# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.717 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.185 0.030 0.017 0.024 2 A 0.001 0.011 0.858 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.009 0.009 0.033 3 P 0.002 0.024 0.773 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.051 0.021 0.054 0.059 4 L 0.010 0.039 0.370 0.020 0.022 0.010 0.006 0.001 0.024 0.070 0.045 0.042 0.343 5 Q 0.018 0.012 0.255 0.134 0.020 0.006 0.011 0.001 0.020 0.081 0.044 0.302 0.096 6 Q 0.054 0.007 0.147 0.032 0.008 0.002 0.022 0.001 0.028 0.050 0.028 0.060 0.561 7 K 0.073 0.002 0.071 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.023 0.028 0.004 0.687 0.080 8 Q 0.133 0.002 0.048 0.022 0.001 0.001 0.030 0.001 0.021 0.008 0.001 0.046 0.687 9 V 0.343 0.001 0.045 0.019 0.001 0.001 0.065 0.004 0.016 0.004 0.001 0.407 0.095 10 V 0.535 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.102 0.004 0.013 0.002 0.001 0.130 0.197 11 V 0.375 0.003 0.038 0.010 0.001 0.001 0.104 0.003 0.013 0.002 0.001 0.074 0.375 12 S 0.213 0.002 0.075 0.319 0.003 0.002 0.052 0.002 0.017 0.013 0.007 0.186 0.108 13 N 0.140 0.004 0.141 0.017 0.009 0.003 0.019 0.002 0.034 0.070 0.019 0.192 0.352 14 K 0.084 0.015 0.162 0.017 0.061 0.020 0.015 0.001 0.029 0.082 0.078 0.131 0.304 15 R 0.028 0.018 0.260 0.032 0.048 0.030 0.010 0.003 0.036 0.149 0.152 0.137 0.098 16 E 0.020 0.028 0.350 0.034 0.025 0.020 0.007 0.001 0.013 0.195 0.103 0.039 0.164 17 K 0.003 0.017 0.561 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.256 0.013 0.102 0.027 18 P 0.001 0.028 0.740 0.004 0.008 0.018 0.001 0.001 0.005 0.066 0.039 0.005 0.085 19 V 0.003 0.066 0.464 0.004 0.047 0.055 0.001 0.001 0.007 0.134 0.165 0.031 0.023 20 N 0.003 0.026 0.383 0.007 0.063 0.067 0.001 0.001 0.005 0.183 0.209 0.012 0.040 21 D 0.002 0.015 0.397 0.004 0.061 0.072 0.001 0.001 0.003 0.256 0.160 0.015 0.014 22 R 0.004 0.028 0.272 0.002 0.072 0.155 0.001 0.001 0.005 0.182 0.234 0.014 0.029 23 R 0.008 0.060 0.299 0.004 0.071 0.125 0.002 0.001 0.007 0.157 0.183 0.033 0.050 24 S 0.006 0.029 0.291 0.008 0.074 0.133 0.001 0.001 0.003 0.140 0.261 0.023 0.029 25 R 0.006 0.027 0.276 0.005 0.065 0.085 0.001 0.001 0.002 0.204 0.283 0.017 0.028 26 Q 0.009 0.031 0.211 0.006 0.102 0.117 0.001 0.001 0.002 0.165 0.295 0.028 0.033 27 Q 0.008 0.015 0.186 0.006 0.117 0.090 0.001 0.001 0.002 0.168 0.360 0.021 0.025 28 E 0.012 0.029 0.328 0.007 0.096 0.091 0.002 0.001 0.006 0.141 0.193 0.030 0.063 29 V 0.024 0.127 0.330 0.009 0.052 0.068 0.005 0.001 0.007 0.158 0.053 0.031 0.136 30 S 0.007 0.048 0.489 0.008 0.020 0.031 0.002 0.001 0.008 0.185 0.043 0.124 0.036 31 P 0.002 0.023 0.580 0.008 0.030 0.016 0.001 0.001 0.004 0.103 0.137 0.008 0.089 32 A 0.002 0.019 0.262 0.009 0.057 0.010 0.001 0.001 0.002 0.142 0.456 0.021 0.020 33 G 0.002 0.014 0.214 0.008 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.336 0.325 0.025 0.024 34 T 0.004 0.011 0.336 0.013 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.369 0.147 0.029 0.054 35 S 0.020 0.013 0.390 0.062 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.101 0.059 0.137 36 M 0.169 0.013 0.174 0.013 0.005 0.001 0.011 0.001 0.005 0.048 0.025 0.284 0.251 37 R 0.538 0.003 0.033 0.004 0.001 0.001 0.030 0.001 0.004 0.004 0.001 0.057 0.324 38 Y 0.644 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.039 39 E 0.755 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.167 40 A 0.800 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.072 41 S 0.604 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.299 0.064 42 F 0.408 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.004 0.003 0.001 0.025 0.506 43 K 0.119 0.003 0.087 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.009 0.002 0.711 0.049 44 P 0.031 0.015 0.113 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.028 0.015 0.015 0.766 45 L 0.020 0.022 0.315 0.020 0.021 0.001 0.003 0.001 0.003 0.081 0.221 0.209 0.084 46 N 0.009 0.015 0.134 0.005 0.025 0.001 0.002 0.001 0.002 0.217 0.423 0.067 0.100 47 G 0.002 0.004 0.107 0.006 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.602 0.023 0.027 48 G 0.005 0.004 0.145 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.433 0.020 0.061 49 L 0.052 0.016 0.216 0.007 0.009 0.001 0.005 0.001 0.002 0.146 0.094 0.325 0.128 50 E 0.185 0.010 0.061 0.007 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 0.023 0.010 0.063 0.623 51 K 0.293 0.001 0.068 0.063 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.014 0.002 0.455 0.077 52 T 0.454 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.002 0.001 0.044 0.438 53 F 0.385 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.046 0.001 0.005 0.003 0.001 0.475 0.063 54 R 0.265 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.009 0.002 0.001 0.060 0.587 55 L 0.168 0.007 0.150 0.019 0.001 0.001 0.035 0.001 0.011 0.010 0.002 0.455 0.140 56 Q 0.031 0.006 0.394 0.004 0.002 0.004 0.004 0.001 0.015 0.026 0.007 0.046 0.461 57 A 0.023 0.003 0.071 0.019 0.246 0.271 0.003 0.001 0.005 0.057 0.220 0.031 0.051 58 Q 0.020 0.006 0.039 0.020 0.340 0.258 0.005 0.001 0.007 0.067 0.154 0.052 0.031 59 Q 0.017 0.010 0.056 0.010 0.376 0.255 0.006 0.003 0.016 0.033 0.113 0.031 0.076 60 Y 0.022 0.035 0.117 0.023 0.148 0.369 0.005 0.002 0.014 0.046 0.096 0.022 0.102 61 H 0.020 0.021 0.155 0.051 0.113 0.218 0.004 0.002 0.010 0.110 0.173 0.090 0.032 62 A 0.018 0.013 0.209 0.019 0.073 0.108 0.004 0.003 0.013 0.109 0.246 0.009 0.176 63 L 0.023 0.020 0.524 0.016 0.014 0.029 0.004 0.001 0.008 0.167 0.040 0.097 0.057 64 T 0.005 0.037 0.643 0.005 0.008 0.010 0.002 0.001 0.013 0.082 0.030 0.069 0.095 65 V 0.006 0.018 0.157 0.012 0.069 0.024 0.001 0.001 0.004 0.144 0.452 0.015 0.101 66 G 0.006 0.004 0.088 0.036 0.056 0.007 0.001 0.001 0.001 0.121 0.623 0.047 0.011 67 D 0.013 0.013 0.311 0.015 0.069 0.007 0.001 0.001 0.005 0.166 0.157 0.040 0.202 68 Q 0.085 0.013 0.193 0.073 0.014 0.005 0.007 0.001 0.009 0.091 0.117 0.056 0.338 69 G 0.184 0.004 0.035 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.019 0.008 0.689 0.048 70 T 0.356 0.008 0.020 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.006 0.002 0.018 0.566 71 L 0.503 0.002 0.018 0.026 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.003 0.001 0.306 0.111 72 S 0.611 0.001 0.015 0.009 0.001 0.002 0.021 0.001 0.002 0.007 0.014 0.097 0.219 73 Y 0.522 0.002 0.030 0.003 0.003 0.002 0.020 0.001 0.003 0.017 0.032 0.169 0.198 74 K 0.370 0.005 0.036 0.036 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.038 0.085 0.248 0.166 75 G 0.109 0.004 0.114 0.040 0.009 0.003 0.004 0.001 0.003 0.139 0.335 0.096 0.145 76 T 0.223 0.008 0.171 0.025 0.008 0.003 0.014 0.001 0.004 0.053 0.054 0.093 0.344 77 R 0.425 0.015 0.049 0.009 0.004 0.002 0.042 0.001 0.006 0.018 0.009 0.278 0.141 78 F 0.343 0.012 0.037 0.009 0.005 0.004 0.052 0.005 0.015 0.007 0.004 0.066 0.442 79 V 0.311 0.005 0.055 0.253 0.008 0.006 0.063 0.006 0.011 0.017 0.021 0.145 0.099 80 G 0.366 0.006 0.056 0.009 0.008 0.006 0.065 0.008 0.025 0.023 0.027 0.198 0.204 81 F 0.321 0.011 0.082 0.010 0.006 0.006 0.041 0.006 0.020 0.022 0.015 0.105 0.356 82 V 0.177 0.016 0.226 0.032 0.012 0.008 0.022 0.003 0.024 0.048 0.025 0.274 0.132 83 S 0.037 0.016 0.352 0.017 0.018 0.008 0.009 0.002 0.015 0.135 0.068 0.060 0.265 84 R 0.014 0.031 0.470 0.022 0.023 0.010 0.006 0.001 0.006 0.189 0.086 0.047 0.095 85 T 0.001 0.019 0.659 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.242 0.017 0.033 0.013 86 P 0.001 0.010 0.760 0.001 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.086 0.085 0.003 0.022 87 D 0.001 0.018 0.370 0.002 0.058 0.013 0.001 0.001 0.001 0.122 0.402 0.006 0.008 88 N 0.001 0.009 0.592 0.002 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.183 0.163 0.003 0.006 89 E 0.001 0.006 0.846 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.098 0.020 0.005 0.005