# TARGET T0564 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.718 0.201 0.060 0.017 0.003 0.001 0.001 2 A 0.756 0.169 0.052 0.019 0.004 0.001 0.001 3 P 0.754 0.178 0.046 0.017 0.005 0.001 0.001 4 L 0.688 0.194 0.072 0.036 0.009 0.001 0.001 5 Q 0.723 0.194 0.059 0.020 0.004 0.001 0.001 6 Q 0.710 0.219 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001 7 K 0.416 0.247 0.183 0.115 0.035 0.004 0.001 8 Q 0.374 0.362 0.164 0.070 0.024 0.005 0.001 9 V 0.158 0.209 0.276 0.255 0.089 0.012 0.001 10 V 0.469 0.385 0.119 0.024 0.003 0.001 0.001 11 V 0.151 0.170 0.203 0.319 0.145 0.012 0.001 12 S 0.482 0.306 0.145 0.059 0.007 0.001 0.001 13 N 0.623 0.279 0.074 0.020 0.003 0.001 0.001 14 K 0.325 0.284 0.201 0.145 0.041 0.004 0.001 15 R 0.295 0.266 0.201 0.150 0.070 0.016 0.001 16 E 0.442 0.280 0.144 0.089 0.035 0.009 0.001 17 K 0.476 0.271 0.137 0.077 0.030 0.008 0.001 18 P 0.446 0.214 0.148 0.110 0.059 0.021 0.002 19 V 0.483 0.182 0.124 0.111 0.069 0.028 0.003 20 N 0.676 0.170 0.079 0.046 0.021 0.008 0.001 21 D 0.606 0.181 0.096 0.065 0.035 0.014 0.003 22 R 0.479 0.204 0.135 0.099 0.055 0.024 0.005 23 R 0.527 0.214 0.119 0.081 0.040 0.016 0.004 24 S 0.504 0.226 0.123 0.083 0.042 0.018 0.005 25 R 0.439 0.220 0.144 0.110 0.061 0.022 0.004 26 Q 0.431 0.219 0.137 0.111 0.066 0.028 0.007 27 Q 0.461 0.217 0.134 0.098 0.055 0.027 0.008 28 E 0.444 0.213 0.132 0.103 0.063 0.036 0.008 29 V 0.381 0.217 0.141 0.116 0.084 0.049 0.012 30 S 0.328 0.187 0.146 0.144 0.113 0.066 0.015 31 P 0.396 0.229 0.145 0.116 0.070 0.037 0.007 32 A 0.379 0.209 0.143 0.137 0.083 0.040 0.009 33 G 0.475 0.253 0.127 0.083 0.041 0.017 0.004 34 T 0.528 0.207 0.118 0.083 0.043 0.017 0.004 35 S 0.470 0.265 0.133 0.074 0.036 0.018 0.004 36 M 0.153 0.212 0.214 0.221 0.138 0.053 0.009 37 R 0.071 0.179 0.233 0.258 0.161 0.080 0.018 38 Y 0.027 0.057 0.091 0.180 0.297 0.267 0.080 39 E 0.023 0.064 0.136 0.233 0.265 0.222 0.058 40 A 0.008 0.015 0.038 0.122 0.264 0.440 0.115 41 S 0.008 0.025 0.069 0.186 0.321 0.324 0.067 42 F 0.008 0.021 0.052 0.115 0.273 0.431 0.100 43 K 0.022 0.084 0.171 0.302 0.283 0.125 0.014 44 P 0.118 0.319 0.275 0.181 0.085 0.021 0.001 45 L 0.100 0.206 0.288 0.275 0.109 0.022 0.001 46 N 0.542 0.306 0.102 0.040 0.008 0.002 0.001 47 G 0.730 0.194 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 48 G 0.701 0.189 0.071 0.031 0.008 0.001 0.001 49 L 0.775 0.172 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 50 E 0.459 0.348 0.131 0.049 0.011 0.001 0.001 51 K 0.105 0.232 0.274 0.261 0.109 0.018 0.001 52 T 0.099 0.360 0.323 0.169 0.042 0.007 0.001 53 F 0.013 0.032 0.077 0.229 0.392 0.244 0.013 54 R 0.036 0.208 0.330 0.290 0.117 0.019 0.001 55 L 0.026 0.065 0.136 0.312 0.350 0.106 0.004 56 Q 0.219 0.423 0.236 0.098 0.020 0.003 0.001 57 A 0.401 0.356 0.143 0.073 0.023 0.004 0.001 58 Q 0.289 0.354 0.213 0.105 0.033 0.007 0.001 59 Q 0.136 0.213 0.222 0.238 0.145 0.045 0.002 60 Y 0.095 0.125 0.183 0.234 0.229 0.124 0.010 61 H 0.154 0.297 0.232 0.189 0.095 0.030 0.002 62 A 0.130 0.215 0.232 0.217 0.144 0.058 0.004 63 L 0.080 0.112 0.151 0.258 0.265 0.125 0.009 64 T 0.276 0.328 0.197 0.135 0.050 0.013 0.001 65 V 0.361 0.331 0.186 0.088 0.027 0.005 0.001 66 G 0.376 0.334 0.166 0.089 0.028 0.007 0.001 67 D 0.210 0.262 0.238 0.197 0.080 0.012 0.001 68 Q 0.371 0.433 0.147 0.041 0.007 0.001 0.001 69 G 0.107 0.218 0.224 0.261 0.160 0.030 0.001 70 T 0.119 0.382 0.327 0.142 0.026 0.003 0.001 71 L 0.017 0.048 0.086 0.246 0.422 0.175 0.005 72 S 0.035 0.198 0.388 0.294 0.076 0.009 0.001 73 Y 0.057 0.125 0.151 0.259 0.291 0.113 0.005 74 K 0.103 0.329 0.312 0.195 0.051 0.010 0.001 75 G 0.156 0.244 0.206 0.219 0.133 0.041 0.002 76 T 0.184 0.366 0.255 0.135 0.047 0.012 0.001 77 R 0.176 0.317 0.226 0.181 0.081 0.019 0.001 78 F 0.207 0.183 0.194 0.214 0.152 0.047 0.003 79 V 0.231 0.308 0.208 0.168 0.069 0.016 0.001 80 G 0.328 0.299 0.209 0.116 0.040 0.008 0.001 81 F 0.205 0.162 0.180 0.244 0.166 0.041 0.003 82 V 0.456 0.283 0.159 0.077 0.021 0.003 0.001 83 S 0.543 0.237 0.134 0.066 0.018 0.002 0.001 84 R 0.605 0.261 0.089 0.033 0.010 0.002 0.001 85 T 0.453 0.246 0.176 0.096 0.026 0.003 0.001 86 P 0.710 0.197 0.065 0.023 0.005 0.001 0.001 87 D 0.784 0.150 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 88 N 0.811 0.118 0.045 0.020 0.005 0.001 0.001 89 E 0.838 0.116 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001