0.002 0.002 29 V 0.146 0.448 0.208 0.112 0.029 0.029 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 30 S 0.033 0.308 0.385 0.003 0.048 0.019 0.013 0.001 0.187 0.003 0.001 31 P 0.153 0.009 0.717 0.011 0.001 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 32 A 0.213 0.105 0.444 0.117 0.043 0.024 0.017 0.014 0.013 0.008 0.001 33 G 0.111 0.058 0.147 0.080 0.164 0.010 0.063 0.235 0.005 0.127 0.001 34 T 0.161 0.296 0.270 0.139 0.084 0.019 0.007 0.002 0.017 0.004 0.001 35 S 0.124 0.223 0.250 0.160 0.171 0.018 0.018 0.016 0.009 0.010 0.001 36 M 0.048 0.461 0.212 0.054 0.171 0.022 0.009 0.003 0.016 0.003 0.001 37 R 0.024 0.712 0.162 0.009 0.073 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 38 Y 0.016 0.824 0.055 0.005 0.078 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 39 E 0.012 0.821 0.104 0.003 0.039 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 40 A 0.017 0.787 0.108 0.004 0.066 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 41 S 0.022 0.800 0.060 0.010 0.091 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 F 0.019 0.749 0.070 0.017 0.116 0.008 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 43 K 0.007 0.620 0.176 0.001 0.029 0.014 0.004 0.001 0.149 0.001 0.001 44 P 0.030 0.012 0.898 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 45 L 0.273 0.257 0.261 0.093 0.030 0.053 0.008 0.003 0.020 0.001 0.001 46 N 0.147 0.247 0.192 0.160 0.110 0.018 0.070 0.008 0.036 0.012 0.001 47 G 0.049 0.017 0.118 0.078 0.128 0.003 0.106 0.239 0.004 0.256 0.001 48 G 0.022 0.008 0.139 0.010 0.083 0.001 0.015 0.166 0.001 0.554 0.001 49 L 0.134 0.150 0.528 0.079 0.051 0.027 0.008 0.005 0.005 0.004 0.009 50 E 0.036 0.362 0.472 0.035 0.023 0.046 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 51 K 0.013 0.705 0.160 0.020 0.067 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 52 T 0.003 0.880 0.069 0.003 0.025 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 F 0.001 0.715 0.220 0.001 0.019 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 54 R 0.001 0.795 0.139 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 55 L 0.006 0.620 0.266 0.003 0.016 0.058 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 56 Q 0.011 0.193 0.662 0.004 0.020 0.082 0.002 0.001 0.024 0.002 0.001 57 A 0.766 0.041 0.042 0.034 0.038 0.019 0.038 0.011 0.006 0.005 0.001 58 Q 0.803 0.043 0.035 0.091 0.011 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 59 Q 0.621 0.113 0.055 0.158 0.019 0.010 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 60 Y 0.386 0.138 0.148 0.213 0.028 0.019 0.041 0.006 0.016 0.005 0.001 61 H 0.391 0.083 0.132 0.078 0.060 0.023 0.164 0.031 0.023 0.012 0.001 62 A 0.325 0.147 0.219 0.197 0.025 0.045 0.023 0.003 0.015 0.001 0.002 63 L 0.095 0.260 0.503 0.048 0.022 0.044 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 64 T 0.030 0.460 0.383 0.009 0.065 0.017 0.005 0.001 0.027 0.003 0.001 65 V 0.152 0.078 0.694 0.040 0.003 0.020 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 66 G 0.029 0.002 0.035 0.010 0.029 0.001 0.018 0.371 0.001 0.503 0.001 67 D 0.148 0.073 0.388 0.120 0.028 0.168 0.037 0.006 0.022 0.003 0.009 68 Q 0.077 0.374 0.186 0.283 0.027 0.016 0.019 0.002 0.013 0.001 0.001 69 G 0.020 0.074 0.157 0.012 0.380 0.002 0.014 0.118 0.002 0.221 0.001 70 T 0.021 0.620 0.269 0.006 0.039 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 71 L 0.020 0.493 0.362 0.008 0.020 0.076 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 72 S 0.039 0.724 0.108 0.027 0.071 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 Y 0.017 0.636 0.152 0.006 0.115 0.030 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 74 K 0.042 0.428 0.366 0.061 0.018 0.036 0.010 0.001 0.036 0.001 0.001 75 G 0.023 0.034 0.118 0.012 0.216 0.011 0.112 0.266 0.006 0.202 0.001 76 T 0.140 0.399 0.253 0.075 0.099 0.017 0.003 0.002 0.007 0.004 0.001 77 R 0.087 0.428 0.265 0.090 0.055 0.032 0.013 0.002 0.027 0.002 0.001 78 F 0.053 0.411 0.400 0.016 0.047 0.044 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 79 V 0.110 0.595 0.112 0.100 0.039 0.016 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 80 G 0.035 0.189 0.131 0.022 0.452 0.010 0.059 0.045 0.009 0.049 0.001 81 F 0.069 0.326 0.292 0.054 0.159 0.037 0.024 0.012 0.019 0.005 0.002 82 V 0.045 0.637 0.182 0.021 0.028 0.024 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 83 S 0.209 0.143 0.504 0.050 0.027 0.037 0.008 0.003 0.006 0.008 0.005 84 R 0.137 0.174 0.168 0.249 0.069 0.072 0.062 0.019 0.042 0.006 0.002 85 T 0.025 0.304 0.317 0.003 0.057 0.013 0.021 0.001 0.255 0.004 0.001 86 P 0.328 0.004 0.469 0.021 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 87 D 0.126 0.115 0.220 0.299 0.051 0.108 0.032 0.011 0.032 0.005 0.001 88 N 0.099 0.096 0.177 0.244 0.043 0.101 0.121 0.020 0.091 0.007 0.001 89 E 0.567 0.056 0.123 0.171 0.019 0.011 0.021 0.016 0.007 0.009 0.001