# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.003 0.002 0.069 0.910 2 A 0.064 0.006 0.004 0.002 0.103 0.821 3 P 0.120 0.009 0.005 0.002 0.106 0.759 4 L 0.470 0.020 0.008 0.002 0.084 0.415 5 Q 0.753 0.005 0.004 0.001 0.061 0.176 6 Q 0.888 0.002 0.002 0.001 0.025 0.082 7 K 0.921 0.002 0.001 0.001 0.018 0.057 8 Q 0.948 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 9 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 10 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 11 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 12 S 0.907 0.002 0.001 0.001 0.025 0.064 13 N 0.720 0.004 0.002 0.002 0.103 0.169 14 K 0.463 0.010 0.016 0.006 0.272 0.232 15 R 0.356 0.013 0.035 0.006 0.283 0.305 16 E 0.393 0.036 0.038 0.011 0.240 0.282 17 K 0.207 0.025 0.016 0.008 0.230 0.513 18 P 0.137 0.029 0.011 0.004 0.249 0.569 19 V 0.102 0.040 0.026 0.007 0.516 0.307 20 N 0.051 0.019 0.031 0.011 0.650 0.238 21 D 0.035 0.009 0.051 0.014 0.696 0.196 22 R 0.103 0.028 0.064 0.024 0.532 0.249 23 R 0.191 0.053 0.080 0.038 0.356 0.281 24 S 0.179 0.048 0.088 0.036 0.431 0.217 25 R 0.103 0.018 0.122 0.034 0.496 0.226 26 Q 0.145 0.017 0.101 0.035 0.476 0.226 27 Q 0.198 0.009 0.074 0.022 0.453 0.244 28 E 0.360 0.023 0.036 0.015 0.282 0.284 29 V 0.567 0.056 0.015 0.008 0.137 0.217 30 S 0.520 0.082 0.008 0.004 0.130 0.256 31 P 0.309 0.025 0.014 0.003 0.564 0.086 32 A 0.129 0.013 0.018 0.003 0.729 0.108 33 G 0.040 0.004 0.013 0.001 0.904 0.038 34 T 0.161 0.015 0.006 0.001 0.758 0.059 35 S 0.268 0.010 0.005 0.001 0.337 0.379 36 M 0.840 0.018 0.001 0.001 0.064 0.076 37 R 0.953 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 38 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 39 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 40 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 41 S 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 42 F 0.950 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 43 K 0.906 0.004 0.001 0.001 0.029 0.060 44 P 0.747 0.006 0.001 0.001 0.127 0.117 45 L 0.385 0.014 0.010 0.004 0.492 0.095 46 N 0.129 0.007 0.017 0.004 0.735 0.108 47 G 0.053 0.007 0.023 0.005 0.833 0.080 48 G 0.098 0.010 0.017 0.002 0.670 0.203 49 L 0.415 0.020 0.031 0.005 0.229 0.300 50 E 0.718 0.016 0.026 0.006 0.094 0.139 51 K 0.813 0.004 0.013 0.005 0.061 0.104 52 T 0.892 0.002 0.004 0.003 0.024 0.075 53 F 0.942 0.005 0.001 0.004 0.009 0.039 54 R 0.851 0.007 0.001 0.006 0.019 0.116 55 L 0.555 0.014 0.001 0.006 0.037 0.388 56 Q 0.170 0.004 0.002 0.008 0.126 0.689 57 A 0.024 0.001 0.182 0.517 0.200 0.075 58 Q 0.026 0.002 0.306 0.429 0.200 0.036 59 Q 0.046 0.006 0.342 0.436 0.144 0.027 60 Y 0.114 0.010 0.099 0.562 0.131 0.083 61 H 0.186 0.010 0.068 0.506 0.128 0.103 62 A 0.274 0.013 0.058 0.376 0.145 0.135 63 L 0.430 0.036 0.021 0.115 0.177 0.221 64 T 0.272 0.021 0.035 0.099 0.504 0.068 65 V 0.213 0.012 0.032 0.050 0.608 0.086 66 G 0.054 0.006 0.035 0.018 0.778 0.109 67 D 0.287 0.021 0.028 0.008 0.546 0.111 68 Q 0.639 0.016 0.013 0.010 0.170 0.152 69 G 0.774 0.009 0.006 0.004 0.104 0.102 70 T 0.855 0.005 0.005 0.004 0.049 0.082 71 L 0.907 0.004 0.004 0.003 0.026 0.055 72 S 0.893 0.007 0.003 0.003 0.030 0.064 73 Y 0.859 0.010 0.004 0.004 0.047 0.076 74 K 0.601 0.007 0.005 0.006 0.160 0.221 75 G 0.425 0.005 0.021 0.027 0.318 0.203 76 T 0.530 0.009 0.023 0.012 0.262 0.164 77 R 0.723 0.013 0.022 0.014 0.116 0.112 78 F 0.814 0.020 0.019 0.015 0.062 0.070 79 V 0.775 0.007 0.022 0.021 0.084 0.091 80 G 0.761 0.008 0.020 0.020 0.090 0.101 81 F 0.721 0.016 0.021 0.021 0.117 0.104 82 V 0.627 0.020 0.021 0.018 0.160 0.153 83 S 0.463 0.021 0.019 0.015 0.232 0.249 84 R 0.191 0.026 0.021 0.011 0.316 0.436 85 T 0.094 0.030 0.014 0.006 0.381 0.475 86 P 0.051 0.021 0.063 0.013 0.473 0.379 87 D 0.036 0.020 0.062 0.022 0.452 0.407 88 N 0.029 0.012 0.030 0.022 0.367 0.539 89 E 0.038 0.009 0.035 0.093 0.262 0.562